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  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Steffen Moeller
  • Date: 2010-12-04 22:30:35 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20101204223035-j11kinhcrrdgg2p2
Tags: 1.5-1
* Bumped standard to 3.9.1, no changes required.
* New upstream version.
  - major additions to Cookbook
  - added AlleleFreqs attribute to ensembl Variation objects.
  - added getGeneByStableId method to genome objects.
  - added Introns attribute to Transcript objects and an Intron class.
  - added Mann-Whitney test and a Monte-Carlo version
  - exploratory and confirmatory period estimation techniques (suitable for
    symbolic and continuous data)
  - Information theoretic measures (AIC and BIC) added
  - drawing of trees with collapsed nodes
  - progress display indicator support for terminal and GUI apps
  - added parser for illumina HiSeq2000 and GAiix sequence files as 
    cogent.parse.illumina_sequence.MinimalIlluminaSequenceParser.
  - added parser to FASTQ files, one of the output options for illumina's
    workflow, also added cookbook demo.
  - added functionality for parsing of SFF files without the Roche tools in
    cogent.parse.binary_sff
  - thousand fold performance improvement to nmds
  - >10-fold performance improvements to some Table operations

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added added

removed removed

Lines of Context:
doc/cookbook/introduction.rst
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Introduction
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************
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5
 
This cookbook is in it's early stages with the majority of sections not yet written. Rather than wait until it is complete before presenting it we provide it as is. Some sections are complete whilst those that remain to be written are indicated as such.
 
5
The cookbook remains incomplete with many sections not yet written. Rather than wait until it is complete before presenting it we provide it as is.
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6
 
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What we hope is clear from the Cookbook is that PyCogent has extensive capabilities that cover for many areas of genomic biology including, but not limited to: comparative genomics, metagenomics and systems biology.
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.. _forums: http://sourceforge.net/projects/pycogent/forums
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.. all the buzzwords, systems biol, *nomics, dealing with HTS data
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.. Contributing to the documentation
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