← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/oneiric/bioperl/oneiric

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/DB/GFF/Aggregator/ucsc_sanger22.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Matt Hope
  • Date: 2004-04-18 14:24:11 UTC
  • mfrom: (1.2.1 upstream) (2.1.1 warty)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20040418142411-gr92uexquw4w8liq
Tags: 1.4-1
* New upstream release
* Examples and working code are installed by default to usr/bin,
  this has been moved to usr/share/doc/bioperl/bin

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/DB/GFF/Aggregator/ucsc_sanger22.pm
 
1
=head1 NAME
 
2
 
 
3
Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22 -- UCSC sanger22 aggregator
 
4
 
 
5
=head1 SYNOPSIS
 
6
 
 
7
  use Bio::DB::GFF;
 
8
 
 
9
  # Open the sequence database
 
10
  my $db      = Bio::DB::GFF->new( -adaptor => 'dbi:mysql',
 
11
                                   -dsn     => 'dbi:mysql:elegans42',
 
12
                                   -aggregator => ['transcript','clone'],
 
13
                                 );
 
14
 
 
15
 -------------------------------------------------
 
16
 Aggregator method: sanger22
 
17
 Main method:       transcript
 
18
 Sub methods:       sanger22
 
19
 -------------------------------------------------
 
20
 
 
21
=head1 DESCRIPTION
 
22
 
 
23
L<Bio::DB::GFF::Aggregator::transcript>
 
24
 
 
25
=cut
 
26
 
 
27
package Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22;
 
28
 
 
29
use strict;
 
30
use Bio::DB::GFF::Aggregator;
 
31
 
 
32
use vars qw(@ISA);
 
33
@ISA = qw(Bio::DB::GFF::Aggregator);
 
34
 
 
35
 
 
36
=head2 method
 
37
 
 
38
 Title   : method
 
39
 Usage   : $aggregator->method
 
40
 Function: return the method for the composite object
 
41
 Returns : the string "sanger22"
 
42
 Args    : none
 
43
 Status  : Public
 
44
 
 
45
=cut
 
46
 
 
47
sub method { 'sanger22' }
 
48
 
 
49
=head2 part_names
 
50
 
 
51
 Title   : part_names
 
52
 Usage   : $aggregator->part_names
 
53
 Function: return the methods for the sub-parts
 
54
 Returns : empty list
 
55
 Args    : none
 
56
 Status  : Public
 
57
 
 
58
=cut
 
59
 
 
60
sub part_names {
 
61
  return ();
 
62
}
 
63
 
 
64
=head2 main_name
 
65
 
 
66
 Title   : main_name
 
67
 Usage   : $aggregator->main_name
 
68
 Function: return the method for the main component
 
69
 Returns : the string "transcript:sanger22"
 
70
 Args    : none
 
71
 Status  : Public
 
72
 
 
73
=cut
 
74
 
 
75
sub main_name {
 
76
  return 'transcript:sanger22';
 
77
}
 
78
 
 
79
1;
 
80
__END__
 
81
 
 
82
=head1 BUGS
 
83
 
 
84
None reported.
 
85
 
 
86
 
 
87
=head1 SEE ALSO
 
88
 
 
89
L<Bio::DB::GFF>, L<Bio::DB::GFF::Aggregator>
 
90
 
 
91
=head1 AUTHOR
 
92
 
 
93
Allen Day E<lt>allenday@ucla.eduE<gt>.
 
94
 
 
95
Copyright (c) 2002 Allen Day, University of California, Los Angeles.
 
96
 
 
97
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
 
98
it under the same terms as Perl itself.
 
99
 
 
100
=cut
 
101