← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/oneiric/bioperl/oneiric

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/crypto.sim4-4

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Matt Hope
  • Date: 2004-04-18 14:24:11 UTC
  • mfrom: (1.2.1 upstream) (2.1.1 warty)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20040418142411-gr92uexquw4w8liq
Tags: 1.4-1
* New upstream release
* Examples and working code are installed by default to usr/bin,
  this has been moved to usr/share/doc/bioperl/bin

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/crypto.sim4-4
 
1
 
 
2
seq1 = cn416, 630 bp
 
3
seq2 = Contig147.fa (>Contig147), 1086 bp
 
4
 
 
5
>cn416 lastmodified=[2002-10-29 11:40:27] project=[B3501] length=[630] clusterid=[371] coverage=[1] crawid=[1] sequencecount=[2] longestsequence=[k9k11j2.f1] sequences=[k9k11j2.f1|k9k11j2.f1C] clone=[|k9k11j2] 
 
6
>Contig147
 
7
 
 
8
36-132  (191-286)   89% <-
 
9
133-191  (343-401)   93%
 
10
 
 
11
      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
 
12
     36 AAAGCCATGCAATGCATCCCATGATACCAAAGATAAAATATCCAAAAATC
 
13
        |||||||||||||||||||-||||||||||||| || |||||||||||||
 
14
    191 AAAGCCATGCAATGCATCC ATGATACCAAAGACAATATATCCAAAAATC
 
15
 
 
16
     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
 
17
     86 CATGACCGATCCTGATGCAATAACCAAGAGACCGTTTATCCCGGGAA   
 
18
         | ||  |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||<<<
 
19
    240 TAAGATTGATCATCATGCAATAACCAAGAGACCCTTTATCCCGGGAACTA
 
20
 
 
21
    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
 
22
    133       TGCCACAACGTAGTCCTTCTGTACATCCTGAACATTTCCATCAT
 
23
        ...<<<|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 
24
    290 ...CACTGCCACAACGTAGTCCTTTTGTACATCCTGAACATTTCCATCAT
 
25
 
 
26
    150     .    :    .
 
27
    177 CATCAACGAA AAGTA
 
28
        |||| |||||-||-||
 
29
    387 CATCTACGAACAA TA
 
30