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Viewing changes to Bio/Seq/RichSeqI.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Matt Hope
  • Date: 2004-04-18 14:24:11 UTC
  • mfrom: (1.2.1 upstream) (2.1.1 warty)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20040418142411-gr92uexquw4w8liq
Tags: 1.4-1
* New upstream release
* Examples and working code are installed by default to usr/bin,
  this has been moved to usr/share/doc/bioperl/bin

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Lines of Context:
Bio/Seq/RichSeqI.pm
1
 
# $Id: RichSeqI.pm,v 1.7 2001/10/22 08:22:52 heikki Exp $
 
1
# $Id: RichSeqI.pm,v 1.9 2003/03/10 21:53:56 lapp Exp $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::Seq::RichSeqI
4
4
#
12
12
 
13
13
=head1 NAME
14
14
 
15
 
Bio::Seq::RichSeqI - RichSeq interface, mainly for database orientated sequences
 
15
Bio::Seq::RichSeqI - interface for sequences from rich data sources, mostly databases
16
16
 
17
17
=head1 SYNOPSIS
18
18
 
22
22
    @dates       = $richseq->get_dates; 
23
23
    $seq_version = $richseq->seq_version;  
24
24
    $pid         = $richseq->pid;
25
 
    $keywords    = $richseq->keywords;
 
25
    @keywords    = $richseq->get_keywords;
26
26
 
27
27
=head1 DESCRIPTION
28
28
 
49
49
 Bug reports can be submitted via email or the web:
50
50
 
51
51
  bioperl-bugs@bio.perl.org
52
 
  http://bio.perl.org/bioperl-bugs/
 
52
  http://bugzilla.bioperl.org/
53
53
 
54
54
=head1 AUTHOR - Ewan Birney
55
55
 
80
80
 Title   : get_secondary_accessions
81
81
 Usage   : 
82
82
 Function: Get the secondary accessions for a sequence.
 
83
 
 
84
           An implementation that allows modification of this array
 
85
           property should provide the methods add_secondary_accession
 
86
           and remove_secondary_accessions, with obvious purpose.
 
87
 
83
88
 Example :
84
89
 Returns : an array of strings
85
90
 Args    : none
165
170
 Usage   :
166
171
 Function: Get (and set, depending on the implementation) the dates the
167
172
           databank entry specified for the sequence
 
173
 
 
174
           An implementation that allows modification of this array
 
175
           property should provide the methods add_date and
 
176
           remove_dates, with obvious purpose.
 
177
 
168
178
 Example :
169
179
 Returns : an array of strings
170
180
 Args    :
200
210
 
201
211
}
202
212
 
203
 
=head2 keywords
204
 
 
205
 
 Title   : keywords
206
 
 Usage   : $obj->keywords($newval)
207
 
 Function: 
208
 
 Returns : value of keywords (a string)
209
 
 Args    : newvalue (optional) (a string)
 
213
=head2 get_keywords
 
214
 
 
215
 Title   : get_keywords
 
216
 Usage   : $obj->get_keywords()
 
217
 Function: Get the keywords for this sequence object.
 
218
 
 
219
           An implementation that allows modification of this array
 
220
           property should provide the methods add_keyword and
 
221
           remove_keywords, with obvious purpose.
 
222
 
 
223
 Returns : an array of strings
 
224
 Args    : 
210
225
 
211
226
 
212
227
=cut
213
228
 
214
 
sub keywords {
 
229
sub get_keywords {
215
230
   my ($self) = @_;
216
231
   $self->throw("hit keywords in interface definition - error");
217
232
}