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  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Damien Raude-Morvan
  • Date: 2009-08-22 01:13:25 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090822011325-hi4peq1ua5weguwn
Tags: 2.0-1
* New upstream release.
* Set Maintainer field to Debian Java Team
* Add myself as Uploaders
* Switch to Quilt patch system:
  - Refresh all patchs
  - Remove B-D on dpatch, Add B-D on quilt
  - Include patchsys-quilt.mk in debian/rules
* Bump Standards-Version to 3.8.3:
  - Add a README.source to describe patch system
* Maven POMs:
  - Add a Build-Depends-Indep dependency on maven-repo-helper
  - Use mh_installpom and mh_installjar to install the POM and the jar to the
    Maven repository
* Use default-jdk/jre:
  - Depends on java5-runtime-headless
  - Build-Depends on default-jdk
  - Use /usr/lib/jvm/default-java as JAVA_HOME
* Move api documentation to /usr/share/doc/libcommons-math-java/api
* Build-Depends on junit4 instead of junit

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src/site/xdoc/changes.xml
1
 
<?xml version="1.0"?>
 
1
<?xml version="1.0"?>
2
2
<!--
3
3
   Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one or more
4
4
  contributor license agreements.  See the NOTICE file distributed with
35
35
 
36
36
<document>
37
37
  <properties>
38
 
    <title>
39
 
Commons Math Release Notes</title>
 
38
    <title>Commons Math Release Notes</title>
40
39
  </properties>
41
40
  <body>
42
 
    <release version="1.2" date="2008-02-23"
 
41
    <release version="2.0" date="2009-08-03" description="
 
42
This is a major release. It combines bug fixes, new features and
 
43
changes to existing features. Most notable among the new features are:
 
44
decomposition algorithms in the linear algebra package (LU, QR, Cholesky,
 
45
SVD, eigen decomposition) which are based on the popular JAMA API (but
 
46
much faster); support for sparse matrices and vectors;
 
47
support for any field-based matrix (Complex, Fraction ...);
 
48
support for genetic algorithms;
 
49
several new optimization algorithms (Dantzig's simplex for linear
 
50
constrained problems, conjugate gradient, Brent);
 
51
support for curve fitting with special cases for harmonic and polynomial
 
52
functions;
 
53
support for state derivative in ODE step handlers;
 
54
new multistep integrators (Adams-Bashforth and Adams-Moulton) with
 
55
variable stepsize;
 
56
regression algorithms;
 
57
rank transformations;
 
58
Mersenne twister pseudo random number generator.
 
59
This release is NOT source and binary compatible with earlier versions
 
60
of Commons Math. Starting with version 2.0 of the library, the minimal
 
61
version of the Java platform required to compile and use commons-math
 
62
is Java 5.  Users are encouraged to upgrade to this version, as in addition
 
63
to new features, this release includes numerous bug fixes.  Users of 
 
64
Commons Math 1.0-1.2 should recompile their code against the 2.0 jar. 
 
65
Most of the compilation errors users will encounter after the switch
 
66
will be due to classes moved due to package reorganization.  These errors
 
67
are simply solved by adjusting the import statements in users code.">
 
68
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-281" due-to="Albert Huang">
 
69
        Fixed an error in RealMatrix javadoc
 
70
      </action>
 
71
      <action dev="luc" type="add" >
 
72
        Added an implementation of the Mersenne twister pseudo random number generator
 
73
        from Makoto Matsumoto and Takuji Nishimura
 
74
      </action>
 
75
      <action dev="luc" type="update" due-to="Gilles Sadowski">
 
76
        Changed the return type of the various interpolation algorithms to the
 
77
        specific implementation of UnivariateRealFunction each one uses
 
78
      </action>
 
79
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-280">
 
80
        The behavior of the bracket method in UnivariateRealSolverUtils has been changed to return successfully
 
81
        when a tentative bracketing interval has a root exactly at one of its end points. Previously, such intervals
 
82
        triggered an exception.
 
83
      </action>
 
84
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-279" due-to="Michael Bjorkegren">
 
85
        Added a check for too few rows with respect to the number of predictors in linear regression
 
86
      </action>
 
87
      <action dev="luc" type="add" due-to="Dimitri Pourbaix">
 
88
        Added a getCovariance method to singular value decomposition
 
89
      </action>
 
90
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-278" due-to="Eugene Kirpichov">
 
91
        Added robust locally weighted regression (Loess).
 
92
      </action>
 
93
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-277" due-to="Mark Anderson">
 
94
        Added a scalar multiply to the Complex class
 
95
      </action>
 
96
      <action dev="luc" type="add" >
 
97
        Added curve fitting with a general case and two specific cases (polynomial and harmonic).
 
98
      </action>
 
99
      <action dev="psteitz" type="update" issue="MATH-276" due-to="Mark Anderson">
 
100
        Optimized Complex isNaN(), isInfinite() by moving computation to constructor.
 
101
      </action>
 
102
      <action dev="psteitz" type="fix" issue="MATH-207" due-to="David Stefka">
 
103
        Added Genetic Algorithm implementation.
 
104
      </action>
 
105
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-274" >
 
106
        Fixed detection of not positive definite matrices in Cholesky decomposition
 
107
      </action>
 
108
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-273" due-to="Benjamin McCann">
 
109
        Fixed a wrong check for basic variables
 
110
      </action>
 
111
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-272" due-to="Benjamin McCann">
 
112
        Fixed a problem when setting some variables (several variables were set
 
113
        instead of only one)
 
114
      </action>
 
115
      <action dev="luc" type="add" due-to="Gilles Sadowski">
 
116
        Added a way to limit the number of functions evaluations in optimizers
 
117
        (the number of iterations could already be limited)
 
118
      </action>
 
119
       <action dev="psteitz" type="add" issue="MATH-267" due-to="Ted Dunning">
 
120
        Added digamma function.
 
121
      </action>
 
122
      <action dev="psteitz" type="add" issue="MATH-136" due-to="John Gant">
 
123
        Added Spearman's rank correlation (SpearmansCorrelation).
 
124
      </action>
 
125
      <action dev="psteitz" type="add">
 
126
        Added support for rank transformations.
 
127
      </action>
 
128
      <action dev="luc" type="update">
 
129
        Completed internationalization of all error messages
 
130
      </action>
 
131
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-266" due-to="Benjamin McCann">
 
132
        Added a clustering package with an implementation of the k-means++ algorithm
 
133
      </action>
 
134
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-265" due-to="Benjamin McCann">
 
135
        Added distance1, distance and distanceInf utility methods for double and
 
136
        int arrays in MathUtils
 
137
      </action>
 
138
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-264" due-to="Gilles Sadowski">
 
139
        Added an utility equality method between double numbers using tolerance
 
140
        in ulps (Units in Last Position)
 
141
      </action>
 
142
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-263">
 
143
        Added getNorm1, getNormInf, distance1 and distanceInf to the Vector3D class
 
144
      </action>
 
145
      <action dev="luc" type="add" >
 
146
        Added support for any type of field in linear algebra (FielxMatrix, FieldVector,
 
147
        FieldLUDecomposition)
 
148
      </action>
 
149
      <action dev="luc" type="add" >
 
150
        The RealMatrixImpl implementation classes has been renamed Array2DRowRealMatrix
 
151
        to reflect its specificities and for consistency with the new implementations. The
 
152
        previous name is still available but is deprecated
 
153
      </action>
 
154
      <action dev="luc" type="add" >
 
155
        Added a block-based storage type for dense matrices improving speed for large dimensions
 
156
      </action>
 
157
      <action dev="psteitz" type="add" due-to="John Bollinger">
 
158
        Added AggregateSummaryStatistics class to support aggregation of SummaryStatistics.
 
159
      </action>
 
160
      <action dev="luc" type="add" >
 
161
        Added general Field and FieldElement interfaces to allow generic algorithms
 
162
        to operate on fields. The library already provides several implementations:
 
163
        Complex, Fraction, BigFraction and BigReal
 
164
      </action>
 
165
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-257" due-to="Sebb">
 
166
        Fixed inconsistent access to multidimensional array in FastFourierTransformer
 
167
      </action>
 
168
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-248" >
 
169
        Greatly improved multiplication speed for sparse matrices
 
170
      </action>
 
171
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-253" due-to="Sebb">
 
172
        Fixed threading issues with MathException and MathRuntimeException
 
173
      </action>
 
174
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-254" due-to="Sebb">
 
175
        Fixed threading issues with UnivariateRealSolverUtils factory
 
176
      </action>
 
177
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-255" due-to="Sebb">
 
178
        Reduced visibility of MessagesResources_fr.contents field to private
 
179
      </action>
 
180
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-256" >
 
181
        Added  Fraction.toString()
 
182
      </action>
 
183
      <action dev="luc" type="add">
 
184
        Added  add/subtract/multiply/divide functions with integer parameters to Fraction
 
185
      </action>
 
186
      <action dev="luc" type="add">
 
187
        Added some utility functions to compute powers with integral types (int, long, BigInteger).
 
188
      </action>
 
189
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-252">
 
190
        Fixed a comparison error when two different fractions evaluate to the
 
191
        same double due to limited precision.
 
192
      </action>
 
193
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-251" due-to="Benjamin Croizet">
 
194
        Added a BigFraction class that does not overflow when big numerators or
 
195
        denominators are used.
 
196
      </action>
 
197
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-246" due-to="Benjamin McCann">
 
198
        Added an optimizer for constrained linear problems based on 2-phases standard simplex.
 
199
      </action>
 
200
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-177" >
 
201
        Redesigned the optimization framework for a simpler yet more powerful API.
 
202
        Added non-linear conjugate gradient optimizer.
 
203
      </action>
 
204
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-243" due-to="Christian Semrau">
 
205
        Fixed an error in computing gcd and lcm for some extreme values at integer
 
206
        range boundaries.
 
207
      </action>
 
208
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-247" due-to="Benjamin McCann">
 
209
        Added a MathUtils method to check equality given some error bounds.
 
210
      </action>
 
211
      <action dev="psteitz" type="add" issue="MATH-114" due-to="John Gant">
 
212
        Added PearsonsCorrelation class to compute correlation matrices, standard
 
213
        errors and p-values for correlation coefficients.
 
214
      </action>
 
215
      <action dev="psteitz" type="add" issue="MATH-114">
 
216
        Added Covariance class to compute variance-covariance matrices in new
 
217
        correlation package.
 
218
      </action>
 
219
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-216" due-to="Cyril Briquet">
 
220
        Improved fast Fourier transform efficiency.
 
221
      </action>
 
222
      <action dev="billbarker" type="add">
 
223
         Added a SparseRealVector class that implements a sparse vector for the RealVector interface.
 
224
      </action>
 
225
      <action dev="luc" type="add" >
 
226
        Added factory methods to create Chebyshev, Hermite, Laguerre and Legendre polynomials.
 
227
      </action> 
 
228
      <action dev="luc" type="add" >
 
229
        Added add, subtract, negate, multiply and toString methods to PolynomialFunction.
 
230
      </action> 
 
231
      <action dev="psteitz" type="update" issue="MATH-189">
 
232
        Changed FractionFormat to extend NumberFormat.
 
233
      </action> 
 
234
      <action dev="psteitz" type="update" issue="MATH-242" due-to="Christian Semrau">
 
235
        Forced symmetry in binomialCoefficientLog and added test cases for MathUtils.
 
236
      </action>
 
237
      <action dev="psteitz" type="fix" issue="MATH-241" due-to="Christian Semrau">
 
238
        Fixed error in binomial coefficient computation.
 
239
      </action>
 
240
      <action dev="luc" type="add" >
 
241
        Added a Legendre-Gauss integrator.
 
242
      </action>
 
243
      <action dev="psteitz" type="fix" issue="MATH-240" due-to="Christian Semrau">
 
244
        Fixed error in factorial computation for 17 &lt;= n &lt;= 20.
 
245
      </action>
 
246
      <action dev="luc" type="update" >
 
247
        Integration algorithms now can have both relative and absolute
 
248
        accuracy settings.
 
249
      </action>
 
250
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-177" due-to="Gilles Sadowski">
 
251
        Added a new univariate sub-package below the optimization package.
 
252
      </action>
 
253
      <action dev="luc" type="update" >
 
254
        The analysis package has been reorganized with several sub-packages.
 
255
      </action>
 
256
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-238" due-to="Christian Semrau">
 
257
        Fixed an error in gcd computation for large values.
 
258
      </action>
 
259
      <action dev="luc" type="add" >
 
260
        Added method to walk matrix entries with or without changing them in the
 
261
        visitor design pattern sense. Three different orders can be used, row by row,
 
262
        column by column or optimized order according to internal storage. Optimized
 
263
        order should be preferred when no specific order is needed, because it will be
 
264
        more cache efficient.
 
265
      </action>
 
266
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-215" due-to="Bernhard Grünewaldt">
 
267
        Added Fast Hadamard Transform.
 
268
      </action>
 
269
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-236" due-to="Bernhard Grünewaldt">
 
270
        Added nth root computation for complex numbers.
 
271
      </action>
 
272
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-230" due-to="Sujit Pal and Ismael Juma">
 
273
        Added support for sparse matrix.
 
274
      </action>
 
275
      <action dev="luc" type="add" due-to="Ismael Juma">
 
276
        Added an int/double hash map (OpenIntToDoubleHashMap) with much smaller
 
277
        memory overhead than standard java.util.Map (open addressing and no boxing).
 
278
      </action>
 
279
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-152" due-to="Remi Arntzen">
 
280
        Added support for multi-dimensional Fourier transform.
 
281
      </action>
 
282
      <action dev="luc" type="update" issue="MATH-218" >
 
283
        The root solvers and the integrators now take the function to solve as a
 
284
        parameter to the solve/integrate methods, thus allowing to reuse the same
 
285
        solver/integrator for different functions.
 
286
      </action>
 
287
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-234" >
 
288
        Added setter methods for rows and columns in matrices.
 
289
      </action>
 
290
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-232" >
 
291
        Added Frobenius matrix norm.
 
292
      </action>
 
293
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-231" >
 
294
        Added an abstract matrix implementation simplifying extension by users.
 
295
      </action>
 
296
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-178" due-to="Paul Cowan">
 
297
        Added support for the Zipf distribution.
 
298
      </action>
 
299
      <action dev="psteitz" type="add" issue="MATH-212" due-to="Jason C. HandUber">
 
300
        Added support for copying statistics. Changes to stats classes 
 
301
        include copy constructor, static copy(-,-) and instance copy()
 
302
        methods. Added copy() to UnivariateStatistic and StorelessUnivariateStatistic
 
303
        interfaces. 
 
304
      </action>
 
305
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-229" due-to="Cyril Briquet">
 
306
        Added a removal feature for observations in descriptive statistics.
 
307
      </action>
 
308
      <action dev="luc" type="add" >
 
309
        Added a scalb method in MathUtils. This method is similar to the method
 
310
        with same name added in java.lang.Math as of Java 6.
 
311
      </action>
 
312
      <action dev="brentworden" type="fix" issue="MATH-227" due-to="Joerg Henning">
 
313
        Fixed F distribution inverse CDF computation for small denominator degrees of freedom.
 
314
      </action>
 
315
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-226" due-to="Stuart Siegel">
 
316
        Fixed an error in CorrelatedRandomVectorGenerator leading to a component of
 
317
        the generated vector being constant.
 
318
      </action>
 
319
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-223" due-to="John Mulcahy">
 
320
        Greatly improved QR-decomposition speed using transposed matrices internally.
 
321
      </action>
 
322
      <action dev="luc" type="fix" due-to="Pascal Parraud">
 
323
        Fixed an infinite loop encountered in some backward integration cases for ODE solvers.
 
324
      </action>
 
325
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-222" due-to="Ted Dunning">
 
326
        Added beta distribution.
 
327
      </action>
 
328
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-222" due-to="Ted Dunning">
 
329
        Added probability density functions computation for distributions for which
 
330
        it is feasible.
 
331
      </action>
 
332
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-221" due-to="Dieter Roth">
 
333
        Changed the Complex.equals() method so that it considers +0 and -0 are equal,
 
334
        as required by IEEE-754 standard.
 
335
      </action>
 
336
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-220">
 
337
        Added JAMA-like interfaces for eigen/singular problems. The implementation
 
338
        are based on the very quick dqd/dqds algorithms and some parts of the MRRR
 
339
        algorithm. This leads to very fast and accurate solutions.
 
340
      </action>
 
341
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-220" >
 
342
        Added JAMA-like interfaces for decomposition algorithms. These interfaces
 
343
        decompose a matrix as a product of several other matrices with predefined
 
344
        properties and shapes depending on the algorithm. These algorithms allow to
 
345
        solve the equation A * X = B, either for an exact linear solution
 
346
        (LU-decomposition, Cholesky decomposition) or an exact or least-squares
 
347
        solution (QR-decomposition).
 
348
      </action>
 
349
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-219" due-to="Andrew Berry">
 
350
        Added removeData methods for the SimpleRegression class. This allows
 
351
        to support regression calculations across a sliding window of (time-based)
 
352
        observations without having to recalculate for the entire window every time.
 
353
      </action>
 
354
      <action dev="luc" type="add" due-to="Andreas Rieger">
 
355
        Support for one dimensional vectors has been added to the linear algebra
 
356
        package with a RealVector interface, a RealVectorImpl default implementation
 
357
        using a single double array to store elements and a RealVectorFormat for
 
358
        input/output.
 
359
      </action>
 
360
      <action dev="psteitz" type="update" issue="MATH-217">
 
361
        Changed OLS regression implementation added in MATH-203 to use
 
362
        QR decomposition to solve the normal equations.
 
363
      </action>
 
364
      <action dev="luc" type="add">
 
365
        New ODE integrators have been added: the explicit Adams-Bashforth and implicit
 
366
        Adams-Moulton multistep methods. As the implementations of these methods are based
 
367
        on Nordsieck vector rather than a traditional array of previous steps, they both
 
368
        have been improved to handle adaptive stepsize. These methods provide the same rich
 
369
        features has the existing ones: continuous output, step handlers, discrete events,
 
370
        G-stop ...
 
371
      </action>
 
372
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-214" >
 
373
        Replaced size adjustment of all steps of fixed steps Runge-Kutta integrators by
 
374
        a truncation of the last step only.
 
375
      </action>
 
376
      <action dev="luc" type="update">
 
377
        The ODE integrators now support several step handlers at once, instead of just one.
 
378
        This is more consistent with event handlers management.
 
379
        The setStepHandler method has therefore been replaced by addStephandler, the
 
380
        getStepHandler method has been replaced by getStepHandlers which returns a Collection
 
381
        and a clearStepHandlers method has been added.
 
382
      </action>
 
383
      <action dev="luc" type="add">
 
384
        All ODE integrators now support setting a maximal number of evaluations of differential
 
385
        equations function. If this number is exceeded, an exception will be thrown during
 
386
        integration. This can be used to prevent infinite loops if for example error control or
 
387
        discrete events create a really large number of extremely small steps.
 
388
      </action>
 
389
      <action dev="luc" type="add">
 
390
        All step interpolators for ODE integrators now provide interpolation for
 
391
        both the state and its time derivatives. The interpolated derivatives are
 
392
        the exact derivatives of the interpolated state, thus preserving consistency.
 
393
        The general step handlers hence do not need to call the derivation function
 
394
        anymore. The fixed step handlers also get the time derivative of the state
 
395
        as an additional argument along with the state when they are called.
 
396
      </action>
 
397
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-213" >
 
398
        Changed return type for FirstOrderIntegrator.integrate() to double
 
399
        in order to retrieve exact stop time. This allows to handle properly
 
400
        integration interruption due to an EventHandler instance asking to
 
401
        stop the integration when its associated event is triggered. The state
 
402
        was already set to the current state at interruption time, but it was
 
403
        difficult to get the corresponding time (it involved setting a step
 
404
        handler monitoring the last step specially).
 
405
      </action>
 
406
      <action dev="luc" type="update" >
 
407
        Events handlers in the ODE package now also provide the switching function
 
408
        variation (increasing/decreasing) when an event occurs
 
409
      </action>
 
410
      <action dev="luc" type="update">
 
411
        Clarified the ODE package by breaking in into several sub-packages and renaming
 
412
        classes (SwitchingFunctions/EventHandler, SwitchingFunctionsHandler/CombinedEventsManager)
 
413
      </action>
 
414
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-210" >
 
415
        Changed return type for FirstOrderIntegrator.getSwitchingFunctions()
 
416
        to a collection of SwitchingFunction instances. This better suits the
 
417
        intended use of the method and fixes a visibility error since the
 
418
        previous return type referenced the package private SwitchState class.
 
419
      </action>
 
420
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-209" due-to="Thomas Chust">
 
421
        Fixed dimension error on output vector for the operate method
 
422
        in RealMatrixImpl and BigMatrixImpl classes.
 
423
      </action>
 
424
      <action dev="luc" type="update">
 
425
        The FirstOrderDifferentialEquations, FirstOrderIntegrator and FixedStepHandler
 
426
        interfaces now extends Serializable, allowing integrators, problems and
 
427
        handlers to be embedded into users Serializable classes.
 
428
      </action>
 
429
      <action dev="luc" type="add">
 
430
        Added several convenience methods and constants for Vector3D and Rotation.
 
431
      </action>
 
432
      <action dev="luc" type="update">
 
433
        Replaced public no argument constructors with IDENTITY or ZERO
 
434
        static instances for immutable classes Vector3D and Rotation.
 
435
      </action>
 
436
      <action dev="luc" type="fix">
 
437
        Fixed inconsistencies in the naming scheme for static fields in
 
438
        Vector3D and Rotation with respect to the overall library.
 
439
      </action>
 
440
      <action dev="luc" type="update" >
 
441
        Greatly improved RealMatrixImpl and BigMatrixImpl performances,
 
442
        both in terms of speed and in terms of temporary memory footprint.
 
443
      </action>
 
444
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-203" due-to="Mauro Talevi">
 
445
        Added Mauro's patch to support multiple regression.
 
446
      </action>
 
447
      <action dev="luc" type="update" >
 
448
        Starting with version 2.0 of the library, the minimal version of the Java
 
449
        platform required to compile and use commons-math is Java 5. This version
 
450
        is widely deployed now on many systems. It brings new important features
 
451
        for specific mathematical developments, for example new functions (log10,
 
452
        cbrt, ulp, signum, cosh, sinh, tanh, hypot, expm1, log1p), autoboxing,
 
453
        MathContext or RoundingMode. It also brings important features for general
 
454
        development, for example enums, generics or annotations.
 
455
      </action>
 
456
      <action dev="luc" type="add" >
 
457
        Switching functions can now throw dedicated SwitchException from all their
 
458
        method. At upper call level, the various ODE integrators handle these new
 
459
        exceptions and wrap them into IntegratorException instances, hence the
 
460
        integrators methods signature did not change.
 
461
      </action>
 
462
      <action dev="luc" type="add" issue="MATH-202">
 
463
        Added the getSwitchingFunctions and clearSwitchingFunctions to the
 
464
        FirstOrderIntegrator interface and all its implementations
 
465
      </action>
 
466
      <action dev="luc" type="update" >
 
467
        Removed deprecated features. This includes the following changes. Factory-based
 
468
        instantiation replaced by setter injection in 1.2 in several classes have been
 
469
        removed. Protected fields in matrices implementations have been declared final
 
470
        and private. Identity factory methods moved to MatrixUtils class have been
 
471
        removed. Complex utilities methods that have been superseded by Complex instance
 
472
        methods have been removed.
 
473
      </action>
 
474
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-205" due-to="Roman Werpachowski">
 
475
        Fixed formula in fast cosine transformer javadoc comments.
 
476
      </action>
 
477
      <action dev="brentworden" type="fix" issue="MATH-193" due-to="Michael Heuer and Sebb">
 
478
        Javadoc and style fixes.
 
479
      </action>
 
480
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-198" due-to="Frederick Salardi">
 
481
        Added an error detection for missing imaginary character while parsing complex string
 
482
      </action>
 
483
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-199" due-to="Mick">
 
484
        Detect numerical problems in Q.R decomposition for Levenberg-Marquardt estimator
 
485
        and report them appropriately
 
486
      </action>
 
487
      <action dev="luc" type="fix" issue="MATH-200" due-to="Plamen Petrov">
 
488
        Fixed several crashes in getCovariances() and guessParametersErrors() in
 
489
        AbstractEstimator when some parameters are bound. The methods now explicitly
 
490
        give result only about unbound parameters.
 
491
      </action>
 
492
      <action dev="brentworden" type="fix" issue="MATH-201" due-to="Peter Wyngaard">
 
493
        Fixed truncation error in t-test classes for large t values.
 
494
      </action>
 
495
      <action dev="brentworden" type="fix" issue="MATH-204" due-to="Mick">
 
496
        Added root checks for the endpoints.
 
497
      </action>
 
498
    </release>
 
499
    <release version="1.2" date="2008-02-24"
43
500
    description="This release combines bug fixes and new features. Most notable
44
501
    among the new features are the estimation, optimization, geometry and ode
45
502
    packages added from the Mantissa library. Implementations of fast Fourier