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Viewing changes to Bio/Coordinate/Pair.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2007-09-21 22:52:22 UTC
  • mfrom: (1.2.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20070921225222-tt20m2yy6ycuy2d8
Tags: 1.5.2.102-1
* Developer release.
* Upgraded source package to debhelper 5 and standards-version 3.7.2.
* Added libmodule-build-perl and libtest-harness-perl to
  build-depends-indep.
* Disabled automatic CRAN download.
* Using quilt instead of .diff.gz to manage modifications.
* Updated Recommends list for the binary package.
* Moved the "production-quality" scripts to /usr/bin/.
* New maintainer: Debian-Med packaging team mailing list.
* New uploaders: Charles Plessy and Steffen Moeller.
* Updated Depends, Recommends and Suggests.
* Imported in Debian-Med's SVN repository on Alioth.
* Executing the regression tests during package building.
* Moved the Homepage: field out from the package's description.
* Updated watch file.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Coordinate/Pair.pm
1
 
# $Id: Pair.pm,v 1.13 2003/12/19 02:59:17 jason Exp $
 
1
# $Id: Pair.pm,v 1.19.4.1 2006/10/02 23:10:14 sendu Exp $
2
2
#
3
3
# bioperl module for Bio::Coordinate::Pair
4
4
#
5
 
# Cared for by Heikki Lehvaslaiho <heikki@ebi.ac.uk>
 
5
# Cared for by Heikki Lehvaslaiho <heikki-at-bioperl-dot-org>
6
6
#
7
7
# Copyright Heikki Lehvaslaiho
8
8
#
63
63
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to the
64
64
Bioperl mailing lists  Your participation is much appreciated.
65
65
 
66
 
  bioperl-l@bioperl.org                         - General discussion
67
 
  http://bio.perl.org/MailList.html             - About the mailing lists
 
66
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
67
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
68
68
 
69
69
=head2 Reporting Bugs
70
70
 
71
71
report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
72
 
 the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via
73
 
 email or the web:
 
72
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via the
 
73
web:
74
74
 
75
 
  bioperl-bugs@bio.perl.org
76
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
75
  http://bugzilla.open-bio.org/
77
76
 
78
77
=head1 AUTHOR - Heikki Lehvaslaiho
79
78
 
80
 
Email:  heikki@ebi.ac.uk
81
 
Address:
82
 
 
83
 
     EMBL Outstation, European Bioinformatics Institute
84
 
     Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton
85
 
     Cambs. CB10 1SD, United Kingdom
86
 
 
87
 
=head1 CONTRIBUTORS
88
 
 
89
 
Additional contributors names and emails here
 
79
Email:  heikki-at-bioperl-dot-org
90
80
 
91
81
=head1 APPENDIX
92
82
 
99
89
# Let the code begin...
100
90
 
101
91
package Bio::Coordinate::Pair;
102
 
use vars qw(@ISA );
103
92
use strict;
104
93
 
105
94
# Object preamble - inherits from Bio::Root::Root
106
 
use Bio::Root::Root;
107
 
use Bio::Coordinate::MapperI;
108
95
use Bio::Coordinate::Result;
109
96
use Bio::Coordinate::Result::Match;
110
97
use Bio::Coordinate::Result::Gap;
111
98
 
112
 
@ISA = qw(Bio::Root::Root Bio::Coordinate::MapperI);
 
99
use base qw(Bio::Root::Root Bio::Coordinate::MapperI);
113
100
 
114
101
 
115
102
sub new {
226
213
       unless $self->out;
227
214
   $self->warn("Incoming coordinates are not defined")
228
215
       unless $self->in;
229
 
 
230
 
   1 if $self->in->end - $self->in->start == $self->out->end - $self->out->start;
 
216
   return ($self->in->end - $self->in->start) == ($self->out->end - $self->out->start);
231
217
}
232
218
 
233
219