← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/bioperl/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/SeqIO/game/gameHandler.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2007-09-21 22:52:22 UTC
  • mfrom: (1.2.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20070921225222-tt20m2yy6ycuy2d8
Tags: 1.5.2.102-1
* Developer release.
* Upgraded source package to debhelper 5 and standards-version 3.7.2.
* Added libmodule-build-perl and libtest-harness-perl to
  build-depends-indep.
* Disabled automatic CRAN download.
* Using quilt instead of .diff.gz to manage modifications.
* Updated Recommends list for the binary package.
* Moved the "production-quality" scripts to /usr/bin/.
* New maintainer: Debian-Med packaging team mailing list.
* New uploaders: Charles Plessy and Steffen Moeller.
* Updated Depends, Recommends and Suggests.
* Imported in Debian-Med's SVN repository on Alioth.
* Executing the regression tests during package building.
* Moved the Homepage: field out from the package's description.
* Updated watch file.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/SeqIO/game/gameHandler.pm
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::SeqIO::game::gameHandler
4
4
#
5
 
# Cared for by Sheldon McKay <smckay@bcgsc.bc.ca>
6
 
#
7
 
# Copyright Sheldon McKay
 
5
# Cared for by Sheldon McKay <mckays@cshl.edu>
8
6
#
9
7
# You may distribute this module under the same terms as perl itself
10
8
#
34
32
Your participation is much appreciated.
35
33
 
36
34
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
37
 
  http://bioperl.org/MailList.shtml      - About the mailing lists
 
35
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
38
36
 
39
37
=head2 Reporting Bugs
40
38
 
41
39
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
42
 
of the bugs and their resolution.
43
 
 
44
 
Bug reports can be submitted via email or the web:
45
 
 
46
 
  bioperl-bugs@bioperl.org
47
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
40
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via the
 
41
web:
 
42
 
 
43
  http://bugzilla.open-bio.org/
48
44
 
49
45
=head1 AUTHOR - Sheldon McKay
50
46
 
51
 
Email smckay@bcgsc.bc.ca
 
47
Email mckays@cshl.edu
52
48
 
53
49
=head1 APPENDIX
54
50
 
59
55
 
60
56
package Bio::SeqIO::game::gameHandler;
61
57
 
62
 
use Bio::SeqIO::game::gameSubs;
63
58
use Bio::SeqIO::game::seqHandler;
64
59
use strict;
65
 
use vars qw { @ISA };
 
60
use vars qw {};
66
61
 
67
 
@ISA = qw{ Bio::SeqIO::game::gameSubs };
 
62
use base qw(Bio::SeqIO::game::gameSubs);
68
63
 
69
64
=head2 start_document
70
65
 
118
113
    for ( 1..$self->{game} ) {
119
114
        my $seq  = $self->{sequences}->{$_} 
120
115
          or $self->throw("No sequences defined");
121
 
        my $ann  = $self->{annotations}->{$_}
122
 
          or $self->throw("No annotations");
 
116
        my $ann  = $self->{annotations}->{$_};
123
117
        my $comp = $self->{computations}->{$_};
124
 
        my $map  = $self->{map_position}->{$_}
125
 
          or $self->complain("No map position defined");
 
118
        my $map  = $self->{map_position}->{$_};
126
119
        my $foc  = $self->{focus}->{$_}
127
120
          or $self->throw("No main sequence defined");
128
121
        my $src  = $self->{has_source};
176
169
    my ($self, $el) = @_;
177
170
    $self->flush( $el );
178
171
}
179
 
 
 
172
 
180
173
=head2 e_seq
181
174
 
182
175
 Title   : e_seq