← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/bioperl/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/SeqFeatCollection.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2007-09-21 22:52:22 UTC
  • mfrom: (1.2.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20070921225222-tt20m2yy6ycuy2d8
Tags: 1.5.2.102-1
* Developer release.
* Upgraded source package to debhelper 5 and standards-version 3.7.2.
* Added libmodule-build-perl and libtest-harness-perl to
  build-depends-indep.
* Disabled automatic CRAN download.
* Using quilt instead of .diff.gz to manage modifications.
* Updated Recommends list for the binary package.
* Moved the "production-quality" scripts to /usr/bin/.
* New maintainer: Debian-Med packaging team mailing list.
* New uploaders: Charles Plessy and Steffen Moeller.
* Updated Depends, Recommends and Suggests.
* Imported in Debian-Med's SVN repository on Alioth.
* Executing the regression tests during package building.
* Moved the Homepage: field out from the package's description.
* Updated watch file.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/SeqFeatCollection.t
1
1
# This is -*-Perl-*- code
2
2
## Bioperl Test Harness Script for Modules
3
3
##
4
 
# $Id: SeqFeatCollection.t,v 1.8 2003/02/26 15:59:26 jason Exp $
 
4
# $Id: SeqFeatCollection.t,v 1.11 2005/08/01 21:29:10 jason Exp $
5
5
 
6
6
# Before `make install' is performed this script should be runnable with
7
7
# `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
10
10
use vars qw($NUMTESTS);
11
11
 
12
12
my $error;
13
 
 
14
13
BEGIN { 
15
14
    # to handle systems with no installed Test module
16
15
    # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
22
21
    }
23
22
    use Test;
24
23
 
25
 
    $NUMTESTS = 432;
 
24
    $NUMTESTS = 20;
26
25
    plan tests => $NUMTESTS;
27
26
 
28
27
    eval { require DB_File; };
70
69
ok($col);
71
70
ok($col->add_features( \@features), 11);
72
71
my @feat = $col->features_in_range(-range => ( new Bio::Location::Simple
73
 
                                                   (-start => 100,
74
 
                                                    -end   => 300,
75
 
                                                    -strand => 1) ),
76
 
                                       -contain => 0);
 
72
                                               (-start => 100,
 
73
                                                -end   => 300,
 
74
                                                -strand => 1) ),
 
75
                                   -contain => 0);
77
76
ok(scalar @feat, 5);
78
77
if( $verbose ) {    
79
78
    foreach my $f ( @feat ) {
80
 
        print $f->location->to_FTstring(), "\n";        
 
79
        print "location: ", $f->location->to_FTstring(), "\n";          
81
80
    }
82
81
}
83
82
 
151
150
fy_shuffle(\@features);
152
151
 
153
152
foreach my $f ( @features ) {
154
 
    next unless defined $f;
 
153
    $count--, next unless defined $f;
155
154
    $col->remove_features([$f]);
156
 
    ok( $col->feature_count, --$count);
 
155
#    ok( $col->feature_count, --$count);
157
156
}
158
157
ok($col->feature_count, 0);
159
158
my $filename = 'featcol.idx';