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Viewing changes to Bio/Matrix/PSM/PsmI.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2007-09-21 22:52:22 UTC
  • mfrom: (1.2.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20070921225222-tt20m2yy6ycuy2d8
Tags: 1.5.2.102-1
* Developer release.
* Upgraded source package to debhelper 5 and standards-version 3.7.2.
* Added libmodule-build-perl and libtest-harness-perl to
  build-depends-indep.
* Disabled automatic CRAN download.
* Using quilt instead of .diff.gz to manage modifications.
* Updated Recommends list for the binary package.
* Moved the "production-quality" scripts to /usr/bin/.
* New maintainer: Debian-Med packaging team mailing list.
* New uploaders: Charles Plessy and Steffen Moeller.
* Updated Depends, Recommends and Suggests.
* Imported in Debian-Med's SVN repository on Alioth.
* Executing the regression tests during package building.
* Moved the Homepage: field out from the package's description.
* Updated watch file.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Matrix/PSM/PsmI.pm
1
 
# $Id: PsmI.pm,v 1.3 2003/10/25 15:00:57 heikki Exp $
 
1
# $Id: PsmI.pm,v 1.8.4.1 2006/10/02 23:10:22 sendu Exp $
2
2
#---------------------------------------------------------
3
3
#ISA SiteMatrix, HAS InstanceSite
 
4
 
4
5
=head1 NAME
5
6
 
6
7
Bio::Matrix::PSM::PsmI - abstract interface to handler of site matricies
87
88
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to one
88
89
of the Bioperl mailing lists.  Your participation is much appreciated.
89
90
 
90
 
  bioperl-l@bioperl.org                 - General discussion
91
 
  http://bio.perl.org/MailList.html     - About the mailing lists
 
91
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
92
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
92
93
 
93
94
=head2 Reporting Bugs
94
95
 
95
96
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
96
 
 the bugs and their resolution.
97
 
 Bug reports can be submitted via email or the web:
 
97
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via the
 
98
web:
98
99
 
99
 
  bioperl-bugs@bio.perl.org
100
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
100
  http://bugzilla.open-bio.org/
101
101
 
102
102
=head1 AUTHOR - Stefan Kirov
103
103
 
114
114
 
115
115
# Let the code begin...
116
116
package Bio::Matrix::PSM::PsmI;
117
 
use Bio::Root::Root;
118
 
use Bio::Root::IO;
119
117
use Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix;
120
118
use Bio::Matrix::PSM::InstanceSite;
121
 
use vars qw(@ISA);
122
119
use strict;
123
 
@ISA=qw(Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix Bio::Root::Root);
 
120
 
 
121
use base qw(Bio::Matrix::PSM::SiteMatrixI);
124
122
 
125
123
=head2 new
126
124