← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/bioperl/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/biodbgff/test.gff3

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2007-09-21 22:52:22 UTC
  • mfrom: (1.2.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20070921225222-tt20m2yy6ycuy2d8
Tags: 1.5.2.102-1
* Developer release.
* Upgraded source package to debhelper 5 and standards-version 3.7.2.
* Added libmodule-build-perl and libtest-harness-perl to
  build-depends-indep.
* Disabled automatic CRAN download.
* Using quilt instead of .diff.gz to manage modifications.
* Updated Recommends list for the binary package.
* Moved the "production-quality" scripts to /usr/bin/.
* New maintainer: Debian-Med packaging team mailing list.
* New uploaders: Charles Plessy and Steffen Moeller.
* Updated Depends, Recommends and Suggests.
* Imported in Debian-Med's SVN repository on Alioth.
* Executing the regression tests during package building.
* Moved the Homepage: field out from the package's description.
* Updated watch file.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/biodbgff/test.gff3
 
1
##gff-version 3
 
2
## sequence-region Contig1 1 37450
 
3
Contig1 confirmed       transcript      1001    2000    42      +       .       ID=Transcript:trans-1;Gene=abc-1;Gene=xyz-2;Note=function+unknown
 
4
Contig1 confirmed       exon    1001    1100    .       +       .       ID=Transcript:trans-1
 
5
Contig1 confirmed       exon    1201    1300    .       +       .       ID=Transcript:trans-1
 
6
Contig1 confirmed       exon    1401    1450    .       +       .       ID=Transcript:trans-1
 
7
Contig1 confirmed       CDS     1051    1100    .       +       0       ID=Transcript:trans-1
 
8
Contig1 confirmed       CDS     1201    1300    .       +       2       ID=Transcript:trans-1
 
9
Contig1 confirmed       CDS     1401    1440    .       +       0       ID=Transcript:trans-1
 
10
Contig1 est     similarity      1001    1100    96      .       .       Target=EST:CEESC13F 1 100 +
 
11
Contig1 est     similarity      1201    1300    99      .       .       Target=EST:CEESC13F 101 200 +
 
12
Contig1 est     similarity      1401    1450    99      .       .       Target=EST:CEESC13F 201 250 +
 
13
Contig1 tc1     transposon      5001    6000    .       +       .       ID=Transposon:c128.1
 
14
Contig1 tc1     transposon      8001    9000    .       -       .       ID=Transposon:c128.2
 
15
Contig1 confirmed       transcript      30001   31000   .       -       .       ID=Transcript:trans-2;Gene=xyz-2;Note=Terribly+interesting
 
16
Contig1 confirmed       exon    30001   30100   .       -       .       ID=Transcript:trans-2;Gene=abc-1;Note=function+unknown
 
17
Contig1 confirmed       exon    30701   30800   .       -       .       ID=Transcript:trans-2
 
18
Contig1 confirmed       exon    30801   31000   .       -       .       ID=Transcript:trans-2
 
19
 
 
20
## sequence-region Contig2 1 37450
 
21
Contig2 clone   Component       1       2000    .       .       .       Target=Clone:AL12345.1 1 2000 +;Note=Terribly+interesting
 
22
Contig2 clone   Component       2001    5000    .       .       .       Target=Clone:AL11111.1 6000 3001 +
 
23
Contig2 clone   Component       5001    20000   .       .       .       Target=Clone:AC13221.2 1 15000 +
 
24
Contig2 clone   Component       2001    37450   .       .       .       Target=Clone:M7.3 1001 36450 +
 
25
Contig2 predicted       transcript      2501    4500    .       +       .       ID=Transcript:trans-3;Alias=trans-18
 
26
Contig2 predicted       transcript      5001    8001    .       -       .       ID=Transcript:trans-4
 
27
 
 
28
 
 
29
#processed_transcript
 
30
Contig3 clone   Component       1       50000   .       .       .       ID=Clone:AL12345.2
 
31
Contig3 confirmed       mRNA    32000   35000   .       +       .       ID=mRNA:trans-8
 
32
Contig3 confirmed       UTR     32000   32100   .       +       .       ID=mRNA:trans-8
 
33
Contig3 confirmed       CDS     32101   33000   .       +       .       ID=mRNA:trans-8
 
34
Contig3 confirmed       CDS     34000   34500   .       +       .       ID=mRNA:trans-8
 
35
Contig3 confirmed       CDS     34600   34900   .       +       .       ID=mRNA:trans-8
 
36
Contig3 confirmed       UTR     34901   35000   .       +       .       ID=mRNA:trans-8
 
37
 
 
38
## preferred group assignments
 
39
Contig4 clone   Component       1       50000   .       .       .       ID=Clone:ABC123
 
40
Contig4 confirmed       gene    32000   35000   .       +       .       ID=Misc:thing1;gene=gene-9
 
41
Contig4 confirmed       mRNA    32000   35000   .       +       .       ID=Misc:thing2;mRNA=trans-9;gene=gene-9
 
42
Contig4 confirmed       CDS     32000   35000   .       +       .       ID=Misc:thing3;mRNA=trans-9
 
43