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~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bedtools/raring

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Viewing changes to docs/content/bed12ToBed6.rst

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2012-11-04 17:59:41 UTC
  • mfrom: (1.1.9)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20121104175941-hahqzy1w8uy650z0
Tags: 2.17.0-1
bb9012e Imported Upstream version 2.16.2.
9006b23 Imported Upstream version 2.17.0.
9112569 Documented BEDTools license as a whole.
325689c Removed Pre-Depends: dpkg (>= 1.15.6).
a781b14 Conforms with Policy 3.9.4.
84b1167 Use Debhelper 9. 
0bf572d Distribute the test suite.
422cd34 Bash completion for BEDTools.

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Lines of Context:
docs/content/bed12ToBed6.rst
 
1
###############
 
2
5.21 bed12ToBed6
 
3
###############
 
4
**bed12ToBed6** is a convenience tool that converts BED features in BED12 (a.k.a. "blocked" BED
 
5
features such as genes) to discrete BED6 features. For example, in the case of a gene with six exons,
 
6
bed12ToBed6 would create six separate BED6 features (i.e., one for each exon).
 
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==========================================================================
 
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5.21.1 Usage and option summary
 
11
==========================================================================
 
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Usage:
 
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::
 
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  bed12ToBed6 [OPTIONS] -i <BED12>
 
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===========================      ===============================================================================================================================================================================================================
 
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 Option                           Description
 
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===========================      ===============================================================================================================================================================================================================
 
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**-i**                                       The BED12 file that should be split into discrete BED6 features. *Use "stdin" when using piped input*.
 
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===========================      ===============================================================================================================================================================================================================
 
21
 
 
22
 
 
23
 
 
24
 
 
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==========================================================================
 
26
5.21.2 Default behavior
 
27
==========================================================================
 
28
Figure:
 
29
::
 
30
  head data/knownGene.hg18.chr21.bed | tail -n 3
 
31
  chr21 10079666  10120808   uc002yiv.1  0  -  10081686  1 0 1 2 0 6 0 8
 
32
        0     4   528,91,101,215, 0,1930,39750,40927,
 
33
  chr21 10080031  10081687   uc002yiw.1  0  -  10080031  1 0 0 8 0 0 3 1
 
34
        0     2   200,91,    0,1565,
 
35
  chr21 10081660  10120796   uc002yix.2  0  -  10081660  1 0 0 8 1 6 6 0
 
36
        0     3   27,101,223,0,37756,38913,
 
37
  
 
38
  head data/knownGene.hg18.chr21.bed | tail -n 3 | bed12ToBed6 -i stdin
 
39
  chr21 10079666  10080194  uc002yiv.1 0  -
 
40
  chr21 10081596  10081687  uc002yiv.1 0  -
 
41
  chr21 10119416  10119517  uc002yiv.1 0  -
 
42
  chr21 10120593  10120808  uc002yiv.1 0  -
 
43
  chr21 10080031  10080231  uc002yiw.1 0  -
 
44
  chr21 10081596  10081687  uc002yiw.1 0  -
 
45
  chr21 10081660  10081687  uc002yix.2 0  -
 
46
  chr21 10119416  10119517  uc002yix.2 0  -
 
47
  chr21 10120573  10120796  uc002yix.2 0  -
 
48
 
 
49