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~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bedtools/raring

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Viewing changes to docs/content/complementBed.rst

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2012-11-04 17:59:41 UTC
  • mfrom: (1.1.9)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20121104175941-hahqzy1w8uy650z0
Tags: 2.17.0-1
bb9012e Imported Upstream version 2.16.2.
9006b23 Imported Upstream version 2.17.0.
9112569 Documented BEDTools license as a whole.
325689c Removed Pre-Depends: dpkg (>= 1.15.6).
a781b14 Conforms with Policy 3.9.4.
84b1167 Use Debhelper 9. 
0bf572d Distribute the test suite.
422cd34 Bash completion for BEDTools.

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Lines of Context:
docs/content/complementBed.rst
 
1
###############
 
2
5.17 complementBed
 
3
###############
 
4
**complementBed** returns the intervals in a genome that are not by the features in a feature file. An
 
5
example usage of this tool would be to return the intervals of the genome that are not annotated as a
 
6
repeat.
 
7
 
 
8
 
 
9
==========================================================================
 
10
5.17.1 Usage and option summary
 
11
==========================================================================
 
12
Usage:
 
13
::
 
14
  complementBed [OPTIONS] -i <BED/GFF/VCF> -g <GENOME>
 
15
 
 
16
**No additional options.**
 
17
 
 
18
 
 
19
 
 
20
 
 
21
==========================================================================
 
22
5.17.2 Default behavior
 
23
==========================================================================
 
24
Figure:
 
25
::
 
26
  Chromosome  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
27
  
 
28
  BED FILE A     *************   ***************     ******************              
 
29
  
 
30
  Result      ===             ===               =====                  =======
 
31
 
 
32
 
 
33
For example:
 
34
::
 
35
  cat A.bed
 
36
  chr1  100  200
 
37
  chr1  400  500
 
38
  chr1  500  800
 
39
 
 
40
  cat my.genome
 
41
  chr1  1000
 
42
 
 
43
  complementBed -i A.bed -g my.genome
 
44
  chr1  0    100
 
45
  chr1  200  400
 
46
  chr1  800  1000
 
47
 
 
48