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~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bedtools/raring

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Viewing changes to docs/content/bedtools-suite.rst

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2012-11-04 17:59:41 UTC
  • mfrom: (1.1.9)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20121104175941-hahqzy1w8uy650z0
Tags: 2.17.0-1
bb9012e Imported Upstream version 2.16.2.
9006b23 Imported Upstream version 2.17.0.
9112569 Documented BEDTools license as a whole.
325689c Removed Pre-Depends: dpkg (>= 1.15.6).
a781b14 Conforms with Policy 3.9.4.
84b1167 Use Debhelper 9. 
0bf572d Distribute the test suite.
422cd34 Bash completion for BEDTools.

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Lines of Context:
docs/content/bedtools-suite.rst
 
1
###############
 
2
The BEDTools suite
 
3
###############
 
4
 
 
5
This section covers the functionality and default / optional usage for each of the available BEDTools.
 
6
Example "figures" are provided in some cases in an effort to convey the purpose of the tool. The
 
7
behavior of each available parameter is discussed for each tool in abstract terms. More concrete usage
 
8
examples are provided in **Section 6**.
 
9
 
 
10
 
 
11
=================
 
12
Table of contents
 
13
=================
 
14
.. toctree::
 
15
   :maxdepth: 1
 
16
 
 
17
   intersectBed
 
18
   pairToBed
 
19
   pairToPair
 
20
   bamToBed
 
21
   windowBed
 
22
   closestBed
 
23
   subtractBed
 
24
   mergeBed
 
25
   coverageBed
 
26
   genomecoverageBed
 
27
   fastafromBed
 
28
   maskfastafromBed
 
29
   shuffleBed
 
30
   slopBed
 
31
   sortBed
 
32
   linksBed
 
33
   complementBed
 
34
   bedToBam
 
35
   overlap
 
36
   bedToIgv
 
37
   bed12ToBed6
 
38
   groupBy
 
39
   unionBedGraphs
 
40
   annotateBed
 
41
   
 
42
   
 
43
   
 
44
   
 
45
  
 
 
b'\\ No newline at end of file'