← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/bedtools/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/bedtools.cpp

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2012-11-04 17:59:41 UTC
  • mfrom: (1.1.9)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20121104175941-hahqzy1w8uy650z0
Tags: 2.17.0-1
bb9012e Imported Upstream version 2.16.2.
9006b23 Imported Upstream version 2.17.0.
9112569 Documented BEDTools license as a whole.
325689c Removed Pre-Depends: dpkg (>= 1.15.6).
a781b14 Conforms with Policy 3.9.4.
84b1167 Use Debhelper 9. 
0bf572d Distribute the test suite.
422cd34 Bash completion for BEDTools.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/bedtools.cpp
52
52
int getoverlap_main(int argc, char* argv[]);//
53
53
int groupby_main(int argc, char* argv[]);//
54
54
int intersect_main(int argc, char* argv[]); //
 
55
int jaccard_main(int argc, char* argv[]); //
55
56
int links_main(int argc, char* argv[]);//
56
57
int maskfastafrombed_main(int argc, char* argv[]);//
57
58
int map_main(int argc, char* argv[]); //
123
124
    else if (sub_cmd == "maskfasta")   return maskfastafrombed_main(argc-1, argv+1);
124
125
    else if (sub_cmd == "nuc")         return nuc_main(argc-1, argv+1);
125
126
 
 
127
    // statistics tools
 
128
    else if (sub_cmd == "jaccard")     return jaccard_main(argc-1, argv+1);
 
129
 
126
130
    // misc. tools
127
131
    else if (sub_cmd == "overlap")     return getoverlap_main(argc-1, argv+1);
128
132
    else if (sub_cmd == "igv")         return bedtoigv_main(argc-1, argv+1);
131
135
    else if (sub_cmd == "groupby")     return groupby_main(argc-1, argv+1);
132
136
    else if (sub_cmd == "expand")      return expand_main(argc-1, argv+1);
133
137
 
 
138
    
 
139
 
134
140
    // help
135
141
    else if (sub_cmd == "-h" || sub_cmd == "--help" ||
136
142
             sub_cmd == "-help")
208
214
    cout  << "[ Format conversion ]" << endl;
209
215
    cout  << "    bamtobed      "  << "Convert BAM alignments to BED (& other) formats.\n";
210
216
    cout  << "    bedtobam      "  << "Convert intervals to BAM records.\n";
211
 
    cout  << "    bedtofastq    "  << "Convert BAM records to FASTQ records.\n";
 
217
    cout  << "    bamtofastq    "  << "Convert BAM records to FASTQ records.\n";
212
218
    cout  << "    bedpetobam    "  << "Convert BEDPE intervals to BAM records.\n";    
213
219
    cout  << "    bed12tobed6   "  << "Breaks BED12 intervals into discrete BED6 intervals.\n";
214
220
 
222
228
    cout  << "[ BAM focused tools ]" << endl;
223
229
    cout  << "    multicov      "  << "Counts coverage from multiple BAMs at specific intervals.\n";
224
230
    cout  << "    tag           "  << "Tag BAM alignments based on overlaps with interval files.\n";
 
231
    
 
232
    cout  << endl;
 
233
    cout  << "[ Statistics tools ]" << endl;
 
234
    cout  << "    jaccard       "  << "Calculates the Jaccard statistic b/w two sets of intervals.\n";
225
235
 
226
236
    cout  << endl;
227
237
    cout  << "[ Miscellaneous tools ]" << endl;