← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/paml/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/CladeModelCD/Dataset2.CladeD/codeml.ctl

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Pjotr Prins
  • Date: 2010-09-11 23:01:37 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100911230137-jjf5d0blx5p0m9ba
Tags: upstream-4.4c
Import upstream version 4.4c

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/CladeModelCD/Dataset2.CladeD/codeml.ctl
 
1
      seqfile = ECP_EDN_17.nuc * sequence data filename
 
2
     treefile = tree.txt      * tree structure file name
 
3
      outfile = mlc           * main result file name
 
4
 
 
5
        noisy = 9  * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen
 
6
      verbose = 0  * 0: concise; 1: detailed, 2: too much
 
7
      runmode = 0  * 0: user tree
 
8
 
 
9
      seqtype = 1  * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs
 
10
    CodonFreq = 2  * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table
 
11
        clock = 0  * 0:no clock, 1:clock; 2:local clock; 3:CombinedAnalysis
 
12
 
 
13
                         * Model C: model = 3  NSsites = 2 
 
14
                         * Model D: model = 3  NSsites = 3
 
15
 
 
16
        model = 3  * 3 = clade models
 
17
      NSsites = 3  * choose "2" or "3"
 
18
                         
 
19
        icode = 0  * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below
 
20
 
 
21
    fix_kappa = 0  * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated
 
22
        kappa = 2  * initial or fixed kappa
 
23
 
 
24
    fix_omega = 0  * 1: omega or omega_1 fixed, 0: estimate 
 
25
        omega = 1.5  * initial or fixed omega, for codons or codon-based AAs
 
26
 
 
27
    fix_alpha = 1  * 0: estimate gamma shape parameter; 1: fix it at alpha
 
28
        alpha = 0. * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)
 
29
 
 
30
        ncatG = 3  * # of categories in dG of NSsites models
 
31
 
 
32
        getSE = 0  * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates
 
33
 RateAncestor = 0  * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states (1 or 2)
 
34
 
 
35
   Small_Diff = .5e-6
 
36
    cleandata = 0  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?
 
37