← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/paml/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/MouseLemurs/codonml2.ctl

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Pjotr Prins
  • Date: 2010-09-11 23:01:37 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100911230137-jjf5d0blx5p0m9ba
Tags: upstream-4.4c
Import upstream version 4.4c

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/MouseLemurs/codonml2.ctl
 
1
      seqfile = MouseLemurs.nuc
 
2
     treefile = MouseLemurs.trees
 
3
 
 
4
      outfile = mlc           * main result file name
 
5
        noisy = 3  * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen
 
6
      verbose = 1  * 0: concise; 1: detailed, 2: too much
 
7
      runmode = 0
 
8
 
 
9
      seqtype = 1  * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs
 
10
    CodonFreq = 2
 
11
        model = 0
 
12
      NSsites = 0
 
13
 
 
14
        ndata = 1
 
15
        clock = 6  * 0:no clock, 1:global clock; 2:local clock
 
16
        icode = 1  * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below
 
17
 
 
18
    fix_kappa = 1
 
19
        kappa = 5.43711
 
20
    fix_omega = 1
 
21
        omega = 0.03162
 
22
 
 
23
    fix_alpha = 1  * 0: estimate gamma shape parameter; 1: fix it at alpha
 
24
        alpha = 0. * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)
 
25
        ncatG = 3  * # of categories in dG of NSsites models
 
26
 
 
27
        getSE = 0  * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates
 
28
 RateAncestor = 0  * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states (1 or 2)
 
29
 
 
30
   Small_Diff = .5e-6
 
31
*    cleandata = 0  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?
 
32
        method = 1   * 0: simultaneous; 1: one branch at a time
 
33
   fix_blength = 0  * 0: ignore, -1: random, 1: initial, 2: fixed