← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/paml/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/HIVNSsites/README.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Pjotr Prins
  • Date: 2010-09-11 23:01:37 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100911230137-jjf5d0blx5p0m9ba
Tags: upstream-4.4c
Import upstream version 4.4c

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/HIVNSsites/README.txt
 
1
Notes by Ziheng Yang
 
2
Last modified 16 May 2003
 
3
 
 
4
This folder contains example data files for the HIV-1 env V3 region
 
5
analyzed in Yang et al. (2000).  This is the 10th data set analyzed
 
6
and the results are in table 12 in that paper.  The default
 
7
specification in the control file codeml.ctl
 
8
 
 
9
      NSsites = 0 1 2
 
10
 
 
11
will fit the onw-ratio model (M0), neutral (M0) and selection (M2)
 
12
models.  You can fit more models if you want.  Note that the lysin and 
 
13
lysozyme example folders contain files for similar analyses of bigger 
 
14
data sets.
 
15
 
 
16
You run the program by typing
 
17
 
 
18
    codeml
 
19
 
 
20
or 
 
21
 
 
22
   ..\..\codeml 
 
23
 
 
24
   ../../codeml 
 
25
 
 
26
 
 
27
References
 
28
 
 
29
Nielsen, R., and Z. Yang. 1998. Likelihood models for detecting
 
30
positively selected amino acid sites and applications to the HIV-1
 
31
envelope gene. Genetics 148:929-936.
 
32
 
 
33
Yang, Z., R. Nielsen, N. Goldman and A.-M. K. Pedersen. 2000. 
 
34
Codon-substitution models for heterogeneous selection pressure at amino 
 
35
acid sites. Genetics 155:431-449.