← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/paml/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to mcmctree.ctl

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Pjotr Prins
  • Date: 2010-09-11 23:01:37 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100911230137-jjf5d0blx5p0m9ba
Tags: upstream-4.4c
Import upstream version 4.4c

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
mcmctree.ctl
 
1
          seed = -1
 
2
       seqfile = examples/DatingSoftBound/mtCDNApri123.txt
 
3
      treefile = examples/DatingSoftBound/mtCDNApri.trees
 
4
       outfile = out
 
5
 
 
6
         ndata = 3
 
7
       usedata = 1    * 0: no data; 1:seq like; 2:use in.BV; 3: out.BV
 
8
         clock = 3    * 1: global clock; 2: independent rates; 3: correlated rates
 
9
       RootAge = <1.0  * safe constraint on root age, used if no fossil for root.
 
10
 
 
11
         model = 0    * 0:JC69, 1:K80, 2:F81, 3:F84, 4:HKY85
 
12
         alpha = 0    * alpha for gamma rates at sites
 
13
         ncatG = 5    * No. categories in discrete gamma
 
14
 
 
15
     cleandata = 0    * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?
 
16
 
 
17
       BDparas = 1 1 0    * birth, death, sampling
 
18
   kappa_gamma = 6 2      * gamma prior for kappa
 
19
   alpha_gamma = 1 1      * gamma prior for alpha
 
20
 
 
21
   rgene_gamma = 2 2   * gamma prior for overall rates for genes
 
22
  sigma2_gamma = 1 10    * gamma prior for sigma^2     (for clock=2 or 3)
 
23
 
 
24
      finetune = .05  0.1  0.12  0.1 .3  * times, rates, mixing, paras, RateParas, FossilErr
 
25
 
 
26
         print = 1
 
27
        burnin = 2000
 
28
      sampfreq = 2
 
29
       nsample = 20000
 
30
 
 
31
*** Note: Make your window wider (100 columns) before running the program.