← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/paml/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/MouseLemurs/codeml.ctl

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Pjotr Prins
  • Date: 2010-09-11 23:01:37 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100911230137-jjf5d0blx5p0m9ba
Tags: upstream-4.4c
Import upstream version 4.4c

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/MouseLemurs/codeml.ctl
 
1
      seqfile = MouseLemurs.aa
 
2
     treefile = MouseLemurs.trees
 
3
 
 
4
      outfile = mlc           * main result file name
 
5
        noisy = 3  * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen
 
6
      verbose = 0  * 0: concise; 1: detailed, 2: too much
 
7
      runmode = 0  * 0: user tree;  1: semi-automatic;  2: automatic
 
8
                   * 3: StepwiseAddition; (4,5):PerturbationNNI; -2: pairwise
 
9
 
 
10
      seqtype = 2  * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs
 
11
    CodonFreq = 2
 
12
   aaRatefile = mtmam.dat
 
13
 
 
14
        model = 3
 
15
      NSsites = 0
 
16
        icode = 1  * 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below
 
17
        clock = 2  * 0:no clock, 1:global clock; 2:local clock
 
18
 
 
19
    fix_kappa = 0  * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated
 
20
        kappa = 10  * initial or fixed kappa
 
21
    fix_omega = 0  * 1: fix omega at omega (below), 0: estimate omega
 
22
        omega = 0.1  * initial or fixed omega, for codons or codon-based AAs
 
23
 
 
24
    fix_alpha = 1  * 0: estimate gamma shape parameter; 1: fix it at alpha
 
25
        alpha = 0. * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)
 
26
       Malpha = 0  * different alphas for genes
 
27
        ncatG = 3  * # of categories in dG of NSsites models
 
28
 
 
29
        getSE = 1  * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates
 
30
 RateAncestor = 0  * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states (1 or 2)
 
31
 
 
32
   Small_Diff = 1e-6
 
33
*    cleandata = 0  * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?
 
34
        method = 1   * 0: simultaneous; 1: one branch at a time
 
35
   fix_blength = 0  * 0: ignore, -1: random, 1: initial, 2: fixed