← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/warty/ncbi-tools6/warty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to biostruc/getmmdb.c

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2002-04-04 22:13:09 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20020404221309-vfze028rfnlrldct
Tags: upstream-6.1.20011220a
Import upstream version 6.1.20011220a

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
biostruc/getmmdb.c
 
1
/* getmmdb.c */
 
2
 
 
3
/* Get MMDB-derived Kinemages, PDB Files, Summaries using PDB acession numbers */
 
4
 
 
5
#include <ncbi.h>  
 
6
#include <asn.h>    
 
7
#include <mmdbapi.h>   /* the MMDBAPI header */
 
8
 
 
9
 
 
10
 
 
11
#define NUMARGS 6
 
12
 
 
13
Args myargs[NUMARGS] = {
 
14
        {"Input PDB Accession ",NULL,NULL,NULL,FALSE,'i',ARG_STRING,0.0,0,NULL},
 
15
        {"OUTPUT Type \n0 = Summary File \n1 = PDB File, \n2 = Kinemage File", 
 
16
        "1","0","2",FALSE,'t',ARG_INT,0.0,0,NULL},
 
17
        {"Output File Name",NULL,NULL,NULL,TRUE,'o',ARG_FILE_OUT,0.0,0,NULL},
 
18
        {"Model Level \n0 = All Atom; 1=BackBone; 2=PDB models; 3=Vector; ","0","0","3",TRUE,'m',ARG_INT,0.0,0,NULL},
 
19
        {"Kinemage Color Type \n0=Default, 1=By Number, 2=By Type, 3=By Temp, 4=By Atom", 
 
20
        "0","0","4",FALSE,'c',ARG_INT,0.0,0,NULL},
 
21
        {"Kinemage Rendering \n0=V+HET; 11=...+BB; 15=...+RES; 31=...+ALT; 63=...+NMR ", 
 
22
        "0","0","63",FALSE,'r',ARG_INT,0.0,0,NULL}
 
23
 
 
24
      };
 
25
 
 
26
 
 
27
 
 
28
 
 
29
Nlm_Int2 Main ()
 
30
{
 
31
  Int2 iTest;
 
32
  Byte bRender;
 
33
  Int2 iColor; 
 
34
  PDNMS pdnmsModelstruc;
 
35
  BiostrucPtr pbsBiostruc;
 
36
  Char cOut[254];
 
37
  FILE *pFile;
 
38
  
 
39
        ErrSetFatalLevel(SEV_MAX);
 
40
        
 
41
        if (! GetArgs("GetMMDB",NUMARGS,myargs))
 
42
                return 1;
 
43
         
 
44
        /* Initialize MMDBAPI  */ 
 
45
 
 
46
        if (! OpenMMDBAPI(0, NULL)) 
 
47
          {
 
48
                printf("Have not opened mmdbapi");
 
49
                return 2;       
 
50
          }
 
51
          
 
52
        /* load an ASN.1 Biostruc */
 
53
        /* Any other method of obtaining a Biostruc is fine... */
 
54
        /* This one does a built-in lookup of PDB accesion numbers */
 
55
        /* then fetches the file using the Entrez clinet-server interface */
 
56
        pbsBiostruc = FetchBiostrucPDB(myargs[0].strvalue, myargs[3].intvalue, 100);
 
57
        if (pbsBiostruc == NULL)
 
58
          {
 
59
                printf("Have not fetched Biostruc");
 
60
                return 3;
 
61
          }
 
62
 
 
63
        /* convert it into a Modelstruc pointed to by pdnmsModelstruc */
 
64
        pdnmsModelstruc= MakeAModelstruc(pbsBiostruc);          
 
65
        if ( pdnmsModelstruc == NULL )
 
66
          {
 
67
                printf("Have not converted Biostruc");
 
68
                return 4;
 
69
          }
 
70
                 
 
71
        if (myargs[1].intvalue == 0) /* Summary */
 
72
          {
 
73
             if (!myargs[2].strvalue)
 
74
              { 
 
75
                sprintf(cOut,"%s.sum",  myargs[0].strvalue);    
 
76
                pFile = fopen(cOut, "w");
 
77
              }   
 
78
            else  
 
79
               pFile = fopen(myargs[2].strvalue,"w");
 
80
            iTest = WriteStructSummary(pdnmsModelstruc,pFile); 
 
81
          }
 
82
         
 
83
        if (myargs[1].intvalue == 2) /* Kinemage */
 
84
          {
 
85
            bRender = (Byte) myargs[5].intvalue;
 
86
            iColor = (Int2) myargs[4].intvalue;
 
87
            if (!myargs[2].strvalue)
 
88
              { 
 
89
                sprintf(cOut,"%s.kin",  myargs[0].strvalue);    
 
90
                pFile = fopen(cOut, "w");
 
91
              }   
 
92
            else  
 
93
               pFile = fopen(myargs[2].strvalue,"w");
 
94
            iTest = WriteKinAllModel(pdnmsModelstruc,pFile,
 
95
                                        iColor,bRender);
 
96
                                        
 
97
          }
 
98
                    
 
99
        if (myargs[1].intvalue == 1) /* PDB */
 
100
          {
 
101
            if (!myargs[2].strvalue)
 
102
              { 
 
103
                sprintf(cOut,"%s.pdb",  myargs[0].strvalue);    
 
104
                pFile = fopen(cOut, "w");
 
105
              }   
 
106
            else  
 
107
               pFile = fopen(myargs[2].strvalue,"w");
 
108
            iTest = WritePDBAllModel(pdnmsModelstruc,pFile);
 
109
          }
 
110
        
 
111
        /* Free the Modelstruc (and its enclosed Biostruc) */     
 
112
        /* FreeAModelstruc(PDNMS pdnmsThis); not necessary */
 
113
        /* This can be done individually - but all Modelstrucs */
 
114
        /* remaining are freed in CloseMMDBAPI() */
 
115
 
 
116
        /* Shut Down MMDBAPI */ 
 
117
 
 
118
        CloseMMDBAPI(); 
 
119
 
 
120
        return TRUE;
 
121
}