← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/warty/ncbi-tools6/warty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to biostruc/vastsrv.c

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2002-04-04 22:13:09 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20020404221309-vfze028rfnlrldct
Tags: upstream-6.1.20011220a
Import upstream version 6.1.20011220a

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
biostruc/vastsrv.c
 
1
/* ===========================================================================
 
2
 *
 
3
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 
4
 *               National Center for Biotechnology Information
 
5
 *
 
6
 *  This software/database is a "United States Government Work" under the
 
7
 *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
 
8
 *  the author's official duties as a United States Government employee and
 
9
 *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
 
10
 *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
 
11
 *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
 
12
 *
 
13
 *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
 
14
 *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
 
15
 *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
 
16
 *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
 
17
 *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
 
18
 *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
 
19
 *  purpose.
 
20
 *
 
21
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 
22
 *
 
23
 * ===========================================================================
 
24
 *
 
25
 * File Name: vastsrv.c
 
26
 *
 
27
 * Author: Christopher Hogue, Tom Madej
 
28
 *
 
29
 * Version Creation Date: 10 March 1998
 
30
 *
 
31
 * $Log: vastsrv.c,v $
 
32
 * Revision 6.26  2000/12/06 20:58:53  lewisg
 
33
 * change cn3d 2.5 string
 
34
 *
 
35
 * Revision 6.25  2000/06/23 22:35:58  lewisg
 
36
 * get rid of hardcoded urls
 
37
 *
 
38
 * Revision 6.24  1999/10/14 14:03:27  zimmerma
 
39
 * DZ: changed exit status to 0 when WWWargs is empty - see line 1402
 
40
 *     This was done to prevent error reports being generated by wrapper script.
 
41
 *
 
42
 * Revision 6.23  1999/10/13 20:15:56  zimmerma
 
43
 * DZ: Removed use of temporary files - html output redirected to stdout
 
44
 *
 
45
 * Revision 6.22  1999/07/30 19:46:27  addess
 
46
 * more changes to ValidateMMDBID by Diane and Ken
 
47
 *
 
48
 * Revision 6.21  1999/07/29 20:56:02  addess
 
49
 * added ValidateMMDBID() to determine if MMDBID from neighbor is live
 
50
 *
 
51
 * Revision 6.20  1999/07/21 17:25:36  addess
 
52
 * changed printout from Cn3D v2.0 to Cn3D v2.5
 
53
 *
 
54
 * Revision 6.19  1999/05/13 16:31:58  kimelman
 
55
 * - extra spaces
 
56
 *
 
57
 * Revision 6.18  1999/05/11 20:34:14  kimelman
 
58
 * style fixes
 
59
 *
 
60
 * Revision 6.17  1999/05/07 14:02:13  zimmerma
 
61
 *  Removed local copy of MMDBBiostrucGet
 
62
 *
 
63
 * Revision 6.16  1999/02/09 15:14:00  addess
 
64
 * Modified by DZ to extract html path dependencies: 
 
65
 * - created two new static Char vars: DATApath and VASTpath - read by GetAppParam -
 
66
 *   and modified .vastrc to include these new vars.
 
67
 * - created text file getCn3D.txt in data directory - used by WWWPrintFileData
 
68
 *
 
69
 * Revision 6.15  1998/12/22 18:01:51  addess
 
70
 * changes relevant to reading new type of annot-set data
 
71
 *
 
72
 * Revision 6.14  1998/12/01  15:12:56  addess
 
73
 * removed unused variable pbsaShort
 
74
 *
 
75
 * Revision 6.13  1998/11/20  20:03:08  addess
 
76
 * related to platform independence of VAST Search
 
77
 *
 
78
 * Revision 6.12  1998/10/23  19:48:50  addess
 
79
 * fix pagination bug
 
80
 *
 
81
 * Revision 6.11  1998/10/21  14:07:13  addess
 
82
 * add error statement related to NR subset filtering
 
83
 *
 
84
 * Revision 6.10  1998/10/14  17:12:54  addess
 
85
 * pagination and aligned chain
 
86
 *
 
87
 * Revision 6.9  1998/08/06  17:48:52  madej
 
88
 * Fix Display/Show hits button for Vast Search.
 
89
 *
 
90
 * Revision 6.8  1998/07/27  16:08:15  madej
 
91
 * Minor change having to do with gifs.
 
92
 *
 
93
 * Revision 6.7  1998/07/17  18:48:14  madej
 
94
 * Miscellaneous changes.
 
95
 *
 
96
 * Revision 6.6  1998/06/11  19:13:57  madej
 
97
 * Modifications to html.
 
98
 *
 
99
 * Revision 6.5  1998/05/19  20:26:13  madej
 
100
 * Comment out VastViewAlign feature.
 
101
 *
 
102
 * Revision 6.4  1998/05/19  20:17:12  madej
 
103
 * Add general WWW routines for running on Sun servers.
 
104
 *
 
105
 * Revision 6.3  1998/03/30  19:11:50  madej
 
106
 * Added subset filtering, changes to neighbor page layout.
 
107
 *
 
108
 * Revision 6.2  1998/03/16  17:59:59  lewisg
 
109
 * added temporary hooks to communicate to cn3d
 
110
 *
 
111
 * Revision 6.1  1998/03/10 16:29:12  madej
 
112
 * First official version of vastsrv.c
 
113
 *
 
114
 */
 
115
 
 
116
 
 
117
 
 
118
/* Main program for VAST structure neighbor server. */
 
119
 
 
120
/* define DEBUG_1 1 */
 
121
 
 
122
#include <stdio.h>
 
123
#include <ncbi.h>
 
124
#include <accentr.h>
 
125
#include <netentr.h>
 
126
#include <www.h>
 
127
#include <sys/resource.h>
 
128
#include <asn.h>
 
129
#include <accutils.h>
 
130
#include <mmdbapi.h>
 
131
#include "vastlocl.h"
 
132
#include "mmdblocl.h"
 
133
#include "mmdbdata.h"
 
134
#include "vastsrv.h"
 
135
 
 
136
 
 
137
 
 
138
#define CPUTIME_MAX             120
 
139
#define DOMID_SIZE              6
 
140
#define MAX_MMDBIDS             4096
 
141
#define DEFAULT_SUBSET_NUM      2               /* default to the NR set BLAST 10e-7 */
 
142
#define ABRIDGED_DISPLAY        0               /* display only Rmsd, Nres, %Id */
 
143
#define FULL_DISPLAY            1               /* display all columns in table */
 
144
#define SORT_BY_SCORE           1               /* sort table by Score */
 
145
#define SORT_BY_PVAL            2               /* sort table by P-value */
 
146
#define SORT_BY_RMSD            3               /* sort table by Rmsd */
 
147
#define SORT_BY_NRES            4               /* sort table by Nres */
 
148
#define SORT_BY_ID              5               /* sort table by %Id */
 
149
#define VIEW_ALIGNMENT          4               /* selects action "View Alignment" */
 
150
#define LOG10_500               2.69897         /* -log10(500); database size correction */
 
151
#define LOG_10                  2.302585        /* log(10.0) */
 
152
#define NUM_HITS_PER_PAGE       20
 
153
#define DEFAULT_PAGE            1
 
154
 
 
155
static Char URLBase[PATH_MAX];
 
156
static Char URLcgi[PATH_MAX];
 
157
static Char DATApath[PATH_MAX];
 
158
static Char VASTpath[PATH_MAX];
 
159
static Char ENTREZurl[PATH_MAX];
 
160
static Char DOCSUMurl[PATH_MAX];
 
161
static Char MAILto[PATH_MAX];
 
162
static FILE *OutputFile = NULL;
 
163
static char OutputName[200];
 
164
static Char gunzip[PATH_MAX];
 
165
static Char MMDBpath[PATH_MAX];
 
166
static Char CGIname[PATH_MAX];
 
167
static Char MMDBCGIname[PATH_MAX];
 
168
static Int2 SortOn = 0;
 
169
static Int4 cnt_MMDBid;
 
170
static long save_MMDBid[MAX_MMDBIDS];
 
171
Boolean Chain;
 
172
Char VSPATH[PATH_MAX];
 
173
Char SlaveChain[2];
 
174
Char MasterChain[2];
 
175
 
 
176
static void
 
177
VnpHeapSort (ValNodePtr PNTR vnp, int (LIBCALLBACK *compar )PROTO ((Nlm_VoidPtr, Nlm_VoidPtr )))        
 
178
{
 
179
        Int2 index, total;
 
180
        ValNodePtr vnp1;
 
181
        ValNodePtr PNTR temp;
 
182
 
 
183
        total=0;
 
184
        for (vnp1 = *vnp; vnp1; vnp1=vnp1->next)
 
185
                total++;
 
186
 
 
187
        temp = (ValNodePtr PNTR) MemNew(total*sizeof(ValNodePtr));
 
188
 
 
189
        index=0;
 
190
        for (vnp1 = *vnp; vnp1; vnp1=vnp1->next)
 
191
        {
 
192
                temp[index] = vnp1;
 
193
                index++;
 
194
        }
 
195
 
 
196
        HeapSort ((VoidPtr) temp, (size_t) index, sizeof(ValNodePtr), compar);
 
197
 
 
198
        *vnp = temp[0];
 
199
        for (vnp1 = *vnp, index=0; index<(total-1); vnp1=vnp1->next, index++)
 
200
        {
 
201
                vnp1->next = temp[index+1];
 
202
        }
 
203
        vnp1 = temp[total-1];
 
204
        vnp1->next = NULL;
 
205
 
 
206
        temp = MemFree(temp);
 
207
}
 
208
 
 
209
 
 
210
 
 
211
/* Common code for the vastsrv page header is collected here.  This generates the html for
 
212
 * the title bar, the domain name, and the defline.
 
213
 */
 
214
 
 
215
static void
 
216
VastPageHeader(FILE *table, CharPtr pcPDB, Char cChain, int iDomain, Int4 iMMDBid, CharPtr JobID)
 
217
{
 
218
        DocSumPtr dsp;
 
219
 
 
220
        fprintf(table, "Content-type: text/html\n\n");
 
221
        fprintf(table, "<html><title>Vast Results</title>\n");
 
222
        fprintf(table, "<body bgcolor = \"ffffff\">\n");
 
223
        fprintf(table, "<img src=\"%s/vast2.gif\" alt=\"VAST Structure Neighbors\" usemap=#map ISMAP>\n", VASTpath);
 
224
        fprintf(table, "<map name=map>\n");
 
225
        fprintf(table, "<area shape=rect coords=4,5,42,18 href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov\">\n");
 
226
        fprintf(table, "<area shape=rect coords=43,3,438,18 href=\"%s/vast.html\">\n", VASTpath);
 
227
        fprintf(table, "<area shape=rect coords=439,3,485,18 href=\"%s\">\n", ENTREZurl);
 
228
        fprintf(table, "<area shape=rect coords=490,3,507,18 href=\"%s/vasthelp.html\">\n", VASTpath);
 
229
        fprintf(table, "</map><p>\n");
 
230
        fprintf(table, "\n\n<HR SIZE=5 NOSHADE>\n");
 
231
        if (JobID == NULL)
 
232
        {
 
233
          fprintf(table, "<h1>Structures similar to MMDB\n");
 
234
          fprintf(table, "<a href=\"%s%s?uid=%s", URLcgi, MMDBCGIname, pcPDB);
 
235
          fprintf(table, "&form=6&db=t&Dopt=s\">\n%d</a>", (long)iMMDBid);
 
236
          fprintf(table, ",&nbsp\n");
 
237
        }
 
238
        else
 
239
        {
 
240
          fprintf(table, "<h1>Structures similar to VAST Search\n");
 
241
          fprintf(table, " %s\n", JobID);
 
242
          fprintf(table, ",&nbsp\n");
 
243
        }
 
244
        fprintf(table, "%s", pcPDB); 
 
245
  
 
246
        if (cChain != ' ')
 
247
                fprintf(table, " chain %c", cChain);
 
248
 
 
249
        if (iDomain > 0)
 
250
                fprintf(table, " domain %d", (int) iDomain);
 
251
 
 
252
        fprintf(table, "</h1>\n");
 
253
        dsp = NetDocSum(TYP_ST, (DocUid) iMMDBid);
 
254
 
 
255
        if (dsp) {
 
256
                if (dsp->title)
 
257
                        fprintf(table, "%s\n", dsp->title);
 
258
 
 
259
                DocSumFree(dsp);
 
260
        }
 
261
 
 
262
} /* end VastPageHeader */
 
263
 
 
264
 
 
265
/************************** DZ: extracted from mmdbsrv.c ************************
 
266
 * WWWPrintFileData looks in the current CGI-BIN directory 
 
267
 *  or the "data" subdirectory for the data file.
 
268
 *  and prints it out to pFile
 
269
 */
 
270
 
 
271
static void WWWPrintFileData(CharPtr FName,  FILE *pFile)
 
272
{
 
273
 
 
274
   FILE *f = NULL;
 
275
   Char fullpath [PATH_MAX];
 
276
   CharPtr ptr;  
 
277
   Char pcBuf[1024];
 
278
   
 
279
   fullpath[0] = '\0';
 
280
   StringCpy(fullpath,  DATApath); /* look in DATApath */
 
281
   StringCat(fullpath,  FName);
 
282
   f = FileOpen (fullpath, "r");
 
283
   if (f == NULL) {
 
284
       f = FileOpen (FName, "r");  /* look in curent */
 
285
       if (f == NULL)  {  /* look in ./data/ */
 
286
         ProgramPath (fullpath, sizeof (fullpath) - 1);
 
287
         ptr = StringRChr (fullpath, DIRDELIMCHR);
 
288
         if (ptr != NULL) {
 
289
          *ptr = '\0';
 
290
         }
 
291
         FileBuildPath (fullpath, "data", FName);  
 
292
         f = FileOpen (fullpath, "r");
 
293
         if (f == NULL)  {
 
294
           return;  
 
295
         } 
 
296
       }
 
297
   }
 
298
      
 
299
   do {
 
300
     pcBuf[0] = '\0';
 
301
     ptr = fgets(pcBuf, (size_t)1024, f);
 
302
     if (ptr) fprintf(pFile, ptr);
 
303
   } while (ptr);
 
304
  
 
305
   FileClose(f);
 
306
   return;
 
307
}
 
308
 
 
309
 
 
310
/* Note: A lot of this common html text could be put into a header file, read in, and then
 
311
 * spewed out.  Cf. the way this is done in mmdbsrv with WWWPrintFile.  Sometime I'll take
 
312
 * the time to write a more general version of the latter function that can be used for this
 
313
 * purpose.  T.M.
 
314
 */
 
315
 
 
316
/* 
 
317
   DZ: most of the HTML file URLs are inside the new VAST subdirectory, and references to these
 
318
   are interwoven with many query-specific references. Becasue of this interleaving, using 
 
319
   WWWPrintFileData would require several invocations and corresponding text files. Instead.
 
320
   WWWPrintFileData is only used to define the new path to CN3D, and all vast html references 
 
321
   are now prefixed with the VASTpath string. This variable has been added to .vastrc and to 
 
322
   the list of parameters to be extracted using GetVastParams. 
 
323
*/
 
324
 
 
325
static void
 
326
VastTableBegin (FILE *table, CharPtr pcPDB, CharPtr JobID, CharPtr pcPass, 
 
327
 Char cChain, int iDomain, Int4 iMMDBid, Int4 iFSID, 
 
328
 Int2 iFull, Int4 numhits, Int4 upper, Int4 lower, Int4 numpages, Int4 HitsPerPage, Int4 pagenum)
 
329
{
 
330
    Int4 DisplayOpt;
 
331
 
 
332
    VastPageHeader(table, pcPDB, cChain, iDomain, iMMDBid, JobID);
 
333
    fprintf(table,"<FORM METHOD=\"POST\" ACTION=\"%s%s\">\n", URLcgi, CGIname);
 
334
    fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"hidden\" NAME=\"uid\" VALUE=\"%ld\">\n", (long)iMMDBid);
 
335
    fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"hidden\" NAME=\"chaindom\" VALUE=\"%ld\">\n", (long) iFSID);
 
336
    if (JobID)
 
337
    {
 
338
      fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"hidden\" NAME=\"vsid\" VALUE=\"%s\">\n", JobID);
 
339
      fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"hidden\" NAME=\"pass\" VALUE=\"%s\">\n", pcPass);
 
340
    } 
 
341
 
 
342
    fprintf(table, "<TABLE CELLPADDING=0 CELLSPACING=4>\n");
 
343
    fprintf(table, "<TR><TH COLSPAN=2 ALIGN=LEFT>\n");
 
344
    fprintf(table, "<strong><INPUT TYPE=SUBMIT VALUE=\"View / Save Alignments\"></strong>\n");
 
345
    fprintf(table, "&nbsp<img src=\"%s/new.gif\" alt=\"New\">\n", VASTpath);
 
346
    WWWPrintFileData("getCn3D.txt", table);
 
347
    fprintf(table, "</TH></TR>");
 
348
    fprintf(table, "<tr><td colspan = 1><strong>Options:</strong></td>\n");
 
349
    fprintf(table, "<td colspan = 1><strong>Viewer:</strong></td>\n"); 
 
350
    fprintf(table, "<td colspan = 2><strong>Complexity:</strong></td></tr>\n");
 
351
    /*fprintf(table, "<td colspan = 1><strong>Cn3D Atom Complexity:</strong></td></tr>\n");*/
 
352
    fprintf(table,"<TD VALIGN=TOP NOWRAP>\n");
 
353
    fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"radio\" NAME=\"action\" value=\"0\"CHECKED> Launch Viewer<BR>\n");
 
354
    fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"radio\" NAME=\"action\" value=\"1\"> See File<BR>\n");
 
355
    fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"radio\" NAME=\"action\" value=\"2\"> Save File<BR></TD>\n");
 
356
    fprintf(table,"<TD VALIGN=TOP NOWRAP>\n");
 
357
    fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"radio\" NAME=\"calltype\" value=\"a\"CHECKED> Cn3D (asn.1)<BR>\n");
 
358
    fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"radio\" NAME=\"calltype\" value=\"m\"> Mage (Kinemage)<BR>\n");
 
359
    fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"radio\" NAME=\"calltype\" value=\"p\"> (PDB)<BR></TD>\n");
 
360
    fprintf(table, "<TD VALIGN=TOP NOWRAP>\n");
 
361
    fprintf(table, "<INPUT TYPE=\"radio\" NAME=\"chn_complexity\" value=\"1\"CHECKED> Aligned Chains only<BR>\n");
 
362
    fprintf(table, "<INPUT TYPE=\"radio\" NAME=\"chn_complexity\" value=\"0\"> All Chains<BR></TD>\n");
 
363
    fprintf(table, "<TD VALIGN=TOP NOWRAP>\n");
 
364
    fprintf(table, "<INPUT TYPE=\"radio\" NAME=\"atm_complexity\" value=\"1\"CHECKED> Alpha Carbons only<BR>\n");
 
365
    fprintf(table, "<INPUT TYPE=\"radio\" NAME=\"atm_complexity\" value=\"0\"> All Atoms<BR></TD>\n");
 
366
    fprintf(table, "</TR>\n</TABLE>\n");
 
367
    
 
368
    DisplayOpt = upper - lower;
 
369
 
 
370
    if (!DisplayOpt) 
 
371
      fprintf(table, "<H4>Structure neighbor %d out of %d displayed. ", lower, numhits);
 
372
    else
 
373
      fprintf(table, "<H4>Structure neighbors %d-%d out of %d displayed. ", lower, upper, numhits);
 
374
    fprintf(table, "Page %d of %d.</H4>\n", pagenum, numpages);
 
375
    
 
376
    /* VAST data table begins here */
 
377
    if (numhits > 0) {
 
378
      fprintf(table,"<table cellspacing=3 cellpadding=2 width=100%% border=1>\n");
 
379
      fprintf(table,"<tr valign=middle>\n");
 
380
      fprintf(table,"<th>&nbsp</th>\n");
 
381
      fprintf(table,"<th align=left><pre> <a href=\"%s/vasthelp.html#Structure\">PDB</a>", VASTpath);
 
382
      fprintf(table," <a href=\"%s/vasthelp.html#C\">C</a>", VASTpath);
 
383
      fprintf(table," <a href=\"%s/vasthelp.html#D\">D</a></pre></th>\n", VASTpath);
 
384
 
 
385
      if (iFull) {
 
386
        fprintf(table,"<th align=right><pre><a href=\"%s/vasthelp.html#SCORE\">SCO</a></pre></th>\n", VASTpath); 
 
387
        fprintf(table,"<th align=right><pre><a href=\"%s/vasthelp.html#P-VAL\">P-VAL</a></pre></th>\n", VASTpath);
 
388
      }
 
389
    
 
390
      fprintf(table,"<th align=right><pre><a href=\"%s/vasthelp.html#RMSD\">RMSD</a></pre></th>\n", VASTpath);
 
391
      fprintf(table,"<th align=right><pre><a href=\"%s/vasthelp.html#NRES\">NRES</a></pre></th>\n",VASTpath);
 
392
      fprintf(table,"<th align=right><pre><a href=\"%s/vasthelp.html#Id\">%s</a></pre></th>\n", VASTpath, "%Id");
 
393
      fprintf(table,"<th align=left><pre><a href=\"%s/vasthelp.html#Contents\">Description</pre></th>\n",VASTpath);
 
394
      fprintf(table,"</tr><br>\n");
 
395
      fflush(table);
 
396
    }
 
397
} /* end of VastTableBegin */
 
398
 
 
399
 
 
400
static Boolean ValidateMMDBID(CharPtr pcAccession, Int4 iMMDBid)
 
401
{
 
402
  DocUid uid;
 
403
  
 
404
  uid = MMDBEvalPDB(pcAccession);
 
405
  if ((Int4)uid == iMMDBid) return TRUE;
 
406
  else return FALSE;
 
407
 
 
408
}
 
409
 
 
410
 
 
411
static void
 
412
VastTableRows(FILE *table, BiostrucFeatureSetPtr pbsfs, Int4 iMMDBid1, Int4 iFSID, Int2 iFull, ValNodePtr pvnBools)
 
413
{
 
414
   BiostrucFeaturePtr pbsf = NULL;
 
415
   ChemGraphAlignmentPtr pcga = NULL;
 
416
   BiostrucIdPtr pbsidThis = NULL;
 
417
   AlignStatsPtr pasp = NULL;
 
418
   ValNodePtr pvn =  NULL;
 
419
   DocSumPtr dsp = NULL;  
 
420
   CharPtr pcPDB;
 
421
   CharPtr pcSlaveName;
 
422
   Int4 iMMDBid;
 
423
   Char cChain;
 
424
   int iDomain;
 
425
   Int4 iAlign;
 
426
   float f;
 
427
   Boolean page;
 
428
 
 
429
   /* use cnt_MMDBid and save_MMDBid[] for docsum display of the correct subset hits */
 
430
   cnt_MMDBid = 0;
 
431
 
 
432
   for (pbsf = pbsfs->features; pbsf != NULL || pvnBools != NULL ; pbsf = pbsf->next, pvnBools = pvnBools->next) {
 
433
       /* Filter Hits By Page*/
 
434
       page = pvnBools->data.boolvalue;
 
435
       if (page == FALSE) continue;
 
436
      
 
437
       /* get the embedded PDB code of the hit */
 
438
       pcPDB = StringSave(PDBNAME_DEFAULT);
 
439
       pcSlaveName = NULL;
 
440
       if (pbsf->name[14] != '\0') pcSlaveName = StringSave(&pbsf->name[14]);
 
441
       iDomain = 0;
 
442
       cChain = '-';
 
443
       if (StringLen(pbsf->name) >= 13)
 
444
        {
 
445
           pcPDB[0] = pbsf->name[7];
 
446
           pcPDB[1] = pbsf->name[8];
 
447
           pcPDB[2] = pbsf->name[9];
 
448
           pcPDB[3] = pbsf->name[10];
 
449
           cChain = pbsf->name[11];
 
450
           iDomain = atoi((char *) &pbsf->name[12]);  
 
451
        }
 
452
 
 
453
       pvn = ValNodeFindNext(pbsf->Location_location,NULL,Location_location_alignment);
 
454
       if (pvn) pcga = (ChemGraphAlignmentPtr) pvn->data.ptrvalue;
 
455
       iMMDBid = 0;
 
456
       if (pcga)
 
457
         {
 
458
           
 
459
           pbsidThis = ValNodeFindNext(pcga->biostruc_ids,NULL,BiostrucId_mmdb_id);
 
460
           if (pbsidThis)
 
461
             {
 
462
                if (pbsidThis->next)  /* want only the second one - the slave */
 
463
                 iMMDBid = (long) pbsidThis->next->data.intvalue;
 
464
             }
 
465
         }
 
466
 
 
467
      /* save the MMDB id for later output for the docsum format */
 
468
      if (cnt_MMDBid < MAX_MMDBIDS)
 
469
         save_MMDBid[cnt_MMDBid++] = (long) iMMDBid;
 
470
 
 
471
      /* PDB and Kinemage file generators */
 
472
      /*****
 
473
      fprintf(table, "(<a href=\"%s%s?calltype=p&uid=%ld&fid=%ld&fsid=%ld&pdb=1\">P</a>) ",
 
474
                                       URLcgi, CGIname, (long) iMMDBid1, pbsf->id, iFSID);
 
475
      fprintf(table, "(<a href=\"%s%s?calltype=m&uid=%ld&fid=%ld&fsid=%ld&pdb=1\">K</a>) ",
 
476
                                       URLcgi, CGIname, (long) iMMDBid1, pbsf->id, iFSID);
 
477
      *****/
 
478
      /* Please do not delete.  for testing.  lyg */
 
479
      /*****
 
480
      fprintf(table, "(<a href=\"%s%s?calltype=c&uid=%ld&fid=%ld&fsid=%ld&pdb=1\">C</a>) ",
 
481
                                       URLcgi, CGIname, (long) iMMDBid1, pbsf->id, iFSID);
 
482
      *****/
 
483
 
 
484
      /*****
 
485
      fprintf(table,"<a href=\"%s%s?uid=%ld&form=6&db=t&Dopt=s\">%ld</a></pre></td>\n",
 
486
          MMDBCGIname, URLcgi, (long) iMMDBid, iMMDBid);
 
487
      *****/
 
488
      fprintf(table, "<tr>\n");
 
489
      fprintf(table, "<td VALIGN=TOP><INPUT TYPE=\"checkbox\" NAME=\"hit\"");
 
490
      fprintf(table, "VALUE=\"%ld\"></td>\n", (long) pbsf->id);
 
491
      fprintf(table,"<td VALIGN=TOP><pre>");
 
492
      fprintf(table, "<a href=\"%s%s?uid=%ld&form=6&db=t&Dopt=s\">%s</a>",
 
493
       URLcgi, MMDBCGIname,
 
494
         (long) iMMDBid, pcPDB);
 
495
 
 
496
      if (cChain == ' ')
 
497
         fprintf(table, "&nbsp ");
 
498
      else
 
499
         fprintf(table, " <a href=\"%s%s?uid=%ld&form=6&db=t&Dopt=s\">%c</a>",
 
500
            URLcgi, MMDBCGIname, (long) iMMDBid, cChain);
 
501
 
 
502
      /* get the alignment number from the id */
 
503
      iDomain = (int) (pbsf->id/10) % 100;
 
504
 
 
505
      if (iDomain > 0)
 
506
         fprintf(table, " <a href=\"%s%s?uid=%ld&form=6&db=t&Dopt=s\">%d</a></pre></td>\n",
 
507
            URLcgi, MMDBCGIname, (long) iMMDBid, iDomain);
 
508
      else
 
509
         fprintf(table, " </pre></td>\n");
 
510
 
 
511
       /* dig into aligndata */
 
512
       if (pcga)
 
513
         {
 
514
             pasp = pcga->aligndata;
 
515
             if (iFull)
 
516
             {
 
517
               if (pasp->vast_score)
 
518
                 {
 
519
                   f = (FloatLo) pasp->vast_score;
 
520
                   f = f/(FloatLo) pasp->scale_factor;
 
521
                   fprintf(table,"<td VALIGN=top ALIGN=right>%.1f</td>\n",(float)f);
 
522
                 }
 
523
               else
 
524
                 fprintf(table,"<td> </td>\n");  
 
525
               if (pasp->vast_mlogp)
 
526
                 {
 
527
                   f = (float) pasp->vast_mlogp;
 
528
                   f = f/(float) pasp->scale_factor;
 
529
 
 
530
                   /* adjust for database size */
 
531
                   f -= LOG10_500;
 
532
 
 
533
                   if (f <= 4.0) {
 
534
                     f = (float) exp(-LOG_10*f);
 
535
                     fprintf(table, "<td VALIGN=top ALIGN=right>%.4f</td>\n", f);
 
536
                   }
 
537
                   else
 
538
                     fprintf(table,"<td VALIGN=top ALIGN=right>10e-%.1f</td>\n", f);
 
539
                 }
 
540
               else
 
541
                  fprintf(table,"<td> </td>\n");
 
542
             }  
 
543
             if (pasp->rmsd)
 
544
               {
 
545
                   f = (FloatLo) pasp->rmsd;
 
546
                   f = f/(FloatLo) pasp->scale_factor;
 
547
                   fprintf(table,"<td VALIGN=top ALIGN=right>%.1f</td>\n",(float)f);
 
548
               }
 
549
             else
 
550
                fprintf(table,"<td> </td>\n");  
 
551
             if (pasp->align_res)
 
552
              {
 
553
                  fprintf(table,"<td VALIGN=top ALIGN=center>%d</td>\n",(int) pasp->align_res);
 
554
              }
 
555
             else
 
556
               fprintf(table,"<td> </td>\n");  
 
557
             if (pasp->other_score)
 
558
              {
 
559
                   f = (FloatLo) pasp->other_score;
 
560
                   f = f/(FloatLo) pasp->scale_factor;
 
561
                   fprintf(table,"<td VALIGN=top ALIGN=right>%.1f</td>\n",(float)f * 100.0); 
 
562
              }
 
563
             else
 
564
               fprintf(table,"<td VALIGN=top ALIGN=right>0.0</td>\n");  
 
565
         }
 
566
       else
 
567
        {
 
568
            fprintf(table, "<td> </td><td> </td><td> </td><td> </td><td> </td>\n");
 
569
        }
 
570
 
 
571
      /* get the Entrez docsum */
 
572
       fprintf(table,"<td VALIGN=top>\n");
 
573
      /* Names are read directly from Annot-set. DocSums are used no longer */
 
574
       if(StringLen(pbsf->name) <= 13)
 
575
       {
 
576
         dsp = NULL;
 
577
         dsp = NetDocSum(TYP_ST, (DocUid) iMMDBid);
 
578
         if (dsp)
 
579
         {
 
580
           if (dsp->title)
 
581
           {
 
582
            fprintf(table,"%s" , dsp->title);
 
583
           }
 
584
           else
 
585
           {
 
586
             fprintf(table,"  ");
 
587
           }
 
588
           DocSumFree(dsp);
 
589
         } 
 
590
         else
 
591
          fprintf(table, "   ");
 
592
       }  
 
593
       else
 
594
       {
 
595
         if (pcSlaveName) 
 
596
          fprintf(table,"%s" , pcSlaveName);
 
597
         else
 
598
          fprintf(table, "   ");
 
599
       }
 
600
       fprintf(table,"<BR>\n");
 
601
       fprintf(table,"</td>\n</tr>\n");
 
602
       fflush(table);
 
603
       MemFree(pcPDB);
 
604
       MemFree(pcSlaveName);
 
605
 
 
606
    } /* end of for */
 
607
 
 
608
} /* end of VastTableRows */
 
609
 
 
610
 
 
611
 
 
612
static void
 
613
VastTableEnd(FILE *table, Int4 iMMDBid, Int4 FSID, BiostrucAnnotSetPtr pbsas, Int4 subsetnum,
 
614
        Int4 iSort, Int2 iFull, CharPtr JobID, CharPtr pcPass, Int4 numpages, Int4 pagenum, Int4 HitsPerPage)
 
615
{
 
616
    BiostrucFeatureSetPtr pbsfs = NULL;
 
617
    BiostrucFeaturePtr pbsf = NULL;
 
618
    ChemGraphAlignmentPtr pcga = NULL;
 
619
    BiostrucIdPtr pbsidThis = NULL;
 
620
    ValNodePtr pvn = NULL;
 
621
    Int4 i, n;
 
622
 
 
623
    fprintf(table,"</table><hr>\n");
 
624
    fprintf(table,"</form>\n\n");
 
625
    fprintf(table,"<FORM METHOD=\"POST\" ACTION=\"%s%s\">\n", URLcgi, CGIname);
 
626
    fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"hidden\" NAME=\"uid\" VALUE=\"%ld\">\n", (long) iMMDBid);
 
627
    fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"hidden\" NAME=\"chaindom\" VALUE=\"%ld\">\n",(long) FSID);
 
628
    if (JobID)
 
629
    {
 
630
      fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"hidden\" NAME=\"vsid\" VALUE=\"%s\">\n", JobID);
 
631
      fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"hidden\" NAME=\"pass\" VALUE=\"%s\">\n", pcPass);
 
632
    } 
 
633
    fprintf(table, "<TABLE CELLPADDING=0 CELLSPACING=4>\n");
 
634
    fprintf(table, "<TR><TD COLSPAN=3 ALIGN=LEFT> <strong><INPUT TYPE=SUBMIT VALUE=\"Display / Sort Hits\"></strong>\n");
 
635
    fprintf(table, "    &nbsp &nbsp page number:\n");
 
636
    fprintf(table, "<SELECT name=\"doclistpage\">\n");
 
637
    pagenum++;
 
638
    for (i = 1; i<= numpages; i++) {
 
639
      if (pagenum < numpages) {
 
640
        if (i == pagenum)
 
641
          fprintf(table,"<OPTION VALUE = \"%d\" SELECTED>%d\n", i, i);
 
642
        else 
 
643
          fprintf(table,"<OPTION VALUE = \"%d\">%d\n", i, i);
 
644
      }
 
645
      else {
 
646
        if (i == numpages)  
 
647
          fprintf(table,"<OPTION VALUE = \"%d\" SELECTED>%d\n", i, i);
 
648
        else 
 
649
          fprintf(table,"<OPTION VALUE = \"%d\">%d\n", i, i);
 
650
      }
 
651
    }
 
652
 
 
653
    fprintf(table, "</SELECT>\n");
 
654
    fprintf(table, "&nbsp <small>Hits to display per page:\n");
 
655
    fprintf(table, "<INPUT name = \"dispmax\" size=6 Value=%d> choose between 20-100 neighbors per page.</small></TD></TR>\n", HitsPerPage);
 
656
    fprintf(table, "<TR>\n");
 
657
    fprintf(table, "<TD><a href=\"%s/vasthelp.html#NRSet\"><strong>Display Subset:</strong></a></TD>\n", VASTpath);
 
658
    fprintf(table, "<TD COLSPAN=1><strong>Sorted by:</strong></TD>\n");
 
659
    fprintf(table, "<TD COLSPAN=1><strong>Column Format:</strong></TD>\n");
 
660
    fprintf(table, "</TR>\n");
 
661
    fprintf(table, "<TR><TD VALIGN=TOP NOWRAP>\n");
 
662
    n = GetNumberOfSubsets();
 
663
 
 
664
    /* subset 1 should be "All of PDB"; put it last */
 
665
    for (i = 2; i <= n; i++) {
 
666
      fprintf(table, "<INPUT TYPE=radio NAME=subset VALUE=\"%s\"", GetSubsetName(i));
 
667
 
 
668
      if (i == subsetnum)
 
669
        fprintf(table, " CHECKED");
 
670
 
 
671
      fprintf(table, "> %s<BR>\n", GetSubsetName(i));
 
672
    }
 
673
 
 
674
    fprintf(table, "<INPUT TYPE=radio NAME=subset VALUE=\"%s\"", GetSubsetName(1));
 
675
 
 
676
    if (subsetnum == 1)
 
677
      fprintf(table, " CHECKED");
 
678
 
 
679
    fprintf(table, "> %s<BR>\n", GetSubsetName(1));
 
680
    fprintf(table, "<TD VALIGN=TOP NOWRAP>\n");
 
681
    fprintf(table, "<INPUT TYPE=radio NAME=sort VALUE=\"1\"");
 
682
    if ((iSort == SORT_BY_SCORE) || (iSort == 0)) fprintf(table, " CHECKED");
 
683
    fprintf(table, "> VAST Score<BR>\n");
 
684
    fprintf(table, "<INPUT TYPE=radio NAME=sort VALUE=\"2\"");
 
685
    if (iSort == SORT_BY_PVAL) fprintf(table, " CHECKED");
 
686
    fprintf(table, "> VAST P-value<BR>\n");
 
687
    fprintf(table, "<INPUT TYPE=radio NAME=sort VALUE=\"3\"");
 
688
    if (iSort == SORT_BY_RMSD) fprintf(table, " CHECKED");
 
689
    fprintf(table, "> Rmsd<BR>\n");
 
690
    /*****
 
691
    fprintf(table, "<TD VALIGN=TOP NOWRAP>\n");
 
692
    *****/
 
693
    fprintf(table, "<INPUT TYPE=radio NAME=sort VALUE=\"4\"");
 
694
    if (iSort == SORT_BY_NRES) fprintf(table, " CHECKED");
 
695
    fprintf(table, "> Aligned residues<BR>\n");
 
696
    fprintf(table, "<INPUT TYPE=radio NAME=sort VALUE=\"5\"");
 
697
    if (iSort == SORT_BY_ID) fprintf(table, " CHECKED");
 
698
    fprintf(table, "> Identities<BR>\n");
 
699
    fprintf(table, "<TD VALIGN=TOP NOWRAP>\n");
 
700
    fprintf(table, "<INPUT TYPE=radio NAME=version VALUE=\"0\"");
 
701
    if (iFull == ABRIDGED_DISPLAY) fprintf(table, " CHECKED");
 
702
    fprintf(table, "> RMSD, NRES, %s<BR>\n", "%Id");
 
703
    fprintf(table, "<INPUT TYPE=radio NAME=version VALUE=\"1\"");
 
704
    if (iFull == FULL_DISPLAY) fprintf(table, " CHECKED");
 
705
    fprintf(table, "> All values<BR>\n");
 
706
    fprintf(table, "</TR>\n");
 
707
    fprintf(table, "</TABLE>\n");
 
708
    fprintf(table, "</FORM>\n");
 
709
 
 
710
    /***** Removing docsum button:
 
711
    fprintf(table,"<FORM METHOD=\"POST\" ACTION=\"%s/query\">\n", DOCSUMurl);
 
712
    fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"hidden\" NAME=\"form\" VALUE=\"6\">\n");
 
713
    fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"hidden\" NAME=\"db\" VALUE=\"t\">\n");
 
714
    fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"hidden\" NAME=\"uid\" VALUE=\"%ld,", (long) iMMDBid);
 
715
    *****/
 
716
   
 
717
    /* output the MMDB id's for the slaves */
 
718
    /***** Removing docsum button:
 
719
    if (cnt_MMDBid > 0) {
 
720
      for (i = 0; i < cnt_MMDBid - 1; i++)
 
721
        fprintf(table, "%ld,", save_MMDBid[i]);
 
722
 
 
723
      fprintf(table, "%ld ", save_MMDBid[cnt_MMDBid - 1]);
 
724
    }
 
725
 
 
726
    fprintf(table,"\">\n");
 
727
    fprintf(table,"<INPUT TYPE=\"submit\" VALUE=\"Display\"> table as an Entrez Document Summary form.</form>\n");
 
728
    *****/
 
729
    fprintf(table, "\n<HR SIZE=5 NOSHADE>\n");
 
730
    fprintf(table,"</body></html>\n");
 
731
 
 
732
} /* end of VastTableEnd */
 
733
 
 
734
/* I decided to filter by domain subset first because it make writing the pagination code much easier Ken */
 
735
 
 
736
static BiostrucFeaturePtr FilterHitsByDomainSubset(BiostrucFeaturePtr pbsf, Int4 subsetnum)
 
737
{
 
738
  BiostrucFeaturePtr current, pbsfHead = NULL, pbsfTail;
 
739
  Int4 h, i, n;
 
740
  Int4 gn, gr, hcnt, *min_ranks, *group_num, *group_rank;
 
741
  Char domid[DOMID_SIZE + 1], pdbcode[4+1];
 
742
 
 
743
/* The next bit of code is used for filtering the hit lists.  When we go through a hit
 
744
 * list we skip domains that do not belong to the subset of interest, or which belong to
 
745
 * the subset but for which a group representative has already been encountered.
 
746
*/
 
747
  for (i = 0; i <= DOMID_SIZE; i++)
 
748
    domid[i] = '\0';
 
749
 
 
750
  n = GetNumberOfDomains();
 
751
  min_ranks = (Int4 *) MemNew(n*sizeof(Int4));
 
752
  group_num = (Int4 *) MemNew(n*sizeof(Int4));
 
753
  group_rank = (Int4 *) MemNew(n*sizeof(Int4));
 
754
 
 
755
  /* use a first pass to "flag" the selected hits in the specified subset 
 
756
     If group_num[i] = 0 or group_rank[i] is larger than min_ranks[i], 
 
757
     then the ith neighbor should not be included in summary page */
 
758
 
 
759
  if (group_rank != NULL) {           /* check mem alloc */
 
760
 
 
761
    for (i = 0; i < n; i++) {         /* initializations */
 
762
         group_num[i] = 0;
 
763
         min_ranks[i] = n + 1;
 
764
         group_rank[i] = n + 1;
 
765
    }
 
766
 
 
767
    for (current = pbsf, hcnt = 0; current != NULL; current = current->next, hcnt++) {
 
768
       /* copy domain identifier into domid[] */
 
769
      domid[0] = current->name[7];
 
770
      domid[1] = current->name[8];
 
771
      domid[2] = current->name[9];
 
772
      domid[3] = current->name[10];
 
773
      domid[4] = current->name[11];
 
774
      domid[5] = current->name[12];
 
775
      
 
776
      if (domid[5] == '0') domid[5] = ' ';
 
777
 
 
778
       /* if not in subset then skip over this domain */
 
779
      if (BelongsToSubset(domid, subsetnum, &gn, &gr) <= 0) {
 
780
        continue;
 
781
      }
 
782
 
 
783
      /* otherwise record group data for this hit */
 
784
      group_num[hcnt] = gn;
 
785
      group_rank[hcnt] = gr;
 
786
 
 
787
      /* and reset minimum rank for this group */
 
788
      if (gr < min_ranks[gn - 1])
 
789
        min_ranks[gn - 1] = gr;
 
790
    }
 
791
  }
 
792
 
 
793
  /* Now use the values just set in group_num, group_rank, and min_ranks
 
794
     to decide whether or not the current neighbor should be linked
 
795
     into the new feature list */
 
796
 
 
797
  current = pbsf;
 
798
  hcnt = 0;
 
799
  while (current) {
 
800
    if (group_rank != NULL)                   /* check mem alloc */
 
801
    {
 
802
      if (group_num[hcnt] == 0)               /* group_num not set so NOT in subset */
 
803
      {                                       /* incr hcnt and do NOT link */
 
804
        hcnt++;
 
805
        current = current->next;
 
806
        continue;
 
807
      }
 
808
   
 
809
      gn = group_num[hcnt];
 
810
 
 
811
      if (group_rank[hcnt] != min_ranks[gn - 1])  /* neighbor is in subset but of lower rank */
 
812
      {
 
813
        hcnt++;                                   /* incr hcnt and do NOT link */
 
814
        current = current->next;
 
815
        continue;
 
816
      }
 
817
    }
 
818
    
 
819
    /* With the new rcsb depositions we now need to validate mmdbids
 
820
       in the .bas files. Extract pdbcode and use it with mmdbID to validate */
 
821
 
 
822
    pdbcode[0] = current->name[7];
 
823
    pdbcode[1] = current->name[8];
 
824
    pdbcode[2] = current->name[9];
 
825
    pdbcode[3] = current->name[10];
 
826
    pdbcode[4]= '\0';
 
827
       
 
828
    if (!ValidateMMDBID(pdbcode, (current->id)/100000)) {
 
829
      hcnt++;
 
830
      current = current->next;                    /* incr hcnt and do NOT link */
 
831
      continue;
 
832
    }
 
833
 
 
834
    if (pbsfHead == NULL)               /* neighbor has passed all tests - include it! */
 
835
    {
 
836
      pbsfHead = BiostrucFeatureNew();
 
837
      pbsfHead = current;
 
838
      pbsfTail = pbsfHead;
 
839
      hcnt++;
 
840
      current = current->next;
 
841
      pbsfTail->next = NULL;
 
842
    }
 
843
    else
 
844
    {
 
845
      pbsfTail->next = current;
 
846
      pbsfTail = current;
 
847
      hcnt++;
 
848
      current = current->next;
 
849
      pbsfTail->next = NULL;
 
850
    }
 
851
  }
 
852
  
 
853
  MemFree(min_ranks);
 
854
  MemFree(group_num);
 
855
  MemFree(group_rank);
 
856
  return pbsfHead;
 
857
}
 
858
 
 
859
static ValNodePtr FilterHitsByPage(BiostrucFeatureSetPtr pbsfs, Int4 PageNum, Int4 HitsPerPage, Int4 *numhits, Int4 *numpages, Int4 *upper, Int4 *lower)
 
860
{
 
861
  
 
862
  BiostrucFeaturePtr pbsf;
 
863
  Int4 index, FidCount, RemainFids, CompleteFidSet; 
 
864
  Int4 UpperLimit, LowerLimit;
 
865
  ValNodePtr pvnBools = NULL;
 
866
  float n;
 
867
  
 
868
 
 
869
  
 
870
  pbsf = pbsfs->features;
 
871
  if (pbsf == NULL) {
 
872
    *numpages = 1;
 
873
    *numhits = 0;
 
874
    *lower = 0;
 
875
    *upper = 0;
 
876
    return pvnBools;
 
877
  }
 
878
  
 
879
  FidCount = 0;
 
880
  
 
881
  while (pbsf)
 
882
  {
 
883
    FidCount++;
 
884
    pbsf = pbsf->next;
 
885
  }
 
886
  *numhits = FidCount;
 
887
 
 
888
  if (FidCount <= HitsPerPage) 
 
889
    *numpages = 1;
 
890
  else
 
891
  { 
 
892
    RemainFids = FidCount % HitsPerPage;
 
893
  
 
894
    if (RemainFids)
 
895
    {
 
896
     CompleteFidSet = FidCount - RemainFids;
 
897
     *numpages = (CompleteFidSet/HitsPerPage) + 1;
 
898
    }
 
899
    else *numpages = FidCount/HitsPerPage;
 
900
  }
 
901
  
 
902
  UpperLimit = HitsPerPage * PageNum;
 
903
  LowerLimit = UpperLimit - HitsPerPage + 1;
 
904
    
 
905
  if ((FidCount < HitsPerPage ) || (LowerLimit > FidCount)) {
 
906
    UpperLimit = FidCount;
 
907
    LowerLimit = 1;
 
908
  }
 
909
  
 
910
  if (UpperLimit > FidCount) UpperLimit = FidCount;
 
911
  
 
912
  *lower = LowerLimit;
 
913
  *upper = UpperLimit;
 
914
  
 
915
  for (index = 1; index <= FidCount; index++)
 
916
  {
 
917
    if ((index >= LowerLimit) && (index <= UpperLimit)) ValNodeAddBoolean(&pvnBools, 0, TRUE);
 
918
    else ValNodeAddBoolean(&pvnBools, 0, FALSE);
 
919
  }
 
920
  
 
921
  return pvnBools;
 
922
}
 
923
 
 
924
static void
 
925
MakeVastTable(Int4 FSID, BiostrucAnnotSetPtr pbsas, Int2 iSort, Int4 subsetnum, Int4 pagenum, Int4 HitsPerPage, Int2 iFull, CharPtr JobID, CharPtr pcPass)
 
926
{
 
927
  BiostrucFeatureSetPtr pbsfs = NULL, pbsfs2 = NULL;
 
928
  FILE *table = NULL;
 
929
  CharPtr pcPDB = NULL;
 
930
  char cChain = '-';
 
931
  int iDomain = 0;
 
932
  Int4 iMMDBid = 0;
 
933
  Int4 numhits, numpages, upper, lower;
 
934
  BiostrucIdPtr pbsidThis = NULL;
 
935
  BiostrucDescrPtr pbsdrThis = NULL;
 
936
  CharPtr pcVast = NULL;
 
937
  ValNodePtr pvnBools = NULL;
 
938
 
 
939
  if ((!pbsas) || (!FSID) ) return;
 
940
        
 
941
  /* pull values out of BiostrucAnnotSet */
 
942
  pbsidThis = ValNodeFindNext(pbsas->id,NULL,BiostrucId_mmdb_id);
 
943
  if (pbsidThis)
 
944
     {
 
945
         iMMDBid = (Int4) pbsidThis->data.intvalue;  /* Get MMDB id no (only the first one) */ 
 
946
     }
 
947
  else 
 
948
     {
 
949
        printf("Content-type: text/html\n\n");
 
950
        printf("<h2>Error</h2>\n");
 
951
        printf("Internal VASTSERV Error.  No MMDB-ID in Data on Server.<p>\n");
 
952
        return;
 
953
     }
 
954
 
 
955
  pbsfs = pbsas->features;
 
956
  while (pbsfs)
 
957
   {
 
958
     if (pbsfs->id == FSID)
 
959
      { 
 
960
        /* got the right one - make the table */
 
961
        
 
962
        /* pull out the PDB chain code and domain number from the name string */
 
963
        pbsidThis = ValNodeFindNext(pbsfs->descr,NULL,BiostrucFeatureSetDescr_name);
 
964
        if (pbsidThis)
 
965
         {
 
966
           pcVast = (CharPtr) pbsidThis->data.ptrvalue;  
 
967
           pcPDB = StringSave(PDBNAME_DEFAULT);
 
968
           iDomain = 0;
 
969
           cChain = '-';
 
970
           if (StringLen(pcVast) >= 6)
 
971
             { 
 
972
               pcPDB[0] = pcVast[0];
 
973
               pcPDB[1] = pcVast[1];
 
974
               pcPDB[2] = pcVast[2];
 
975
               pcPDB[3] = pcVast[3];
 
976
               cChain = pcVast[4];
 
977
               iDomain = (Int4) FSID % 100;
 
978
             }
 
979
         }
 
980
 
 
981
        if (EntrezInit("vastsrv", NULL, FALSE) == FALSE)
 
982
          {
 
983
            printf("Content-type: text/html\n\n");
 
984
            printf("<h2>Error</h2>\n");
 
985
            printf("VASTSERV: EntrezInit Failed.<p>\n");
 
986
            if (pcPDB) MemFree(pcPDB);
 
987
            return;      
 
988
          }
 
989
 
 
990
        if (pbsfs->features != NULL) {
 
991
          pbsfs2 = BiostrucFeatureSetNew();
 
992
          pbsfs2->id = pbsfs->id;
 
993
          pbsfs->id = NULL;
 
994
          pbsfs2->descr = pbsfs->descr;
 
995
          pbsfs->descr = NULL;
 
996
          pbsfs2->features = FilterHitsByDomainSubset(pbsfs->features, subsetnum);
 
997
          pbsfs->features = NULL;
 
998
          pvnBools = FilterHitsByPage(pbsfs2, pagenum, HitsPerPage, &numhits, &numpages, &upper, &lower);
 
999
          if (numhits < HitsPerPage || lower > numhits) pagenum = DEFAULT_PAGE;
 
1000
          if (pbsfs2->features != NULL) VastTableSort(pbsfs2, iSort);
 
1001
          VastTableBegin(stdout, pcPDB, JobID, pcPass, cChain, iDomain, iMMDBid, FSID, iFull,
 
1002
                         numhits, upper, lower, numpages, HitsPerPage, pagenum);
 
1003
          if (pbsfs2->features != NULL || pvnBools != NULL)   
 
1004
            VastTableRows(stdout, pbsfs2, iMMDBid, FSID, iFull, pvnBools);
 
1005
          else
 
1006
            fprintf(stdout,"<h2><p>Hits are not present in the selected subset</p></h2>\n");
 
1007
          VastTableEnd(stdout, iMMDBid, FSID, pbsas, subsetnum, iSort, iFull, JobID, pcPass, numpages, pagenum, HitsPerPage);
 
1008
        }  
 
1009
        else {
 
1010
          VastPageHeader(stdout, pcPDB, cChain, iDomain, iMMDBid, JobID);
 
1011
          fprintf(stdout, "<h1><a href=\"%s/vasthelp.html#NoNeighbor\">%s</a></h1>\n", VASTpath,
 
1012
                "VAST did not find any structure neighbors.");
 
1013
          fprintf(stdout, "<HR SIZE=5 NOSHADE>\n");
 
1014
          fprintf(stdout, "</body></html>\n");
 
1015
        }
 
1016
 
 
1017
       oot:
 
1018
        EntrezFini();
 
1019
        RemoveTempFiles();  
 
1020
        if (pcPDB) MemFree(pcPDB);
 
1021
        return;
 
1022
      }     
 
1023
     pbsfs = pbsfs->next; 
 
1024
   }
 
1025
  printf("Content-type: text/html\n\n");
 
1026
  printf("<h2>Error</h2>\n");
 
1027
  printf("VASTSERV: Could Not Create VAST Table because Data Not Found.<p>\n");
 
1028
  if (pcPDB) MemFree(pcPDB);
 
1029
  return;       
 
1030
}
 
1031
 
 
1032
/* Used ONLY by vastsearch - to retrieve from local file rather than .bas or dbase */
 
1033
 
 
1034
BiostrucAnnotSetPtr LIBCALL LocalGetBiostrucAnnotSet(Int4 mmdbid, CharPtr JobID)
 
1035
{
 
1036
    FILE *pFile;
 
1037
    AsnIoPtr aip = NULL;
 
1038
    AsnTypePtr atp = NULL;
 
1039
    BiostrucAnnotSetPtr pbsa = NULL;
 
1040
    Char path[PATH_MAX];
 
1041
    Char pcId[20];    
 
1042
    Int2 iFileExists = 0;
 
1043
 
 
1044
   sprintf(pcId, "/%ld", (long) mmdbid);
 
1045
   pFile = NULL;
 
1046
   StringCpy(path, VSPATH);
 
1047
   StringCat(path, JobID);
 
1048
   StringCat(path, pcId);
 
1049
   StringCat(path, ".bas");
 
1050
   iFileExists = FileLength(path);
 
1051
    if (iFileExists == 0)
 
1052
      {
 
1053
        return NULL;
 
1054
      }
 
1055
      
 
1056
    aip = AsnIoOpen(path, "r");
 
1057
    pbsa = BiostrucAnnotSetAsnRead(aip, NULL);  
 
1058
    AsnIoClose (aip);
 
1059
    if (!pbsa) return NULL;  
 
1060
    return pbsa;
 
1061
} 
 
1062
 
 
1063
 
 
1064
 
 
1065
BiostrucAnnotSetPtr LIBCALL
 
1066
LocalGetFeatureSet(Int4 mmdbid, Int4 feature_set_id, CharPtr JobID)
 
1067
{
 
1068
    BiostrucAnnotSetPtr basp2 = NULL;
 
1069
    BiostrucFeatureSetPtr pbsfs = NULL;
 
1070
    BiostrucAnnotSetPtr basp = NULL;
 
1071
    BiostrucFeatureSetPtr pbsfsLast = NULL;
 
1072
    
 
1073
    if (IsVASTData(mmdbid))
 
1074
       basp = VASTBsAnnotSetGet(mmdbid);
 
1075
    else if (IsVASTData(feature_set_id)) {
 
1076
       basp = VASTBsAnnotSetGet(feature_set_id);
 
1077
       if (basp != NULL) return basp;
 
1078
    } 
 
1079
    else if (JobID)
 
1080
       basp = LocalGetBiostrucAnnotSet(mmdbid, JobID);
 
1081
 
 
1082
    if (basp == NULL)
 
1083
        return NULL;
 
1084
 
 
1085
    pbsfs = basp->features;
 
1086
    pbsfsLast  = NULL;
 
1087
    basp2 = NULL;
 
1088
    while (pbsfs)
 
1089
     {
 
1090
       if (pbsfs->id == feature_set_id)
 
1091
        {
 
1092
          basp2 = BiostrucAnnotSetNew();
 
1093
          basp2->id = basp->id;
 
1094
          basp->id = NULL; /* unlink the id valnode from basp object */
 
1095
          basp2->descr = basp->descr; 
 
1096
          basp->descr = NULL;  /* unlink the descr from basp object */
 
1097
          basp2->features = pbsfs;
 
1098
          if (pbsfsLast) /* relink next to prev */
 
1099
            pbsfsLast->next = pbsfs->next;
 
1100
          else 
 
1101
            basp->features = pbsfs->next;         
 
1102
          basp2->features->next = NULL;
 
1103
          BiostrucAnnotSetFree(basp);
 
1104
          return basp2;
 
1105
        }
 
1106
       pbsfsLast = pbsfs;
 
1107
       pbsfs = pbsfs->next;
 
1108
     }   
 
1109
    BiostrucAnnotSetFree(basp);
 
1110
    return basp2;
 
1111
}
 
1112
 
 
1113
 
 
1114
 
 
1115
BiostrucAnnotSetPtr  PruneBiostrucAnnotHits( 
 
1116
    BiostrucAnnotSetPtr basp, Int4 FSID, ValNodePtr pvnFids)
 
1117
{
 
1118
    BiostrucAnnotSetPtr basp2 = NULL;
 
1119
    BiostrucFeatureSetPtr pbsfs = NULL;
 
1120
    BiostrucFeaturePtr pbsf = NULL;
 
1121
    BiostrucFeaturePtr pbsfHold = NULL;
 
1122
    BiostrucFeaturePtr pbsf2 = NULL;
 
1123
    BiostrucFeaturePtr pbsfDie = NULL;
 
1124
 
 
1125
    ValNodePtr pvnFid = NULL;
 
1126
    Boolean found = FALSE;
 
1127
 
 
1128
    if ((basp == NULL) || (pvnFids == NULL) || (FSID == 0))
 
1129
        return NULL;
 
1130
 
 
1131
    pbsfs = basp->features;
 
1132
    while (pbsfs)
 
1133
     {
 
1134
       if (pbsfs->id == FSID)
 
1135
        {
 
1136
          basp2 = BiostrucAnnotSetNew();
 
1137
          basp2->id = basp->id;
 
1138
          basp->id = NULL; /* unlink the id valnode from basp object */
 
1139
          basp2->descr = basp->descr; 
 
1140
          basp->descr = NULL;  /* unlink the descr from basp object */
 
1141
          basp2->features = BiostrucFeatureSetNew();
 
1142
          basp2->features->id = pbsfs->id;
 
1143
          pbsfs->id = NULL;
 
1144
          basp2->features->descr = pbsfs->descr;
 
1145
          pbsfs->descr = NULL; /* unlink the feature-set descr from basp  object */
 
1146
          pbsfHold = pbsfs->features;
 
1147
          pbsfs->features = NULL;
 
1148
          BiostrucAnnotSetFree(basp);
 
1149
          pbsfs = NULL;
 
1150
          pbsf = pbsfHold;
 
1151
          while (pbsf)
 
1152
            {
 
1153
                found = FALSE;
 
1154
                pvnFid = pvnFids;
 
1155
                while (pvnFid)
 
1156
                 { 
 
1157
                     if (pbsf->id == (Int4) pvnFid->data.intvalue)
 
1158
                       {
 
1159
                         found = TRUE;
 
1160
                         break;
 
1161
                       }
 
1162
                     pvnFid = pvnFid->next;
 
1163
                 }
 
1164
               if (!found) 
 
1165
                 {
 
1166
                   pbsfDie = pbsf;
 
1167
                   pbsf = pbsf->next;
 
1168
                   pbsfDie->next = NULL;
 
1169
                 }
 
1170
               else
 
1171
                 {
 
1172
                   if (!basp2->features->features)
 
1173
                     {
 
1174
                         basp2->features->features = pbsf;
 
1175
                         pbsf2 = basp2->features->features;
 
1176
                         pbsf = pbsf->next; /* keep next for loop */
 
1177
                         pbsf2->next = NULL; /* chop it */
 
1178
                     }
 
1179
                    else
 
1180
                     {
 
1181
                         pbsf2->next = pbsf;  
 
1182
                         pbsf2 = pbsf; 
 
1183
                         pbsf = pbsf->next; /* keep next for loop */
 
1184
                         pbsf2->next = NULL; /* chop it */
 
1185
                     } 
 
1186
                 }       
 
1187
            }  /* while pbsf */
 
1188
         }
 
1189
        if(pbsfs) pbsfs = pbsfs->next;
 
1190
      }
 
1191
   return basp2;
 
1192
}
 
1193
 
 
1194
 
 
1195
 
 
1196
BiostrucAnnotSetPtr LIBCALL  BiostrucAnnotSetGetByFid (
 
1197
    BiostrucAnnotSetPtr basp, Int4 feature_id, Int4 feature_set_id)
 
1198
{
 
1199
     BiostrucAnnotSetPtr basp2 = NULL;
 
1200
    BiostrucFeatureSetPtr pbsfs = NULL;
 
1201
    BiostrucFeaturePtr pbsf = NULL;
 
1202
 
 
1203
    if (basp == NULL)
 
1204
        return NULL;
 
1205
 
 
1206
    pbsfs = basp->features;
 
1207
    while (pbsfs)
 
1208
     {
 
1209
       if (pbsfs->id == feature_set_id)
 
1210
        {
 
1211
          pbsf =  pbsfs->features;
 
1212
          while(pbsf)
 
1213
            {
 
1214
              if (pbsf->id == feature_id)
 
1215
                {  /* found it */
 
1216
                     basp2 = BiostrucAnnotSetNew();
 
1217
                     basp2->id = basp->id;
 
1218
                     basp->id = NULL; /* unlink the id valnode from basp object */
 
1219
                     basp2->descr = basp->descr; 
 
1220
                     basp->descr = NULL;  /* unlink the descr from basp object */
 
1221
                     basp2->features = BiostrucFeatureSetNew();
 
1222
                     basp2->features->id = pbsfs->id;
 
1223
                     basp2->features->descr = pbsfs->descr;
 
1224
                     pbsfs->descr = NULL; /* unlink the feature-set descr from basp  object */
 
1225
                     basp2->features->features = BiostrucFeatureNew();
 
1226
                     basp2->features->features->id = pbsf->id;
 
1227
                     basp2->features->features->name = StringSave(pbsf->name);
 
1228
                     basp2->features->features->type = pbsf->type;
 
1229
                     basp2->features->features->Property_property = pbsf->Property_property;
 
1230
                     pbsf->Property_property = NULL; /* unlink the property from basp  object */
 
1231
                     basp2->features->features->Location_location = pbsf->Location_location;
 
1232
                     pbsf->Location_location = NULL; /* unlink the location from basp  object */ 
 
1233
                     BiostrucAnnotSetFree(basp);
 
1234
                     return basp2;
 
1235
                }
 
1236
               pbsf = pbsf->next;
 
1237
            }
 
1238
        }
 
1239
       pbsfs = pbsfs->next;
 
1240
     }
 
1241
   
 
1242
    BiostrucAnnotSetFree(basp);
 
1243
    return basp2;
 
1244
}
 
1245
 
 
1246
 
 
1247
 
 
1248
Int2 LIBCALL Check_VastSearch_Password(CharPtr pcPassNew, CharPtr JobID)
 
1249
{
 
1250
 
 
1251
  Char pcPassFile[24];
 
1252
  Char PassPath[PATH_MAX];
 
1253
  FILE *passwdfile;
 
1254
  CharPtr pcPassOld;
 
1255
  Int4 iPassLen;
 
1256
 
 
1257
  iPassLen = StringLen(pcPassNew);
 
1258
  pcPassOld = StringSave(pcPassNew);
 
1259
   
 
1260
  sprintf(pcPassFile, "/%s.passwd", JobID);
 
1261
  PassPath[0]='\0';
 
1262
  StringCpy(PassPath, VSPATH);
 
1263
  StringCat(PassPath, JobID);
 
1264
  StringCat(PassPath, pcPassFile); 
 
1265
  
 
1266
  if ((passwdfile = FileOpen(PassPath, "r")) == NULL)
 
1267
  {
 
1268
   
 
1269
    printf("Content-type: text/html\n\n");
 
1270
    printf("<h2>Error</h2>\n");
 
1271
    printf("<body><h2>Cannot examine password</h2>\n");
 
1272
    printf("Please alert info@ncbi.nlm.nih.gov\n");
 
1273
    printf("of this problem\n");
 
1274
    printf("</BODY>\n</HTML>\n");
 
1275
    return 2;
 
1276
  }
 
1277
  
 
1278
  fscanf(passwdfile, "%s", pcPassOld);
 
1279
  FileClose(passwdfile);
 
1280
 
 
1281
  if (!StringNCmp(pcPassOld, pcPassNew, iPassLen))
 
1282
    return 1;
 
1283
  else 
 
1284
    return 0;
 
1285
}
 
1286
 
 
1287
/* Extract vastsrv parameters from the config file. */
 
1288
 
 
1289
static Boolean
 
1290
GetVastParams()
 
1291
{
 
1292
        URLBase[0] = URLcgi[0] = ENTREZurl[0] = DOCSUMurl[0] = MAILto[0] = '\0';
 
1293
        MMDBpath[0] = gunzip[0] = CGIname[0] = MMDBCGIname[0] = '\0';
 
1294
 
 
1295
        GetAppParam("vast", "VASTSRV", "URLBase", "", URLBase, PATH_MAX);
 
1296
 
 
1297
        if (URLBase[0] == '\0') {
 
1298
                ErrPostEx(SEV_FATAL, 0, 0, "VAST config file\nVASTSRV section has no URLBase...\n");
 
1299
                return FALSE;
 
1300
        }
 
1301
 
 
1302
        GetAppParam("vast", "VASTSRV", "URLcgi", "", URLcgi, PATH_MAX);
 
1303
 
 
1304
        if (URLcgi[0] == '\0') {
 
1305
                ErrPostEx(SEV_FATAL, 0, 0, "VAST config file\nVASTSRV section has no URLcgi...\n");
 
1306
                return FALSE;
 
1307
        }
 
1308
 
 
1309
        GetAppParam("vast", "VASTSRV", "ENTREZurl", "", ENTREZurl, PATH_MAX);
 
1310
 
 
1311
        if (ENTREZurl[0] == '\0') {
 
1312
                ErrPostEx(SEV_FATAL, 0, 0, "VAST config file\nVASTSRV section has no ENTREZurl...\n");
 
1313
                return FALSE;
 
1314
        }
 
1315
 
 
1316
        GetAppParam("vast", "VASTSRV", "DOCSUMurl", "", DOCSUMurl, PATH_MAX);
 
1317
 
 
1318
        if (DOCSUMurl[0] == '\0') {
 
1319
                ErrPostEx(SEV_FATAL, 0, 0, "VAST config file\nVASTSRV section has no DOCSUMurl...\n");
 
1320
                return FALSE;
 
1321
        }
 
1322
 
 
1323
        GetAppParam("vast", "VASTSRV", "Gunzip", "", gunzip, (size_t) 256*(sizeof(char)));
 
1324
 
 
1325
        if (gunzip[0] == '\0') {
 
1326
                ErrPostEx(SEV_FATAL, 0, 0, "VAST config file\nVASTSRV section has no Gunzip...\n");
 
1327
                return FALSE;
 
1328
        }
 
1329
        
 
1330
        GetAppParam("vast", "VASTSRV", "CGIname", "", CGIname, PATH_MAX);
 
1331
 
 
1332
        if (CGIname[0] == '\0') {
 
1333
                ErrPostEx(SEV_FATAL, 0, 0, "VAST config file\nVASTSRV section has no CGIname...\n");
 
1334
                return FALSE;
 
1335
        }
 
1336
 
 
1337
        GetAppParam("vast", "VASTSRV", "MMDBCGIname", "", MMDBCGIname, PATH_MAX);
 
1338
 
 
1339
        if (MMDBCGIname[0] == '\0') {
 
1340
                ErrPostEx(SEV_FATAL, 0, 0, "VAST config file\nVASTSRV section has no MMDBCGIname...\n");
 
1341
                return FALSE;
 
1342
        }
 
1343
 
 
1344
        GetAppParam("mmdb", "MMDB", "Database", "", MMDBpath, PATH_MAX);
 
1345
 
 
1346
        if (MMDBpath[0] == '\0') {
 
1347
                ErrPostEx(SEV_FATAL, 0, 0, "MMDB config file\nMMDBSRV section has no Database...\n");
 
1348
                return FALSE;
 
1349
        }
 
1350
 
 
1351
        GetAppParam("vast", "VASTSRV", "MAILto", "", MAILto, PATH_MAX);
 
1352
 
 
1353
        if (MAILto[0] == '\0') {
 
1354
                ErrPostEx(SEV_FATAL, 0, 0, "VAST config file\nVASTSRV section has no MAILto...\n");
 
1355
                return FALSE;
 
1356
        }
 
1357
 
 
1358
         GetAppParam("vast", "VASTSRV", "VSPATH", "", VSPATH, PATH_MAX);
 
1359
 
 
1360
        if (VSPATH[0] == '\0') {
 
1361
                ErrPostEx(SEV_FATAL, 0, 0, "VAST config file\nVASTSRV section has no VAST Search path...\n");
 
1362
                return FALSE;
 
1363
        }
 
1364
        
 
1365
        GetAppParam("vast", "VASTSRV", "DATApath", "", DATApath, PATH_MAX);
 
1366
        if (DATApath[0] == '\0') {
 
1367
                ErrPostEx(SEV_FATAL, 0, 0, "VAST config file\nVASTSRV section has no VAST Data path...\n");
 
1368
                return FALSE;
 
1369
        }
 
1370
 
 
1371
        GetAppParam("vast", "VASTSRV", "VASTpath", "", VASTpath, PATH_MAX);
 
1372
        if (DATApath[0] == '\0') {
 
1373
                ErrPostEx(SEV_FATAL, 0, 0, "VAST config file\nVASTSRV section has no VAST html path...\n");
 
1374
                return FALSE;
 
1375
        }
 
1376
 
 
1377
        return TRUE;
 
1378
 
 
1379
} /* end GetVastParams */
 
1380
 
 
1381
 
 
1382
 
 
1383
Int2
 
1384
Main()
 
1385
{
 
1386
        FILE *pFile = NULL, *pIn = NULL;
 
1387
        Char pcBuf[100];
 
1388
        CharPtr pcTest, pcL1 = NULL;
 
1389
        Int4 GetGi, Fid, Fsid, iFileExists = 0, NumLabels = 0;
 
1390
        BiostrucAnnotSetPtr pbsa = NULL;
 
1391
        PDNMS pdnmsMaster = NULL, pdnmsSlave = NULL;
 
1392
        AsnIoPtr aip = NULL;
 
1393
        Int2 iTest = 0, iPDB = 0, iSort = 0, action = 0, viewer = 0, level = 0;
 
1394
        CharPtr Name, Value, IPAddress = getenv("REMOTE_HOST");
 
1395
        struct rlimit rl;
 
1396
        ValNodePtr pvnFid = NULL, pvnFids = NULL;
 
1397
        Int4 iFidCount = 0, count = 0, subsetnum, pagenum, HitsPerPage, indx;
 
1398
        Char subsetname[256];
 
1399
        CharPtr JobID = NULL, pcPass, www_arg;
 
1400
        Int2 ret, iFull = 0;
 
1401
        WWWInfoPtr www_info;
 
1402
 
 
1403
 
 
1404
 
 
1405
        /* this sets up the unix time limit */
 
1406
        getrlimit(RLIMIT_CPU, &rl);
 
1407
        rl.rlim_max = rl.rlim_cur = CPUTIME_MAX;
 
1408
        setrlimit(RLIMIT_CPU, &rl);
 
1409
 
 
1410
        if (!GetVastParams()) {
 
1411
                printf("Content-type: text/html\n\n");
 
1412
                printf("<h2>VASTSERV Error</h2>\n");
 
1413
                printf("<h3>Couldn't read from config file...</h3>\n");
 
1414
                exit(1);
 
1415
        }
 
1416
    
 
1417
        if (WWWGetArgs(&www_info) != WWWErrOk) {
 
1418
                printf("Content-type: text/html\n\n");
 
1419
                printf("<h2>VASTSERV</h2>\n");
 
1420
                printf("<h3>Failed to process posting - check your get/post syntax.</h3>\n");
 
1421
                exit(1);
 
1422
        }
 
1423
 
 
1424
        if ((NumLabels = WWWGetNumEntries(www_info)) == 0) {
 
1425
                printf("Content-type: text/html\n\n");
 
1426
                printf("<h2>VASTSERV</h2>\n");
 
1427
                printf("<h3>No input - nothing to report.</h3>\n");
 
1428
                exit(0);
 
1429
        }
 
1430
 
 
1431
        if ((indx = WWWFindName(www_info, "action")) >= 0) {
 
1432
                www_arg = WWWGetValueByIndex(www_info, indx);
 
1433
 
 
1434
                if (isdigit(www_arg[0]))
 
1435
                        action = (Int2) atoi(www_arg);
 
1436
                else
 
1437
                        /* default to asn.1 text */
 
1438
                        action = 3;
 
1439
        }
 
1440
        else
 
1441
                action = 3;
 
1442
 
 
1443
        /***** We may not add this feature, comment it out for now.
 
1444
        if (action == VIEW_ALIGNMENT) {
 
1445
                (void) VastViewAlign(www_info);
 
1446
                exit(0);
 
1447
        }
 
1448
        *****/
 
1449
 
 
1450
        /* check whether or not to launch a viewer */
 
1451
        if ((indx = WWWFindName(www_info, "calltype")) >= 0) {
 
1452
                www_arg = WWWGetValueByIndex(www_info, indx);
 
1453
        
 
1454
                switch (www_arg[0]) {
 
1455
                case 'm':
 
1456
                        (void) VastToMage(www_info);
 
1457
                        exit(0);
 
1458
                case 'p':
 
1459
                        (void) VastToPDB(www_info);
 
1460
                        exit(0);
 
1461
                case 'a':
 
1462
                        (void) VastToCn3D(www_info);
 
1463
                        exit(0);
 
1464
                default:
 
1465
                        printf("Content-type: text/html\n\n");
 
1466
                        printf("<h2>VASTSERV Error</h2>\n");
 
1467
                        printf("<h3>Internal failure (bad calltype).\nContact %s</h3>\n", MAILto);
 
1468
                        exit(1);
 
1469
                }
 
1470
        }
 
1471
        
 
1472
        if (!VASTInit()) {
 
1473
                printf("Content-type: text/html\n\n");
 
1474
                printf("<h2>VASTSERV Error</h2>\n");
 
1475
                printf("<h3>Cannot find VAST data on server.\nContact %s</h3>\n", MAILto);
 
1476
                exit(1);
 
1477
        }
 
1478
 
 
1479
        if (!MMDBInit()) {
 
1480
            printf("Content-type: text/html\n\n");
 
1481
            printf("<h2>VASTSERV Error</h2>\n");
 
1482
            printf("<h3>Cannot find MMDB data on server.\nContact %s</h3>\n", MAILto);
 
1483
            exit(1);
 
1484
        }
 
1485
     
 
1486
       if ((indx = WWWFindName(www_info, "chaindom")) < 0) {
 
1487
                printf("Content-type: text/html\n\n");
 
1488
                printf("<h2>VASTSERV Error</h2>\n");
 
1489
                printf("<h3>Internal failure (no chaindom).\nContact %s</h3>\n", MAILto);
 
1490
                exit(1);
 
1491
        }
 
1492
 
 
1493
        www_arg = WWWGetValueByIndex(www_info, indx);
 
1494
 
 
1495
        if (isdigit(www_arg[0]))
 
1496
                Fsid = (Int4) atol(www_arg);
 
1497
        else {
 
1498
                printf("Content-type: text/html\n\n");
 
1499
                printf("<h2>VASTSERV Error</h2>\n");
 
1500
                printf("<h3>Invalid feature set id input; no results.</h3>\n");
 
1501
                exit(1);
 
1502
        }
 
1503
 
 
1504
        GetGi = Fsid/10000;
 
1505
 
 
1506
        if ((indx = WWWFindName(www_info, "vsid")) >= 0) {
 
1507
                /* we have a VAST Search job */
 
1508
                www_arg = WWWGetValueByIndex(www_info, indx);
 
1509
                JobID = StringSave(www_arg);
 
1510
 
 
1511
                if ((indx = WWWFindName(www_info, "pass")) < 0) {
 
1512
                        printf("Content-type: text/html\n\n");
 
1513
                        printf("<body bgcolor = \"#f0f0f0\"\n");
 
1514
                        printf("<h2>VAST SEARCH</h2>\n");
 
1515
                        printf("<h3>Password required.</h3>\n");
 
1516
                        exit(0);
 
1517
                }
 
1518
 
 
1519
                www_arg = WWWGetValueByIndex(www_info, indx);
 
1520
                pcPass = StringSave(www_arg);
 
1521
 
 
1522
                if ((ret = Check_VastSearch_Password(pcPass, JobID)) != 1) {
 
1523
                        if (ret == 2) exit(0);
 
1524
                        printf("Content-type: text/html\n\n");
 
1525
                        printf("<body bgcolor = \"#f0f0f0\"\n");
 
1526
                        printf("<h2>VAST SEARCH</h2>\n");
 
1527
                        printf("<h3>Incorrect password.</h3>\n");
 
1528
                        exit(0);
 
1529
                }
 
1530
        }
 
1531
 
 
1532
        /* load in the chaindom into memory */
 
1533
        objmmdb1AsnLoad();
 
1534
        objmmdb2AsnLoad();
 
1535
        objmmdb3AsnLoad();
 
1536
        pbsa = LocalGetFeatureSet(GetGi, Fsid, JobID);   
 
1537
 
 
1538
        if (pbsa == NULL) {
 
1539
                printf("Content-type: text/html\n\n");
 
1540
                printf("<body bgcolor = \"#f0f0f0\">\n");
 
1541
                printf("<br>\n<h2>VAST structure neighbor calculations for this entry are in progress.</h2>\n");
 
1542
                exit(0);
 
1543
        }
 
1544
 
 
1545
        /* at this point, there is a valid feature set id and pbsa in memory */
 
1546
   
 
1547
        /* subset filtering; identify which subset we're working with */
 
1548
        if ((indx = WWWFindName(www_info, "subset")) < 0)
 
1549
                subsetnum = DEFAULT_SUBSET_NUM;
 
1550
        else {
 
1551
                www_arg = WWWGetValueByIndex(www_info, indx);
 
1552
                StringCpy(subsetname, www_arg);
 
1553
                subsetnum = GetSubsetNum(subsetname);
 
1554
        }
 
1555
 
 
1556
        if ((indx = WWWFindName(www_info, "doclistpage")) < 0)
 
1557
                pagenum = DEFAULT_PAGE;
 
1558
        else {
 
1559
                www_arg = WWWGetValueByIndex(www_info, indx);
 
1560
                if (isdigit(www_arg[0]))
 
1561
                  pagenum = (Int4) atoi(www_arg);
 
1562
                else
 
1563
                  pagenum = DEFAULT_PAGE;
 
1564
        }
 
1565
           
 
1566
        if ((indx = WWWFindName(www_info, "dispmax")) < 0)
 
1567
                HitsPerPage = NUM_HITS_PER_PAGE;
 
1568
        else {
 
1569
                www_arg = WWWGetValueByIndex(www_info, indx);
 
1570
                if (isdigit(www_arg[0])) {
 
1571
                  HitsPerPage = (Int4) atoi(www_arg);
 
1572
                  if ((HitsPerPage < NUM_HITS_PER_PAGE) || (HitsPerPage > 100)) {
 
1573
                    printf("Content-type: text/html\n\n");
 
1574
                    printf("<h2>VASTSERV Error</h2>\n");
 
1575
                    printf("<h3>Can only display between 20 and 100 neighbors per page!</h3>");
 
1576
                    exit(1);
 
1577
                  }
 
1578
                } 
 
1579
                else
 
1580
                  HitsPerPage = NUM_HITS_PER_PAGE;
 
1581
        }
 
1582
 
 
1583
        if ((indx = WWWFindName(www_info, "sort")) < 0)
 
1584
                iSort = 0;
 
1585
        else {
 
1586
                www_arg = WWWGetValueByIndex(www_info, indx);
 
1587
 
 
1588
                if (isdigit(www_arg[0]))
 
1589
                        iSort = (Int2) atoi(www_arg);
 
1590
                else
 
1591
                        iSort = 0;
 
1592
        }
 
1593
 
 
1594
        if ((indx = WWWFindName(www_info, "version")) < 0)
 
1595
                iFull = ABRIDGED_DISPLAY;
 
1596
        else {
 
1597
                www_arg = WWWGetValueByIndex(www_info, indx);
 
1598
 
 
1599
                if (isdigit(www_arg[0]))
 
1600
                        iFull = (Int2) atoi(www_arg);
 
1601
                else
 
1602
                        iFull = ABRIDGED_DISPLAY;
 
1603
        }
 
1604
 
 
1605
        /* only two possibilities (so far)! */
 
1606
        if ((iFull != FULL_DISPLAY) && (iFull != ABRIDGED_DISPLAY))
 
1607
                iFull = ABRIDGED_DISPLAY;
 
1608
 
 
1609
        if ((indx = WWWFindName(www_info, "hit")) < 0) {
 
1610
                MakeVastTable(Fsid, pbsa, iSort, subsetnum, pagenum, HitsPerPage, iFull, JobID, pcPass);
 
1611
                BiostrucAnnotSetFree(pbsa);
 
1612
                MMDBFini();
 
1613
                exit(0);
 
1614
        }
 
1615
 
 
1616
        /* if we get to here then something's wrong! */
 
1617
        exit(1);
 
1618
 
 
1619
} /* end Main */
 
1620