← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/warty/ncbi-tools6/warty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/bxmlobj.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2002-04-04 22:13:09 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20020404221309-vfze028rfnlrldct
Tags: upstream-6.1.20011220a
Import upstream version 6.1.20011220a

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/bxmlobj.h
 
1
#ifndef _bxmlobj_ 
 
2
#define _bxmlobj_ 
 
3
 
 
4
#undef NLM_EXTERN
 
5
#ifdef NLM_IMPORT
 
6
#define NLM_EXTERN NLM_IMPORT
 
7
#else
 
8
#define NLM_EXTERN extern
 
9
#endif
 
10
 
 
11
 
 
12
#ifdef __cplusplus
 
13
extern "C" { /* } */
 
14
#endif
 
15
 
 
16
 
 
17
/**************************************************
 
18
*
 
19
*    Generated objects for Module NCBI-BlastOutput
 
20
*    Generated using ASNCODE Revision: 6.10 at May 3, 2001  1:46 PM
 
21
*
 
22
**************************************************/
 
23
 
 
24
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL
 
25
bxmlobjAsnLoad PROTO((void));
 
26
 
 
27
 
 
28
/**************************************************
 
29
*
 
30
*    BlastOutput
 
31
*
 
32
**************************************************/
 
33
typedef struct struct_BlastOutput {
 
34
   CharPtr   program;
 
35
   CharPtr   version;
 
36
   CharPtr   reference;
 
37
   CharPtr   db;
 
38
   CharPtr   query_ID;
 
39
   CharPtr   query_def;
 
40
   Int4   query_len;
 
41
   CharPtr   query_seq;
 
42
   struct struct_Parameters PNTR   param;
 
43
   struct struct_Iteration PNTR   iterations;
 
44
} BlastOutput, PNTR BlastOutputPtr;
 
45
 
 
46
 
 
47
NLM_EXTERN BlastOutputPtr LIBCALL BlastOutputFree PROTO ((BlastOutputPtr ));
 
48
NLM_EXTERN BlastOutputPtr LIBCALL BlastOutputNew PROTO (( void ));
 
49
NLM_EXTERN BlastOutputPtr LIBCALL BlastOutputAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
50
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL BlastOutputAsnWrite PROTO (( BlastOutputPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
51
 
 
52
 
 
53
 
 
54
/**************************************************
 
55
*
 
56
*    Parameters
 
57
*
 
58
**************************************************/
 
59
typedef struct struct_Parameters {
 
60
   CharPtr   matrix;
 
61
   FloatHi   expect;
 
62
   FloatHi   include;
 
63
   Int4   sc_match;
 
64
   Int4   sc_mismatch;
 
65
   Int4   gap_open;
 
66
   Int4   gap_extend;
 
67
   CharPtr   filter;
 
68
   CharPtr   pattern;
 
69
   CharPtr   entrez_query;
 
70
} Parameters, PNTR ParametersPtr;
 
71
 
 
72
 
 
73
NLM_EXTERN ParametersPtr LIBCALL ParametersFree PROTO ((ParametersPtr ));
 
74
NLM_EXTERN ParametersPtr LIBCALL ParametersNew PROTO (( void ));
 
75
NLM_EXTERN ParametersPtr LIBCALL ParametersAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
76
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL ParametersAsnWrite PROTO (( ParametersPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
77
 
 
78
 
 
79
 
 
80
/**************************************************
 
81
*
 
82
*    Iteration
 
83
*
 
84
**************************************************/
 
85
typedef struct struct_Iteration {
 
86
   struct struct_Iteration PNTR next;
 
87
   Int4   iter_num;
 
88
   struct struct_Hit PNTR   hits;
 
89
   struct struct_Statistics PNTR   stat;
 
90
   CharPtr   message;
 
91
} Iteration, PNTR IterationPtr;
 
92
 
 
93
 
 
94
NLM_EXTERN IterationPtr LIBCALL IterationFree PROTO ((IterationPtr ));
 
95
NLM_EXTERN IterationPtr LIBCALL IterationNew PROTO (( void ));
 
96
NLM_EXTERN IterationPtr LIBCALL IterationAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
97
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL IterationAsnWrite PROTO (( IterationPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
98
 
 
99
 
 
100
 
 
101
/**************************************************
 
102
*
 
103
*    Hit
 
104
*
 
105
**************************************************/
 
106
typedef struct struct_Hit {
 
107
   struct struct_Hit PNTR next;
 
108
   Int4   num;
 
109
   CharPtr   id;
 
110
   CharPtr   def;
 
111
   CharPtr   accession;
 
112
   Int4   len;
 
113
   struct struct_Hsp PNTR   hsps;
 
114
} Hit, PNTR HitPtr;
 
115
 
 
116
 
 
117
NLM_EXTERN HitPtr LIBCALL HitFree PROTO ((HitPtr ));
 
118
NLM_EXTERN HitPtr LIBCALL HitNew PROTO (( void ));
 
119
NLM_EXTERN HitPtr LIBCALL HitAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
120
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL HitAsnWrite PROTO (( HitPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
121
 
 
122
 
 
123
 
 
124
/**************************************************
 
125
*
 
126
*    Statistics
 
127
*
 
128
**************************************************/
 
129
typedef struct struct_Statistics {
 
130
   Int4   db_num;
 
131
   Int4   db_len;
 
132
   Int4   hsp_len;
 
133
   FloatHi   eff_space;
 
134
   FloatHi   kappa;
 
135
   FloatHi   lambda;
 
136
   FloatHi   entropy;
 
137
} Statistics, PNTR StatisticsPtr;
 
138
 
 
139
 
 
140
NLM_EXTERN StatisticsPtr LIBCALL StatisticsFree PROTO ((StatisticsPtr ));
 
141
NLM_EXTERN StatisticsPtr LIBCALL StatisticsNew PROTO (( void ));
 
142
NLM_EXTERN StatisticsPtr LIBCALL StatisticsAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
143
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL StatisticsAsnWrite PROTO (( StatisticsPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
144
 
 
145
 
 
146
 
 
147
/**************************************************
 
148
*
 
149
*    Hsp
 
150
*
 
151
**************************************************/
 
152
typedef struct struct_Hsp {
 
153
   struct struct_Hsp PNTR next;
 
154
   Int4   num;
 
155
   FloatHi   bit_score;
 
156
   FloatHi   score;
 
157
   FloatHi   evalue;
 
158
   Int4   query_from;
 
159
   Int4   query_to;
 
160
   Int4   hit_from;
 
161
   Int4   hit_to;
 
162
   Int4   pattern_from;
 
163
   Int4   pattern_to;
 
164
   Int4   query_frame;
 
165
   Int4   hit_frame;
 
166
   Int4   identity;
 
167
   Int4   positive;
 
168
   Int4   gaps;
 
169
   Int4   align_len;
 
170
   Int4   density;
 
171
   CharPtr   qseq;
 
172
   CharPtr   hseq;
 
173
   CharPtr   midline;
 
174
} Hsp, PNTR HspPtr;
 
175
 
 
176
 
 
177
NLM_EXTERN HspPtr LIBCALL HspFree PROTO ((HspPtr ));
 
178
NLM_EXTERN HspPtr LIBCALL HspNew PROTO (( void ));
 
179
NLM_EXTERN HspPtr LIBCALL HspAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
180
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL HspAsnWrite PROTO (( HspPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
181
 
 
182
#ifdef __cplusplus
 
183
/* { */ }
 
184
#endif
 
185
 
 
186
#endif /* _bxmlobj_ */
 
187
 
 
188
#undef NLM_EXTERN
 
189
#ifdef NLM_EXPORT
 
190
#define NLM_EXTERN NLM_EXPORT
 
191
#else
 
192
#define NLM_EXTERN
 
193
#endif
 
194