~ubuntu-branches/ubuntu/warty/ncbi-tools6/warty

/**************************************************************************

*                                                                         *

*                             COPYRIGHT NOTICE                            *

*                                                                         *

* This software/database is categorized as "United States Government      *

* Work" under the terms of the United States Copyright Act.  It was       *

* produced as part of the author's official duties as a Government        *

* employee and thus can not be copyrighted.  This software/database is    *

* freely available to the public for use without a copyright notice.      *

* Restrictions can not be placed on its present or future use.            *

*                                                                         *

* Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy  *

* and reliability of the software and data, the National Library of       *

* Medicine (NLM) and the U.S. Government do not and can not warrant the   *

* performance or results that may be obtained by using this software,     *

* data, or derivative works thereof.  The NLM and the U.S. Government     *

* disclaim any and all warranties, expressed or implied, as to the        *

* performance, merchantability or fitness for any particular purpose or   *

* use.                                                                    *

*                                                                         *

* In any work or product derived from this material, proper attribution   *

* of the author(s) as the source of the software or data would be         *

* appreciated.                                                            *

*                                                                         *

**************************************************************************/

/* $Revision 1.0$ *

* $Log: dotmatrx.h,v $

* Revision 6.2  1999/03/17 17:05:49  madden

* removed comment from within comment

*

* Revision 6.1  1998/01/26 17:23:42  madden

* Changes to allow color-coding of alignments

*

 * Revision 6.0  1997/08/25 18:21:46  madden

 * Revision changed to 6.0

 *

 * Revision 1.2  1997/01/06 19:26:42  madden

 * Changed FnPtr to (LIBCALLBACK *callback... in DotMatrixSearch and CreateDotMatrixForm.

 *

 * Revision 1.1  1997/01/03  22:01:27  madden

 * Initial revision

 *

 * Initial revision

 *

*/

 

#include <vibrant.h>

#include <picture.h>

#include <viewer.h>

#include <objseq.h>

#include <objsset.h>

 

#ifndef __DOTMATRIX__

#define __DOTMATRIX__

 

#ifdef __cplusplus

extern "C" {

#endif

 

typedef struct dotmatrix_alignment {

        struct dotmatrix_alignment PNTR next;

        SeqAlignPtr sap;

        Uint1Ptr color; /* Defined in picture.[ch] */

} DotMatrixAlignment, PNTR DotMatrixAlignmentPtr;

 

DotMatrixAlignmentPtr LIBCALL DotMatrixAlignmentNew (SeqAlignPtr sap, Uint1Ptr color, DotMatrixAlignmentPtr PNTR old);

 

Int2 LIBCALLBACK DotMatrixGenFunc (Pointer data);

 

ForM LIBCALL CreateDotMatrixForm PROTO((SeqAlignPtr sap, int (LIBCALLBACK *callback)PROTO((SeqAlignPtr seqalign))));

 

ForM LIBCALL CreateDotMatrixFormEx (DotMatrixAlignmentPtr dmap, int (LIBCALLBACK *callback)PROTO((SeqAlignPtr seqalign)));

 

Int2 LIBCALL DotMatrixSearch PROTO((SeqIdPtr sip1, SeqIdPtr sip2, int (LIBCALLBACK *callback)PROTO((SeqAlignPtr seqalign))));

 

#define REGISTER_SEQALIGN_DOT_MATRIX ObjMgrProcLoad (OMPROC_FILTER, \

"Dot Matrix", "DotMatrix", OBJ_SEQALIGN, 0, OBJ_SEQALIGN, 0, NULL, \

DotMatrixGenFunc, PROC_PRIORITY_DEFAULT)

 

#ifdef __cplusplus

}

#endif

#endif /* !__DOTMATRIX__ */