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Viewing changes to biostruc/cblast/cblast.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
biostruc/cblast/cblast.h
 
1
/*===========================================================================
 
2
*
 
3
*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 
4
*               National Center for Biotechnology Information
 
5
*
 
6
*  This software/database is a "United States Government Work" under the
 
7
*  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
 
8
*  the author's official duties as a United States Government employee and
 
9
*  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
 
10
*  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
 
11
*  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
 
12
*
 
13
*  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
 
14
*  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
 
15
*  Government do not and cannot warrant the performance or results that
 
16
*  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
 
17
*  Government disclaim all warranties, express or implied, including
 
18
*  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
 
19
*  purpose.
 
20
*
 
21
*  Please cite the author in any work or product based on this material.
 
22
*
 
23
* ===========================================================================
 
24
*
 
25
* File Name:  cblast.h
 
26
*
 
27
* Author:  Yanli Wang
 
28
*
 
29
* Initial Version Creation Date: 6/25/2002
 
30
*
 
31
* File Description:
 
32
*         header file for the CBLAST server CGI-bin
 
33
*
 
34
* Modifications:
 
35
* --------------------------------------------------------------------------
 
36
* $Log: cblast.h,v $
 
37
* Revision 1.6  2002/12/31 21:00:33  ywang
 
38
* read environment variables from config file
 
39
*
 
40
* Revision 1.5  2002/12/12 15:59:45  ywang
 
41
* wording improvement
 
42
*
 
43
*
 
44
*
 
45
* ==========================================================================
 
46
*/
 
47
 
 
48
#define MMDBCALL "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid="
 
49
#define ENTREZCALL "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/utils/qmap.cgi?db=Protein&form=6&Dopt=g&uid="
 
50
#define WRPSBCALL "wrpsb.cgi?DATALIB=oasis_sap&INPUT_TYPE=access&GRAPH=2&FILTER=T&SEQUENCE="
 
51
 
 
52
#define MaxEntryPerPage 50
 
53
/*---------------------------------------------------------------------------*/
 
54
/* static global variables                                                   */
 
55
/*---------------------------------------------------------------------------*/
 
56
static Char    URLBase[PATH_MAX];
 
57
static Char    URLcgi[PATH_MAX];
 
58
 
 
59
       Char    CGIurl[PATH_MAX];
 
60
       Char    MMDBcgi[PATH_MAX];
 
61
       Char    CDDhome[PATH_MAX];
 
62
       Char    CGIName[PATH_MAX];
 
63
       Char    CDSRVurl[PATH_MAX];
 
64
static Char    ENTREZurl[PATH_MAX];
 
65
static Char    TAXcgi[PATH_MAX];
 
66
static Char    MMDBurl[PATH_MAX];
 
67
static Char    DARTcgi[PATH_MAX];
 
68
static Char    DATApath[PATH_MAX];
 
69
static Char    REFpath[PATH_MAX];
 
70
static Char    DOCSUMurl[PATH_MAX];
 
71
static Char    MAILto[PATH_MAX];
 
72
static Char    LOGpath[PATH_MAX];
 
73
static Char    NRPDB[PATH_MAX];
 
74
static Char    ODBCINI[PATH_MAX];
 
75
static Char    DARTUSER[PATH_MAX];
 
76
static Char    DARTPASS[PATH_MAX];
 
77
static Char    DARTLIB[PATH_MAX];
 
78
static Char    LDLIBRARYPATH[PATH_MAX];
 
79
static Char    SYBASE[PATH_MAX];
 
80
static Char    BLASTDB[PATH_MAX];
 
81
static Char    NCBI[PATH_MAX];
 
82
 
 
83
static Char    MMDBpath[PATH_MAX];
 
84
 
 
85
Int4        maxseqlen;
 
86
 
 
87
typedef struct cblastscoreinfodata{
 
88
  float seq_identity;
 
89
  Int2  length;
 
90
  FloatHi      evalue;
 
91
  FloatHi      bit_score;
 
92
  Int4         score;
 
93
} CblastScoreData, PNTR CblastScoreDataPtr;
 
94
 
 
95
typedef struct cblastseqinfodata{
 
96
  Int4 gi, PDBgi, hsp;
 
97
  /* gi-blast nr representative gi; PDBgi-gi of pdb sequence; hsp-HSP index */
 
98
  SeqIdPtr pdbid;
 
99
  CharPtr doc;   /* entrez docsum */
 
100
  Boolean bRep;
 
101
  Int2 pagenum;
 
102
}CblastSeqInfoData, PNTR CblastSeqInfoDataPtr;
 
103
 
 
104
typedef struct blastpdbnb {
 
105
  ValNodePtr csp; /* vnp->data.ptrvalue is CblastScoreDataPtr */
 
106
  ValNodePtr csip; /* vnp->data.ptrvalue is CblastSeqInfoDataPtr */
 
107
  SeqAnnotPtr sap;
 
108
  Int4 query_length;
 
109
  CharPtr query_title;
 
110
  Int2 numpages;
 
111
} BlastPDBNb, PNTR BlastPDBNbPtr;
 
112
 
 
113
typedef struct pdbidinfo {
 
114
  SeqIdPtr pdbList;
 
115
  ValNodePtr PDBgiList;
 
116
} PDBIdInfo, PNTR PDBIdInfoPtr;
 
117
 
 
118
typedef ValNode NeighborInfo, FAR *NeighborInfoPtr;
 
119
 
 
120
typedef struct neighborinfodata {
 
121
  Int4                gi;
 
122
  Int4                rank;
 
123
  SeqIdPtr            pdbid;
 
124
                        /* for PdbSeqIdPtr */
 
125
  CharPtr             docsum;
 
126
  Int4                MMDBid;
 
127
  CharPtr             mol;
 
128
  Uint1               chain;
 
129
  Int4                seqlen;
 
130
  Boolean             selected;
 
131
  Int2                pagenum;
 
132
  struct neighborinfodata  PNTR next;
 
133
} NeighborInfoData, PNTR NeighborInfoDataPtr;
 
134
 
 
135
typedef struct rankinfo {
 
136
  CharPtr             mol;
 
137
  char               chain;
 
138
  Int4                rank;
 
139
} RankInfo, PNTR RankInfoPtr;
 
140
 
 
141
typedef ValNode WWWQuery, FAR *WWWQueryPtr;
 
142
 
 
143
typedef struct wwwquerydata {
 
144
  CharPtr name;
 
145
  CharPtr value;
 
146
} WWWQueryData, PNTR WWWQueryDataPtr;
 
147
 
 
148
typedef struct snp_feature_info {
 
149
Int4 gi, pos, feature_id;
 
150
CharPtr title, descr;
 
151
Int4 color, id;
 
152
} SnpFeatureInfo, PNTR SnpFeatureInfoPtr;
 
153
 
 
154
typedef struct cdnb_info{
 
155
CharPtr CdName;
 
156
unsigned PssmId;
 
157
Int2 iClust, iMaprow, iColor;
 
158
Int4 from, to;
 
159
Boolean bRep, bFinished;
 
160
}CdNbInfo, PNTR CdNbInfoPtr;
 
161
 
 
162
typedef struct maprow_info{
 
163
Int4 from, to;
 
164
Int2 iColor;
 
165
CharPtr CdName;
 
166
CharPtr cdaln;
 
167
unsigned PssmId;
 
168
}MapRowInfo, PNTR MapRowInfoPtr;
 
169
 
 
170
typedef struct cd_info {
 
171
Int4 query_length;
 
172
SeqAnnotPtr sap;
 
173
Int2 cd_num, maprow_num;
 
174
ValNodePtr mapinfo;
 
175
      /* (MapRowInfoPtr) (mapinfo->data.ptrvalue)->data.ptrvalue */
 
176
CdNbInfoPtr *cnip;
 
177
}CdInfo, PNTR CdInfoPtr;