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~ubuntu-branches/ubuntu/maverick/ncbi-tools6/maverick

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Viewing changes to tools/motif.c

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

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Lines of Context:
tools/motif.c
 
1
static char const rcsid[] = "$Id: motif.c,v 6.5 2003/05/30 17:25:37 coulouri Exp $";
 
2
 
1
3
/*   motif.c
2
4
* ===========================================================================
3
5
*
29
31
*
30
32
* Version Creation Date:   8/9/01
31
33
*
32
 
* $Revision: 6.2 $
 
34
* $Revision: 6.5 $
33
35
*
34
36
* File Description:  sequence motif search functions
35
37
*
388
390
   while (salp != NULL)
389
391
   {
390
392
      mip = (MotifInfoPtr)MemNew(sizeof(MotifInfo));
391
 
      AlnMgrIndexSingleChildSeqAlign(salp);
392
 
      AlnMgrGetNthSeqRangeInSA(salp, 2, &start, &stop);
393
 
      mip->strand = AlnMgrGetNthStrand(salp, 1);
 
393
      AlnMgr2IndexSingleChildSeqAlign(salp);
 
394
      AlnMgr2GetNthSeqRangeInSA(salp, 2, &start, &stop);
 
395
      mip->strand = AlnMgr2GetNthStrand(salp, 1);
394
396
      mip->start = start;
395
397
      mip->stop = stop;
396
398
      GetScoreAndEvalue(salp, &score, &bit_score, &evalue, &number);