← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/maverick/ncbi-tools6/maverick

« back to all changes in this revision

Viewing changes to network/wwwblast/rpsblast.html

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
network/wwwblast/rpsblast.html
 
1
<!--
 
2
/* $Id: rpsblast.html,v 1.3 2003/06/24 21:53:54 dondosha Exp $
 
3
* ===========================================================================
 
4
*
 
5
*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 
6
*               National Center for Biotechnology Information
 
7
*
 
8
*  This software/database is a "United States Government Work" under the
 
9
*  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
 
10
*  the author's official duties as a United States Government employee and
 
11
*  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
 
12
*  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
 
13
*  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
 
14
*
 
15
*  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
 
16
*  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
 
17
*  Government do not and cannot warrant the performance or results that
 
18
*  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
 
19
*  Government disclaim all warranties, express or implied, including
 
20
*  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
 
21
*  purpose.
 
22
*
 
23
*  Please cite the author in any work or product based on this material.
 
24
*
 
25
* ===========================================================================
 
26
*
 
27
* File Name:  $RCSfile: rpsblast.html,v $
 
28
*
 
29
* Author:  Sergei Shavirin
 
30
*
 
31
* Initial Version Creation Date: 03/14/2000
 
32
*
 
33
* $Revision: 1.3 $
 
34
*
 
35
* File Description:
 
36
*         Template for standalone RPS BLAST Web page
 
37
*
 
38
* $Log: rpsblast.html,v $
 
39
* Revision 1.3  2003/06/24 21:53:54  dondosha
 
40
* Changed WWW_BLAST_TYPE to BLAST_TYPE
 
41
*
 
42
* Revision 1.2  2003/05/22 16:20:45  dondosha
 
43
* Removed references to blast_form.map: describe the map inside HTML
 
44
*
 
45
* Revision 1.1  2002/08/06 19:03:52  dondosha
 
46
* WWW BLAST server, initial CVS revision
 
47
*
 
48
 
 
49
-->
 
50
<HTML>
 
51
<TITLE>BLAST Search </TITLE>
 
52
<BODY BGCOLOR="#FFFFFF" LINK="#0000FF" VLINK="#660099" ALINK="#660099">
 
53
<map name=img_map>
 
54
<area shape=rect coords=2,1,48,21 href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov">
 
55
<area shape=rect coords=385,1,435,21 href="index.html">
 
56
<area shape=rect coords=436,1,486,21 href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/">
 
57
<area shape=rect coords=487,1,508,21 href="docs/blast_help.html">
 
58
</map>
 
59
<img USEMAP=#img_map WIDTH=509 HEIGHT=22 SRC="images/rpsblast.gif" ISMAP> 
 
60
 
 
61
<FORM ACTION="blast.cgi" METHOD = POST NAME="MainBlastForm" ENCTYPE= "multipart/form-data">
 
62
<B>Choose program to use and database to search:</B>
 
63
<P>
 
64
<a href="docs/blast_program.html">Program</a>
 
65
<select name = "PROGRAM">
 
66
    <option VALUE = blastp> Protein vs. CDD 
 
67
    <option VALUE = blastx> DNA vs. CDD 
 
68
</select>
 
69
<a href="docs/blast_databases.html">Database</a>
 
70
<select name = "DATALIB">
 
71
    <option VALUE = "CDD/test_CDD_db"> test_CDD_db 
 
72
</select>
 
73
 
 
74
<INPUT type="hidden" name = "BLAST_TYPE" value = "rpsblast">
 
75
<INPUT TYPE = "hidden" NAME = "RPSBLAST">
 
76
 
 
77
<!--
 
78
Enter here your input data as 
 
79
<select name = "INPUT_TYPE"> 
 
80
    <option> Sequence in FASTA format 
 
81
    <option> Accession or GI 
 
82
</select>
 
83
-->
 
84
 
 
85
<P>
 
86
Enter sequence below in <a href="docs/fasta.html">FASTA</a>  format 
 
87
<BR>
 
88
<textarea name="SEQUENCE" rows=6 cols=60>
 
89
</textarea>
 
90
<BR>
 
91
Or load it from disk 
 
92
<INPUT TYPE="file" NAME="SEQFILE">
 
93
<P>
 
94
<INPUT TYPE="button" VALUE="Clear sequence" onClick="MainBlastForm.SEQUENCE.value='';MainBlastForm.SEQUENCE.focus();">
 
95
<INPUT TYPE="submit" VALUE="Search">
 
96
<HR>
 
97
 
 
98
The query sequence is 
 
99
<a href="docs/filtered.html">filtered</a> 
 
100
for low complexity regions by default.
 
101
<BR>
 
102
<a href="docs/newoptions.html#filter">Filter</a>
 
103
 <INPUT TYPE="checkbox" VALUE="L" NAME="FILTER" CHECKED> Low complexity
 
104
 <INPUT TYPE="checkbox" VALUE="m" NAME="FILTER"> Mask for lookup table only
 
105
<P>
 
106
<a href="docs/newoptions.html#expect">Expect</a>
 
107
<select name = "EXPECT">
 
108
    <option> 0.0001 
 
109
    <option> 0.01 
 
110
    <option> 1 
 
111
    <option selected> 10 
 
112
    <option> 100 
 
113
    <option> 1000 
 
114
</select>
 
115
&nbsp;&nbsp;
 
116
 
 
117
<a href="docs/matrix_info.html">Matrix</a>
 
118
<select name = "MATRIX">
 
119
    <option value = "PAM30"> PAM30 </option>
 
120
    <option value = "PAM70"> PAM70 </option> 
 
121
    <option value = "BLOSUM80"> BLOSUM80 </option>
 
122
    <option selected value = "BLOSUM62"> BLOSUM62 </option>
 
123
    <option value = "BLOSUM45"> BLOSUM45 </option>
 
124
</select>
 
125
<P>
 
126
<a href="docs/newoptions.html#gencodes">Query Genetic Codes (Translated RPS Blast) 
 
127
</a>
 
128
<select name = "GENETIC_CODE">
 
129
 <option> Standard (1) 
 
130
 <option> Vertebrate Mitochondrial (2) 
 
131
 <option> Yeast Mitochondrial (3) 
 
132
 <option> Mold Mitochondrial; ... (4) 
 
133
 <option> Invertebrate Mitochondrial (5) 
 
134
 <option> Ciliate Nuclear; ... (6) 
 
135
 <option> Echinoderm Mitochondrial (9) 
 
136
 <option> Euplotid Nuclear (10) 
 
137
 <option> Bacterial (11) 
 
138
 <option> Alternative Yeast Nuclear (12) 
 
139
 <option> Ascidian Mitochondrial (13) 
 
140
 <option> Flatworm Mitochondrial (14) 
 
141
 <option> Blepharisma Macronuclear (15) 
 
142
</select>
 
143
<P>
 
144
<a href="docs/full_options.html">Other advanced options:</a> 
 
145
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
 
146
<INPUT TYPE="text" NAME="OTHER_ADVANCED" VALUE="" MAXLENGTH="50">
 
147
<HR>
 
148
<!--
 
149
<INPUT TYPE="checkbox" NAME="NCBI_GI" >&nbsp;&nbsp;
 
150
<a href="docs/newoptions.html#ncbi-gi"> NCBI-gi</a>
 
151
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 
152
-->
 
153
<INPUT TYPE="checkbox" NAME="OVERVIEW"  CHECKED> 
 
154
 
 
155
<a href="docs/newoptions.html#graphical-overview">Graphical Overview</a>
 
156
&nbsp;&nbsp;
 
157
<a href="docs/options.html#alignmentviews">Alignment view</a>
 
158
<select name = "ALIGNMENT_VIEW">
 
159
    <option value=0> Pairwise
 
160
    <option value=1> query-anchored with identities
 
161
    <option value=2> query-anchored without identities
 
162
    <option value=3> flat query-anchored with identities
 
163
    <option value=4> flat query-anchored without identities
 
164
    <option value=7> BLAST XML
 
165
    <option value=9> Hit Table 
 
166
</select>
 
167
<BR>
 
168
<a href="docs/newoptions.html#descriptions">Descriptions</a>
 
169
<select name = "DESCRIPTIONS">
 
170
    <option> 0 
 
171
    <option> 10 
 
172
    <option> 50 
 
173
    <option selected> 100 
 
174
    <option> 250 
 
175
    <option> 500 
 
176
</select>
 
177
&nbsp;&nbsp;
 
178
<a href="docs/newoptions.html#alignments">Alignments</a>
 
179
<select name = "ALIGNMENTS">
 
180
    <option> 0 
 
181
    <option> 10 
 
182
    <option selected> 50 
 
183
    <option> 100 
 
184
    <option> 250 
 
185
    <option> 500 
 
186
</select>
 
187
<a href="docs/color_schema.html">Color schema</a>
 
188
<select name = "COLOR_SCHEMA">
 
189
    <option selected value = 0> No color schema 
 
190
    <option value = 1> Color schema 1 
 
191
    <option value = 2> Color schema 2  
 
192
    <option value = 3> Color schema 3 
 
193
    <option value = 4> Color schema 4 
 
194
    <option value = 5> Color schema 5 
 
195
    <option value = 6> Color schema 6 
 
196
</select>
 
197
<P>
 
198
<INPUT TYPE="button" VALUE="Clear sequence" onClick="MainBlastForm.SEQUENCE.value='';MainBlastForm.SEQFILE.value='';MainBlastForm.SEQUENCE.focus();">
 
199
<INPUT TYPE="submit" VALUE="Search">
 
200
</FORM>
 
201
<HR>
 
202
<ADDRESS>
 
203
Comments and suggestions to:&lt; <a href="mailto:blast-help@ncbi.nlm.nih.gov">blast-help@ncbi.nlm.nih.gov</a> &gt
 
204
</ADDRESS>
 
205
<BR>
 
206
<!-- Created: Thu Mar 16 16:41:05 EST 2000 -->
 
207
<!-- hhmts start -->
 
208
Last modified: Jan 11, 2002
 
209
<!-- hhmts end -->
 
210
</BODY>
 
211
</HTML>