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Viewing changes to doc/man/Psequin.1

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

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Lines of Context:
doc/man/Psequin.1
 
1
.TH PSEQUIN 1 2003-04-26 NCBI "NCBI Tools User's Manual"
 
2
.SH NAME
 
3
Psequin \- submit sequences to Genbank, EMBL, and DDBJ
 
4
.SH SYNOPSIS
 
5
.B Psequin
 
6
[\|\fB-b\fP\|]
 
7
[\|\fB-bse\fP\|]
 
8
[\|\fB-e\fP\|]
 
9
[\|\fB-f\fP\ \fIfilename\fP\|]
 
10
[\|\fB-gc\fP\|]
 
11
[\|\fB-h\fP\|]
 
12
[\|\fB-oldaln\fP\|]
 
13
[\|\fB-oldasn\fP\|]
 
14
[\|\fB-oldgph\fP\|]
 
15
[\|\fB-oldseq\fP\|]
 
16
[\|\fB-oldsource\fP\|]
 
17
[\|\fB-s\fP\|]
 
18
[\|\fB-w\fP\|]
 
19
[\|\fB-x\fP\|]
 
20
.SH DESCRIPTION
 
21
\fBPsequin\fP is a program designed to aid in the submission of
 
22
sequences to the GenBank, EMBL, and DDBJ sequence databases. It was
 
23
written at the National Center for Biotechnology Information, part of
 
24
the National Library of Medicine at the National Institutes of Health.
 
25
.PP
 
26
\fBPsequin\fP can assemble the essential elements of a GenBank record
 
27
from simple FASTA-format text files. For example, the program obtains
 
28
the proper genetic code from an organism name, and automatically
 
29
determines coding region intervals by back-translation from the
 
30
protein sequence. An on-line help window scrolls to the appropriate
 
31
place as the user moves between and within data entry forms, giving
 
32
relevant details on what information is expected.
 
33
.PP
 
34
\fBPsequin\fP also contains a number of built-in validation functions
 
35
for quality assurance. Features such as splice sites and coding region
 
36
translations are checked for accuracy or internal
 
37
consistency. Double-clicking on an error message launches an
 
38
appropriate editor by which the user can correct any problems.
 
39
.PP
 
40
\fBPsequin\fP provides live, clickable views of the data in a variety
 
41
of formats, including a report form, GenBank flatfile, EMBL flatfile,
 
42
and a graphical view. Double clicking on an item in any of these
 
43
formats launches an editor for that item. The editor is capable of
 
44
maintaining correct feature table positions as the underlying sequence
 
45
is edited. It can display features on the sequence during editing, and
 
46
allows feature intervals to be adjusted by direct manipulation.
 
47
.SH OPTIONS
 
48
.TP
 
49
\fB-b\fP
 
50
Bioseq-set mode
 
51
.TP
 
52
\fB-bse\fP
 
53
binseqentry mode
 
54
.TP
 
55
\fB-e\fP
 
56
Entrez mode
 
57
.TP
 
58
\fB-f\fP\ \fIfilename\fP
 
59
read from \fIfilename\fP
 
60
.TP
 
61
\fB-gc\fP
 
62
genome center mode
 
63
.TP
 
64
\fB-h\fP
 
65
turn off automatic help
 
66
.TP
 
67
\fB-oldaln\fP
 
68
use old alignment reader
 
69
.TP
 
70
\fB-oldasn\fP
 
71
leave as old ASN.1
 
72
.TP
 
73
\fB-oldgph\fP
 
74
use old graphic view
 
75
.TP
 
76
\fB-oldseq\fP
 
77
use old sequence view
 
78
.TP
 
79
\fB-oldsource\fP
 
80
use old flat-file source format
 
81
.TP
 
82
\fB-s\fP
 
83
subtool mode
 
84
.TP
 
85
\fB-w\fP
 
86
workbench mode
 
87
.TP
 
88
\fB-x\fP
 
89
read from standard input
 
90
.SH AUTHOR
 
91
The National Center for Biotechnology Information.
 
92
.SH SEE ALSO
 
93
.ad l
 
94
.BR tbl2asn (1),
 
95
sequin.htm,
 
96
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/>