← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/maverick/ncbi-tools6/maverick

« back to all changes in this revision

Viewing changes to object/objcode.c

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
object/objcode.c
29
29
*   
30
30
* Version Creation Date: 4/1/91
31
31
*
32
 
* $Revision: 6.6 $
 
32
* $Revision: 6.10 $
33
33
*
34
34
* File Description:  Object manager for module NCBI-SeqCode
35
35
*
41
41
*
42
42
*
43
43
* $Log: objcode.c,v $
 
44
* Revision 6.10  2004/04/01 13:43:07  lavr
 
45
* Spell "occurred", "occurrence", and "occurring"
 
46
*
 
47
* Revision 6.9  2002/09/13 15:07:17  kans
 
48
* restored U Selenocysteine to iupacaa rather than kludge asn2gnbk
 
49
*
 
50
* Revision 6.8  2002/06/27 19:45:39  kans
 
51
* reverted U Selenocysteine addition to iupac
 
52
*
 
53
* Revision 6.7  2002/06/27 13:24:39  kans
 
54
* added U Selenocysteine to iupacaa, changed conversion tables to reflect that
 
55
*
44
56
* Revision 6.6  1999/04/23 12:47:43  madden
45
57
* Use PATH_MAX in SeqCodeSetLoad
46
58
*
188
200
*
189
201
*   SeqMapTableAsnRead(aip, atp)
190
202
*       atp is the current type (if identifier of a parent struct)
191
 
*            assumption is readIdent has occured
 
203
*            assumption is readIdent has occurred
192
204
*       if atp == NULL, then assumes it stands alone and read ident
193
 
*            has not occured.
 
205
*            has not occurred.
194
206
*
195
207
*****************************************************************************/
196
208
NLM_EXTERN SeqMapTablePtr LIBCALL SeqMapTableAsnRead (AsnIoPtr aip, AsnTypePtr orig)
433
445
*
434
446
*   SeqCodeTableAsnRead(aip, atp)
435
447
*       atp is the current type (if identifier of a parent struct)
436
 
*            assumption is readIdent has occured
 
448
*            assumption is readIdent has occurred
437
449
*       if atp == NULL, then assumes it stands alone and read ident
438
 
*            has not occured.
 
450
*            has not occurred.
439
451
*
440
452
*****************************************************************************/
441
453
NLM_EXTERN SeqCodeTablePtr LIBCALL SeqCodeTableAsnRead (AsnIoPtr aip, AsnTypePtr orig)
699
711
*
700
712
*   SeqCodeSetAsnRead(aip, atp)
701
713
*       atp is the current type (if identifier of a parent struct)
702
 
*            assumption is readIdent has occured
 
714
*            assumption is readIdent has occurred
703
715
*       if atp == NULL, then assumes it stands alone and read ident
704
 
*            has not occured.
 
716
*            has not occurred.
705
717
*
706
718
*****************************************************************************/
707
719
NLM_EXTERN SeqCodeSetPtr LIBCALL SeqCodeSetAsnRead (AsnIoPtr aip, AsnTypePtr orig)
827
839
"{ symbol \"R\", name \"Arginine\"},\n" \
828
840
"{ symbol \"S\", name \"Serine\"},\n" \
829
841
"{ symbol \"T\", name \"Threonine\"},\n" \
830
 
"{ symbol \"\", name \"\"},\n" \
 
842
"{ symbol \"U\", name \"Selenocysteine\"},\n" \
831
843
"{ symbol \"V\", name \"Valine\"},\n" \
832
844
"{ symbol \"W\", name \"Tryptophan\" },\n" \
833
845
"{ symbol \"X\", name \"Undetermined or atypical\"},\n" \
974
986
"{ from ncbi4na , to ncbi2na , num 16 ,\n" \
975
987
"table { 3, 0, 1, 1, 2, 2, 1, 0, 3, 3, 3, 0, 2, 2, 1, 0 } } ,\n" \
976
988
"{ from iupacaa , to ncbieaa , num 26 , start-at 65 ,\n" \
977
 
"table { 65 , 66 , 67 , 68, 69, 70, 71, 72, 73, 255, 75, 76, 77, 78, 255, 80, 81, 82, 83, 84, 255, 86, 87, 88, 89, 90 } } ,\n" \
 
989
"table { 65 , 66 , 67 , 68, 69, 70, 71, 72, 73, 255, 75, 76, 77, 78, 255, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90 } } ,\n" \
978
990
"{ from ncbieaa , to iupacaa , num 49 , start-at 42 ,\n" \
979
991
"table { 88 , 255, 255, 88, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255,\n" \
980
 
"65 , 66 , 67 , 68, 69, 70, 71, 72, 73, 255, 75, 76, 77, 78, 255, 80, 81, 82, 83, 84, 88, 86, 87, 88, 89, 90 } } ,\n" \
 
992
"65 , 66 , 67 , 68, 69, 70, 71, 72, 73, 255, 75, 76, 77, 78, 255, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90 } } ,\n" \
981
993
"{ from iupacaa , to ncbistdaa , num 26 , start-at 65 ,\n" \
982
 
"table { 1 , 2 , 3 , 4, 5, 6, 7, 8, 9, 255, 10, 11, 12, 13, 255, 14, 15, 16, 17, 18, 255, 19, 20, 21, 22, 23 } } ,\n" \
 
994
"table { 1 , 2 , 3 , 4, 5, 6, 7, 8, 9, 255, 10, 11, 12, 13, 255, 14, 15, 16, 17, 18, 24, 19, 20, 21, 22, 23 } } ,\n" \
983
995
"{ from ncbieaa , to ncbistdaa , num 49 , start-at 42 ,\n" \
984
996
"table { 25, 255, 255, 0, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255,\n" \
985
997
"1 , 2 , 3 , 4, 5, 6, 7, 8, 9, 255, 10, 11, 12, 13, 255, 14, 15, 16, 17, 18, 24, 19, 20, 21, 22, 23 } } ,\n" \
986
998
"{ from ncbistdaa , to ncbieaa , num 26 ,\n" \
987
999
"table { 45 , 65 , 66 , 67 , 68, 69, 70, 71, 72, 73, 75, 76, 77, 78, 80, 81, 82, 83, 84, 86, 87, 88, 89, 90, 85, 42} } ,\n" \
988
1000
"{ from ncbistdaa , to iupacaa , num 26 ,\n" \
989
 
"table { 255 , 65 , 66 , 67 , 68, 69, 70, 71, 72, 73, 75, 76, 77, 78, 80, 81, 82, 83, 84, 86, 87, 88, 89, 90, 88, 255} } } };\n";
 
1001
"table { 255 , 65 , 66 , 67 , 68, 69, 70, 71, 72, 73, 75, 76, 77, 78, 80, 81, 82, 83, 84, 86, 87, 88, 89, 90, 85, 255} } } };\n";
990
1002
#endif
991
1003
 
992
1004
/*****************************************************************************