← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/quantal/genometools/quantal-backports

« back to all changes in this revision

Viewing changes to scripts/gthcleanrec.sh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Sascha Steinbiss
  • Date: 2012-07-09 14:10:23 UTC
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20120709141023-juuu4spm6chqsf9o
Tags: upstream-1.4.1
Import upstream version 1.4.1

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
scripts/gthcleanrec.sh
 
1
#!/bin/sh -e
 
2
#
 
3
# Copyright (c) 2004-2008, 2012 Gordon Gremme <gremme@zbh.uni-hamburg.de>
 
4
# Copyright (c) 2004-2008       Center for Bioinformatics, University of Hamburg
 
5
#
 
6
# Permission to use, copy, modify, and distribute this software for any
 
7
# purpose with or without fee is hereby granted, provided that the above
 
8
# copyright notice and this permission notice appear in all copies.
 
9
#
 
10
# THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS" AND THE AUTHOR DISCLAIMS ALL WARRANTIES
 
11
# WITH REGARD TO THIS SOFTWARE INCLUDING ALL IMPLIED WARRANTIES OF
 
12
# MERCHANTABILITY AND FITNESS. IN NO EVENT SHALL THE AUTHOR BE LIABLE FOR
 
13
# ANY SPECIAL, DIRECT, INDIRECT, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES OR ANY DAMAGES
 
14
# WHATSOEVER RESULTING FROM LOSS OF USE, DATA OR PROFITS, WHETHER IN AN
 
15
# ACTION OF CONTRACT, NEGLIGENCE OR OTHER TORTIOUS ACTION, ARISING OUT OF
 
16
# OR IN CONNECTION WITH THE USE OR PERFORMANCE OF THIS SOFTWARE.
 
17
#
 
18
 
 
19
# descend recursively in all subdirectries of the current directory and
 
20
# clean (i.e., remove!) all files comprising the index constructed by mkvtree
 
21
# and all *.polya and *.polya.info files constructed by gth
 
22
# furthermore, all bioseq files (*.bsi, *.bsr, and *.md5) are removed
 
23
 
 
24
SUFFIXES="ssp llv skp al1 al2 des prj lcp suf tis ois bwt bck sds iso sti sti1 cld cld1 crf cfr lsf polya polya.info bsi bsr md5"
 
25
 
 
26
for SUFFIX in $SUFFIXES
 
27
do
 
28
  find . -name "*.$SUFFIX" -print0 | xargs -0 rm -f
 
29
done