← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/quantal/genometools/quantal-backports

« back to all changes in this revision

Viewing changes to testsuite/gt_sketch_include.rb

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Sascha Steinbiss
  • Date: 2012-07-09 14:10:23 UTC
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20120709141023-juuu4spm6chqsf9o
Tags: upstream-1.4.1
Import upstream version 1.4.1

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
testsuite/gt_sketch_include.rb
 
1
Name "gt sketch short test"
 
2
Keywords "gt_sketch"
 
3
Test do
 
4
  run_test "#{$bin}gt sketch out.png #{$testdata}gff3_file_1_short.txt", \
 
5
           :maxtime => 600
 
6
  run "test -e out.png"
 
7
end
 
8
 
 
9
Name "gt sketch short test (stdin)"
 
10
Keywords "gt_sketch"
 
11
Test do
 
12
  run_test "#{$bin}gt sketch out.png < #{$testdata}gff3_file_1_short.txt", \
 
13
           :maxtime => 600
 
14
  run "test -e out.png"
 
15
end
 
16
 
 
17
Name "gt sketch short test (unknown output format)"
 
18
Keywords "gt_sketch"
 
19
Test do
 
20
  run_test("#{$bin}gt sketch -format unknown out.png " + \
 
21
           "#{$testdata}gff3_file_1_short.txt", :retval => 1, :maxtime => 600)
 
22
  grep(last_stderr, /must be one of:/)
 
23
end
 
24
 
 
25
Name "gt sketch short test (unwriteable PNG file)"
 
26
Keywords "gt_sketch"
 
27
Test do
 
28
  run "touch unwriteable.png"
 
29
  run "chmod u-w unwriteable.png"
 
30
  run_test("#{$bin}gt sketch -force unwriteable.png " + \
 
31
           "#{$testdata}gff3_file_1_short.txt", :retval => 1, :maxtime => 600)
 
32
  grep(last_stderr, /an I\/O error occurred/)
 
33
end
 
34
 
 
35
Name "gt sketch short test (unwriteable PDF file)"
 
36
Keywords "gt_sketch"
 
37
Test do
 
38
  run "touch unwriteable.pdf"
 
39
  run "chmod u-w unwriteable.pdf"
 
40
  run_test("#{$bin}gt sketch -format pdf -force unwriteable.pdf " + \
 
41
           "#{$testdata}gff3_file_1_short.txt", :retval => 1, :maxtime => 600)
 
42
  grep(last_stderr, /Permission denied/)
 
43
end
 
44
 
 
45
Name "gt sketch short test (nonexistant style file)"
 
46
Keywords "gt_sketch"
 
47
Test do
 
48
  run_test("#{$bin}gt sketch -style foo.bar out.png " + \
 
49
           "#{$testdata}gff3_file_1_short.txt", :retval => 1, :maxtime => 600)
 
50
  grep(last_stderr, /style file 'foo.bar' does not exist/)
 
51
end
 
52
 
 
53
Name "gt sketch short test (invalid style file)"
 
54
Keywords "gt_sketch"
 
55
Test do
 
56
  run "echo thisisnotlua > foo.bar"
 
57
  run_test("#{$bin}gt sketch  -style foo.bar out.png " + \
 
58
           "#{$testdata}gff3_file_1_short.txt", :retval => 1, :maxtime => 600)
 
59
  grep(last_stderr, /cannot run style file/)
 
60
end
 
61
 
 
62
Name "gt sketch prob 1"
 
63
Keywords "gt_sketch"
 
64
Test do
 
65
  run_test("#{$bin}gt sketch out.png #{$testdata}gt_view_prob_1.gff3", \
 
66
           :retval => 1, :maxtime => 600)
 
67
end
 
68
 
 
69
Name "gt sketch prob 2"
 
70
Keywords "gt_sketch"
 
71
Test do
 
72
  run_test "#{$bin}gt sketch out.png #{$testdata}gt_view_prob_2.gff3", \
 
73
           :maxtime => 600
 
74
  run "test -e out.png"
 
75
end
 
76
 
 
77
Name "gt sketch track IDs to style file"
 
78
Keywords "gt_sketch"
 
79
Test do
 
80
  run "cp #{$testdata}eden.gff3 eden2.gff3"
 
81
  run_test "#{$bin}gt sketch -force -style " + \
 
82
           "#{$testdata}trackname1.style out.png #{$testdata}eden.gff3 " + \
 
83
           "eden2.gff3"
 
84
  run "diff #{last_stdout} #{$testdata}trackname1.out"
 
85
  run "test -e out.png"
 
86
end
 
87
 
 
88
Name "gt sketch multiline without parent"
 
89
Keywords "gt_sketch"
 
90
Test do
 
91
  run_test "#{$bin}gt sketch out.png #{$testdata}gt_sketch_multiline_without_parent.gff3", :maxtime => 600
 
92
  run "test -e out.png"
 
93
end
 
94
 
 
95
Name "gt sketch pipe"
 
96
Keywords "gt_sketch"
 
97
Test do
 
98
  run "#{$bin}gt gff3 #{$testdata}gff3_file_1_short.txt > in.gff3"
 
99
  run_test "#{$bin}gt sketch -pipe out.png in.gff3 > out.gff3", :maxtime => 600
 
100
  run "diff in.gff3 out.gff3"
 
101
end
 
102
 
 
103
Name "gt sketch streams <-> file output"
 
104
Keywords "gt_sketch streams annotationsketch"
 
105
Test do
 
106
  m = `#{$bin}gt sketch -help`.match(/graphics format\s+choose from ([^ ]+)/m)
 
107
  raise TestFailedError if m.nil?
 
108
  m[1].chomp.split("|").each do |format|
 
109
    run_test "#{$bin}gt sketch -format #{format} out.#{format} #{$testdata}eden.gff3"
 
110
    run_test "#{$bin}gt sketch -streams -format #{format} streamout.#{format} #{$testdata}eden.gff3"
 
111
    # some formats will diff in their creation date, remove it
 
112
    run "sed -i '/CreationDate/d' out.#{format} streamout.#{format}"
 
113
    run "diff out.#{format} streamout.#{format}"
 
114
  end
 
115
end
 
116
 
 
117
Name "gt sketch -showrecmaps"
 
118
Keywords "gt_sketch showrecmaps"
 
119
Test do
 
120
  run_test "#{$bin}gt sketch -showrecmaps out.png " +
 
121
           "#{$testdata}standard_gene_as_tree.gff3", :maxtime => 600
 
122
  run "diff #{last_stdout} #{$testdata}standard_gene_as_tree.recmaps"
 
123
end
 
124
 
 
125
Name "gt sketch -showrecmaps (normal text size)"
 
126
Keywords "gt_sketch showrecmaps"
 
127
Test do
 
128
  run_test "#{$bin}gt sketch -showrecmaps out.png " +
 
129
           "#{$testdata}gt_sketch_textwidth.gff3", :maxtime => 600
 
130
  run "diff #{last_stdout} #{$testdata}gt_sketch_textwidth_0.recmaps"
 
131
end
 
132
 
 
133
Name "gt sketch -showrecmaps (narrow image)"
 
134
Keywords "gt_sketch showrecmaps"
 
135
Test do
 
136
  run_test "#{$bin}gt sketch -width 300 -showrecmaps out.png " +
 
137
           "#{$testdata}gt_sketch_textwidth.gff3", :maxtime => 600
 
138
  run "diff #{last_stdout} #{$testdata}gt_sketch_textwidth_1.recmaps"
 
139
end
 
140
 
 
141
Name "gt sketch -showrecmaps (large text size)"
 
142
Keywords "gt_sketch showrecmaps"
 
143
Test do
 
144
  run_test "#{$bin}gt sketch -style #{$testdata}bigfonts.style " + \
 
145
           "-showrecmaps out.png #{$testdata}gt_sketch_textwidth.gff3", \
 
146
           :maxtime => 600
 
147
  run "diff #{last_stdout} #{$testdata}gt_sketch_textwidth_2.recmaps"
 
148
end
 
149
 
 
150
Name "gt sketch runtime Lua failures"
 
151
Keywords "gt_sketch lua"
 
152
Test do
 
153
  Dir.glob("#{$testdata}fail*style") do |file|
 
154
    run_test("#{$bin}gt sketch -style #{file} " + \
 
155
             "out.png #{$testdata}eden.gff3", \
 
156
             :maxtime => 600, :retval => 1)
 
157
    grep(last_stderr, 'attempt to call global \'fail\'')
 
158
  end
 
159
end
 
160
 
 
161
Name "sketch_constructed (C)"
 
162
Keywords "gt_sketch annotationsketch"
 
163
Test do
 
164
  run_test "#{$bin}examples/sketch_constructed " + \
 
165
           "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_constructed.png", \
 
166
           :maxtime => 600
 
167
end
 
168
 
 
169
Name "sketch_parsed (C)"
 
170
Keywords "gt_sketch annotationsketch"
 
171
Test do
 
172
  run_test "#{$bin}examples/sketch_parsed " + \
 
173
           "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_parsed.png " + \
 
174
           "#{$testdata}standard_gene_with_introns_as_tree.gff3 ", \
 
175
           :maxtime => 600
 
176
end
 
177
 
 
178
Name "sketch_parsed reverse order (C)"
 
179
Keywords "gt_sketch annotationsketch"
 
180
Test do
 
181
  run_test "#{$bin}examples/sketch_parsed_with_ordering " + \
 
182
           "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_parsed.png " + \
 
183
           "#{$testdata}eden.gff3 ", \
 
184
           :maxtime => 600
 
185
  run "diff #{last_stdout} #{$testdata}order_sketch_out.txt"
 
186
end
 
187
 
 
188
Name "sketch_constructed (Lua)"
 
189
Keywords "gt_sketch gt_scripts annotationsketch"
 
190
Test do
 
191
  run_test "#{$bin}gt #{$cur}/gtscripts/sketch_constructed.lua " + \
 
192
           "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_constructed.png", \
 
193
           :maxtime => 600
 
194
end
 
195
 
 
196
Name "sketch_parsed (Lua)"
 
197
Keywords "gt_sketch gt_scripts annotationsketch"
 
198
Test do
 
199
  run_test "#{$bin}gt #{$cur}/gtscripts/sketch_parsed.lua " + \
 
200
           "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_parsed.png " + \
 
201
           "#{$testdata}standard_gene_with_introns_as_tree.gff3", \
 
202
           :maxtime => 600
 
203
end
 
204
 
 
205
Name "sketch_constructed (Python)"
 
206
Keywords "gt_sketch gt_python annotationsketch"
 
207
Test do
 
208
  run_python "#{$cur}/gtpython/sketch_constructed.py " + \
 
209
             "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_constructed.png", \
 
210
             :maxtime => 600
 
211
end
 
212
 
 
213
Name "sketch_parsed (Python)"
 
214
Keywords "gt_sketch gt_python annotationsketch"
 
215
Test do
 
216
  run_python "#{$cur}/gtpython/sketch_parsed.py " + \
 
217
             "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_parsed.png " + \
 
218
             "#{$testdata}standard_gene_with_introns_as_tree.gff3", \
 
219
             :maxtime => 600
 
220
end
 
221
 
 
222
Name "sketch_parsed reverse order (Python)"
 
223
Keywords "gt_sketch gt_python annotationsketch"
 
224
Test do
 
225
  run_python "#{$testdata}gtpython/sketch_parsed_with_ordering.py " + \
 
226
             "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_parsed.png " + \
 
227
             "#{$testdata}standard_gene_with_introns_as_tree.gff3", \
 
228
             :maxtime => 600
 
229
end
 
230
 
 
231
Name "sketch_parsed invalid order (Python, string != int)"
 
232
Keywords "gt_sketch gt_python annotationsketch"
 
233
Test do
 
234
  run_python "#{$testdata}gtpython/sketch_parsed_with_invalid_ordering.py " + \
 
235
             "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_parsed.png " + \
 
236
             "#{$testdata}standard_gene_with_introns_as_tree.gff3", \
 
237
             :maxtime => 600
 
238
  grep(last_stderr, /Track ordering function must return a number/)
 
239
end
 
240
 
 
241
Name "sketch_parsed invalid order (Python, None)"
 
242
Keywords "gt_sketch gt_python annotationsketch"
 
243
Test do
 
244
  run_python "#{$testdata}gtpython/sketch_parsed_with_invalid_ordering_2.py " + \
 
245
             "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_parsed.png " + \
 
246
             "#{$testdata}standard_gene_with_introns_as_tree.gff3", \
 
247
             :maxtime => 600
 
248
  grep(last_stderr, /Track ordering function must return a number/)
 
249
end
 
250
 
 
251
Name "Python runtime style failures"
 
252
  Keywords "gt_sketch gt_python annotationsketch"
 
253
  Test do
 
254
  Dir.glob("#{$testdata}fail*style") do |file|
 
255
    run_python "#{$cur}/gtpython/sketch_parsed.py " + \
 
256
               "#{file} sketch_parsed.png " + \
 
257
               "#{$testdata}eden.gff3", \
 
258
               :maxtime => 600, :retval => 1
 
259
    grep(last_stderr, 'attempt to call global \'fail\'')
 
260
 
 
261
    run_python "#{$cur}/gtpython/sketch_constructed.py " + \
 
262
               "#{file} sketch_constructed.png", \
 
263
               :maxtime => 600, :retval => 1
 
264
    grep(last_stderr, 'attempt to call global \'fail\'')
 
265
 
 
266
    run_python "#{$testdata}gtpython/style_serialize.py #{file}", :retval => 1
 
267
    grep(last_stderr, 'expected boolean, number, or string')
 
268
  end
 
269
end
 
270
 
 
271
Name "sketch_constructed (Ruby)"
 
272
Keywords "gt_sketch gt_ruby annotationsketch"
 
273
Test do
 
274
  run_ruby "#{$cur}/gtruby/sketch_constructed.rb " + \
 
275
           "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_constructed.png", \
 
276
           :maxtime => 600
 
277
end
 
278
 
 
279
Name "sketch_parsed (Ruby)"
 
280
Keywords "gt_sketch gt_ruby annotationsketch"
 
281
Test do
 
282
  run_ruby "#{$cur}/gtruby/sketch_parsed.rb " + \
 
283
           "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_parsed.png " + \
 
284
           "#{$testdata}standard_gene_with_introns_as_tree.gff3", \
 
285
           :maxtime => 600
 
286
end
 
287
 
 
288
Name "sketch_parsed reverse order (Ruby)"
 
289
Keywords "gt_sketch gt_ruby annotationsketch"
 
290
Test do
 
291
  run_ruby "#{$testdata}gtruby/sketch_parsed_with_ordering.rb " + \
 
292
           "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_parsed.png " + \
 
293
           "#{$testdata}standard_gene_with_introns_as_tree.gff3", \
 
294
           :maxtime => 600
 
295
end
 
296
 
 
297
Name "sketch_parsed invalid order (Ruby, string != numeric)"
 
298
Keywords "gt_sketch gt_ruby annotationsketch"
 
299
Test do
 
300
  run_ruby "#{$testdata}gtruby/sketch_parsed_with_invalid_ordering.rb " + \
 
301
           "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_parsed.png " + \
 
302
           "#{$testdata}standard_gene_with_introns_as_tree.gff3", \
 
303
           :maxtime => 600, :retval => 1
 
304
  grep(last_stderr, /Track ordering callback must return a number/)
 
305
end
 
306
 
 
307
Name "sketch_parsed invalid order (Ruby, nil)"
 
308
Keywords "gt_sketch gt_ruby annotationsketch"
 
309
Test do
 
310
  run_ruby "#{$testdata}gtruby/sketch_parsed_with_invalid_ordering_2.rb " + \
 
311
           "#{$cur}/gtdata/sketch/default.style sketch_parsed.png " + \
 
312
           "#{$testdata}standard_gene_with_introns_as_tree.gff3", \
 
313
           :maxtime => 600, :retval => 1
 
314
  grep(last_stderr, /Track ordering callback must return a number/)
 
315
end
 
316
 
 
317
Name "Ruby runtime style failures"
 
318
Keywords "gt_sketch gt_ruby annotationsketch"
 
319
Test do
 
320
  Dir.glob("#{$testdata}fail*style") do |file|
 
321
    run_ruby "#{$cur}/gtruby/sketch_parsed.rb " + \
 
322
             "#{file} sketch_parsed.png " + \
 
323
             "#{$testdata}eden.gff3", \
 
324
             :maxtime => 600, :retval => 1
 
325
    grep(last_stderr, 'attempt to call global \'fail\'')
 
326
 
 
327
    run_ruby "#{$cur}/gtruby/sketch_constructed.rb " + \
 
328
             "#{file} sketch_constructed.png", \
 
329
             :maxtime => 600, :retval => 1
 
330
    grep(last_stderr, 'attempt to call global \'fail\'')
 
331
 
 
332
    run_ruby "#{$testdata}gtruby/style_serialize.rb #{file}", :retval => 1
 
333
    grep(last_stderr, 'expected boolean, number, or string')
 
334
  end
 
335
end