← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/quantal/genometools/quantal-backports

« back to all changes in this revision

Viewing changes to testdata/embl_test4.embl

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Sascha Steinbiss
  • Date: 2012-07-09 14:10:23 UTC
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20120709141023-juuu4spm6chqsf9o
Tags: upstream-1.4.1
Import upstream version 1.4.1

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
testdata/embl_test4.embl
 
1
ID   X56734; SV 1; linear; mRNA; STD; PLN; 1859 BP.
 
2
XX
 
3
AC   X56734; S46826;
 
4
XX
 
5
DT   12-SEP-1991 (Rel. 29, Created)
 
6
DT   25-NOV-2005 (Rel. 85, Last updated, Version 11)
 
7
XX
 
8
DE   Trifolium repens mRNA for non-cyanogenic beta-glucosidase
 
9
XX
 
10
KW   beta-glucosidase.
 
11
XX
 
12
OS   Trifolium repens (white clover)
 
13
OC   Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
 
14
OC   Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons; core eudicotyledons; rosids;
 
15
OC   eurosids I; Fabales; Fabaceae; Papilionoideae; Trifolieae; Trifolium.
 
16
XX
 
17
RN   [5]
 
18
RP   1-1859
 
19
RX   DOI; 10.1007/BF00039495
 
20
RX   PUBMED; 1907511.
 
21
RA   Oxtoby E., Dunn M.A., Pancoro A., Hughes M.A.;
 
22
RT   "Nucleotide and derived amino acid sequence of the cyanogenic
 
23
RT   beta-glucosidase (linamarase) from white clover (Trifolium repens L.)";
 
24
RL   Plant Mol. Biol. 17(2):209-219(1991).
 
25
XX
 
26
RN   [6]
 
27
RP   1-1859
 
28
RA   Hughes M.A.;
 
29
RT   ;
 
30
RL   Submitted (19-NOV-1990) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases.
 
31
RL   Hughes M.A., University of Newcastle Upon Tyne, Medical School, Newcastle
 
32
RL   Upon Tyne, NE2 4HH, UK
 
33
XX
 
34
FH   Key             Location/Qualifiers
 
35
FH
 
36
FT   source          1..1859
 
37
FT                   /organism="Trifolium repens"
 
38
FT                   /mol_type="mRNA"
 
39
FT                   /clone_lib="lambda gt10"
 
40
FT                   /clone="TRE361"
 
41
FT                   /tissue_type="leaves"
 
42
FT                   /db_xref="taxon:3899"
 
43
FT   CDS             14..1495
 
44
FT                   /product="beta-glucosidase"
 
45
FT                   /EC_number="3.2.1.21"
 
46
FT                   /note="non-cyanogenic"
 
47
FT                   /db_xref="GOA:P26204"
 
48
FT                   /db_xref="HSSP:1CBG"
 
49
FT                   /db_xref="InterPro:IPR018120"
 
50
FT                   /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P26204"
 
51
FT                   /protein_id="CAA40058.1"
 
52
FT                   /translation="MDFIVAIFALFVISSFTITSTNAVEASTLLDIGNLSRSSFPRGFI
 
53
FT                   FGAGSSAYQFEGAVNEGGRGPSIWDTFTHKYPEKIRDGSNADITVDQYHRYKEDVGIMK
 
54
FT                   DQNMDSYRFSISWPRILPKGKLSGGINHEGIKYYNNLINELLANGIQPFVTLFHWDLPQ
 
55
FT                   VLEDEYGGFLNSGVINDFRDYTDLCFKEFGDRVRYWSTLNEPWVFSNSGYALGTNAPGR
 
56
FT                   CSASNVAKPGDSGTGPYIVTHNQILAHAEAVHVYKTKYQAYQKGKIGITLVSNWLMPLD
 
57
FT                   DNSIPDIKAAERSLDFQFGLFMEQLTTGDYSKSMRRIVKNRLPKFSKFESSLVNGSFDF
 
58
FT                   IGINYYSSSYISNAPSHGNAKPSYSTNPMTNISFEKHGIPLGPRAASIWIYVYPYMFIQ
 
59
FT                   EDFEIFCYILKINITILQFSITENGMNEFNDATLPVEEALLNTYRIDYYYRHLYYIRSA
 
60
FT                   IRAGSNVKGFYAWSFLDCNEWFAGFTVRFGLNFVD"
 
61
FT   mRNA            1..1859
 
62
FT                   /experiment="experimental evidence, no additional details
 
63
FT                   recorded"
 
64
XX
 
65
SQ   Sequence 1859 BP; 609 A; 314 C; 355 G; 581 T; 0 other;
 
66
     aaacaaacca aatatggatt ttattgtagc catatttgct ctgtttgtta ttagctcatt        60
 
67
     cacaattact tccacaaatg cagttgaagc ttctactctt cttgacatag gtaacctgag       120
 
68
     tcggagcagt tttcctcgtg gcttcatctt tggtgctgga tcttcagcat accaatttga       180
 
69
     aggtgcagta aacgaaggcg gtagaggacc aagtatttgg gataccttca cccataaata       240
 
70
     tccagaaaaa ataagggatg gaagcaatgc agacatcacg gttgaccaat atcaccgcta       300
 
71
     caaggaagat gttgggatta tgaaggatca aaatatggat tcgtatagat tctcaatctc       360
 
72
     ttggccaaga atactcccaa agggaaagtt gagcggaggc ataaatcacg aaggaatcaa       420
 
73
     atattacaac aaccttatca acgaactatt ggctaacggt atacaaccat ttgtaactct       480
 
74
     ttttcattgg gatcttcccc aagtcttaga agatgagtat ggtggtttct taaactccgg       540
 
75
     tgtaataaat gattttcgag actatacgga tctttgcttc aaggaatttg gagatagagt       600
 
76
     gaggtattgg agtactctaa atgagccatg ggtgtttagc aattctggat atgcactagg       660
 
77
     aacaaatgca ccaggtcgat gttcggcctc caacgtggcc aagcctggtg attctggaac       720
 
78
     aggaccttat atagttacac acaatcaaat tcttgctcat gcagaagctg tacatgtgta       780
 
79
     taagactaaa taccaggcat atcaaaaggg aaagataggc ataacgttgg tatctaactg       840
 
80
     gttaatgcca cttgatgata atagcatacc agatataaag gctgccgaga gatcacttga       900
 
81
     cttccaattt ggattgttta tggaacaatt aacaacagga gattattcta agagcatgcg       960
 
82
     gcgtatagtt aaaaaccgat tacctaagtt ctcaaaattc gaatcaagcc tagtgaatgg      1020
 
83
     ttcatttgat tttattggta taaactatta ctcttctagt tatattagca atgccccttc      1080
 
84
     acatggcaat gccaaaccca gttactcaac aaatcctatg accaatattt catttgaaaa      1140
 
85
     acatgggata cccttaggtc caagggctgc ttcaatttgg atatatgttt atccatatat      1200
 
86
     gtttatccaa gaggacttcg agatcttttg ttacatatta aaaataaata taacaatcct      1260
 
87
     gcaattttca atcactgaaa atggtatgaa tgaattcaac gatgcaacac ttccagtaga      1320
 
88
     agaagctctt ttgaatactt acagaattga ttactattac cgtcacttat actacattcg      1380
 
89
     ttctgcaatc agggctggct caaatgtgaa gggtttttac gcatggtcat ttttggactg      1440
 
90
     taatgaatgg tttgcaggct ttactgttcg ttttggatta aactttgtag attagaaaga      1500
 
91
     tggattaaaa aggtacccta agctttctgc ccaatggtac aagaactttc tcaaaagaaa      1560
 
92
     ctagctagta ttattaaaag aactttgtag tagattacag tacatcgttt gaagttgagt      1620
 
93
     tggtgcacct aattaaataa aagaggttac tcttaacata tttttaggcc attcgttgtg      1680
 
94
     aagttgttag gctgttattt ctattatact atgttgtagt aataagtgca ttgttgtacc      1740
 
95
     agaagctatg atcataacta taggttgatc cttcatgtat cagtttgatg ttgagaatac      1800
 
96
     tttgaattaa aagtcttttt ttattttttt aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaa       1859