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Viewing changes to algo/blast/core/blast_psi.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2009-08-11 22:03:47 UTC
  • mfrom: (1.4.1 upstream)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 10.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090811220347-g4b6lzdvphvvbpiu
* New upstream release.
* debian/libncbi6.symbols: update accordingly.
* debian/control: clean up obsolete or redundant relationship declarations.

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Lines of Context:
algo/blast/core/blast_psi.h
1
 
/* $Id: blast_psi.h,v 1.20 2008/04/15 15:55:45 kazimird Exp $
 
1
/* $Id: blast_psi.h,v 1.21 2009/05/27 17:39:36 kazimird Exp $
2
2
 * ===========================================================================
3
3
 *
4
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
103
103
PSIMsa*
104
104
PSIMsaFree(PSIMsa* msa);
105
105
 
 
106
#ifdef DEBUG_PSSM_ENGINE
 
107
NCBI_XBLAST_EXPORT
 
108
void PrintMsa(const char* filename, const PSIMsa* msa);
 
109
NCBI_XBLAST_EXPORT
 
110
void PrintMsaFP(FILE* fp, const PSIMsa* msa);
 
111
#endif /* DEBUG_PSSM_ENGINE */
 
112
 
106
113
/** This is the main return value from the PSSM engine */
107
114
typedef struct PSIMatrix {
108
115
    Uint4   ncols;      /**< Number of columns in PSSM (query_length) */
187
194
PSIDiagnosticsRequest* 
188
195
PSIDiagnosticsRequestNew(void);
189
196
 
 
197
/** Allocates a PSIDiagnosticsRequest structure, setting fields to their
 
198
 * default values for their use in the context of the PSI-BLAST application.
 
199
 * @param save_ascii_pssm corresponds to the command line argument to save the
 
200
 * PSSM in ASCII format [in]
 
201
 * @return newly allocated structure or NULL in case of memory allocation
 
202
 * failure 
 
203
 */
 
204
NCBI_XBLAST_EXPORT
 
205
PSIDiagnosticsRequest* 
 
206
PSIDiagnosticsRequestNewEx(Boolean save_ascii_pssm);
 
207
 
190
208
/** Deallocates the PSIDiagnosticsRequest structure passed in
191
209
 * @param diags_request structure to deallocate [in]
192
210
 * @return NULL