← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/ncbi-tools6/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to asn/asn.all

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2009-08-11 22:03:47 UTC
  • mfrom: (1.4.1 upstream)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 10.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090811220347-g4b6lzdvphvvbpiu
* New upstream release.
* debian/libncbi6.symbols: update accordingly.
* debian/control: clean up obsolete or redundant relationship declarations.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
asn/asn.all
1561
1561
 
1562
1562
END
1563
1563
 
1564
 
--$Revision: 6.26 $
 
1564
--$Revision: 6.27 $
1565
1565
--**********************************************************************
1566
1566
--
1567
1567
--  NCBI Sequence Feature elements
1676
1676
        turn  (3) } ,       -- beta or gamma turn
1677
1677
    non-std-residue VisibleString ,  -- non-standard residue here in seq
1678
1678
    het Heterogen ,         -- cofactor, prosthetic grp, etc, bound to seq
1679
 
    biosrc BioSource }
 
1679
    biosrc BioSource,
 
1680
    clone Clone-ref
 
1681
}
1680
1682
 
1681
1683
SeqFeatXref ::= SEQUENCE {       -- both optional because can have one or both
1682
1684
    id Feat-id OPTIONAL ,        -- the feature copied
1747
1749
    qual VisibleString ,
1748
1750
    val VisibleString }
1749
1751
 
 
1752
 
 
1753
--*** Clone-ref ***********************************************
 
1754
--*
 
1755
--*  Specification of clone features
 
1756
--*
 
1757
 
 
1758
Clone-ref ::= SEQUENCE {
 
1759
    name VisibleString,        -- Official clone symbol
 
1760
    library VisibleString OPTIONAL,     -- Library name
 
1761
 
 
1762
    concordant BOOLEAN DEFAULT FALSE, -- OPTIONAL?
 
1763
    unique BOOLEAN DEFAULT FALSE, -- OPTIONAL?
 
1764
    placement-method INTEGER {
 
1765
        end-seq (0),           -- Clone placed by end sequence
 
1766
        insert-alignment (1),  -- Clone placed by insert alignment
 
1767
        sts (2),               -- Clone placed by STS
 
1768
        fish (3),
 
1769
        fingerprint (4),
 
1770
        other (255)
 
1771
    } OPTIONAL,
 
1772
    clone-seq Clone-seq-set OPTIONAL
 
1773
}
 
1774
 
 
1775
Clone-seq-set ::= SET OF Clone-seq
 
1776
 
 
1777
 
 
1778
Clone-seq ::= SEQUENCE {
 
1779
    type INTEGER {
 
1780
        insert (0),
 
1781
        end (1),
 
1782
        other (255)
 
1783
    },
 
1784
    confidence INTEGER {
 
1785
        multiple (0),     -- Multiple hits
 
1786
        na (1),           -- Unspecified
 
1787
        nohit-rep (2),    -- No hits, repetitive
 
1788
        nohitnorep (3),   -- No hits, not repetitive
 
1789
        other-chrm (4),   -- Hit on different chromosome
 
1790
        unique (5),
 
1791
        virtual (6),      -- Virtual (hasn't been sequenced)
 
1792
        other (255)
 
1793
    } OPTIONAL,
 
1794
    location Seq-loc,     -- location on sequence
 
1795
    seq Seq-loc OPTIONAL, -- clone sequence location
 
1796
    align-id Dbtag OPTIONAL
 
1797
}
 
1798
 
 
1799
 
1750
1800
END 
1751
1801
 
1752
1802
--**********************************************************************
4240
4290
}
4241
4291
 
4242
4292
END
4243
 
--$Revision: 1.49 $
 
4293
--$Revision: 1.54 $
4244
4294
--**********************************************************************
4245
4295
--
4246
4296
--  NCBI ASN.1 macro editing language specifications
4869
4919
-- these would not appear in pairs --
4870
4920
Misc-field ::= ENUMERATED {
4871
4921
    genome-project-id (1) ,
4872
 
    comment-descriptor (2)
 
4922
    comment-descriptor (2) ,
 
4923
    defline (3) ,
 
4924
    keyword (4)
4873
4925
    }
4874
4926
     
4875
4927
-- complex constraints --
4998
5050
  append-semi (2) ,
4999
5051
  append-space (3) ,
5000
5052
  append-colon (4) ,
5001
 
  append-none (5) ,
5002
 
  prefix-semi (6) ,
5003
 
  prefix-space (7) ,
5004
 
  prefix-colon (8) ,
5005
 
  prefix-none (9) ,
5006
 
  leave-old (10) ,
5007
 
  add-qual (11) }
 
5053
  append-comma (5) ,
 
5054
  append-none (6) ,
 
5055
  prefix-semi (7) ,
 
5056
  prefix-space (8) ,
 
5057
  prefix-colon (9) ,
 
5058
  prefix-comma (10) ,
 
5059
  prefix-none (11) ,
 
5060
  leave-old (12) ,
 
5061
  add-qual (13) }
5008
5062
 
5009
5063
 
5010
5064
Apply-action ::= SEQUENCE {
5184
5238
  bond Bond-type ,
5185
5239
  site Site-type ,
5186
5240
  region Region-type ,
5187
 
  ncrna-class VisibleString }
 
5241
  ncrna-class VisibleString ,
 
5242
  remove-original BOOLEAN }
5188
5243
 
5189
5244
 
5190
5245
Convert-feature-action ::= SEQUENCE {
5277
5332
  create-date (7) ,
5278
5333
  update-date (8) ,
5279
5334
  mol-info (9) ,
5280
 
  structured-comment (10) }
 
5335
  structured-comment (10) ,
 
5336
  genome-project-id (11) }
5281
5337
 
5282
5338
Remove-descriptor-action ::= SEQUENCE {
5283
5339
  type Descriptor-type ,