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~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/ncbi-tools6/saucy-proposed

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Viewing changes to api/valid.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2009-08-11 22:03:47 UTC
  • mfrom: (1.4.1 upstream)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 10.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090811220347-g4b6lzdvphvvbpiu
* New upstream release.
* debian/libncbi6.symbols: update accordingly.
* debian/control: clean up obsolete or redundant relationship declarations.

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removed removed

Lines of Context:
api/valid.h
29
29
*   
30
30
* Version Creation Date: 1/1/94
31
31
*
32
 
* $Revision: 6.50 $
 
32
* $Revision: 6.54 $
33
33
*
34
34
* File Description:  Sequence editing utilities
35
35
*
90
90
  Uint2 itemtype,
91
91
  Uint4 itemID,
92
92
  CharPtr accession,
 
93
  CharPtr featureID,
93
94
  CharPtr message,
94
95
  CharPtr objtype,
95
96
  CharPtr label,
112
113
 
113
114
typedef struct validstruct {
114
115
    Int2 cutoff;                   /* lowest errmsg to show 0=default */
115
 
    Int2 errors[6];
 
116
    Int4 errors[6];
116
117
    SeqEntryPtr sep;               /* top level SeqEntryPtr */
117
118
    BioseqSetPtr bssp;               /* current bioseqset */
118
119
    BioseqPtr bsp;                 /* current bioseq */
150
151
    Boolean inferenceAccnCheck;    /* lookup inference qualifier accession.version reference */
151
152
    Boolean testLatLonSubregion;   /* validate coordinates of states and provinces within a country */
152
153
    Boolean strictLatLonCountry;   /* bodies of water do not relax country vs. lat_lon mismatch */
 
154
    Boolean rubiscoTest;           /* look for ribulose bisphosphate variants */
153
155
    Boolean indexerVersion;        /* special tests for GenBank indexers */
154
156
    Int2 validationLimit;          /* limit validation to major classes in Valid1GatherProc */
155
157
                                   /* this section used for finer error reporting callback */
159
161
                                   /* this section used for internal flags */
160
162
    TextFsaPtr sourceQualTags;     /* for detecting structured qual tags in notes */
161
163
    TextFsaPtr modifiedBases;      /* permitted modified bases in PCR_primer qualifier */
 
164
    TextFsaPtr sgmlStrings;        /* for detecting possible SGML tags in strings */
162
165
    Boolean is_htg_in_sep;         /* record has technique of htgs 0 through htgs 3 */
163
166
    Boolean is_barcode_sep;        /* record has technique barcode */
164
167
    Boolean is_refseq_in_sep;      /* record has seqid of type other (refseq) */