← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/ncbi-tools6/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to api/asn2gnb1.c

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2009-08-11 22:03:47 UTC
  • mfrom: (1.4.1 upstream)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 10.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090811220347-g4b6lzdvphvvbpiu
* New upstream release.
* debian/libncbi6.symbols: update accordingly.
* debian/control: clean up obsolete or redundant relationship declarations.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
api/asn2gnb1.c
31
31
*
32
32
* Version Creation Date:   10/21/98
33
33
*
34
 
* $Revision: 1.171 $
 
34
* $Revision: 1.179 $
35
35
*
36
36
* File Description:  New GenBank flatfile generator - work in progress
37
37
*
2301
2301
              if (StringCmp (tsip->accession + 9, "000000") == 0) {
2302
2302
                wgsmaster = TRUE;
2303
2303
              }
 
2304
            } else if (StringLen (tsip->accession) == 16) {
 
2305
              if (StringCmp (tsip->accession + 9, "0000000") == 0) {
 
2306
                wgsmaster = TRUE;
 
2307
              }
2304
2308
            }
2305
2309
          }
2306
2310
        }
2381
2385
 
2382
2386
      AddVersionBlock (awp);
2383
2387
 
2384
 
      if (ISA_na (bsp->mol)) {
2385
 
        AddProjectBlock (awp);
2386
 
      }
 
2388
      /* if (ISA_na (bsp->mol)) { */
 
2389
        AddDblinkBlock (awp);
 
2390
      /* } */
2387
2391
 
2388
2392
      if (ISA_aa (bsp->mol)) {
2389
2393
        AddDbsourceBlock (awp);
3865
3869
  BioseqPtr        parent = NULL;
3866
3870
  Int4             prevGi = 0;
3867
3871
  Int2             q;
 
3872
  Boolean          reindex = TRUE;
3868
3873
  Pointer          remotedata = NULL;
3869
3874
  Asn2gbFreeFunc   remotefree = NULL;
3870
3875
  Asn2gbLockFunc   remotelock = NULL;
3906
3911
    prevGi = extra->prevGi;
3907
3912
    nextGi = extra->nextGi;
3908
3913
    bkmask = extra->bkmask;
 
3914
    reindex = extra->reindex;
3909
3915
  }
3910
3916
 
3911
3917
  if (slp != NULL) {
4100
4106
    bkmask = (BlockMask) (0xFFFFFFFF - FEAT_STATS_MASK - REF_STATS_MASK);
4101
4107
  }
4102
4108
  ajp->bkmask = bkmask;
 
4109
  ajp->reindex = reindex;
4103
4110
  ajp->aip = aip;
4104
4111
  ajp->atp = atp;
4105
4112
 
5418
5425
  ObjectIdPtr        oip;
5419
5426
  BioseqPtr          prod;
5420
5427
  SeqFeatPtr         prot;
5421
 
  ProtRefPtr         prp;
 
5428
  ProtRefPtr         prp = NULL;
5422
5429
  Boolean            pseudo;
5423
5430
  RnaRefPtr          rrp;
5424
5431
  SeqDescrPtr        sdp;
5504
5511
      prot = SeqMgrGetBestProteinFeature (prod, NULL);
5505
5512
      if (prot != NULL) {
5506
5513
        prp = (ProtRefPtr) prot->data.value.ptrvalue;
5507
 
        if (prp != NULL) {
5508
 
          geneorprotdb = prp->db;
5509
 
          if (prp->name != NULL) {
5510
 
            for (vnp = prp->name; vnp != NULL; vnp = vnp->next) {
5511
 
              StringNCpy_0 (str, (CharPtr) vnp->data.ptrvalue, sizeof (str));
5512
 
              if (! StringHasNoText (str)) {
5513
 
                sprintf (tmp, "\t\t\tproduct\t%s\n", str);
5514
 
                ValNodeCopyStr (head, 0, tmp);
5515
 
              }
5516
 
            }
5517
 
          }
5518
 
          if (prp->desc != NULL) {
5519
 
            StringNCpy_0 (str, prp->desc, sizeof (str));
5520
 
            if (! StringHasNoText (str)) {
5521
 
              sprintf (tmp, "\t\t\tprot_desc\t%s\n", str);
5522
 
              ValNodeCopyStr (head, 0, tmp);
5523
 
            }
5524
 
          }
5525
 
          for (vnp = prp->activity; vnp != NULL; vnp = vnp->next) {
5526
 
            StringNCpy_0 (str, (CharPtr) vnp->data.ptrvalue, sizeof (str));
5527
 
            if (! StringHasNoText (str)) {
5528
 
              sprintf (tmp, "\t\t\tfunction\t%s\n", str);
5529
 
              ValNodeCopyStr (head, 0, tmp);
5530
 
            }
5531
 
          }
5532
 
          for (vnp = prp->ec; vnp != NULL; vnp = vnp->next) {
5533
 
            StringNCpy_0 (str, (CharPtr) vnp->data.ptrvalue, sizeof (str));
5534
 
            if (! StringHasNoText (str)) {
5535
 
              sprintf (tmp, "\t\t\tEC_number\t%s\n", str);
5536
 
              ValNodeCopyStr (head, 0, tmp);
5537
 
            }
5538
 
          }
5539
 
        }
 
5514
      }
 
5515
      if (prp == NULL) {
 
5516
        prp = SeqMgrGetProtXref (sfp);
 
5517
      }
 
5518
      if (prp != NULL) {
 
5519
        geneorprotdb = prp->db;
 
5520
        if (prp->name != NULL) {
 
5521
          for (vnp = prp->name; vnp != NULL; vnp = vnp->next) {
 
5522
            StringNCpy_0 (str, (CharPtr) vnp->data.ptrvalue, sizeof (str));
 
5523
            if (! StringHasNoText (str)) {
 
5524
              sprintf (tmp, "\t\t\tproduct\t%s\n", str);
 
5525
              ValNodeCopyStr (head, 0, tmp);
 
5526
            }
 
5527
          }
 
5528
        }
 
5529
        if (prp->desc != NULL) {
 
5530
          StringNCpy_0 (str, prp->desc, sizeof (str));
 
5531
          if (! StringHasNoText (str)) {
 
5532
            sprintf (tmp, "\t\t\tprot_desc\t%s\n", str);
 
5533
            ValNodeCopyStr (head, 0, tmp);
 
5534
          }
 
5535
        }
 
5536
        for (vnp = prp->activity; vnp != NULL; vnp = vnp->next) {
 
5537
          StringNCpy_0 (str, (CharPtr) vnp->data.ptrvalue, sizeof (str));
 
5538
          if (! StringHasNoText (str)) {
 
5539
            sprintf (tmp, "\t\t\tfunction\t%s\n", str);
 
5540
            ValNodeCopyStr (head, 0, tmp);
 
5541
          }
 
5542
        }
 
5543
        for (vnp = prp->ec; vnp != NULL; vnp = vnp->next) {
 
5544
          StringNCpy_0 (str, (CharPtr) vnp->data.ptrvalue, sizeof (str));
 
5545
          if (! StringHasNoText (str)) {
 
5546
            sprintf (tmp, "\t\t\tEC_number\t%s\n", str);
 
5547
            ValNodeCopyStr (head, 0, tmp);
 
5548
          }
 
5549
        }
 
5550
      }
 
5551
      if (prot != NULL) {
5540
5552
        AddOneFtableQual (head, "prot_note", prot->comment);
5541
5553
        /*
5542
5554
        StringNCpy_0 (str, prot->comment, sizeof (str));
6261
6273
 
6262
6274
  if (iajp->gapvnp != NULL || iajp->remotevnp != NULL) {
6263
6275
    SeqMgrClearFeatureIndexes (ajp->entityID, NULL);
 
6276
    if (iajp->reindex) {
 
6277
      SeqMgrIndexFeaturesExEx (ajp->entityID, NULL, FALSE, FALSE, NULL);
 
6278
    }
6264
6279
  }
6265
6280
 
6266
6281
  if (iajp->gapvnp != NULL) {