← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Map/Mappable.pm

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2013-09-22 13:39:48 UTC
  • mfrom: (3.1.11 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130922133948-c6z62zegjyp7ztou
Tags: 1.6.922-1
http://bugs.debian.org/722910
* New upstream release.
* Replaces and Breaks grinder (<< 0.5.3-3~) because of overlaping contents.
  Closes: #722910
* Stop Replacing and Breaking bioperl ( << 1.6.9 ): not needed anymore. 

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Map/Mappable.pm
499
499
            $required{$self} = 1;
500
500
        }
501
501
    }
502
 
    my @required = keys %required;
 
502
    my @required = sort keys %required;
503
503
    
504
504
    foreach my $compare (@compares) {
505
505
        if ($compare->isa('Bio::Map::PositionI')) {
601
601
            }
602
602
            
603
603
            my @groups;
604
 
            GROUPS: foreach my $group_range (keys %all_groups) { # sort keys %all_groups might help, but causes test fails
 
604
            GROUPS: foreach my $group_range (sort keys %all_groups) { 
605
605
                my $group = $all_groups{$group_range};
606
 
                my @group = values %{$group};
 
606
                my @group = sort values %{$group};
607
607
                #print "* in group $group_range, there are ", scalar(@group), " members\n";
608
608
                
609
609
                @group >= $min_pos_num or next;
615
615
                    my $mappable = $pos->element || next;
616
616
                    $mappables{$mappable} = 1;
617
617
                }
618
 
                keys %mappables >= $min_pables_num or next;
 
618
                keys %mappables >= $min_pables_num || next;
619
619
                
620
620
                my %maps;
621
621
                foreach my $pos (@group) {
622
622
                    my $map = $pos->map || next;
623
623
                    $maps{$map->unique_id} = 1;
624
624
                }
625
 
                keys %maps >= $min_map_num or next;
 
625
                keys %maps >= $min_map_num || next;
626
626
                
627
627
                foreach my $required (@required) {
628
628
                    exists $mappables{$required} or next GROUPS;