← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/Run/WrapperBase.pm

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2013-09-22 13:39:48 UTC
  • mfrom: (3.1.11 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130922133948-c6z62zegjyp7ztou
Tags: 1.6.922-1
http://bugs.debian.org/722910
* New upstream release.
* Replaces and Breaks grinder (<< 0.5.3-3~) because of overlaping contents.
  Closes: #722910
* Stop Replacing and Breaking bioperl ( << 1.6.9 ): not needed anymore. 

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/Run/WrapperBase.pm
178
178
 Usage   : $obj->save_tempfiles($newval)
179
179
 Function: Get/set the choice of if tempfiles in the temp dir (see tempdir())
180
180
           are kept or cleaned up. Default is '0', ie. delete temp files.
181
 
           NB:�This must be set to the desired value PRIOR to first creating
182
 
           a temp dir with tempdir().
 
181
           NB: This must be set to the desired value PRIOR to first creating
 
182
           a temp dir with tempdir(). Any attempt to set this after tempdir creation will get a warning.
183
183
 Returns : boolean
184
184
 Args    : none to get, boolean to set
185
185
 
187
187
 
188
188
sub save_tempfiles{
189
189
    my $self = shift;
 
190
    my @args = @_;
 
191
    if (($args[0]) && (exists ($self->{'_tmpdir'}))) {
 
192
        $self->warn ("Tempdir already created; setting save_tempfiles will not affect cleanup behavior.");
 
193
    }
190
194
    return $self->io->save_tempfiles(@_);
191
195
}
192
196
 
331
335
            }
332
336
        }
333
337
    }
 
338
 
 
339
    # bail if we never found the executable
 
340
    unless ( defined $self->{'_pathtoexe'}) {
 
341
        $self->throw("Cannot find executable for ".$self->program_name .
 
342
            ". path=\"".$self->program_path."\"");
 
343
    }
334
344
    return $self->{'_pathtoexe'};
335
345
}
336
346