← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/SearchIO/blasttable.pm

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2013-09-22 13:39:48 UTC
  • mfrom: (3.1.11 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130922133948-c6z62zegjyp7ztou
Tags: 1.6.922-1
http://bugs.debian.org/722910
* New upstream release.
* Replaces and Breaks grinder (<< 0.5.3-3~) because of overlaping contents.
  Closes: #722910
* Stop Replacing and Breaking bioperl ( << 1.6.9 ): not needed anymore. 

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/SearchIO/blasttable.pm
219
219
              $gapsm=$qgaps+$sgaps;
220
220
          }
221
221
 
 
222
       if (@fields == 12 || @fields == 13) {
 
223
          # need to determine total gaps in the alignment for NCBI output
 
224
          # since NCBI reports number of gapopens and NOT total gaps
 
225
          my $qlen      = abs($qstart - $qend) + 1;
 
226
          my $querygaps = $hsp_len - $qlen;
 
227
          my $hlen      = abs($hstart - $hend) + 1;
 
228
          my $hitgaps   = $hsp_len - $hlen;
 
229
          $gapsm = $querygaps + $hitgaps;
 
230
       }
 
231
 
222
232
       # Remember Jim's code is 0 based
223
233
       if( defined $lastquery && 
224
234
           $lastquery ne $qname ) {