← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to scripts/Bio-DB-SeqFeature-Store/bp_seqfeature_gff3.pl

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2013-09-22 13:39:48 UTC
  • mfrom: (3.1.11 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130922133948-c6z62zegjyp7ztou
Tags: 1.6.922-1
http://bugs.debian.org/722910
* New upstream release.
* Replaces and Breaks grinder (<< 0.5.3-3~) because of overlaping contents.
  Closes: #722910
* Stop Replacing and Breaking bioperl ( << 1.6.9 ): not needed anymore. 

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
scripts/Bio-DB-SeqFeature-Store/bp_seqfeature_gff3.pl
 
1
#!/usr/bin/env perl
 
2
# AUTHOR: malcolm.cook@stowers-institute.org
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
use warnings;
 
6
 
 
7
use Carp;
 
8
use Getopt::Long;
 
9
use File::Spec;
 
10
use Bio::DB::SeqFeature::Store;
 
11
 
 
12
#use Carp::Always;
 
13
 
 
14
my $DSN;
 
15
my $ADAPTOR;
 
16
my $VERBOSE  = 1;
 
17
my $USER     = '';
 
18
my $PASS     = '';
 
19
my @gff3opt;
 
20
 
 
21
GetOptions(
 
22
           'dsn=s'       => \$DSN,
 
23
           'adaptor=s'   => \$ADAPTOR,
 
24
           'user=s'      => \$USER,
 
25
           'password=s'  => \$PASS,
 
26
           'gff3opt=i{,}'    => \@gff3opt,
 
27
          ) || die <<END;
 
28
Usage: $0 [options] -- [WHICH FEATURES]
 
29
  output GFF3 for selected database features
 
30
  Options:
 
31
          -d --dsn        The database name ($DSN)
 
32
          -a --adaptor    The storage adaptor to use ($ADAPTOR)
 
33
          -u --user       User to connect to database as
 
34
          -p --password   Password to use to connect to database
 
35
          -g --gff3opt    flag options to gff3_string (i.e.: pass -gffopt 1 to recurse)
 
36
 
 
37
         WHICH FEATURES: any remaining options after '--' will select
 
38
         a subset of features. The arguments are identical to those
 
39
         accepted by Bio::DB::SeqFeature::Store->features().
 
40
 
 
41
END
 
42
 
 
43
$ADAPTOR     ||= 'DBI::mysql';
 
44
$DSN         ||= $ADAPTOR eq 'DBI::mysql' ? "mysql_read_default_file=$ENV{HOME}/.my.cnf" : '';
 
45
 
 
46
my $store = Bio::DB::SeqFeature::Store->new(
 
47
                                            -dsn     => $DSN,
 
48
                                            -adaptor => $ADAPTOR,
 
49
                                            -user    => $USER,
 
50
                                            -pass    => $PASS,
 
51
                                           )
 
52
  or die "Couldn't create connection to the database";
 
53
 
 
54
# on signals, give objects a chance to call their DESTROY methods
 
55
$SIG{TERM} = $SIG{INT} = sub {   undef $store; die "Aborted..."; };
 
56
 
 
57
my $seq_stream = $store->get_seq_stream(@ARGV)  or die "failed to get_seq_stream(@ARGV)"; 
 
58
while (my $seq = $seq_stream->next_seq) {
 
59
  ### 20100725 // genehack
 
60
  # Try to call a gff3_string() method, but fall back to gff_string() if $seq
 
61
  # doesn't support that. Note that gff_string() is required per
 
62
  # Bio::SeqFeatureI, while gff3_string() is not. Currently, only
 
63
  # Bio::SeqFeature::Lite implements gff3_string().
 
64
  if ( $seq->can( 'gff3_string' )) {
 
65
    print $seq->gff3_string(@gff3opt) . "\n";
 
66
  }
 
67
  elsif ( $seq->can( 'gff_string' )) {
 
68
    # since we intend on getting a GFF3 string, make sure to pass the version
 
69
    $seq->gff_format->gff_version(3);
 
70
    print $seq->gff_string() . "\n";
 
71
  }
 
72
  else {
 
73
    confess "sequence object $seq does not support gff3_string() or gff_string() methods!"
 
74
  }
 
75
}
 
76
 
 
77
exit 0;