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Viewing changes to Tests/Reference/TranSiesta-TBTrans/ts_au/tbt_au_111_capacitor.out

  • Committer: Nick Papior
  • Date: 2018-11-09 09:36:46 UTC
  • mfrom: (560.1.476 4.1)
  • Revision ID: nickpapior@gmail.com-20181109093646-b9rx59dx9vyjict2
Merged r1024-1036, GR-pulay, OMM-reuse and test updates

Fixed GR-pulay, OMM-psi reuse.

Updated all tests from 4.1 and fixed input options for nearly
all tests.

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Lines of Context:
Tests/Reference/TranSiesta-TBTrans/ts_au/tbt_au_111_capacitor.out
1
 
TBtrans Version: siesta-4.1--731
2
 
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-14
3
 
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto -fuse-linker-plugin
4
 
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gmp/6.1.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpfr/3.1.4/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpc/1.0.3/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/isl/0.16.1/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gcc/6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/zlib/1.2.8/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/libxml2/2.9.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hwloc/1.11.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openmpi/2.0.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hdf5/1.8.17/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/netcdf/4.4.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openblas/0.2.19/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/mumps/5.0.2/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/fftw/3.3.5/gnu-6.2.0/include -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__FLOOK  -DTBTRANS
5
 
Libraries     : -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmumps -lmumps_common -llpord -lparmetis -lmetis -lscalapack -lopenblas  -lmetis -flto -fuse-linker-plugin  -L/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -lflookall -ldl
 
1
TBtrans Version: siesta-4.1-1028
 
2
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-18
 
3
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto
 
4
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/zlib/1.2.11/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/libxml2/2.9.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hwloc/1.11.9/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openmpi/3.0.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/szip/2.1.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hdf5/1.8.18/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/pnetcdf/1.8.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/netcdf/4.6.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openblas/0.2.20/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scotch/6.0.4/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/mumps/5.1.2/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/fftw/3.3.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/elpa/2017.05.003/gnu-7.3.0/include/elpa -DSIESTA__ELPA -DMPI -D1 -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__FLOOK  -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DSIESTA__MRRR -DTBTRANS
 
5
Libraries     : libncdf.a libfdict.a -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmuumps -lmumps_common -lesmumps -lscotch -lscotcherr -lpord -lparmetis -lmetis -lelpa -lscalapack -lopenblas  -L/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -lflookall -ldl  -flto -fuse-linker-plugin  -lmetis
6
6
PARALLEL version
7
7
NetCDF support
8
8
NetCDF-4 support
10
10
METIS ordering support
11
11
 
12
12
* Running on 8 nodes in parallel
13
 
>> Start of run:   2-JUL-2017  22:28:15
 
13
>> Start of run:   5-NOV-2018  11:29:11
14
14
 
15
15
                           ************************ 
16
16
                           *  WELCOME TO TBtrans  * 
17
17
                           ************************ 
18
18
 
19
 
reinit: Reading from standard input
20
 
************************** Dump of input data file ****************************
21
 
SystemName  au_111_capacitor
22
 
SystemLabel au_111_capacitor
23
 
==================================================
24
 
==================================================
25
 
# SPECIES AND BASIS
26
 
# Number of species
27
 
NumberOfSpecies 1
28
 
%block ChemicalSpeciesLabel
29
 
  1  79 Au
30
 
%endblock ChemicalSpeciesLabel
31
 
PAO.BasisSize    SZP
32
 
PAO.EnergyShift  0.005 Ry
33
 
==================================================
34
 
==================================================
35
 
# K-points
36
 
%block kgrid_Monkhorst_Pack
37
 
8   0   0   0.0
38
 
0   8   0   0.0
39
 
0   0   30  0.5
40
 
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack
41
 
==================================================
42
 
==================================================
43
 
# UNIT CELL
44
 
LatticeConstant       2.92311 Ang
45
 
%block LatticeVectors
46
 
1.000000000   0.00000000000   0.0000000000
47
 
0.500000000   0.86602540378   0.0000000000
48
 
0.000000000   0.00000000000  10.6144555530
49
 
%endblock LatticeVectors
50
 
# Atomic coordinates
51
 
NumberOfAtoms 10
52
 
AtomicCoordinatesFormat ScaledCartesian
53
 
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
54
 
       0.000000000       0.000000000       0.000000000    1  # A
55
 
       0.500000000       0.288675135       0.816496581    1  # B
56
 
       0.500000000      -0.288675135       1.632993162    1  # C
57
 
       0.000000000       0.000000000       2.449489743    1  # A
58
 
       0.500000000       0.288675135       3.265986324    1  # B
59
 
       0.500000000       0.288675135       6.531972648    1  # B
60
 
       0.500000000      -0.288675135       7.348469229    1  # C
61
 
       0.000000000       0.000000000       8.164965810    1  # A
62
 
       0.500000000       0.288675135       8.981462391    1  # B
63
 
       0.500000000      -0.288675135       9.797958972    1  # C
64
 
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
65
 
==================================================
66
 
==================================================
67
 
# General variables
68
 
ElectronicTemperature  100 K
69
 
MeshCutoff           350. Ry
70
 
xc.functional         LDA           # Exchange-correlation functional
71
 
xc.authors            CA
72
 
SpinPolarized .false.
73
 
SolutionMethod Transiesta
74
 
==================================================
75
 
==================================================
76
 
# SCF variables
77
 
DM.MixSCF1   T
78
 
MaxSCFIterations      300           # Maximum number of SCF iter
79
 
DM.MixingWeight       0.03          # New DM amount for next SCF cycle
80
 
DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference
81
 
DM.UseSaveDM          true          # to use continuation files
82
 
DM.NumberPulay         5
83
 
Diag.DivideAndConquer     no
84
 
MixHamiltonian yes
85
 
==================================================
86
 
==================================================
87
 
# MD variables
88
 
MD.FinalTimeStep 1
89
 
MD.TypeOfRun CG
90
 
MD.NumCGsteps     000
91
 
MD.UseSaveXV      .true.
92
 
==================================================
93
 
==================================================
94
 
# Output variables
95
 
WriteMullikenPop                1
96
 
WriteBands                      .false.
97
 
SaveRho                         .false.
98
 
SaveDeltaRho                    .false.
99
 
SaveHS                          .false.
100
 
SaveElectrostaticPotential      True
101
 
SaveTotalPotential              no
102
 
WriteCoorXmol                   .true.
103
 
WriteMDXmol                     .true.
104
 
WriteMDhistory                  .false.
105
 
WriteEigenvalues                yes
106
 
==================================================
107
 
==================================================
108
 
# Parallel variables
109
 
Diag.ParallelOverK      yes
110
 
==================================================
111
 
==================================================
112
 
# Transiesta information
113
 
TS.Voltage    1.00000 eV
114
 
%block TS.ChemPots
115
 
  Left
116
 
  Right
117
 
%endblock TS.ChemPots
118
 
%block TS.ChemPot.Left
119
 
  mu V/2
120
 
  contour.eq
121
 
    begin
122
 
      c-Left
123
 
      t-Left
124
 
    end
125
 
%endblock TS.ChemPot.Left
126
 
%block TS.ChemPot.Right
127
 
  mu -V/2
128
 
  contour.eq
129
 
    begin
130
 
      c-Right
131
 
      t-Right
132
 
    end
133
 
%endblock TS.ChemPot.Right
134
 
TS.Elecs.Bulk true
135
 
TS.Elecs.DM.Update none
136
 
# This is for testing purposes!
137
 
# DO NOT USE IF YOU DO NOT UNDERSTAND!
138
 
TS.Elecs.Neglect.Principal true
139
 
TS.Elecs.GF.ReUse true
140
 
%block TS.Elecs
141
 
  Left
142
 
  Right
143
 
%endblock TS.Elecs
144
 
%block TS.Elec.Left
145
 
  TSHS ./elec_au_111_abc.TSHS
146
 
  chem-pot Left
147
 
  semi-inf-dir -a3
148
 
  elec-pos begin 1
149
 
%endblock TS.Elec.Left
150
 
%block TS.Elec.Right
151
 
  TSHS ./elec_au_111_abc.TSHS
152
 
  chem-pot Right
153
 
  semi-inf-dir +a3
154
 
  elec-pos end -1
155
 
%endblock TS.Elec.Right
156
 
TS.Contours.Eq.Pole    2.50000 eV
157
 
%block TS.Contour.c-Left
158
 
  part circle
159
 
   from  -40.00000 eV + V/2 to -10. kT + V/2
160
 
    points 30
161
 
     method g-legendre
162
 
%endblock TS.Contour.c-Left
163
 
%block TS.Contour.t-Left
164
 
  part tail
165
 
   from prev to inf
166
 
    points 10
167
 
     method g-fermi
168
 
%endblock TS.Contour.t-Left
169
 
%block TS.Contour.c-Right
170
 
  part circle
171
 
   from  -40.00000 eV - V/2 to -10. kT - V/2
172
 
    points 30
173
 
     method g-legendre
174
 
%endblock TS.Contour.c-Right
175
 
%block TS.Contour.t-Right
176
 
  part tail
177
 
   from prev to inf
178
 
    points 10
179
 
     method g-fermi
180
 
%endblock TS.Contour.t-Right
181
 
TS.Elecs.Eta    0.0001 eV
182
 
%block TS.Contours.nEq
183
 
  neq
184
 
%endblock TS.Contours.nEq
185
 
%block TS.Contour.nEq.neq
186
 
  part line
187
 
   from -|V|/2 - 5 kT to |V|/2 + 5 kT
188
 
    delta    0.01 eV
189
 
     method mid-rule
190
 
%endblock TS.Contour.nEq.neq
191
 
# TBtrans options
192
 
TBT.Elecs.Eta    0.0001 eV
193
 
%block TBT.Contours
194
 
  neq
195
 
%endblock TBT.Contours
196
 
%block TBT.Contour.neq
197
 
  part line
198
 
   from   -0.50000 eV to    0.50000 eV
199
 
    delta    0.01000 eV
200
 
     method mid-rule
201
 
%endblock TBT.Contour.neq
202
 
TBT.T.Eig 3
203
 
************************** End of input data file *****************************
 
19
reinit: Reading from au_111_capacitor.fdf
204
20
 
205
21
reinit: -----------------------------------------------------------------------
206
22
reinit: System Name: au_111_capacitor
218
34
tbt:            0   8   0      0.000
219
35
tbt:            0   0   1      0.000
220
36
 
 
37
 
221
38
tbt: **************************************************************
222
39
tbt: Electronic temperature (reference)             =   99.9993 K
223
40
tbt: Voltage                                        =    1.0000 Volts
227
44
tbt: Saving DOS from Green function                 =    F
228
45
tbt: Saving DOS from spectral functions             =    F
229
46
tbt: Saving bond currents (orb-orb)                 =    F
 
47
tbt: Saving DM from Green function                  =    F
 
48
tbt: Saving DM from spectral functions              =    F
 
49
tbt: Saving COOP from Green function                =    F
 
50
tbt: Saving COOP from spectral functions            =    F
 
51
tbt: Saving COHP from Green function                =    F
 
52
tbt: Saving COHP from spectral functions            =    F
230
53
tbt: Calc. # transmission eigenvalues               =  3
231
54
tbt: Calc. T between all electrodes                 =    F
232
55
tbt: Calc. total T out of electrodes                =    F
233
 
tbt: Single spin Hamiltonian
 
56
tbt: Non-polarized Hamiltonian
234
57
tbt: BTD creation algorithm                         =    speed
235
58
tbt: BTD spectral function algorithm                =    propagation
236
59
tbt: Divide and conquer diagonalization             =    F
237
60
tbt: Assume LAPACK <i|S|j> = delta_ij               =    F
238
 
tbt: Saving down-folded self-energies               =    F
239
 
tbt: No delta-Hamiltonian
 
61
tbt: Saving downfolded self-energies                =    F
 
62
tbt: No delta Hamiltonian
 
63
tbt: No delta self-energy
240
64
tbt: Data files stored in current folder
241
65
tbt: No compression of TBT.nc files
242
66
tbt: Default NetCDF precision                       =    single
244
68
tbt:           >> Electrodes << 
245
69
tbt: >> Left
246
70
tbt:   Electrode cell pivoting: E1, E2, E3          = A1, A2, A3
247
 
tbt:   In-core GF
 
71
tbt:   In-core self-energy calculation
248
72
tbt:   Electrode TSHS file                          = ./elec_au_111_abc.TSHS
249
73
tbt:   # atoms used in electrode                    =    3
250
 
tbt:   Electrode Bloch expansion [E1 x E2 x E3]     = 1 x 1 x 1
 
74
tbt:   Electrode Bloch unity [E1 x E2 x E3]         = 1 x 1 x 1
251
75
tbt:   Position in geometry                         = 1 -- 3
252
76
tbt:   Semi-infinite direction for electrode        = negative wrt. E3
253
77
tbt:   Chemical shift                               =    0.499999 eV
254
78
tbt:   Electronic temperature                       =   99.999269 K
255
 
tbt:   Bulk values in electrode                     =    T
 
79
tbt:   Gamma-only electrode                         =    F
 
80
tbt:   Bulk H, S in electrode region                =    T
256
81
tbt:   Hamiltonian E-C Ef fractional shift          =    0.0000
257
82
tbt:   Electrode self-energy imaginary Eta          =  0.1000E-03  eV
258
83
tbt:   Electrode self-energy accuracy               =  0.1000E-13  eV
259
84
tbt:   Electrode inter-layer distance (semi-inf)    =    2.3867  Ang
260
85
tbt: >> Right
261
86
tbt:   Electrode cell pivoting: E1, E2, E3          = A1, A2, A3
262
 
tbt:   In-core GF
 
87
tbt:   In-core self-energy calculation
263
88
tbt:   Electrode TSHS file                          = ./elec_au_111_abc.TSHS
264
89
tbt:   # atoms used in electrode                    =    3
265
 
tbt:   Electrode Bloch expansion [E1 x E2 x E3]     = 1 x 1 x 1
 
90
tbt:   Electrode Bloch unity [E1 x E2 x E3]         = 1 x 1 x 1
266
91
tbt:   Position in geometry                         = 8 -- 10
267
92
tbt:   Semi-infinite direction for electrode        = positive wrt. E3
268
93
tbt:   Chemical shift                               =   -0.499999 eV
269
94
tbt:   Electronic temperature                       =   99.999269 K
270
 
tbt:   Bulk values in electrode                     =    T
 
95
tbt:   Gamma-only electrode                         =    F
 
96
tbt:   Bulk H, S in electrode region                =    T
271
97
tbt:   Hamiltonian E-C Ef fractional shift          =    0.0000
272
98
tbt:   Electrode self-energy imaginary Eta          =  0.1000E-03  eV
273
99
tbt:   Electrode self-energy accuracy               =  0.1000E-13  eV
294
120
tbt: <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
295
121
 
296
122
************************ Begin: TBT CHECKS AND WARNINGS ************************
297
 
 ** Use TBT.Atoms.Device for faster execution
298
123
 ** Speed up the execution by utilizing parallel I/O
299
124
  > TBT.CDF.MPI true
300
125
************************ End: TBT CHECKS AND WARNINGS **************************
314
139
 Left principal cell is extending out with 96 elements:
315
140
    Atom 1 connects with atom 3
316
141
    Orbital 8 connects with orbital 26
317
 
    Hamiltonian value: |H(8,6587)|@R=-2 =  0.651E-13 eV
318
 
    Overlap          :  S(8,6587)|@R=-2 =   0.00    
 
142
    Hamiltonian value: |H(8,7046)|@R=-2 =  0.899E-20 eV
 
143
    Overlap          :  S(8,7046)|@R=-2 =   0.00    
319
144
 
320
145
  <sparsity:./elec_au_111_abc.TSHS
321
146
    nrows_g=27 nrows=27 sparsity=44.2757 nnzs=32277, refcount: 3>
326
151
 Right principal cell is extending out with 96 elements:
327
152
    Atom 3 connects with atom 1
328
153
    Orbital 26 connects with orbital 8
329
 
    Hamiltonian value: |H(26,4382)|@R=2 =  0.651E-13 eV
330
 
    Overlap          :  S(26,4382)|@R=2 =   0.00    
331
 
 
332
 
 
333
 
tbtrans: Analyzing electrode sparsity pattern to create optimal tri-diagonal blocks
334
 
tbtrans: BTD pivoting scheme for electrode (Left): atom+Left
335
 
 
336
 
tbtrans: Analyzing device sparsity pattern to create optimal tri-diagonal blocks
337
 
 
338
 
WARNING: Random atom 6 has been added due to non-completeness of the connectivity graph.
339
 
WARNING: Expect sub-optimal BTD format.
340
 
tbtrans: BTD pivoting scheme in device: atom+Left
341
 
tbtrans: Done analyzing sparsity pattern
342
 
 
343
 
tbtrans: Reducing matrix (H, S) sparsity patterns by: 14160
344
 
 
345
 
tbtrans: # of device region orbitals: 36
 
154
    Hamiltonian value: |H(26,6353)|@R=2 =  0.899E-20 eV
 
155
    Overlap          :  S(26,6353)|@R=2 =   0.00    
 
156
 
 
157
 
 
158
tbt: Analyzing electrode sparsity pattern and electrode pivot-tables
 
159
tbt: BTD pivoting scheme for electrode (Left): atom+Left
 
160
 
 
161
tbt: Analyzing device sparsity pattern and pivot-table
 
162
tbt: BTD pivoting scheme in device: atom+Left
 
163
tbt: Done analyzing electrode and device sparsity pattern and pivot-tables
 
164
 
 
165
tbt: Reducing matrix (H, S) sparsity patterns by: 14160
 
166
 
 
167
tbt: # of device region orbitals: 36
346
168
Region (4): [A]-device
347
169
  [ 4 -- 7 ]
348
170
 
349
 
tbtrans: # of Left scattering orbitals: 18
350
 
tbtrans: # of Left down-folding orbitals: 45
 
171
tbt: # of Left electrode orbitals: 18
 
172
tbt: # of Left down-folding orbitals: 45
351
173
Region (3): [A]-Left folding region
352
174
  [ 1 -- 3 ]
353
175
Region (2): [A]-Left folding in D
354
176
  [ 4 -- 5 ]
355
177
 
356
 
tbtrans: # of Right scattering orbitals: 18
357
 
tbtrans: # of Right down-folding orbitals: 45
 
178
tbt: # of Right electrode orbitals: 18
 
179
tbt: # of Right down-folding orbitals: 45
358
180
Region (3): [A]-Right folding region
359
181
  [ 8 -- 10 ]
360
182
Region (2): [A]-Right folding in D
361
183
  [ 6 -- 7 ]
362
184
 
363
 
tbtrans: Creating electrode tri-diagonal matrix blocks
364
 
tbtrans: Creating device tri-diagonal matrix blocks
365
 
Region (2): [TRI] device region
366
 
  [ 18, 18 ]
367
 
tbtrans: Matrix elements in BTD: 1296
 
185
tbt: Creating electrode tri-diagonal matrix blocks
 
186
tbt: Creating device tri-diagonal matrix blocks
 
187
Region (4): [TRI] device region
 
188
  [ [9] * 4 ]
 
189
tbt: Matrix elements in BTD: 810
368
190
 
369
 
tbtrans: Electrodes tri-diagonal matrices
 
191
tbt: Electrodes tri-diagonal matrices
370
192
Region (2): [TRI] Left
371
193
  [ 27, 18 ]
372
194
Region (2): [TRI] Right
373
195
  [ 27, 18 ]
374
196
 
375
 
tbtrans: Electrode memory:    0.791 MB
376
 
tbtrans: Sparse Hamiltonian and overlap memory:    0.670 MB
377
 
tbtrans: Sum of electrode and sparse memory:    1.461 MB
378
 
 
379
 
tbtrans: Initializing data file: au_111_capacitor.TBT.nc
380
 
tbtrans: LHS Green function size / memory: 8748 /     0.13 MB
381
 
tbtrans: RHS Green function size / memory: 1620 /     0.02 MB
382
 
tbt: Initial ETA in               13.566 s
383
 
tbt: Calculated   5.059 %, ETA in                4.710 s
384
 
tbt: Calculated  10.235 %, ETA in                4.174 s
385
 
tbt: Calculated  15.412 %, ETA in                3.578 s
386
 
tbt: Calculated  20.471 %, ETA in                3.352 s
387
 
tbt: Calculated  25.647 %, ETA in                3.206 s
388
 
tbt: Calculated  30.824 %, ETA in                3.023 s
389
 
tbt: Calculated  36.000 %, ETA in                2.810 s
390
 
tbt: Calculated  41.059 %, ETA in                2.470 s
391
 
tbt: Calculated  46.235 %, ETA in                2.243 s
392
 
tbt: Calculated  51.412 %, ETA in                2.053 s
393
 
tbt: Calculated  56.588 %, ETA in                1.853 s
394
 
tbt: Calculated  61.647 %, ETA in                1.628 s
395
 
tbt: Calculated  66.824 %, ETA in                1.355 s
396
 
tbt: Calculated  72.000 %, ETA in                1.136 s
397
 
tbt: Calculated  77.176 %, ETA in                0.936 s
398
 
tbt: Calculated  82.235 %, ETA in                0.733 s
399
 
tbt: Calculated  87.412 %, ETA in                0.516 s
400
 
tbt: Calculated  92.588 %, ETA in                0.302 s
401
 
tbt: Calculated  97.765 %, ETA in                0.091 s
402
 
tbt: Completed in                4.068 s
 
197
tbt: Electrode memory: 1007.031 KB
 
198
tbt: Sparse H, S and auxiliary matrices memory:    1.585 MB
 
199
tbt: Sum of electrode and sparse memory:    2.569 MB
 
200
 
 
201
tbt: Initializing data file: au_111_capacitor.TBT.nc
 
202
tbt: Estimated file size of au_111_capacitor.TBT.nc:  58.758 KB
 
203
 
 
204
tbt: LHS Green function padding / memory: 7938 /  136.688 KB
 
205
tbt: RHS Green function padding / memory: 648 /   22.781 KB
 
206
tbt: Initial ETA in                5.511 s
 
207
tbt: Calculated   5.059 %, ETA in                4.185 s
 
208
tbt: Calculated  10.235 %, ETA in                3.832 s
 
209
tbt: Calculated  15.412 %, ETA in                3.304 s
 
210
tbt: Calculated  20.471 %, ETA in                3.119 s
 
211
tbt: Calculated  25.647 %, ETA in                3.003 s
 
212
tbt: Calculated  30.824 %, ETA in                2.841 s
 
213
tbt: Calculated  36.000 %, ETA in                2.645 s
 
214
tbt: Calculated  41.059 %, ETA in                2.324 s
 
215
tbt: Calculated  46.235 %, ETA in                2.113 s
 
216
tbt: Calculated  51.412 %, ETA in                1.937 s
 
217
tbt: Calculated  56.588 %, ETA in                1.751 s
 
218
tbt: Calculated  61.647 %, ETA in                1.539 s
 
219
tbt: Calculated  66.824 %, ETA in                1.277 s
 
220
tbt: Calculated  72.000 %, ETA in                1.071 s
 
221
tbt: Calculated  77.176 %, ETA in                0.884 s
 
222
tbt: Calculated  82.235 %, ETA in                0.693 s
 
223
tbt: Calculated  87.412 %, ETA in                0.488 s
 
224
tbt: Calculated  92.588 %, ETA in                0.286 s
 
225
tbt: Calculated  97.765 %, ETA in                0.086 s
 
226
tbt: Completed in                3.846 s
403
227
 
404
228
Currents (ensure entire Fermi function window):
405
229
Left -> Right, V [V] / I [A]: 0.999999     V /  0.00000     A
407
231
 
408
232
 
409
233
             Section          Calls    Walltime       %
410
 
 global_section                   1       4.468  100.00
411
 
  tbtrans                         1       4.468  100.00
412
 
   tri-init                       1       0.043    0.95
413
 
    tri-init-elec                 1       0.002    0.05
414
 
     TS-rgn2tri                   1       0.000    0.01
415
 
    TS-rgn2tri                    1       0.037    0.84
416
 
   TBT                            1       4.184   93.63
417
 
    read-GS                     442       3.482   77.93
418
 
    SE-dwn                      442       0.076    1.71
419
 
     ts_expand                  816       0.002    0.05
420
 
    Gf-prep                     442       0.047    1.06
421
 
     V_TM_Pinv                  408       0.035    0.78
422
 
    DOS-Gf-A-T                  442       0.030    0.68
423
 
    cdf2ascii                     1       0.036    0.81
424
 
>> End of run:   2-JUL-2017  22:28:19
 
234
 global_section                   1       4.232  100.00
 
235
  tbtrans                         1       4.232  100.00
 
236
   init-region+sp                 1       0.006    0.14
 
237
   pivot-elec                     1       0.001    0.01
 
238
    pivot                         1       0.000    0.01
 
239
   pivot-device                   1       0.000    0.01
 
240
    pivot                         1       0.000    0.01
 
241
   tri-init                       1       0.004    0.10
 
242
    tri-init-elec                 1       0.000    0.01
 
243
     TS-rgn2tri                   1       0.000    0.00
 
244
    TS-rgn2tri                    1       0.000    0.01
 
245
   TBT                            1       4.036   95.36
 
246
    read-GS                     442       3.336   78.83
 
247
    SE-dwn                      442       0.071    1.68
 
248
     ts_expand                  816       0.002    0.04
 
249
    Gf-prep                     442       0.051    1.21
 
250
     V_TM_Pinv                  408       0.026    0.61
 
251
    analysis                    442       0.278    6.57
 
252
    cdf2ascii                     1       0.043    1.02
 
253
>> End of run:   5-NOV-2018  11:29:16