← Back to branch summary

~javier-junquera/siesta/lda+u+so

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Tests/Reference/TranSiesta-TBTrans/ts_au_100_repetition_0.25V/tbt_au_100.out

  • Committer: Nick Papior
  • Date: 2018-11-09 09:36:46 UTC
  • mfrom: (560.1.476 4.1)
  • Revision ID: nickpapior@gmail.com-20181109093646-b9rx59dx9vyjict2
Merged r1024-1036, GR-pulay, OMM-reuse and test updates

Fixed GR-pulay, OMM-psi reuse.

Updated all tests from 4.1 and fixed input options for nearly
all tests.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Tests/Reference/TranSiesta-TBTrans/ts_au_100_repetition_0.25V/tbt_au_100.out
1
 
TBtrans Version: siesta-4.1--731
2
 
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-14
3
 
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto -fuse-linker-plugin
4
 
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gmp/6.1.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpfr/3.1.4/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpc/1.0.3/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/isl/0.16.1/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gcc/6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/zlib/1.2.8/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/libxml2/2.9.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hwloc/1.11.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openmpi/2.0.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hdf5/1.8.17/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/netcdf/4.4.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openblas/0.2.19/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/mumps/5.0.2/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/fftw/3.3.5/gnu-6.2.0/include -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__FLOOK  -DTBTRANS
5
 
Libraries     : -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmumps -lmumps_common -llpord -lparmetis -lmetis -lscalapack -lopenblas  -lmetis -flto -fuse-linker-plugin  -L/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -lflookall -ldl
 
1
TBtrans Version: siesta-4.1-1028
 
2
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-18
 
3
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto
 
4
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/zlib/1.2.11/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/libxml2/2.9.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hwloc/1.11.9/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openmpi/3.0.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/szip/2.1.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hdf5/1.8.18/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/pnetcdf/1.8.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/netcdf/4.6.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openblas/0.2.20/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scotch/6.0.4/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/mumps/5.1.2/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/fftw/3.3.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/elpa/2017.05.003/gnu-7.3.0/include/elpa -DSIESTA__ELPA -DMPI -D1 -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__FLOOK  -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DSIESTA__MRRR -DTBTRANS
 
5
Libraries     : libncdf.a libfdict.a -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmuumps -lmumps_common -lesmumps -lscotch -lscotcherr -lpord -lparmetis -lmetis -lelpa -lscalapack -lopenblas  -L/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -lflookall -ldl  -flto -fuse-linker-plugin  -lmetis
6
6
PARALLEL version
7
7
NetCDF support
8
8
NetCDF-4 support
10
10
METIS ordering support
11
11
 
12
12
* Running on 8 nodes in parallel
13
 
>> Start of run:   2-JUL-2017  22:52:35
 
13
>> Start of run:   5-NOV-2018  14:02:58
14
14
 
15
15
                           ************************ 
16
16
                           *  WELCOME TO TBtrans  * 
17
17
                           ************************ 
18
18
 
19
 
reinit: Reading from standard input
20
 
************************** Dump of input data file ****************************
21
 
SolutionMethod        Transiesta
22
 
SystemName  Au 100 with gold chain
23
 
SystemLabel au_100
24
 
==================================================
25
 
==================================================
26
 
# SPECIES AND BASIS
27
 
# Number of species
28
 
NumberOfSpecies 1
29
 
%block ChemicalSpeciesLabel
30
 
  1  79 Au
31
 
%endblock ChemicalSpeciesLabel
32
 
PAO.BasisSize    SZP
33
 
PAO.EnergyShift  0.005 Ry
34
 
XC.functional   GGA
35
 
XC.authors      PBE
36
 
==================================================
37
 
==================================================
38
 
# K-points
39
 
%block kgrid_Monkhorst_Pack
40
 
 2    0    0    0.0
41
 
 0    2    0    0.0
42
 
 0    0    2    0.0
43
 
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack
44
 
==================================================
45
 
==================================================
46
 
# Structure
47
 
NumberOfAtoms 112
48
 
LatticeConstant 1.0 Ang
49
 
%block LatticeVectors
50
 
     8.651160000      0.000000000      0.000000000
51
 
     0.000000000      8.651160000      0.000000000
52
 
     0.000000000      0.000000000     32.625600000
53
 
%endblock LatticeVectors
54
 
AtomicCoordinatesFormat  Ang
55
 
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
56
 
     0.000000000      0.000000000      0.000000000 1 # 1. layer
57
 
     2.883720000      0.000000000      0.000000000 1
58
 
     5.767440000      0.000000000      0.000000000 1
59
 
     0.000000000      2.883720000      0.000000000 1
60
 
     2.883720000      2.883720000      0.000000000 1
61
 
     5.767440000      2.883720000      0.000000000 1
62
 
     0.000000000      5.767440000      0.000000000 1
63
 
     2.883720000      5.767440000      0.000000000 1
64
 
     5.767440000      5.767440000      0.000000000 1
65
 
     1.441860000      1.441860000      2.039100000 1 # 2. layer
66
 
     4.325580000      1.441860000      2.039100000 1
67
 
     7.209300000      1.441860000      2.039100000 1
68
 
     1.441860000      4.325580000      2.039100000 1
69
 
     4.325580000      4.325580000      2.039100000 1
70
 
     7.209300000      4.325580000      2.039100000 1
71
 
     1.441860000      7.209300000      2.039100000 1
72
 
     4.325580000      7.209300000      2.039100000 1
73
 
     7.209300000      7.209300000      2.039100000 1
74
 
     0.000000000      0.000000000      4.078200000 1 # 3. layer
75
 
     2.883720000      0.000000000      4.078200000 1
76
 
     5.767440000      0.000000000      4.078200000 1
77
 
     0.000000000      2.883720000      4.078200000 1
78
 
     2.883720000      2.883720000      4.078200000 1
79
 
     5.767440000      2.883720000      4.078200000 1
80
 
     0.000000000      5.767440000      4.078200000 1
81
 
     2.883720000      5.767440000      4.078200000 1
82
 
     5.767440000      5.767440000      4.078200000 1
83
 
     1.441860000      1.441860000      6.117300000 1 # 4. layer
84
 
     4.325580000      1.441860000      6.117300000 1
85
 
     7.209300000      1.441860000      6.117300000 1
86
 
     1.441860000      4.325580000      6.117300000 1
87
 
     4.325580000      4.325580000      6.117300000 1
88
 
     7.209300000      4.325580000      6.117300000 1
89
 
     1.441860000      7.209300000      6.117300000 1
90
 
     4.325580000      7.209300000      6.117300000 1
91
 
     7.209300000      7.209300000      6.117300000 1
92
 
     0.000000000      0.000000000      8.156400000 1 # 5. layer
93
 
     2.883720000      0.000000000      8.156400000 1
94
 
     5.767440000      0.000000000      8.156400000 1
95
 
     0.000000000      2.883720000      8.156400000 1
96
 
     2.883720000      2.883720000      8.156400000 1
97
 
     5.767440000      2.883720000      8.156400000 1
98
 
     0.000000000      5.767440000      8.156400000 1
99
 
     2.883720000      5.767440000      8.156400000 1
100
 
     5.767440000      5.767440000      8.156400000 1
101
 
     1.441860000      1.441860000     10.195500000 1 # 6. layer
102
 
     4.325580000      1.441860000     10.195500000 1
103
 
     7.209300000      1.441860000     10.195500000 1
104
 
     1.441860000      4.325580000     10.195500000 1
105
 
     4.325580000      4.325580000     10.195500000 1
106
 
     7.209300000      4.325580000     10.195500000 1
107
 
     1.441860000      7.209300000     10.195500000 1
108
 
     4.325580000      7.209300000     10.195500000 1
109
 
     7.209300000      7.209300000     10.195500000 1
110
 
     0.000000000      0.000000000     12.234600000 1 # 7. layer
111
 
     1.441860000      1.441860000     14.273700000 1 # 8. layer
112
 
     0.000000000      0.000000000     16.312800000 1 # 9. layer
113
 
     1.441860000      1.441860000     18.351900000 1 # 10. layer
114
 
     0.000000000      0.000000000     20.391000000 1 # 11. layer
115
 
     2.883720000      0.000000000     20.391000000 1
116
 
     5.767440000      0.000000000     20.391000000 1
117
 
     0.000000000      2.883720000     20.391000000 1
118
 
     2.883720000      2.883720000     20.391000000 1
119
 
     5.767440000      2.883720000     20.391000000 1
120
 
     0.000000000      5.767440000     20.391000000 1
121
 
     2.883720000      5.767440000     20.391000000 1
122
 
     5.767440000      5.767440000     20.391000000 1
123
 
     1.441860000      1.441860000     22.430100000 1 # 12. layer
124
 
     4.325580000      1.441860000     22.430100000 1
125
 
     7.209300000      1.441860000     22.430100000 1
126
 
     1.441860000      4.325580000     22.430100000 1
127
 
     4.325580000      4.325580000     22.430100000 1
128
 
     7.209300000      4.325580000     22.430100000 1
129
 
     1.441860000      7.209300000     22.430100000 1
130
 
     4.325580000      7.209300000     22.430100000 1
131
 
     7.209300000      7.209300000     22.430100000 1
132
 
     0.000000000      0.000000000     24.469200000 1 # 13. layer
133
 
     2.883720000      0.000000000     24.469200000 1
134
 
     5.767440000      0.000000000     24.469200000 1
135
 
     0.000000000      2.883720000     24.469200000 1
136
 
     2.883720000      2.883720000     24.469200000 1
137
 
     5.767440000      2.883720000     24.469200000 1
138
 
     0.000000000      5.767440000     24.469200000 1
139
 
     2.883720000      5.767440000     24.469200000 1
140
 
     5.767440000      5.767440000     24.469200000 1
141
 
     1.441860000      1.441860000     26.508300000 1 # 14. layer
142
 
     4.325580000      1.441860000     26.508300000 1
143
 
     7.209300000      1.441860000     26.508300000 1
144
 
     1.441860000      4.325580000     26.508300000 1
145
 
     4.325580000      4.325580000     26.508300000 1
146
 
     7.209300000      4.325580000     26.508300000 1
147
 
     1.441860000      7.209300000     26.508300000 1
148
 
     4.325580000      7.209300000     26.508300000 1
149
 
     7.209300000      7.209300000     26.508300000 1
150
 
     0.000000000      0.000000000     28.547400000 1 # 15. layer
151
 
     2.883720000      0.000000000     28.547400000 1
152
 
     5.767440000      0.000000000     28.547400000 1
153
 
     0.000000000      2.883720000     28.547400000 1
154
 
     2.883720000      2.883720000     28.547400000 1
155
 
     5.767440000      2.883720000     28.547400000 1
156
 
     0.000000000      5.767440000     28.547400000 1
157
 
     2.883720000      5.767440000     28.547400000 1
158
 
     5.767440000      5.767440000     28.547400000 1
159
 
     1.441860000      1.441860000     30.586500000 1 # 16. layer
160
 
     4.325580000      1.441860000     30.586500000 1
161
 
     7.209300000      1.441860000     30.586500000 1
162
 
     1.441860000      4.325580000     30.586500000 1
163
 
     4.325580000      4.325580000     30.586500000 1
164
 
     7.209300000      4.325580000     30.586500000 1
165
 
     1.441860000      7.209300000     30.586500000 1
166
 
     4.325580000      7.209300000     30.586500000 1
167
 
     7.209300000      7.209300000     30.586500000 1
168
 
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
169
 
==================================================
170
 
==================================================
171
 
# SCF variables
172
 
DM.MixSCF1   T
173
 
MaxSCFIterations      300           # Maximum number of SCF iter
174
 
DM.MixingWeight       0.05          # New DM amount for next SCF cycle
175
 
DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference
176
 
DM.UseSaveDM          true          # to use continuation files
177
 
DM.NumberPulay        5
178
 
TS.MixH               yes
179
 
==================================================
180
 
==================================================
181
 
# MD variables
182
 
MD.FinalTimeStep 1
183
 
MD.TypeOfRun CG
184
 
MD.NumCGsteps     000
185
 
MD.UseSaveXV      .true.
186
 
==================================================
187
 
==================================================
188
 
# Output variables
189
 
WriteMullikenPop                1
190
 
WriteBands                      .false.
191
 
SaveRho                         .false.
192
 
SaveDeltaRho                    .false.
193
 
SaveHS                          .false.
194
 
SaveElectrostaticPotential      True
195
 
SaveTotalPotential              no
196
 
WriteCoorXmol                   .true.
197
 
WriteMDXmol                     .true.
198
 
WriteMDhistory                  .false.
199
 
WriteEigenvalues                yes
200
 
==================================================
201
 
==================================================
202
 
TS.Voltage 0.25 eV
203
 
%block TS.ChemPots
204
 
  Left
205
 
  Right
206
 
%endblock TS.ChemPots
207
 
%block TS.ChemPot.Left
208
 
  mu V/2
209
 
  contour.eq
210
 
    begin
211
 
      c-Left
212
 
      t-Left
213
 
    end
214
 
%endblock TS.ChemPot.Left
215
 
%block TS.ChemPot.Right
216
 
  mu -V/2
217
 
  contour.eq
218
 
    begin
219
 
      c-Right
220
 
      t-Right
221
 
    end
222
 
%endblock TS.ChemPot.Right
223
 
TS.Elecs.Bulk true
224
 
TS.Elecs.DM.Update none
225
 
TS.Elecs.GF.ReUse false
226
 
%block TS.Elecs
227
 
  Left
228
 
  Right
229
 
%endblock TS.Elecs
230
 
%block TS.Elec.Left
231
 
  TSHS ./elec_au_100.TSHS
232
 
  chem-pot Left
233
 
  semi-inf-dir -a3
234
 
  elec-pos begin 1
235
 
  used-atoms 4
236
 
  bloch-a1 3
237
 
  bloch-a2 3
238
 
%endblock TS.Elec.Left
239
 
%block TS.Elec.Right
240
 
  TSHS ./elec_au_100.TSHS
241
 
  chem-pot Right
242
 
  semi-inf-dir +a3
243
 
  elec-pos end -1
244
 
  used-atoms 4
245
 
  bloch-a1 3
246
 
  bloch-a2 3
247
 
%endblock TS.Elec.Right
248
 
TS.Contours.Eq.Pole 2.5 eV
249
 
%block TS.Contour.c-Left
250
 
  part circle
251
 
   from   -40.00000 eV + V/2 to -10. kT + V/2
252
 
    points 30
253
 
     method g-legendre
254
 
%endblock TS.Contour.c-Left
255
 
%block TS.Contour.t-Left
256
 
  part tail
257
 
   from prev to inf
258
 
    points 10
259
 
     method g-fermi
260
 
%endblock TS.Contour.t-Left
261
 
%block TS.Contour.c-Right
262
 
  part circle
263
 
   from   -40.00000 eV - V/2 to -10. kT - V/2
264
 
    points 30
265
 
     method g-legendre
266
 
%endblock TS.Contour.c-Right
267
 
%block TS.Contour.t-Right
268
 
  part tail
269
 
   from prev to inf
270
 
    points 10
271
 
     method g-fermi
272
 
%endblock TS.Contour.t-Right
273
 
TS.Contours.nEq.Eta    0.0001 eV
274
 
%block TS.Contours.nEq
275
 
  neq
276
 
%endblock TS.Contours.nEq
277
 
%block TS.Contour.nEq.neq
278
 
  part line
279
 
   from -|V|/2 - 5 kT to |V|/2 + 5 kT
280
 
    delta    0.01 eV
281
 
     method mid-rule
282
 
%endblock TS.Contour.nEq.neq
283
 
************************** End of input data file *****************************
 
19
reinit: Reading from au_100.fdf
284
20
 
285
21
reinit: -----------------------------------------------------------------------
286
22
reinit: System Name: Au 100 with gold chain
298
34
tbt:            0   2   0      0.000
299
35
tbt:            0   0   1      0.000
300
36
 
 
37
 
301
38
tbt: **************************************************************
302
39
tbt: Electronic temperature (reference)             =  299.9869 K
303
40
tbt: Voltage                                        =    0.2500 Volts
307
44
tbt: Saving DOS from Green function                 =    F
308
45
tbt: Saving DOS from spectral functions             =    F
309
46
tbt: Saving bond currents (orb-orb)                 =    F
 
47
tbt: Saving DM from Green function                  =    F
 
48
tbt: Saving DM from spectral functions              =    F
 
49
tbt: Saving COOP from Green function                =    F
 
50
tbt: Saving COOP from spectral functions            =    F
 
51
tbt: Saving COHP from Green function                =    F
 
52
tbt: Saving COHP from spectral functions            =    F
310
53
tbt: Calc. # transmission eigenvalues               =  0
311
54
tbt: Calc. T between all electrodes                 =    F
312
55
tbt: Calc. total T out of electrodes                =    F
313
 
tbt: Single spin Hamiltonian
 
56
tbt: Non-polarized Hamiltonian
314
57
tbt: BTD creation algorithm                         =    speed
315
58
tbt: BTD spectral function algorithm                =    propagation
316
59
tbt: Divide and conquer diagonalization             =    F
317
60
tbt: Assume LAPACK <i|S|j> = delta_ij               =    F
318
 
tbt: Saving down-folded self-energies               =    F
319
 
tbt: No delta-Hamiltonian
 
61
tbt: Saving downfolded self-energies                =    F
 
62
tbt: No delta Hamiltonian
 
63
tbt: No delta self-energy
320
64
tbt: Data files stored in current folder
321
65
tbt: No compression of TBT.nc files
322
66
tbt: Default NetCDF precision                       =    single
324
68
tbt:           >> Electrodes << 
325
69
tbt: >> Left
326
70
tbt:   Electrode cell pivoting: E1, E2, E3          = A1, A2, A3
327
 
tbt:   In-core GF
 
71
tbt:   In-core self-energy calculation
328
72
tbt:   Electrode TSHS file                          = ./elec_au_100.TSHS
329
73
tbt:   # atoms used in electrode                    =    4
330
 
tbt:   Electrode Bloch expansion [E1 x E2 x E3]     = 3 x 3 x 1
 
74
tbt:   Electrode Bloch repeating [E1 x E2 x E3]     = 3 x 3 x 1
331
75
tbt:   Position in geometry                         = 1 -- 36
332
76
tbt:   Semi-infinite direction for electrode        = negative wrt. E3
333
77
tbt:   Chemical shift                               =    0.125000 eV
334
78
tbt:   Electronic temperature                       =  299.986869 K
335
 
tbt:   Bulk values in electrode                     =    T
 
79
tbt:   Gamma-only electrode                         =    F
 
80
tbt:   Bulk H, S in electrode region                =    T
336
81
tbt:   Hamiltonian E-C Ef fractional shift          =    0.0000
337
82
tbt:   Electrode self-energy imaginary Eta          =  0.1000E-03  eV
338
83
tbt:   Electrode self-energy accuracy               =  0.1000E-13  eV
339
84
tbt:   Electrode inter-layer distance (semi-inf)    =    2.0391  Ang
340
85
tbt: >> Right
341
86
tbt:   Electrode cell pivoting: E1, E2, E3          = A1, A2, A3
342
 
tbt:   In-core GF
 
87
tbt:   In-core self-energy calculation
343
88
tbt:   Electrode TSHS file                          = ./elec_au_100.TSHS
344
89
tbt:   # atoms used in electrode                    =    4
345
 
tbt:   Electrode Bloch expansion [E1 x E2 x E3]     = 3 x 3 x 1
 
90
tbt:   Electrode Bloch repeating [E1 x E2 x E3]     = 3 x 3 x 1
346
91
tbt:   Position in geometry                         = 77 -- 112
347
92
tbt:   Semi-infinite direction for electrode        = positive wrt. E3
348
93
tbt:   Chemical shift                               =   -0.125000 eV
349
94
tbt:   Electronic temperature                       =  299.986869 K
350
 
tbt:   Bulk values in electrode                     =    T
 
95
tbt:   Gamma-only electrode                         =    F
 
96
tbt:   Bulk H, S in electrode region                =    T
351
97
tbt:   Hamiltonian E-C Ef fractional shift          =    0.0000
352
98
tbt:   Electrode self-energy imaginary Eta          =  0.1000E-03  eV
353
99
tbt:   Electrode self-energy accuracy               =  0.1000E-13  eV
375
121
tbt: <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
376
122
 
377
123
************************ Begin: TBT CHECKS AND WARNINGS ************************
378
 
 ** Use TBT.Atoms.Device for faster execution
379
124
 ** Speed up the execution by utilizing parallel I/O
380
125
  > TBT.CDF.MPI true
381
126
************************ End: TBT CHECKS AND WARNINGS **************************
403
148
 Right principal cell is perfect!
404
149
 
405
150
 
406
 
tbtrans: Analyzing electrode sparsity pattern to create optimal tri-diagonal blocks
407
 
tbtrans: BTD pivoting scheme for electrode (Left): atom+Left
408
 
 
409
 
tbtrans: Analyzing device sparsity pattern to create optimal tri-diagonal blocks
410
 
tbtrans: BTD pivoting scheme in device: atom+Left
411
 
tbtrans: Done analyzing sparsity pattern
412
 
 
413
 
tbtrans: Reducing matrix (H, S) sparsity patterns by: 182340
414
 
 
415
 
tbtrans: # of device region orbitals: 360
 
151
tbt: Analyzing electrode sparsity pattern and electrode pivot-tables
 
152
tbt: BTD pivoting scheme for electrode (Left): atom+Left
 
153
 
 
154
tbt: Analyzing device sparsity pattern and pivot-table
 
155
tbt: BTD pivoting scheme in device: atom+Left
 
156
tbt: Done analyzing electrode and device sparsity pattern and pivot-tables
 
157
 
 
158
tbt: Reducing matrix (H, S) sparsity patterns by: 182340
 
159
 
 
160
tbt: # of device region orbitals: 360
416
161
Region (40): [A]-device
417
162
  [ 37 -- 76 ]
418
163
 
419
 
tbtrans: # of Left scattering orbitals: 180
420
 
tbtrans: # of Left down-folding orbitals: 504
 
164
tbt: # of Left electrode orbitals: 180
 
165
tbt: # of Left down-folding orbitals: 504
421
166
Region (36): [A]-Left folding region
422
167
  [ 1 -- 36 ]
423
168
Region (20): [A]-Left folding in D
424
169
  [ 37 -- 56 ]
425
170
 
426
 
tbtrans: # of Right scattering orbitals: 180
427
 
tbtrans: # of Right down-folding orbitals: 504
 
171
tbt: # of Right electrode orbitals: 180
 
172
tbt: # of Right down-folding orbitals: 504
428
173
Region (36): [A]-Right folding region
429
174
  [ 77 -- 112 ]
430
175
Region (20): [A]-Right folding in D
431
176
  [ 57 -- 76 ]
432
177
 
433
 
tbtrans: Creating electrode tri-diagonal matrix blocks
434
 
tbtrans: Creating device tri-diagonal matrix blocks
435
 
Region (2): [TRI] device region
436
 
  [ 180, 180 ]
437
 
tbtrans: Matrix elements in BTD: 129600
 
178
tbt: Creating electrode tri-diagonal matrix blocks
 
179
tbt: Creating device tri-diagonal matrix blocks
 
180
Region (3): [TRI] device region
 
181
  [ 157, 158, 45 ]
 
182
tbt: Matrix elements in BTD: 115470
438
183
 
439
 
tbtrans: Electrodes tri-diagonal matrices
 
184
tbt: Electrodes tri-diagonal matrices
440
185
Region (2): [TRI] Left
441
186
  [ 324, 180 ]
442
187
Region (2): [TRI] Right
443
188
  [ 324, 180 ]
444
189
 
445
 
tbtrans: Electrode memory:    2.241 MB
446
 
tbtrans: Sparse Hamiltonian and overlap memory:   14.666 MB
447
 
tbtrans: Sum of electrode and sparse memory:   16.907 MB
448
 
 
449
 
tbtrans: Initializing data file: au_100.TBT.nc
450
 
tbtrans: LHS Green function size / memory: 358992 /     5.48 MB
451
 
tbtrans: RHS Green function size / memory: 209952 /     3.20 MB
452
 
tbt: Initial ETA in               83.766 s
453
 
tbt: Calculated   5.000 %, ETA in               65.160 s
454
 
tbt: Calculated  10.000 %, ETA in               60.921 s
455
 
tbt: Calculated  15.000 %, ETA in               57.310 s
456
 
tbt: Calculated  20.000 %, ETA in               53.800 s
457
 
tbt: Calculated  25.000 %, ETA in               50.326 s
458
 
tbt: Calculated  30.000 %, ETA in               46.181 s
459
 
tbt: Calculated  35.000 %, ETA in               42.466 s
460
 
tbt: Calculated  40.000 %, ETA in               38.858 s
461
 
tbt: Calculated  45.000 %, ETA in               35.606 s
462
 
tbt: Calculated  50.000 %, ETA in               32.456 s
463
 
tbt: Calculated  55.000 %, ETA in               29.026 s
464
 
tbt: Calculated  60.000 %, ETA in               25.701 s
465
 
tbt: Calculated  65.000 %, ETA in               22.396 s
466
 
tbt: Calculated  70.000 %, ETA in               19.210 s
467
 
tbt: Calculated  75.000 %, ETA in               16.049 s
468
 
tbt: Calculated  80.000 %, ETA in               12.733 s
469
 
tbt: Calculated  85.000 %, ETA in                9.476 s
470
 
tbt: Calculated  90.000 %, ETA in                6.311 s
471
 
tbt: Calculated  95.000 %, ETA in                3.159 s
472
 
tbt: Completed in               63.006 s
 
190
tbt: Electrode memory:    2.551 MB
 
191
tbt: Sparse H, S and auxiliary matrices memory:   27.451 MB
 
192
tbt: Sum of electrode and sparse memory:   30.003 MB
 
193
 
 
194
tbt: Initializing data file: au_100.TBT.nc
 
195
tbt: Estimated file size of au_100.TBT.nc:  19.051 KB
 
196
 
 
197
tbt: LHS Green function padding / memory: 243522 /    5.478 MB
 
198
tbt: RHS Green function padding / memory: 94482 /    3.204 MB
 
199
tbt: Initial ETA in               79.787 s
 
200
tbt: Calculated   5.000 %, ETA in               65.958 s
 
201
tbt: Calculated  10.000 %, ETA in               61.947 s
 
202
tbt: Calculated  15.000 %, ETA in               58.290 s
 
203
tbt: Calculated  20.000 %, ETA in               54.700 s
 
204
tbt: Calculated  25.000 %, ETA in               51.142 s
 
205
tbt: Calculated  30.000 %, ETA in               46.961 s
 
206
tbt: Calculated  35.000 %, ETA in               43.172 s
 
207
tbt: Calculated  40.000 %, ETA in               39.499 s
 
208
tbt: Calculated  45.000 %, ETA in               36.202 s
 
209
tbt: Calculated  50.000 %, ETA in               32.986 s
 
210
tbt: Calculated  55.000 %, ETA in               29.510 s
 
211
tbt: Calculated  60.000 %, ETA in               26.133 s
 
212
tbt: Calculated  65.000 %, ETA in               22.774 s
 
213
tbt: Calculated  70.000 %, ETA in               19.533 s
 
214
tbt: Calculated  75.000 %, ETA in               16.315 s
 
215
tbt: Calculated  80.000 %, ETA in               12.949 s
 
216
tbt: Calculated  85.000 %, ETA in                9.637 s
 
217
tbt: Calculated  90.000 %, ETA in                6.419 s
 
218
tbt: Calculated  95.000 %, ETA in                3.214 s
 
219
tbt: Completed in               64.152 s
473
220
 
474
221
Currents (ensure entire Fermi function window):
475
 
Left -> Right, V [V] / I [A]: 0.250000     V / 0.769855E-05 A
476
 
Left -> Right, V [V] / P [W]: 0.250000     V / -.933438E-06 W
 
222
Left -> Right, V [V] / I [A]: 0.250000     V / 0.770030E-05 A
 
223
Left -> Right, V [V] / P [W]: 0.250000     V / -.933015E-06 W
477
224
 
478
225
 
479
226
             Section          Calls    Walltime       %
480
 
 global_section                   1      65.484  100.00
481
 
  tbtrans                         1      65.484  100.00
482
 
   tri-init                       1       0.101    0.15
483
 
    tri-init-elec                 1       0.028    0.04
484
 
     TS-rgn2tri                   1       0.004    0.01
485
 
    TS-rgn2tri                    1       0.029    0.04
486
 
   TBT                            1      63.148   96.43
487
 
    read-GS                     200      27.644   42.21
488
 
    SE-dwn                      200      22.996   35.12
489
 
     ts_expand                  400       5.172    7.90
490
 
    Gf-prep                     200       6.627   10.12
491
 
     V_TM_Pinv                  200       6.032    9.21
492
 
    DOS-Gf-A-T                  200       5.314    8.11
493
 
    cdf2ascii                     1       0.026    0.04
494
 
>> End of run:   2-JUL-2017  22:53:40
 
227
 global_section                   1      66.589  100.00
 
228
  tbtrans                         1      66.589  100.00
 
229
   init-region+sp                 1       0.197    0.30
 
230
   pivot-elec                     1       0.018    0.03
 
231
    pivot                         1       0.011    0.02
 
232
   pivot-device                   1       0.011    0.02
 
233
    pivot                         1       0.011    0.02
 
234
   tri-init                       1       0.158    0.24
 
235
    tri-init-elec                 1       0.005    0.01
 
236
     TS-rgn2tri                   1       0.001    0.00
 
237
    TS-rgn2tri                    1       0.001    0.00
 
238
   TBT                            1      64.447   96.78
 
239
    read-GS                     200      26.994   40.54
 
240
    SE-dwn                      200      22.141   33.25
 
241
     ts_expand                  400       4.273    6.42
 
242
    Gf-prep                     200       8.184   12.29
 
243
     V_TM_Pinv                  200       7.165   10.76
 
244
    analysis                    200       6.704   10.07
 
245
    cdf2ascii                     1       0.028    0.04
 
246
>> End of run:   5-NOV-2018  14:04:04