← Back to branch summary

~javier-junquera/siesta/lda+u+so

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Tests/Reference/mgco3.out

  • Committer: Nick Papior
  • Date: 2018-11-09 09:36:46 UTC
  • mfrom: (560.1.476 4.1)
  • Revision ID: nickpapior@gmail.com-20181109093646-b9rx59dx9vyjict2
Merged r1024-1036, GR-pulay, OMM-reuse and test updates

Fixed GR-pulay, OMM-psi reuse.

Updated all tests from 4.1 and fixed input options for nearly
all tests.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Tests/Reference/mgco3.out
1
 
 
2
 
                           ***********************       
3
 
                           *  WELCOME TO SIESTA  *       
4
 
                           ***********************       
5
 
 
6
 
reinit: Reading from ../mgco3.fdf
7
 
 
8
 
reinit: -----------------------------------------------------------------------
9
 
reinit: System Name: MgCo3 R-3c test -- SZ, 100 Ry
10
 
reinit: -----------------------------------------------------------------------
11
 
reinit: System Label: mgco3
12
 
reinit: -----------------------------------------------------------------------
13
 
Siesta Version: trunk-554
14
 
Architecture  : x86_64-linux-gcc
15
 
Compiler flags: mpif90 -m64 -fPIC -O3 -ftree-vectorize -fexpensive-optimizations -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fgraphite -fipa-icf -fipa-pure-const -march=native -fschedule-fusion -fselective-scheduling  -fipa-sra -fipa-cp -fno-second-underscore -I/opt/zlib/1.2.8/gnu-6.1.0/include -I/opt/hdf5/1.8.16/gnu-6.1.0/include -I/opt/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/netcdf/4.4.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/openmpi/1.10.2/gnu-6.1.0/include -I/opt/mumps/5.0.1/gnu-6.1.0/include
16
 
PP flags      : -DSIESTA__FLOOK -DSIESTA__METIS -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DGRID_DP -DMPI_TIMING -DTRANSIESTA_TIMING -DTBTRANS_TIMING -DSIESTA__MUMPS -DNCDF_PARALLEL -DNCDF -DNCDF_4 -DSCALAPACK_DEBUG
17
 
Libraries     : -lzmumps -lmumps_common -lpord -lparmetis -lmetis -L/opt/scalapack/204/gnu-6.1.0/lib -Wl,-rpath=/opt/scalapack/204/gnu-6.1.0/lib -lscalapack  -L/opt/openblas/0.2.17/gnu-6.1.0/lib -Wl,-rpath=/opt/openblas/0.2.17/gnu-6.1.0/lib -lopenblas -L/home/nicpa/phd/esl/flook -lflookall -ldl -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -m64 -fPIC -O3 -ftree-vectorize -fexpensive-optimizations -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fgraphite -fipa-icf -fipa-pure-const -march=native -fschedule-fusion -fselective-scheduling  -fipa-sra -fipa-cp -fno-second-underscore -I/opt/zlib/1.2.8/gnu-6.1.0/include -I/opt/hdf5/1.8.16/gnu-6.1.0/include -I/opt/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/netcdf/4.4.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/openmpi/1.10.2/gnu-6.1.0/include -I/opt/mumps/5.0.1/gnu-6.1.0/include
 
1
Siesta Version  : siesta-4.1-1033
 
2
Architecture    : x86_64-linux-n-62-18-18
 
3
Compiler version: GNU Fortran (GCC) 7.3.0
 
4
Compiler flags  : mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto
 
5
PP flags        : -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/zlib/1.2.11/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/libxml2/2.9.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hwloc/1.11.9/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openmpi/3.0.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/szip/2.1.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hdf5/1.8.18/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/pnetcdf/1.8.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/netcdf/4.6.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openblas/0.2.20/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scotch/6.0.4/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/mumps/5.1.2/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/fftw/3.3.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/elpa/2017.05.003/gnu-7.3.0/include/elpa -DSIESTA__ELPA -DMPI -D1 -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__FLOOK  -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DSIESTA__MRRR
 
6
Libraries       : libncdf.a libfdict.a -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmuumps -lmumps_common -lesmumps -lscotch -lscotcherr -lpord -lparmetis -lmetis -lelpa -lscalapack -lopenblas  -L/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -lflookall -ldl  -flto -fuse-linker-plugin  -lmetis
18
7
PARALLEL version
19
8
NetCDF support
20
9
NetCDF-4 support
21
10
NetCDF-4 MPI-IO support
22
11
METIS ordering support
23
12
 
24
 
* Running on 4 nodes in parallel
25
 
>> Start of run:  18-AUG-2016   8:44:35
 
13
* Running on 8 nodes in parallel
 
14
>> Start of run:   5-NOV-2018  10:53:45
 
15
 
 
16
                           ***********************       
 
17
                           *  WELCOME TO SIESTA  *       
 
18
                           ***********************       
 
19
 
 
20
reinit: Reading from ../mgco3.fdf
 
21
 
 
22
reinit: -----------------------------------------------------------------------
 
23
reinit: System Name: MgCo3 R-3c test -- SZ, 100 Ry
 
24
reinit: -----------------------------------------------------------------------
 
25
reinit: System Label: mgco3
 
26
reinit: -----------------------------------------------------------------------
26
27
 
27
28
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
28
29
Species number:   1 Atomic number:   12 Label: Mg
414
415
redata: Number of Atomic Species                    =        3
415
416
redata: Charge density info will appear in .RHO file
416
417
redata: Write Mulliken Pop.                         = NO
 
418
redata: Matel table size (NRTAB)                    =     1024
417
419
redata: Mesh Cutoff                                 =   100.0000 Ry
418
420
redata: Net charge of the system                    =     0.0000 |e|
419
421
redata: Min. number of SCF Iter                     =        0
420
 
redata: Max. number of SCF Iter                     =       20
 
422
redata: Max. number of SCF Iter                     =     1000
 
423
redata: SCF convergence failure will abort job
421
424
redata: SCF mix quantity                            = Hamiltonian
422
425
redata: Mix DM or H after convergence               =   F
423
426
redata: Recompute H after scf cycle                 =   F
424
427
redata: Mix DM in first SCF step                    =   T
425
428
redata: Write Pulay info on disk                    =   F
426
 
redata: Discard 1st Pulay DM after kick             =   F
427
429
redata: New DM Mixing Weight                        =     0.1000
428
430
redata: New DM Occupancy tolerance                  = 0.000000000001
429
431
redata: No kicks to SCF
432
434
redata: Harris energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV
433
435
redata: Require DM convergence for SCF              =   T
434
436
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.000100
 
437
redata: Require EDM convergence for SCF             =   F
 
438
redata: EDM tolerance for SCF                       =     0.001000 eV
435
439
redata: Require H convergence for SCF               =   T
436
440
redata: Hamiltonian tolerance for SCF               =     0.001000 eV
437
441
redata: Require (free) Energy convergence for SCF   =   F
440
444
redata: Use continuation files for DM               =   T
441
445
redata: Neglect nonoverlap interactions             =   F
442
446
redata: Method of Calculation                       = Diagonalization
443
 
redata: Divide and Conquer                          =   T
444
447
redata: Electronic Temperature                      =   299.9869 K
445
448
redata: Fix the spin of the system                  =   F
446
449
redata: Dynamics option                             = Verlet MD run
450
453
redata: Initial Temperature of MD run               =     0.0000 K
451
454
redata: Perform a MD quench                         =   F
452
455
mix.SCF: Broyden mixing                          = Broyden
453
 
mix.SCF:    History steps                        = 3
 
456
mix.SCF:    History steps                        = 4
454
457
mix.SCF:    Jacobian weight                      =     0.100000
455
458
mix.SCF:    Weight prime                         =     0.100000
456
 
redata: Save data in SIESTA.nc                      =   F
 
459
redata: Save all siesta data in one NC              =   F
457
460
redata: ***********************************************************************
458
461
 
459
462
%block SCF.Mixers
460
 
  Broyden                 
 
463
  Broyden
461
464
%endblock SCF.Mixers
462
465
 
463
466
%block SCF.Mixer.Broyden
468
471
  weight 0.1000
469
472
  weight.linear 0.1000
470
473
  history 4
471
 
  restart 0
472
 
  restart.save 1
473
 
 
474
 
  # Continuation options
475
474
%endblock SCF.Mixer.Broyden
476
475
 
477
 
Size of DM history Fstack: 0
 
476
Size of DM history Fstack: 1
478
477
Total number of electrons:    48.000000
479
478
Total ionic charge:    48.000000
480
479
 
481
 
* ProcessorY, Blocksize:    2   9
482
 
 
483
 
 
484
 
* Orbital distribution balance (max,min):     9     7
485
 
 
486
 
 Kpoints in:          154 . Kpoints trimmed:          154
487
 
 
488
 
siesta: k-grid: Number of k-points =   154
 
480
* ProcessorY, Blocksize:    2   4
 
481
 
 
482
 
 
483
* Orbital distribution balance (max,min):     6     4
 
484
 
 
485
 Kpoints in:          294 . Kpoints trimmed:          294
 
486
 
 
487
siesta: k-grid: Number of k-points =   294
489
488
siesta: k-grid: Cutoff (effective) =    16.222 Ang
490
489
siesta: k-grid: Supercell and displacements
491
490
siesta: k-grid:   -7   0   7      0.500
492
491
siesta: k-grid:    0  -7   7      0.000
493
492
siesta: k-grid:    0   0   6      0.000
494
493
 
 
494
diag: Algorithm                                     = D&C
 
495
diag: Parallel over k                               =   F
 
496
diag: Use parallel 2D distribution                  =   T
 
497
diag: Parallel block-size                           = 4
 
498
diag: Parallel distribution                         =     2 x     4
 
499
diag: Used triangular part                          = Lower
 
500
diag: Absolute tolerance                            =  0.100E-15
 
501
diag: Orthogonalization factor                      =  0.100E-05
 
502
diag: Memory factor                                 =  1.0000
 
503
 
495
504
superc: Internal auxiliary supercell:     5 x     5 x     5  =     125
496
505
superc: Number of atoms, orbitals, and projectors:   1250   4250  10000
497
506
 
498
507
 
 
508
ts: **************************************************************
 
509
ts: Save H and S matrices                           =    F
 
510
ts: Save DM and EDM matrices                        =    F
 
511
ts: Fix Hartree potential                           =    F
 
512
ts: Only save the overlap matrix S                  =    F
 
513
ts: **************************************************************
 
514
 
 
515
************************ Begin: TS CHECKS AND WARNINGS ************************
 
516
************************ End: TS CHECKS AND WARNINGS **************************
 
517
 
 
518
 
499
519
                     ====================================
500
520
                        Begin MD step =      1
501
521
                     ====================================
525
545
outcell: Cell volume (Ang**3)        :     93.1663
526
546
<dSpData1D:S at geom step 1
527
547
  <sparsity:sparsity for geom step 1
528
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=3.1332 nnzs=3622, refcount: 7>
529
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=3622, refcount: 1>
 
548
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=2.0311 nnzs=2348, refcount: 7>
 
549
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=2348, refcount: 1>
530
550
refcount: 1>
531
 
New_DM. Step:     1
 
551
new_DM -- step:     1
532
552
Initializing Density Matrix...
 
553
 
533
554
Attempting to read DM from file... Failed...
534
 
DM after filling with atomic data:
535
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
555
DM filled with atomic data:
 
556
<dSpData2D:DM initialized from atoms
536
557
  <sparsity:sparsity for geom step 1
537
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=3.1332 nnzs=3622, refcount: 8>
538
 
  <dData2D:(DMatomic) n=3622 m=1, refcount: 1>
 
558
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=2.0311 nnzs=2348, refcount: 8>
 
559
  <dData2D:DM n=2348 m=1, refcount: 1>
539
560
refcount: 1>
 
561
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      89      85
540
562
New grid distribution:   1
541
 
           1       1:   16    1:    8    1:    8
542
 
           2       1:   16    1:    8    9:   16
543
 
           3       1:   16    9:   16    1:    8
544
 
           4       1:   16    9:   16    9:   16
 
563
           1       1:   16    1:    8    1:    4
 
564
           2       1:   16    1:    8    5:    8
 
565
           3       1:   16    1:    8    9:   12
 
566
           4       1:   16    1:    8   13:   16
 
567
           5       1:   16    9:   16    1:    4
 
568
           6       1:   16    9:   16    5:    8
 
569
           7       1:   16    9:   16    9:   12
 
570
           8       1:   16    9:   16   13:   16
545
571
 
546
572
InitMesh: MESH =    32 x    32 x    32 =       32768
547
573
InitMesh: (bp) =    16 x    16 x    16 =        4096
548
574
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   100.000   112.857 Ry
549
 
ExtMesh (bp) on 0 =    76 x    68 x    68 =      351424
 
575
ExtMesh (bp) on 0 =    76 x    68 x    64 =      330752
550
576
New grid distribution:   2
551
 
           1       1:   16    1:    8    1:    8
552
 
           2       1:   16    1:    8    9:   16
553
 
           3       1:   16    9:   16    1:    8
554
 
           4       1:   16    9:   16    9:   16
 
577
           1       8:   16    1:    8    1:    8
 
578
           2       9:   16    9:   16    1:    8
 
579
           3       1:    8    1:    8    9:   16
 
580
           4       1:    7    1:    8    1:    8
 
581
           5       9:   16    1:    8    9:   16
 
582
           6       1:    8    9:   16    1:    8
 
583
           7       1:    9    9:   16    9:   16
 
584
           8      10:   16    9:   16    9:   16
555
585
New grid distribution:   3
556
 
           1       1:   16    1:    8    1:    8
557
 
           2       1:   16    1:    8    9:   16
558
 
           3       1:   16    9:   16    1:    8
559
 
           4       1:   16    9:   16    9:   16
 
586
           1       1:    8    9:   16    9:   16
 
587
           2       9:   16    1:    8    1:    8
 
588
           3       9:   16    1:    8    9:   16
 
589
           4       9:   16    9:   16    1:    8
 
590
           5       1:    8    1:    8    9:   16
 
591
           6       1:    8    1:    8    1:    8
 
592
           7       9:   16    9:   16    9:   16
 
593
           8       1:    8    9:   16    1:    8
560
594
Setting up quadratic distribution...
561
 
ExtMesh (bp) on 0 =    76 x    68 x    68 =      351424
562
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                 1024
563
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                22552
564
 
cdiag-debug: Node=0, lwork=       567>= lworkq=       439, lrwork=      1313>= lrworkq=      1279, liwork=       272>= liworkq=       256
565
 
cdiag-debug: Node=1, lwork=       549>= lworkq=       439, lrwork=      1205>= lrworkq=      1171, liwork=       272>= liworkq=       256
566
 
cdiag-debug: Node=2, lwork=       531>= lworkq=       421, lrwork=      1205>= lrworkq=      1171, liwork=       272>= liworkq=       256
567
 
cdiag-debug: Node=3, lwork=       513>= lworkq=       421, lrwork=      1109>= lrworkq=      1075, liwork=       272>= liworkq=       256
 
595
ExtMesh (bp) on 0 =    69 x    68 x    68 =      319056
 
596
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  576
 
597
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                12062
568
598
 
569
599
stepf: Fermi-Dirac step function
570
600
 
571
601
siesta: Program's energy decomposition (eV):
572
 
siesta: Ebs     =      -559.112952
 
602
siesta: Ebs     =      -555.302338
573
603
siesta: Eions   =      5228.674091
574
 
siesta: Ena     =      1092.429444
575
 
siesta: Ekin    =      2369.566739
576
 
siesta: Enl     =      -394.288190
 
604
siesta: Ena     =      1092.439512
 
605
siesta: Ekin    =      2375.469655
 
606
siesta: Enl     =      -396.901437
577
607
siesta: Eso     =         0.000000
578
608
siesta: Eldau   =         0.000000
579
 
siesta: DEna    =       -90.107585
580
 
siesta: DUscf   =        20.797933
 
609
siesta: DEna    =       -92.440295
 
610
siesta: DUscf   =        21.379259
581
611
siesta: DUext   =         0.000000
582
 
siesta: Exc     =      -719.553007
 
612
siesta: Enegf   =         0.000000
 
613
siesta: Exc     =      -720.304640
583
614
siesta: eta*DQ  =         0.000000
584
615
siesta: Emadel  =         0.000000
585
616
siesta: Emeta   =         0.000000
586
617
siesta: Emolmec =         0.000000
587
618
siesta: Ekinion =         0.000000
588
 
siesta: Eharris =     -2906.090607
589
 
siesta: Etot    =     -2949.828757
590
 
siesta: FreeEng =     -2949.828757
 
619
siesta: Eharris =     -2904.060833
 
620
siesta: Etot    =     -2949.032038
 
621
siesta: FreeEng =     -2949.032038
591
622
 
592
623
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
593
 
   scf:    1    -2906.090607    -2949.828757    -2949.828757  1.752607 -2.749405  4.612780
594
 
timer: Routine,Calls,Time,% =    IterSCF     1       1.296  49.09
595
 
   scf:    2    -2955.534427    -2952.779268    -2952.779268  0.067410 -2.829584  3.515392
596
 
   scf:    3    -2958.965864    -2957.474592    -2957.474592  0.303349 -3.056918  0.886781
597
 
   scf:    4    -2957.507641    -2957.491384    -2957.491384  0.004166 -3.042411  0.811031
598
 
   scf:    5    -2957.645069    -2957.584714    -2957.584714  0.032462 -2.752043  0.042755
599
 
   scf:    6    -2957.584828    -2957.584838    -2957.584838  0.002404 -2.752937  0.022444
600
 
   scf:    7    -2957.585042    -2957.584942    -2957.584942  0.000417 -2.758135  0.017382
601
 
   scf:    8    -2957.585163    -2957.585067    -2957.585067  0.001186 -2.772037  0.001845
602
 
   scf:    9    -2957.585068    -2957.585068    -2957.585068  0.000096 -2.773115  0.000642
 
624
   scf:    1    -2904.060833    -2949.032038    -2949.032038  1.770207 -2.755932  4.650846
 
625
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       2.334  73.21
 
626
   scf:    2    -2954.863791    -2952.047144    -2952.047144  0.068557 -2.835283  3.631894
 
627
   scf:    3    -2958.374342    -2956.869230    -2956.869230  0.314305 -3.058408  0.933174
 
628
   scf:    4    -2956.911495    -2956.890824    -2956.890824  0.005372 -3.040063  0.837997
 
629
   scf:    5    -2957.042304    -2956.986026    -2956.986026  0.034035 -2.716522  0.074213
 
630
   scf:    6    -2956.986601    -2956.986666    -2956.986666  0.005009 -2.729518  0.033606
 
631
   scf:    7    -2956.986948    -2956.986817    -2956.986817  0.000608 -2.735082  0.017814
 
632
   scf:    8    -2956.986975    -2956.986902    -2956.986902  0.000539 -2.740496  0.014298
 
633
   scf:    9    -2956.986986    -2956.986947    -2956.986947  0.000464 -2.747364  0.004600
 
634
   scf:   10    -2956.986962    -2956.986955    -2956.986955  0.000226 -2.750445  0.002231
 
635
   scf:   11    -2956.986956    -2956.986956    -2956.986956  0.000031 -2.750490  0.001935
 
636
   scf:   12    -2956.986956    -2956.986956    -2956.986956  0.000027 -2.750384  0.001726
 
637
   scf:   13    -2956.986956    -2956.986956    -2956.986956  0.000025 -2.750354  0.001504
 
638
   scf:   14    -2956.986956    -2956.986956    -2956.986956  0.000022 -2.750297  0.001277
 
639
   scf:   15    -2956.986956    -2956.986956    -2956.986956  0.000018 -2.750245  0.001080
 
640
   scf:   16    -2956.986956    -2956.986956    -2956.986956  0.000014 -2.750208  0.000918
603
641
 
604
642
SCF Convergence by DM+H criterion
605
 
max |DM_out - DM_in|   :     0.0000955597
606
 
max |H_out - H_in| (eV):     0.0006422270
607
 
SCF cycle converged after 9 iterations
 
643
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000139200
 
644
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0009181542
 
645
SCF cycle converged after 16 iterations
608
646
 
609
647
Using DM_out to compute the final energy and forces
610
 
 
611
 
siesta: E_KS(eV) =            -2957.5851
612
 
 
613
 
siesta: E_KS - E_eggbox =     -2957.5851
 
648
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      89      85
 
649
 
 
650
siesta: E_KS(eV) =            -2956.9870
 
651
 
 
652
siesta: E_KS - E_eggbox =     -2956.9870
614
653
 
615
654
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
616
 
     1   -0.000000   -0.000000    0.000000
617
 
     2   -0.000000   -0.000000    0.000000
618
 
     3   -0.000000    0.000000   -0.000001
619
 
     4    0.000000   -0.000000    0.000001
620
 
     5    3.198153   -7.153078   -0.000000
621
 
     6    0.000000    4.291488   -6.555747
622
 
     7   -3.198153    2.861589    6.555748
623
 
     8   -3.198153    7.153078    0.000000
624
 
     9   -0.000000   -4.291488    6.555747
625
 
    10    3.198153   -2.861589   -6.555748
626
 
----------------------------------------
627
 
   Tot   -0.000000    0.000000   -0.000000
628
 
----------------------------------------
629
 
   Max    7.153078
630
 
   Res    3.504132    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
631
 
----------------------------------------
632
 
   Max    7.153078    constrained
 
655
     1   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
656
     2    0.000000    0.000000    0.000000
 
657
     3   -0.107993    0.096630    0.221367
 
658
     4    0.107993   -0.096630   -0.221367
 
659
     5    3.416356   -7.413754    0.273948
 
660
     6   -0.254889    4.584988   -6.754488
 
661
     7   -3.024874    2.706545    6.200549
 
662
     8   -3.416356    7.413754   -0.273948
 
663
     9    0.254889   -4.584988    6.754488
 
664
    10    3.024874   -2.706545   -6.200549
 
665
----------------------------------------
 
666
   Tot    0.000000    0.000000    0.000000
 
667
----------------------------------------
 
668
   Max    7.413754
 
669
   Res    3.544127    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
670
----------------------------------------
 
671
   Max    7.413754    constrained
633
672
 
634
 
Stress-tensor-Voigt (kbar):       89.90     -224.92     -269.87      175.92       51.49      115.16
635
 
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2949.7370
636
 
Target enthalpy (eV/cell)    -2957.5851
 
673
Stress-tensor-Voigt (kbar):       92.57     -241.44     -275.33      197.37       73.89      101.82
 
674
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2948.7647
 
675
Target enthalpy (eV/cell)    -2956.9870
637
676
 
638
677
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
639
 
         0.056110    0.109802    0.071878
640
 
         0.109802   -0.140384    0.032137
641
 
         0.071878    0.032137   -0.168439
 
678
         0.057776    0.123187    0.063549
 
679
         0.123187   -0.150695    0.046120
 
680
         0.063549    0.046120   -0.171843
642
681
 
643
 
siesta: Pressure (static):        134.96497533  kBar
 
682
siesta: Pressure (static):        141.39999875  kBar
644
683
 
645
684
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
646
 
         0.056110    0.109802    0.071878
647
 
         0.109802   -0.140384    0.032137
648
 
         0.071878    0.032137   -0.168439
 
685
         0.057776    0.123187    0.063549
 
686
         0.123187   -0.150695    0.046120
 
687
         0.063549    0.046120   -0.171843
649
688
 
650
 
siesta: Pressure (total):        134.96497533  kBar
 
689
siesta: Pressure (total):        141.39999875  kBar
651
690
 
652
691
siesta: Temp_ion =       0.000 K
653
692
 
656
695
                     ====================================
657
696
 
658
697
outcoor: Atomic coordinates (fractional):                   
659
 
   -0.00000000   -0.00000000    0.00000000   1       1  Mg
 
698
   -0.00000000   -0.00000000   -0.00000000   1       1  Mg
660
699
    0.50000000    0.50000000    0.50000000   1       2  Mg
661
 
    0.25000000    0.25000000    0.25000000   2       3  C
662
 
   -0.25000000   -0.25000000   -0.25000000   2       4  C
663
 
    0.52790605   -0.02790605    0.25000000   3       5  O
664
 
    0.25000000    0.52790605   -0.02790605   3       6  O
665
 
   -0.02790605    0.25000000    0.52790605   3       7  O
666
 
   -0.52790605    0.02790605   -0.25000000   3       8  O
667
 
   -0.25000000   -0.52790605    0.02790605   3       9  O
668
 
    0.02790605   -0.25000000   -0.52790605   3      10  O
 
700
    0.24997724    0.25000000    0.25002276   2       3  C
 
701
   -0.24997724   -0.25000000   -0.25002276   2       4  C
 
702
    0.52792139   -0.02793295    0.25002115   3       5  O
 
703
    0.24997885    0.52793295   -0.02792139   3       6  O
 
704
   -0.02787863    0.25000000    0.52787863   3       7  O
 
705
   -0.52792139    0.02793295   -0.25002115   3       8  O
 
706
   -0.24997885   -0.52793295    0.02792139   3       9  O
 
707
    0.02787863   -0.25000000   -0.52787863   3      10  O
669
708
 
670
709
superc: Internal auxiliary supercell:     5 x     5 x     5  =     125
671
710
superc: Number of atoms, orbitals, and projectors:   1250   4250  10000
680
719
outcell: Cell volume (Ang**3)        :     93.1663
681
720
<dSpData1D:S at geom step 2
682
721
  <sparsity:sparsity for geom step 2
683
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=3.1332 nnzs=3622, refcount: 7>
684
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=3622, refcount: 1>
685
 
refcount: 1>
686
 
New_DM. Step:     2
687
 
Initializing Density Matrix...
688
 
Attempting to read DM from file... Succeeded!
689
 
DM after reading file:
690
 
<dSpData2D:IO-DM: mgco3.DM
691
 
  <sparsity:IO-DM: mgco3.DM
692
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=3.1332 nnzs=3622, refcount: 1>
693
 
  <dData2D:(new from dSpData2D) n=3622 m=1, refcount: 1>
694
 
refcount: 1>
 
722
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=2.0311 nnzs=2348, refcount: 7>
 
723
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=2348, refcount: 1>
 
724
refcount: 1>
 
725
new_DM -- step:     2
 
726
Re-using DM from previous geometries...
 
727
Number of DMs in history: 1
 
728
 DM extrapolation coefficients: 
 
729
1   1.00000
 
730
New DM after history re-use:
 
731
<dSpData2D:SpM extrapolated using coords
 
732
  <sparsity:sparsity for geom step 2
 
733
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=2.0311 nnzs=2348, refcount: 9>
 
734
  <dData2D:(temp array for extrapolation) n=2348 m=1, refcount: 1>
 
735
refcount: 1>
 
736
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      89      85
695
737
New grid distribution:   1
696
 
           1       1:   16    1:    8    1:    8
697
 
           2       1:   16    1:    8    9:   16
698
 
           3       1:   16    9:   16    1:    8
699
 
           4       1:   16    9:   16    9:   16
 
738
           1       1:   16    1:    8    1:    4
 
739
           2       1:   16    1:    8    5:    8
 
740
           3       1:   16    1:    8    9:   12
 
741
           4       1:   16    1:    8   13:   16
 
742
           5       1:   16    9:   16    1:    4
 
743
           6       1:   16    9:   16    5:    8
 
744
           7       1:   16    9:   16    9:   12
 
745
           8       1:   16    9:   16   13:   16
700
746
 
701
747
InitMesh: MESH =    32 x    32 x    32 =       32768
702
748
InitMesh: (bp) =    16 x    16 x    16 =        4096
703
749
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   100.000   112.857 Ry
704
 
ExtMesh (bp) on 0 =    76 x    68 x    68 =      351424
 
750
ExtMesh (bp) on 0 =    76 x    68 x    64 =      330752
705
751
New grid distribution:   2
706
 
           1       1:   16    1:    8    1:    8
707
 
           2       1:   16    1:    8    9:   16
708
 
           3       1:   16    9:   16    1:    8
709
 
           4       1:   16    9:   16    9:   16
 
752
           1       8:   16    1:    8    1:    8
 
753
           2       9:   16    9:   16    1:    8
 
754
           3       1:    8    1:    8    9:   16
 
755
           4       1:    7    1:    8    1:    8
 
756
           5       9:   16    1:    8    9:   16
 
757
           6       1:    8    9:   16    1:    8
 
758
           7       1:    9    9:   16    9:   16
 
759
           8      10:   16    9:   16    9:   16
710
760
New grid distribution:   3
711
 
           1       1:   16    1:    8    1:    8
712
 
           2       1:   16    1:    8    9:   16
713
 
           3       1:   16    9:   16    1:    8
714
 
           4       1:   16    9:   16    9:   16
 
761
           1       1:    8    9:   16    9:   16
 
762
           2       9:   16    1:    8    1:    8
 
763
           3       9:   16    1:    8    9:   16
 
764
           4       9:   16    9:   16    1:    8
 
765
           5       1:    8    1:    8    9:   16
 
766
           6       1:    8    1:    8    1:    8
 
767
           7       9:   16    9:   16    9:   16
 
768
           8       1:    8    9:   16    1:    8
715
769
Setting up quadratic distribution...
716
 
ExtMesh (bp) on 0 =    76 x    68 x    68 =      351424
717
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                 1024
718
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                22553
 
770
ExtMesh (bp) on 0 =    69 x    68 x    68 =      319056
 
771
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  576
 
772
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                12059
719
773
 
720
774
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
721
 
   scf:    1    -2957.875789    -2957.693583    -2957.693583  0.005665 -2.825190  0.042052
722
 
   scf:    2    -2957.693813    -2957.693702    -2957.693702  0.000523 -2.823412  0.033114
723
 
   scf:    3    -2957.694000    -2957.693925    -2957.693925  0.001766 -2.817042  0.003031
724
 
   scf:    4    -2957.693924    -2957.693925    -2957.693925  0.000090 -2.816368  0.002860
725
 
   scf:    5    -2957.693926    -2957.693925    -2957.693925  0.000027 -2.816041  0.002301
726
 
   scf:    6    -2957.693927    -2957.693926    -2957.693926  0.000030 -2.815695  0.001695
727
 
   scf:    7    -2957.693927    -2957.693926    -2957.693926  0.000023 -2.815365  0.001190
728
 
   scf:    8    -2957.693927    -2957.693927    -2957.693927  0.000024 -2.815164  0.000768
 
775
   scf:    1    -2952.588879    -2952.400997    -2952.400997  0.005785 -2.799584  7.867198
 
776
   scf:    2    -2763.490417    -2894.126494    -2894.127673  1.278507 -0.726527 39.301227
 
777
   scf:    3    -2952.438256    -2955.075171    -2955.075171  1.185203 -2.800957  3.967656
 
778
   scf:    4    -2953.046564    -2954.761588    -2954.761588  0.113781 -2.751798  6.400260
 
779
   scf:    5    -2958.196949    -2957.071694    -2957.071694  0.247216 -2.794339  0.564442
 
780
   scf:    6    -2957.043138    -2957.058145    -2957.058145  0.007703 -2.794981  0.754476
 
781
   scf:    7    -2957.083887    -2957.071286    -2957.071286  0.004827 -2.794433  0.642649
 
782
   scf:    8    -2957.113832    -2957.096742    -2957.096742  0.020622 -2.789482  0.157270
 
783
   scf:    9    -2957.098870    -2957.098027    -2957.098027  0.005216 -2.788742  0.046442
 
784
   scf:   10    -2957.098503    -2957.098295    -2957.098295  0.001229 -2.788415  0.028251
 
785
   scf:   11    -2957.098425    -2957.098362    -2957.098362  0.000536 -2.788326  0.019752
 
786
   scf:   12    -2957.098451    -2957.098407    -2957.098407  0.000683 -2.788433  0.011509
 
787
   scf:   13    -2957.098421    -2957.098415    -2957.098415  0.000281 -2.788685  0.007520
 
788
   scf:   14    -2957.098418    -2957.098417    -2957.098417  0.000109 -2.789119  0.004310
 
789
   scf:   15    -2957.098418    -2957.098417    -2957.098417  0.000075 -2.789445  0.001779
 
790
   scf:   16    -2957.098418    -2957.098417    -2957.098417  0.000024 -2.789523  0.001206
 
791
   scf:   17    -2957.098418    -2957.098418    -2957.098418  0.000013 -2.789542  0.000922
729
792
 
730
793
SCF Convergence by DM+H criterion
731
 
max |DM_out - DM_in|   :     0.0000244517
732
 
max |H_out - H_in| (eV):     0.0007677386
733
 
SCF cycle converged after 8 iterations
 
794
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000129255
 
795
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0009218470
 
796
SCF cycle converged after 17 iterations
734
797
 
735
798
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
799
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      89      85
736
800
 
737
 
siesta: E_KS(eV) =            -2957.6939
 
801
siesta: E_KS(eV) =            -2957.0984
738
802
 
739
803
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
740
 
     1   -0.000000   -0.000000    0.000000
741
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
742
 
     3   -0.000000    0.000000   -0.000001
743
 
     4    0.000000   -0.000000    0.000001
744
 
     5    3.117205   -6.972026   -0.000000
745
 
     6    0.000000    4.182866   -6.389815
746
 
     7   -3.117205    2.789159    6.389816
747
 
     8   -3.117205    6.972026    0.000000
748
 
     9   -0.000000   -4.182866    6.389815
749
 
    10    3.117205   -2.789159   -6.389816
750
 
----------------------------------------
751
 
   Tot   -0.000000    0.000000   -0.000000
752
 
----------------------------------------
753
 
   Max    6.972026
754
 
   Res    3.415439    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
755
 
----------------------------------------
756
 
   Max    6.972026    constrained
 
804
     1    0.000094    0.000030   -0.000058
 
805
     2   -0.000171    0.000036   -0.000030
 
806
     3   -0.096414    0.086283    0.198354
 
807
     4    0.096763   -0.085806   -0.198874
 
808
     5    3.332708   -7.231119    0.273476
 
809
     6   -0.253298    4.475773   -6.586521
 
810
     7   -2.954750    2.643864    6.056762
 
811
     8   -3.332910    7.231072   -0.273366
 
812
     9    0.253374   -4.476393    6.586640
 
813
    10    2.954603   -2.643739   -6.056386
 
814
----------------------------------------
 
815
   Tot   -0.000002    0.000001   -0.000004
 
816
----------------------------------------
 
817
   Max    7.231119
 
818
   Res    3.458436    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
819
----------------------------------------
 
820
   Max    7.231119    constrained
757
821
 
758
 
Stress-tensor-Voigt (kbar):       91.17     -217.23     -261.27      172.34       50.44      112.81
759
 
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2950.1863
760
 
Target enthalpy (eV/cell)    -2957.6939
 
822
Stress-tensor-Voigt (kbar):       93.76     -233.82     -267.25      193.91       72.62       99.74
 
823
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2949.2035
 
824
Target enthalpy (eV/cell)    -2957.0984
761
825
 
762
826
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
763
 
         0.056902    0.107563    0.070412
764
 
         0.107563   -0.135584    0.031481
765
 
         0.070412    0.031481   -0.163068
 
827
         0.058522    0.121027    0.062253
 
828
         0.121026   -0.145939    0.045321
 
829
         0.062255    0.045323   -0.166804
766
830
 
767
 
siesta: Pressure (static):        129.11029947  kBar
 
831
siesta: Pressure (static):        135.77008966  kBar
768
832
 
769
833
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
770
 
         0.056902    0.107563    0.070412
771
 
         0.107563   -0.135584    0.031481
772
 
         0.070412    0.031481   -0.163068
773
 
 
774
 
siesta: Pressure (total):        129.11029947  kBar
775
 
 
776
 
siesta: Temp_ion =      92.406 K
 
834
         0.058522    0.121027    0.062253
 
835
         0.121026   -0.145939    0.045321
 
836
         0.062255    0.045323   -0.166804
 
837
 
 
838
siesta: Pressure (total):        135.77008966  kBar
 
839
 
 
840
siesta: Temp_ion =      94.647 K
777
841
siesta: PDOS info: 
778
842
siesta: e1, e2, sigma, nhist:   -30.00 eV   15.00 eV    0.20 eV    500
779
843
 
780
844
siesta: Program's energy decomposition (eV):
781
 
siesta: Ebs     =      -618.675932
 
845
siesta: Ebs     =      -615.668706
782
846
siesta: Eions   =      5228.674091
783
 
siesta: Ena     =      1092.563508
784
 
siesta: Ekin    =      2282.012924
785
 
siesta: Enl     =      -363.876640
 
847
siesta: Ena     =      1092.574503
 
848
siesta: Ekin    =      2288.042433
 
849
siesta: Enl     =      -366.978611
786
850
siesta: Eso     =         0.000000
787
851
siesta: Eldau   =         0.000000
788
 
siesta: DEna    =       -42.649848
789
 
siesta: DUscf   =         7.266704
 
852
siesta: DEna    =       -44.615766
 
853
siesta: DUscf   =         7.482526
790
854
siesta: DUext   =         0.000000
791
 
siesta: Exc     =      -704.336483
 
855
siesta: Enegf   =         0.000000
 
856
siesta: Exc     =      -704.929412
792
857
siesta: eta*DQ  =         0.000000
793
858
siesta: Emadel  =         0.000000
794
859
siesta: Emeta   =         0.000000
795
860
siesta: Emolmec =         0.000000
796
 
siesta: Ekinion =         0.107496
797
 
siesta: Eharris =     -2957.586431
798
 
siesta: Etot    =     -2957.586431
799
 
siesta: FreeEng =     -2957.586431
 
861
siesta: Ekinion =         0.110102
 
862
siesta: Eharris =     -2956.988315
 
863
siesta: Etot    =     -2956.988315
 
864
siesta: FreeEng =     -2956.988315
800
865
 
801
866
siesta: Final energy (eV):
802
 
siesta:  Band Struct. =    -618.675932
803
 
siesta:       Kinetic =    2282.012924
804
 
siesta:       Hartree =    1029.360522
 
867
siesta:  Band Struct. =    -615.668706
 
868
siesta:       Kinetic =    2288.042433
 
869
siesta:       Hartree =    1031.943113
805
870
siesta:       Eldau   =       0.000000
806
871
siesta:       Eso     =       0.000000
807
872
siesta:    Ext. field =       0.000000
808
 
siesta:   Exch.-corr. =    -704.336483
809
 
siesta:  Ion-electron =   -4036.405449
810
 
siesta:       Ion-ion =   -1528.325440
811
 
siesta:       Ekinion =       0.107496
812
 
siesta:         Total =   -2957.586431
813
 
siesta:         Fermi =      -2.815164
 
873
siesta:       Enegf   =       0.000000
 
874
siesta:   Exch.-corr. =    -704.929412
 
875
siesta:  Ion-electron =   -4043.809565
 
876
siesta:       Ion-ion =   -1528.344987
 
877
siesta:       Ekinion =       0.110102
 
878
siesta:         Total =   -2956.988315
 
879
siesta:         Fermi =      -2.789542
814
880
 
815
881
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
816
 
siesta:      1   -0.000000   -0.000000    0.000000
817
 
siesta:      2   -0.000000    0.000000    0.000000
818
 
siesta:      3   -0.000000    0.000000   -0.000001
819
 
siesta:      4    0.000000   -0.000000    0.000001
820
 
siesta:      5    3.117205   -6.972026   -0.000000
821
 
siesta:      6    0.000000    4.182866   -6.389815
822
 
siesta:      7   -3.117205    2.789159    6.389816
823
 
siesta:      8   -3.117205    6.972026    0.000000
824
 
siesta:      9   -0.000000   -4.182866    6.389815
825
 
siesta:     10    3.117205   -2.789159   -6.389816
 
882
siesta:      1    0.000094    0.000030   -0.000058
 
883
siesta:      2   -0.000171    0.000036   -0.000030
 
884
siesta:      3   -0.096414    0.086283    0.198354
 
885
siesta:      4    0.096763   -0.085806   -0.198874
 
886
siesta:      5    3.332708   -7.231119    0.273476
 
887
siesta:      6   -0.253298    4.475773   -6.586521
 
888
siesta:      7   -2.954750    2.643864    6.056762
 
889
siesta:      8   -3.332910    7.231072   -0.273366
 
890
siesta:      9    0.253374   -4.476393    6.586640
 
891
siesta:     10    2.954603   -2.643739   -6.056386
826
892
siesta: ----------------------------------------
827
 
siesta:    Tot   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
893
siesta:    Tot   -0.000002    0.000001   -0.000004
828
894
 
829
895
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
830
 
siesta:     0.056902    0.107563    0.070412
831
 
siesta:     0.107563   -0.135584    0.031481
832
 
siesta:     0.070412    0.031481   -0.163068
 
896
siesta:     0.058522    0.121027    0.062253
 
897
siesta:     0.121026   -0.145939    0.045321
 
898
siesta:     0.062255    0.045323   -0.166804
833
899
 
834
900
siesta: Cell volume =         93.166340 Ang**3
835
901
 
836
902
siesta: Pressure (static):
837
903
siesta:                Solid            Molecule  Units
838
 
siesta:           0.00087766         -0.00142233  Ry/Bohr**3
839
 
siesta:           0.08058344         -0.13059359  eV/Ang**3
840
 
siesta:         129.11029947       -209.23625601  kBar
841
 
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =       -2956.499630
842
 
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =       -2956.499630
843
 
>> End of run:  18-AUG-2016   8:45:02
 
904
siesta:           0.00092293         -0.00140232  Ry/Bohr**3
 
905
siesta:           0.08474011         -0.12875593  eV/Ang**3
 
906
siesta:         135.77008966       -206.29197118  kBar
 
907
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =       -2955.904121
 
908
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =       -2955.904121
 
909
>> End of run:   5-NOV-2018  10:55:05
 
910
Job completed