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  • Committer: Nick Papior
  • Date: 2018-11-09 09:36:46 UTC
  • mfrom: (560.1.476 4.1)
  • Revision ID: nickpapior@gmail.com-20181109093646-b9rx59dx9vyjict2
Merged r1024-1036, GR-pulay, OMM-reuse and test updates

Fixed GR-pulay, OMM-psi reuse.

Updated all tests from 4.1 and fixed input options for nearly
all tests.

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removed removed

Lines of Context:
Tests/Reference/pb_filter_tol.out
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                           *  WELCOME TO SIESTA  *       
4
 
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6
 
reinit: Reading from ../pb_filter_tol.fdf
7
 
 
8
 
reinit: -----------------------------------------------------------------------
9
 
reinit: System Name: bulk Lead -- filtering by tolerance
10
 
reinit: -----------------------------------------------------------------------
11
 
reinit: System Label: pb_filter_tol
12
 
reinit: -----------------------------------------------------------------------
13
 
Siesta Version: siesta-4.1--731
14
 
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-14
15
 
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto -fuse-linker-plugin
16
 
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gmp/6.1.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpfr/3.1.4/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpc/1.0.3/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/isl/0.16.1/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gcc/6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/zlib/1.2.8/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/libxml2/2.9.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hwloc/1.11.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openmpi/2.0.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hdf5/1.8.17/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/netcdf/4.4.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openblas/0.2.19/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/mumps/5.0.2/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/fftw/3.3.5/gnu-6.2.0/include -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__FLOOK
17
 
Libraries     : -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmumps -lmumps_common -llpord -lparmetis -lmetis -lscalapack -lopenblas  -lmetis -flto -fuse-linker-plugin  -L/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -lflookall -ldl
 
1
Siesta Version  : siesta-4.1-1033
 
2
Architecture    : x86_64-linux-n-62-18-18
 
3
Compiler version: GNU Fortran (GCC) 7.3.0
 
4
Compiler flags  : mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto
 
5
PP flags        : -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/zlib/1.2.11/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/libxml2/2.9.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hwloc/1.11.9/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openmpi/3.0.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/szip/2.1.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hdf5/1.8.18/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/pnetcdf/1.8.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/netcdf/4.6.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openblas/0.2.20/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scotch/6.0.4/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/mumps/5.1.2/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/fftw/3.3.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/elpa/2017.05.003/gnu-7.3.0/include/elpa -DSIESTA__ELPA -DMPI -D1 -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__FLOOK  -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DSIESTA__MRRR
 
6
Libraries       : libncdf.a libfdict.a -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmuumps -lmumps_common -lesmumps -lscotch -lscotcherr -lpord -lparmetis -lmetis -lelpa -lscalapack -lopenblas  -L/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -lflookall -ldl  -flto -fuse-linker-plugin  -lmetis
18
7
PARALLEL version
19
8
NetCDF support
20
9
NetCDF-4 support
22
11
METIS ordering support
23
12
 
24
13
* Running on 8 nodes in parallel
25
 
>> Start of run:   2-JUL-2017  11:58:13
 
14
>> Start of run:   5-NOV-2018  10:58:37
 
15
 
 
16
                           ***********************       
 
17
                           *  WELCOME TO SIESTA  *       
 
18
                           ***********************       
 
19
 
 
20
reinit: Reading from ../pb_filter_tol.fdf
 
21
 
 
22
reinit: -----------------------------------------------------------------------
 
23
reinit: System Name: bulk Lead -- filtering by tolerance
 
24
reinit: -----------------------------------------------------------------------
 
25
reinit: System Label: pb_filter_tol
 
26
reinit: -----------------------------------------------------------------------
26
27
 
27
28
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
28
29
Species number:   1 Atomic number:   82 Label: Pb
31
32
Reading pseudopotential information in formatted form from Pb.psf
32
33
 
33
34
Pseudopotential generated from a relativistic atomic calculation
34
 
There are spin-orbit pseudopotentials available
35
 
Spin-orbit interaction is not included in this calculation
36
35
 
37
36
Valence configuration for pseudopotential generation:
38
37
6s( 2.00) rc: 2.18
266
265
redata: Number of Atomic Species                    =        1
267
266
redata: Charge density info will appear in .RHO file
268
267
redata: Write Mulliken Pop.                         = NO
 
268
redata: Matel table size (NRTAB)                    =     1024
269
269
redata: Mesh Cutoff                                 =   200.0000 Ry
270
270
redata: Net charge of the system                    =     0.0000 |e|
271
271
redata: Min. number of SCF Iter                     =        0
272
 
redata: Max. number of SCF Iter                     =       50
 
272
redata: Max. number of SCF Iter                     =     1000
 
273
redata: SCF convergence failure will abort job
273
274
redata: SCF mix quantity                            = Hamiltonian
274
275
redata: Mix DM or H after convergence               =   F
275
276
redata: Recompute H after scf cycle                 =   F
282
283
redata: Require Harris convergence for SCF          =   F
283
284
redata: Harris energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV
284
285
redata: Require DM convergence for SCF              =   T
285
 
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.0001
 
286
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.000100
286
287
redata: Require EDM convergence for SCF             =   F
287
288
redata: EDM tolerance for SCF                       =     0.001000 eV
288
289
redata: Require H convergence for SCF               =   T
293
294
redata: Use continuation files for DM               =   F
294
295
redata: Neglect nonoverlap interactions             =   F
295
296
redata: Method of Calculation                       = Diagonalization
296
 
redata: Divide and Conquer                          =   T
297
297
redata: Electronic Temperature                      =   299.9869 K
298
298
redata: Fix the spin of the system                  =   F
299
299
redata: Dynamics option                             = Single-point calculation
343
343
siesta: k-grid:    0   7   0      0.500
344
344
siesta: k-grid:    0   0   7      0.500
345
345
 
 
346
diag: Algorithm                                     = D&C
 
347
diag: Parallel over k                               =   F
 
348
diag: Use parallel 2D distribution                  =   T
 
349
diag: Parallel block-size                           = 1
 
350
diag: Parallel distribution                         =     2 x     4
 
351
diag: Used triangular part                          = Lower
 
352
diag: Absolute tolerance                            =  0.100E-15
 
353
diag: Orthogonalization factor                      =  0.100E-05
 
354
diag: Memory factor                                 =  1.0000
 
355
 
346
356
superc: Internal auxiliary supercell:     5 x     5 x     5  =     125
347
357
superc: Number of atoms, orbitals, and projectors:    125   1625   2000
348
358
 
349
359
 
 
360
ts: **************************************************************
 
361
ts: Save H and S matrices                           =    F
 
362
ts: Save DM and EDM matrices                        =    F
 
363
ts: Fix Hartree potential                           =    F
 
364
ts: Only save the overlap matrix S                  =    F
 
365
ts: **************************************************************
 
366
 
 
367
************************ Begin: TS CHECKS AND WARNINGS ************************
 
368
************************ End: TS CHECKS AND WARNINGS **************************
 
369
 
 
370
 
350
371
                     ====================================
351
372
                        Single-point calculation
352
373
                     ====================================
375
396
    nrows_g=13 nrows=2 sparsity=8.4615 nnzs=1430, refcount: 8>
376
397
  <dData2D:DM n=1430 m=1, refcount: 1>
377
398
refcount: 1>
378
 
 
379
399
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      13     169
380
400
New grid distribution:   1
381
401
           1       1:   15    1:    8    1:    4
417
437
stepf: Fermi-Dirac step function
418
438
 
419
439
siesta: Program's energy decomposition (eV):
420
 
siesta: Ebs     =       -30.185259
 
440
siesta: Ebs     =       -30.185255
421
441
siesta: Eions   =       122.930792
422
442
siesta: Ena     =        18.410043
423
 
siesta: Ekin    =        30.509662
424
 
siesta: Enl     =        12.673245
 
443
siesta: Ekin    =        30.509661
 
444
siesta: Enl     =        12.673243
425
445
siesta: Eso     =         0.000000
426
446
siesta: Eldau   =         0.000000
427
 
siesta: DEna    =         2.300900
 
447
siesta: DEna    =         2.300903
428
448
siesta: DUscf   =         0.110792
429
449
siesta: DUext   =         0.000000
430
 
siesta: Exc     =      -290.068988
 
450
siesta: Enegf   =         0.000000
 
451
siesta: Exc     =      -290.068987
431
452
siesta: eta*DQ  =         0.000000
432
453
siesta: Emadel  =         0.000000
433
454
siesta: Emeta   =         0.000000
434
455
siesta: Emolmec =         0.000000
435
456
siesta: Ekinion =         0.000000
436
 
siesta: Eharris =      -352.881178
 
457
siesta: Eharris =      -352.881176
437
458
siesta: Etot    =      -348.995137
438
 
siesta: FreeEng =      -348.996415
 
459
siesta: FreeEng =      -348.996414
439
460
 
440
461
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
441
 
   scf:    1     -352.881178     -348.995137     -348.996415  0.389653 -2.006579  0.373177
442
 
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       1.070  57.50
443
 
   scf:    2     -348.996037     -348.995588     -348.996866  0.003226 -2.013870  0.353013
444
 
   scf:    3     -349.002768     -348.999324     -349.000712  0.055186 -2.143399  0.000801
445
 
   scf:    4     -348.999324     -348.999324     -349.000712  0.000081 -2.143334  0.000819
 
462
   scf:    1     -352.881176     -348.995137     -348.996414  0.389654 -2.006581  0.373178
 
463
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       1.136  52.21
 
464
   scf:    2     -348.996037     -348.995587     -348.996866  0.003226 -2.013872  0.353013
 
465
   scf:    3     -349.002767     -348.999323     -349.000711  0.055186 -2.143400  0.000801
 
466
   scf:    4     -348.999324     -348.999324     -349.000711  0.000081 -2.143335  0.000819
446
467
 
447
468
SCF Convergence by DM+H criterion
448
 
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000806800
449
 
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0008191993
 
469
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000807704
 
470
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0008192035
450
471
SCF cycle converged after 4 iterations
451
472
 
452
473
Using DM_out to compute the final energy and forces
458
479
 
459
480
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
460
481
----------------------------------------
461
 
   Tot    0.000000   -0.000000   -0.000000
 
482
   Tot    0.000000    0.000000   -0.000000
462
483
----------------------------------------
463
484
   Max    0.000000
464
485
   Res    0.000000    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
466
487
   Max    0.000000    constrained
467
488
 
468
489
Stress-tensor-Voigt (kbar):       31.55       31.55       31.55       -8.37       -8.37       -8.37
469
 
(Free)E + p*V (eV/cell)     -349.5764
 
490
(Free)E + p*V (eV/cell)     -349.5763
470
491
Target enthalpy (eV/cell)     -349.0007
471
492
 
472
493
siesta: Program's energy decomposition (eV):
473
 
siesta: Ebs     =       -30.125529
 
494
siesta: Ebs     =       -30.125524
474
495
siesta: Eions   =       122.930792
475
496
siesta: Ena     =        18.410043
476
 
siesta: Ekin    =        30.736699
477
 
siesta: Enl     =        12.743832
 
497
siesta: Ekin    =        30.736697
 
498
siesta: Enl     =        12.743830
478
499
siesta: Eso     =         0.000000
479
500
siesta: Eldau   =         0.000000
480
 
siesta: DEna    =         2.140216
 
501
siesta: DEna    =         2.140219
481
502
siesta: DUscf   =         0.095221
482
503
siesta: DUext   =         0.000000
483
 
siesta: Exc     =      -290.194544
 
504
siesta: Enegf   =         0.000000
 
505
siesta: Exc     =      -290.194542
484
506
siesta: eta*DQ  =         0.000000
485
507
siesta: Emadel  =         0.000000
486
508
siesta: Emeta   =         0.000000
488
510
siesta: Ekinion =         0.000000
489
511
siesta: Eharris =      -348.999324
490
512
siesta: Etot    =      -348.999324
491
 
siesta: FreeEng =      -349.000712
 
513
siesta: FreeEng =      -349.000711
492
514
 
493
515
siesta: Final energy (eV):
494
 
siesta:  Band Struct. =     -30.125529
495
 
siesta:       Kinetic =      30.736699
496
 
siesta:       Hartree =       1.179478
 
516
siesta:  Band Struct. =     -30.125524
 
517
siesta:       Kinetic =      30.736697
 
518
siesta:       Hartree =       1.179477
497
519
siesta:       Eldau   =       0.000000
498
520
siesta:       Eso     =       0.000000
499
521
siesta:    Ext. field =       0.000000
500
 
siesta:   Exch.-corr. =    -290.194544
501
 
siesta:  Ion-electron =     -15.818591
502
 
siesta:       Ion-ion =     -74.902366
 
522
siesta:       Enegf   =       0.000000
 
523
siesta:   Exch.-corr. =    -290.194542
 
524
siesta:  Ion-electron =     -15.818589
 
525
siesta:       Ion-ion =     -74.902367
503
526
siesta:       Ekinion =       0.000000
504
527
siesta:         Total =    -348.999324
505
 
siesta:         Fermi =      -2.143334
 
528
siesta:         Fermi =      -2.143335
506
529
 
507
530
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
508
 
siesta:     0.019694   -0.005227   -0.005227
509
 
siesta:    -0.005227    0.019694   -0.005227
510
 
siesta:    -0.005227   -0.005227    0.019694
 
531
siesta:     0.019690   -0.005226   -0.005226
 
532
siesta:    -0.005226    0.019690   -0.005226
 
533
siesta:    -0.005226   -0.005226    0.019690
511
534
 
512
535
siesta: Cell volume =         29.232542 Ang**3
513
536
 
514
537
siesta: Pressure (static):
515
538
siesta:                Solid            Molecule  Units
516
 
siesta:          -0.00021449         -0.00021449  Ry/Bohr**3
517
 
siesta:          -0.01969380         -0.01969380  eV/Ang**3
518
 
siesta:         -31.55328481        -31.55328481  kBar
 
539
siesta:          -0.00021445         -0.00021445  Ry/Bohr**3
 
540
siesta:          -0.01969034         -0.01969034  eV/Ang**3
 
541
siesta:         -31.54774664        -31.54774664  kBar
519
542
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -348.350761
520
543
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -348.350761
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>> End of run:   2-JUL-2017  11:58:18
 
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>> End of run:   5-NOV-2018  10:58:42
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