~javier-junquera/siesta/lda+u+so

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Tests/Reference/h2o_coop.out

  • Committer: Nick Papior
  • Date: 2018-11-09 09:36:46 UTC
  • mfrom: (560.1.476 4.1)
  • Revision ID: nickpapior@gmail.com-20181109093646-b9rx59dx9vyjict2
Merged r1024-1036, GR-pulay, OMM-reuse and test updates

Fixed GR-pulay, OMM-psi reuse.

Updated all tests from 4.1 and fixed input options for nearly
all tests.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
 
1
Siesta Version  : siesta-4.1-1033
 
2
Architecture    : x86_64-linux-n-62-18-18
 
3
Compiler version: GNU Fortran (GCC) 7.3.0
 
4
Compiler flags  : mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto
 
5
PP flags        : -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/zlib/1.2.11/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/libxml2/2.9.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hwloc/1.11.9/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openmpi/3.0.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/szip/2.1.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hdf5/1.8.18/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/pnetcdf/1.8.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/netcdf/4.6.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openblas/0.2.20/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scotch/6.0.4/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/mumps/5.1.2/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/fftw/3.3.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/elpa/2017.05.003/gnu-7.3.0/include/elpa -DSIESTA__ELPA -DMPI -D1 -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__FLOOK  -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DSIESTA__MRRR
 
6
Libraries       : libncdf.a libfdict.a -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmuumps -lmumps_common -lesmumps -lscotch -lscotcherr -lpord -lparmetis -lmetis -lelpa -lscalapack -lopenblas  -L/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -lflookall -ldl  -flto -fuse-linker-plugin  -lmetis
 
7
PARALLEL version
 
8
NetCDF support
 
9
NetCDF-4 support
 
10
NetCDF-4 MPI-IO support
 
11
METIS ordering support
 
12
 
 
13
* Running on 8 nodes in parallel
 
14
>> Start of run:   5-NOV-2018  10:49:23
 
15
 
 
16
                           ***********************       
 
17
                           *  WELCOME TO SIESTA  *       
 
18
                           ***********************       
 
19
 
 
20
reinit: Reading from ../h2o_coop.fdf
 
21
 
 
22
reinit: -----------------------------------------------------------------------
 
23
reinit: System Name: Water molecule
 
24
reinit: -----------------------------------------------------------------------
 
25
reinit: System Label: h2o_coop
 
26
reinit: -----------------------------------------------------------------------
 
27
 
 
28
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
 
29
Species number:   1 Atomic number:    8 Label: O
 
30
Species number:   2 Atomic number:    1 Label: H
 
31
 
 
32
Ground state valence configuration:   2s02  2p04
 
33
Reading pseudopotential information in formatted form from O.psf
 
34
 
 
35
Valence configuration for pseudopotential generation:
 
36
2s( 2.00) rc: 1.14
 
37
2p( 4.00) rc: 1.14
 
38
3d( 0.00) rc: 1.14
 
39
4f( 0.00) rc: 1.14
 
40
Ground state valence configuration:   1s01
 
41
Reading pseudopotential information in formatted form from H.psf
 
42
 
 
43
Valence configuration for pseudopotential generation:
 
44
1s( 1.00) rc: 1.25
 
45
2p( 0.00) rc: 1.25
 
46
3d( 0.00) rc: 1.25
 
47
4f( 0.00) rc: 1.25
 
48
For O, standard SIESTA heuristics set lmxkb to 3
 
49
 (one more than the basis l, including polarization orbitals).
 
50
Use PS.lmax or PS.KBprojectors blocks to override.
 
51
For H, standard SIESTA heuristics set lmxkb to 2
 
52
 (one more than the basis l, including polarization orbitals).
 
53
Use PS.lmax or PS.KBprojectors blocks to override.
 
54
 
 
55
<basis_specs>
 
56
===============================================================================
 
57
O                    Z=   8    Mass=  16.000        Charge= 0.17977+309
 
58
Lmxo=1 Lmxkb= 3    BasisType=split      Semic=F
 
59
L=0  Nsemic=0  Cnfigmx=2
 
60
          n=1  nzeta=2  polorb=0
 
61
            splnorm:   0.15000    
 
62
               vcte:    0.0000    
 
63
               rinn:    0.0000    
 
64
               qcoe:    0.0000    
 
65
               qyuk:    0.0000    
 
66
               qwid:   0.10000E-01
 
67
                rcs:    0.0000      0.0000    
 
68
            lambdas:    1.0000      1.0000    
 
69
L=1  Nsemic=0  Cnfigmx=2
 
70
          n=1  nzeta=2  polorb=1
 
71
            splnorm:   0.15000    
 
72
               vcte:    0.0000    
 
73
               rinn:    0.0000    
 
74
               qcoe:    0.0000    
 
75
               qyuk:    0.0000    
 
76
               qwid:   0.10000E-01
 
77
                rcs:    0.0000      0.0000    
 
78
            lambdas:    1.0000      1.0000    
 
79
-------------------------------------------------------------------------------
 
80
L=0  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
 
81
L=1  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
 
82
L=2  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
 
83
L=3  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
 
84
===============================================================================
 
85
</basis_specs>
 
86
 
 
87
atom: Called for O                     (Z =   8)
 
88
 
 
89
read_vps: Pseudopotential generation method:
 
90
read_vps: ATM3      Troullier-Martins                       
 
91
Total valence charge:    6.00000
 
92
 
 
93
xc_check: Exchange-correlation functional:
 
94
xc_check: Ceperley-Alder
 
95
V l=0 = -2*Zval/r beyond r=  1.1278
 
96
V l=1 = -2*Zval/r beyond r=  1.1278
 
97
V l=2 = -2*Zval/r beyond r=  1.1278
 
98
V l=3 = -2*Zval/r beyond r=  1.1138
 
99
All V_l potentials equal beyond r=  1.1278
 
100
This should be close to max(r_c) in ps generation
 
101
All pots = -2*Zval/r beyond r=  1.1278
 
102
 
 
103
VLOCAL1: 99.0% of the norm of Vloc inside     34.126 Ry
 
104
VLOCAL1: 99.9% of the norm of Vloc inside     77.774 Ry
 
105
atom: Maximum radius for 4*pi*r*r*local-pseudopot. charge    1.37759
 
106
atom: Maximum radius for r*vlocal+2*Zval:    1.18566
 
107
GHOST: No ghost state for L =  0
 
108
GHOST: No ghost state for L =  1
 
109
GHOST: No ghost state for L =  2
 
110
GHOST: No ghost state for L =  3
 
111
 
 
112
KBgen: Kleinman-Bylander projectors: 
 
113
   l= 0   rc=  1.294105   el= -1.742414   Ekb=  9.135903   kbcos=  0.326910
 
114
   l= 1   rc=  1.294105   el= -0.676589   Ekb= -8.124878   kbcos= -0.395047
 
115
   l= 2   rc=  1.448233   el=  0.002386   Ekb= -2.039267   kbcos= -0.003484
 
116
   l= 3   rc=  1.561052   el=  0.003508   Ekb= -0.799141   kbcos= -0.000344
 
117
 
 
118
KBgen: Total number of  Kleinman-Bylander projectors:   16
 
119
atom: -------------------------------------------------------------------------
 
120
 
 
121
atom: SANKEY-TYPE ORBITALS:
 
122
atom: Selected multiple-zeta basis: split     
 
123
 
 
124
SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 0
 
125
 
 
126
SPLIT: Basis orbitals for state 2s
 
127
 
 
128
SPLIT: PAO cut-off radius determined from an
 
129
SPLIT: energy shift=  0.020000 Ry
 
130
 
 
131
   izeta = 1
 
132
                 lambda =    1.000000
 
133
                     rc =    3.305093
 
134
                 energy =   -1.723766
 
135
                kinetic =    1.614911
 
136
    potential(screened) =   -3.338677
 
137
       potential(ionic) =  -11.304675
 
138
 
 
139
   izeta = 2
 
140
                 rmatch =    2.510382
 
141
              splitnorm =    0.150000
 
142
                 energy =   -1.471299
 
143
                kinetic =    2.446434
 
144
    potential(screened) =   -3.917732
 
145
       potential(ionic) =  -12.476133
 
146
 
 
147
SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 1
 
148
 
 
149
SPLIT: Basis orbitals for state 2p
 
150
 
 
151
SPLIT: PAO cut-off radius determined from an
 
152
SPLIT: energy shift=  0.020000 Ry
 
153
 
 
154
   izeta = 1
 
155
                 lambda =    1.000000
 
156
                     rc =    3.937239
 
157
                 energy =   -0.658841
 
158
                kinetic =    5.005986
 
159
    potential(screened) =   -5.664827
 
160
       potential(ionic) =  -13.452360
 
161
 
 
162
   izeta = 2
 
163
                 rmatch =    2.541963
 
164
              splitnorm =    0.150000
 
165
                 energy =   -0.367441
 
166
                kinetic =    7.530509
 
167
    potential(screened) =   -7.897949
 
168
       potential(ionic) =  -16.611953
 
169
 
 
170
POLgen: Perturbative polarization orbital with L=  2
 
171
 
 
172
POLgen: Polarization orbital for state 2p
 
173
 
 
174
   izeta = 1
 
175
                     rc =    3.937239
 
176
                 energy =    2.398520
 
177
                kinetic =    4.716729
 
178
    potential(screened) =   -2.318209
 
179
       potential(ionic) =   -8.603170
 
180
atom: Total number of Sankey-type orbitals: 13
 
181
 
 
182
atm_pop: Valence configuration (for local Pseudopot. screening):
 
183
 2s( 2.00)                                                            
 
184
 2p( 4.00)                                                            
 
185
Vna: chval, zval:    6.00000   6.00000
 
186
 
 
187
Vna:  Cut-off radius for the neutral-atom potential:   3.937239
 
188
 
 
189
atom: _________________________________________________________________________
 
190
 
 
191
<basis_specs>
 
192
===============================================================================
 
193
H                    Z=   1    Mass=  1.0100        Charge= 0.17977+309
 
194
Lmxo=0 Lmxkb= 2    BasisType=split      Semic=F
 
195
L=0  Nsemic=0  Cnfigmx=1
 
196
          n=1  nzeta=2  polorb=1
 
197
            splnorm:   0.15000    
 
198
               vcte:    0.0000    
 
199
               rinn:    0.0000    
 
200
               qcoe:    0.0000    
 
201
               qyuk:    0.0000    
 
202
               qwid:   0.10000E-01
 
203
                rcs:    0.0000      0.0000    
 
204
            lambdas:    1.0000      1.0000    
 
205
-------------------------------------------------------------------------------
 
206
L=0  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
 
207
L=1  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
 
208
L=2  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
 
209
===============================================================================
 
210
</basis_specs>
 
211
 
 
212
atom: Called for H                     (Z =   1)
 
213
 
 
214
read_vps: Pseudopotential generation method:
 
215
read_vps: ATM3      Troullier-Martins                       
 
216
Total valence charge:    1.00000
 
217
 
 
218
xc_check: Exchange-correlation functional:
 
219
xc_check: Ceperley-Alder
 
220
V l=0 = -2*Zval/r beyond r=  1.2343
 
221
V l=1 = -2*Zval/r beyond r=  1.2189
 
222
V l=2 = -2*Zval/r beyond r=  1.2189
 
223
All V_l potentials equal beyond r=  1.2343
 
224
This should be close to max(r_c) in ps generation
 
225
All pots = -2*Zval/r beyond r=  1.2343
 
226
 
 
227
VLOCAL1: 99.0% of the norm of Vloc inside     28.493 Ry
 
228
VLOCAL1: 99.9% of the norm of Vloc inside     64.935 Ry
 
229
atom: Maximum radius for 4*pi*r*r*local-pseudopot. charge    1.45251
 
230
atom: Maximum radius for r*vlocal+2*Zval:    1.21892
 
231
GHOST: No ghost state for L =  0
 
232
GHOST: No ghost state for L =  1
 
233
GHOST: No ghost state for L =  2
 
234
 
 
235
KBgen: Kleinman-Bylander projectors: 
 
236
   l= 0   rc=  1.364359   el= -0.467325   Ekb= -2.005361   kbcos= -0.336422
 
237
   l= 1   rc=  1.434438   el=  0.001430   Ekb= -0.501708   kbcos= -0.021697
 
238
   l= 2   rc=  1.470814   el=  0.002365   Ekb= -0.190555   kbcos= -0.002281
 
239
 
 
240
KBgen: Total number of  Kleinman-Bylander projectors:    9
 
241
atom: -------------------------------------------------------------------------
 
242
 
 
243
atom: SANKEY-TYPE ORBITALS:
 
244
atom: Selected multiple-zeta basis: split     
 
245
 
 
246
SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 0
 
247
 
 
248
SPLIT: Basis orbitals for state 1s
 
249
 
 
250
SPLIT: PAO cut-off radius determined from an
 
251
SPLIT: energy shift=  0.020000 Ry
 
252
 
 
253
   izeta = 1
 
254
                 lambda =    1.000000
 
255
                     rc =    4.828263
 
256
                 energy =   -0.449375
 
257
                kinetic =    0.929372
 
258
    potential(screened) =   -1.378747
 
259
       potential(ionic) =   -1.915047
 
260
 
 
261
   izeta = 2
 
262
                 rmatch =    3.854947
 
263
              splitnorm =    0.150000
 
264
                 energy =   -0.336153
 
265
                kinetic =    1.505294
 
266
    potential(screened) =   -1.841447
 
267
       potential(ionic) =   -2.413582
 
268
 
 
269
POLgen: Perturbative polarization orbital with L=  1
 
270
 
 
271
POLgen: Polarization orbital for state 1s
 
272
 
 
273
   izeta = 1
 
274
                     rc =    4.828263
 
275
                 energy =    0.706972
 
276
                kinetic =    1.396397
 
277
    potential(screened) =   -0.689424
 
278
       potential(ionic) =   -1.169792
 
279
atom: Total number of Sankey-type orbitals:  5
 
280
 
 
281
atm_pop: Valence configuration (for local Pseudopot. screening):
 
282
 1s( 1.00)                                                            
 
283
Vna: chval, zval:    1.00000   1.00000
 
284
 
 
285
Vna:  Cut-off radius for the neutral-atom potential:   4.828263
 
286
 
 
287
atom: _________________________________________________________________________
 
288
 
 
289
prinput: Basis input ----------------------------------------------------------
 
290
 
 
291
PAO.BasisType split     
 
292
 
 
293
%block ChemicalSpeciesLabel
 
294
    1    8 O                       # Species index, atomic number, species label
 
295
    2    1 H                       # Species index, atomic number, species label
 
296
%endblock ChemicalSpeciesLabel
 
297
 
 
298
%block PAO.Basis                 # Define Basis set
 
299
O                     2                    # Species label, number of l-shells
 
300
 n=2   0   2                         # n, l, Nzeta 
 
301
   3.305      2.510   
 
302
   1.000      1.000   
 
303
 n=2   1   2 P   1                   # n, l, Nzeta, Polarization, NzetaPol
 
304
   3.937      2.542   
 
305
   1.000      1.000   
 
306
H                     1                    # Species label, number of l-shells
 
307
 n=1   0   2 P   1                   # n, l, Nzeta, Polarization, NzetaPol
 
308
   4.828      3.855   
 
309
   1.000      1.000   
 
310
%endblock PAO.Basis
 
311
 
 
312
prinput: ----------------------------------------------------------------------
 
313
 
 
314
Dumping basis to NetCDF file O.ion.nc
 
315
Dumping basis to NetCDF file H.ion.nc
 
316
coor:   Atomic-coordinates input format  =     Cartesian coordinates
 
317
coor:                                          (in Angstroms)
 
318
 
 
319
siesta: Atomic coordinates (Bohr) and species
 
320
siesta:      0.00000   0.00000   0.00000  1        1
 
321
siesta:      1.43052   1.10738   0.00000  2        2
 
322
siesta:     -1.43052   1.10738   0.00000  2        3
 
323
 
 
324
siesta: Automatic unit cell vectors (Ang):
 
325
siesta:    7.286412    0.000000    0.000000
 
326
siesta:    0.000000    5.746952    0.000000
 
327
siesta:    0.000000    0.000000    5.621012
 
328
 
 
329
siesta: System type = molecule  
 
330
 
 
331
initatomlists: Number of atoms, orbitals, and projectors:      3    23    34
 
332
 
 
333
siesta: ******************** Simulation parameters ****************************
 
334
siesta:
 
335
siesta: The following are some of the parameters of the simulation.
 
336
siesta: A complete list of the parameters used, including default values,
 
337
siesta: can be found in file out.fdf
 
338
siesta:
 
339
redata: Spin configuration                          = none
 
340
redata: Number of spin components                   = 1
 
341
redata: Time-Reversal Symmetry                      = T
 
342
redata: Spin-spiral                                 = F
 
343
redata: Long output                                 =   F
 
344
redata: Number of Atomic Species                    =        2
 
345
redata: Charge density info will appear in .RHO file
 
346
redata: Write Mulliken Pop.                         = NO
 
347
redata: Matel table size (NRTAB)                    =     1024
 
348
redata: Mesh Cutoff                                 =    50.0000 Ry
 
349
redata: Net charge of the system                    =     0.0000 |e|
 
350
redata: Min. number of SCF Iter                     =        0
 
351
redata: Max. number of SCF Iter                     =     1000
 
352
redata: SCF convergence failure will abort job
 
353
redata: SCF mix quantity                            = Hamiltonian
 
354
redata: Mix DM or H after convergence               =   F
 
355
redata: Recompute H after scf cycle                 =   F
 
356
redata: Mix DM in first SCF step                    =   T
 
357
redata: Write Pulay info on disk                    =   F
 
358
redata: New DM Mixing Weight                        =     0.2500
 
359
redata: New DM Occupancy tolerance                  = 0.000000000001
 
360
redata: No kicks to SCF
 
361
redata: DM Mixing Weight for Kicks                  =     0.5000
 
362
redata: Require Harris convergence for SCF          =   F
 
363
redata: Harris energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV
 
364
redata: Require DM convergence for SCF              =   T
 
365
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.000100
 
366
redata: Require EDM convergence for SCF             =   F
 
367
redata: EDM tolerance for SCF                       =     0.001000 eV
 
368
redata: Require H convergence for SCF               =   T
 
369
redata: Hamiltonian tolerance for SCF               =     0.001000 eV
 
370
redata: Require (free) Energy convergence for SCF   =   F
 
371
redata: (free) Energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV
 
372
redata: Using Saved Data (generic)                  =   F
 
373
redata: Use continuation files for DM               =   F
 
374
redata: Neglect nonoverlap interactions             =   F
 
375
redata: Method of Calculation                       = Diagonalization
 
376
redata: Electronic Temperature                      =   299.9869 K
 
377
redata: Fix the spin of the system                  =   F
 
378
redata: Dynamics option                             = Single-point calculation
 
379
mix.SCF: Pulay mixing                            = Pulay
 
380
mix.SCF:    Variant                              = stable
 
381
mix.SCF:    History steps                        = 2
 
382
mix.SCF:    Linear mixing weight                 =     0.250000
 
383
mix.SCF:    Mixing weight                        =     0.250000
 
384
mix.SCF:    SVD condition                        = 0.1000E-07
 
385
redata: Save all siesta data in one NC              =   F
 
386
redata: ***********************************************************************
 
387
 
 
388
%block SCF.Mixers
 
389
  Pulay
 
390
%endblock SCF.Mixers
 
391
 
 
392
%block SCF.Mixer.Pulay
 
393
  # Mixing method
 
394
  method pulay
 
395
  variant stable
 
396
 
 
397
  # Mixing options
 
398
  weight 0.2500
 
399
  weight.linear 0.2500
 
400
  history 2
 
401
%endblock SCF.Mixer.Pulay
 
402
 
 
403
DM_history_depth set to one: no extrapolation allowed by default for geometry relaxation
 
404
Size of DM history Fstack: 1
 
405
Total number of electrons:     8.000000
 
406
Total ionic charge:     8.000000
 
407
 
 
408
* ProcessorY, Blocksize:    2   3
 
409
 
 
410
 
 
411
* Orbital distribution balance (max,min):     3     2
 
412
 
 
413
 Kpoints in:            1 . Kpoints trimmed:            1
 
414
 
 
415
siesta: k-grid: Number of k-points =     1
 
416
siesta: k-grid: Cutoff (effective) =     2.811 Ang
 
417
siesta: k-grid: Supercell and displacements
 
418
siesta: k-grid:    1   0   0      0.000
 
419
siesta: k-grid:    0   1   0      0.000
 
420
siesta: k-grid:    0   0   1      0.000
 
421
 
 
422
diag: Algorithm                                     = D&C
 
423
diag: Parallel over k                               =   F
 
424
diag: Use parallel 2D distribution                  =   T
 
425
diag: Parallel block-size                           = 3
 
426
diag: Parallel distribution                         =     2 x     4
 
427
diag: Used triangular part                          = Lower
 
428
diag: Absolute tolerance                            =  0.100E-15
 
429
diag: Orthogonalization factor                      =  0.100E-05
 
430
diag: Memory factor                                 =  1.0000
 
431
 
 
432
 
 
433
ts: **************************************************************
 
434
ts: Save H and S matrices                           =    F
 
435
ts: Save DM and EDM matrices                        =    F
 
436
ts: Fix Hartree potential                           =    F
 
437
ts: Only save the overlap matrix S                  =    F
 
438
ts: **************************************************************
 
439
 
 
440
************************ Begin: TS CHECKS AND WARNINGS ************************
 
441
************************ End: TS CHECKS AND WARNINGS **************************
 
442
 
 
443
 
 
444
                     ====================================
 
445
                        Single-point calculation
 
446
                     ====================================
 
447
 
 
448
outcell: Unit cell vectors (Ang):
 
449
        7.286412    0.000000    0.000000
 
450
        0.000000    5.746952    0.000000
 
451
        0.000000    0.000000    5.621012
 
452
 
 
453
outcell: Cell vector modules (Ang)   :    7.286412    5.746952    5.621012
 
454
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):     90.0000     90.0000     90.0000
 
455
outcell: Cell volume (Ang**3)        :    235.3780
 
456
<dSpData1D:S at geom step 0
 
457
  <sparsity:sparsity for geom step 0
 
458
    nrows_g=23 nrows=3 sparsity=.1304 nnzs=69, refcount: 7>
 
459
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=69, refcount: 1>
 
460
refcount: 1>
 
461
new_DM -- step:     1
 
462
Initializing Density Matrix...
 
463
DM filled with atomic data:
 
464
<dSpData2D:DM initialized from atoms
 
465
  <sparsity:sparsity for geom step 0
 
466
    nrows_g=23 nrows=3 sparsity=.1304 nnzs=69, refcount: 8>
 
467
  <dData2D:DM n=69 m=1, refcount: 1>
 
468
refcount: 1>
 
469
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:       3      23
 
470
New grid distribution:   1
 
471
           1       1:   16    1:    8    1:    3
 
472
           2       1:   16    1:    8    4:    6
 
473
           3       1:   16    1:    8    7:    9
 
474
           4       1:   16    1:    8   10:   12
 
475
           5       1:   16    9:   15    1:    3
 
476
           6       1:   16    9:   15    4:    6
 
477
           7       1:   16    9:   15    7:    9
 
478
           8       1:   16    9:   15   10:   12
 
479
 
 
480
InitMesh: MESH =    32 x    30 x    24 =       23040
 
481
InitMesh: (bp) =    16 x    15 x    12 =        2880
 
482
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    50.384 Ry
 
483
ExtMesh (bp) on 0 =    40 x    36 x    27 =       38880
 
484
New grid distribution:   2
 
485
           1       5:   16    5:   15    1:    4
 
486
           2       5:   16    1:    4    1:    4
 
487
           3       5:   16    1:    4    5:   12
 
488
           4       1:    4    1:    4    5:   12
 
489
           5       1:    4    5:   15    1:    4
 
490
           6       1:    4    1:    4    1:    4
 
491
           7       5:   16    5:   15    5:   12
 
492
           8       1:    4    5:   15    5:   12
 
493
New grid distribution:   3
 
494
           1       1:    7    6:   15    1:    4
 
495
           2       8:   16    1:    5    1:    5
 
496
           3       1:    7    6:   15    5:   12
 
497
           4       8:   16    1:    5    6:   12
 
498
           5       8:   16    6:   15    1:    4
 
499
           6       1:    7    1:    5    6:   12
 
500
           7       8:   16    6:   15    5:   12
 
501
           8       1:    7    1:    5    1:    5
 
502
Setting up quadratic distribution...
 
503
ExtMesh (bp) on 0 =    36 x    39 x    28 =       39312
 
504
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  528
 
505
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 2325
 
506
 
 
507
stepf: Fermi-Dirac step function
 
508
 
 
509
siesta: Program's energy decomposition (eV):
 
510
siesta: Ebs     =       -86.527792
 
511
siesta: Eions   =       815.854478
 
512
siesta: Ena     =       175.155695
 
513
siesta: Ekin    =       370.751214
 
514
siesta: Enl     =       -67.181693
 
515
siesta: Eso     =         0.000000
 
516
siesta: Eldau   =         0.000000
 
517
siesta: DEna    =       -13.606153
 
518
siesta: DUscf   =         1.705518
 
519
siesta: DUext   =         0.000000
 
520
siesta: Enegf   =         0.000000
 
521
siesta: Exc     =      -116.213035
 
522
siesta: eta*DQ  =         0.000000
 
523
siesta: Emadel  =         0.000000
 
524
siesta: Emeta   =         0.000000
 
525
siesta: Emolmec =         0.000000
 
526
siesta: Ekinion =         0.000000
 
527
siesta: Eharris =      -467.643428
 
528
siesta: Etot    =      -465.242933
 
529
siesta: FreeEng =      -465.242933
 
530
 
 
531
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
 
532
   scf:    1     -467.643428     -465.242933     -465.242933  1.438866 -4.255291  6.304075
 
533
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.014   0.88
 
534
   scf:    2     -466.123353     -465.762348     -465.762348  0.046623 -3.205178  2.536058
 
535
   scf:    3     -465.848173     -465.834936     -465.834936  0.025062 -2.451503  0.346694
 
536
   scf:    4     -465.839979     -465.837605     -465.837605  0.010781 -2.372505  0.255428
 
537
   scf:    5     -465.839569     -465.838995     -465.838995  0.023618 -2.153578  0.044621
 
538
   scf:    6     -465.839204     -465.839112     -465.839112  0.001580 -2.150940  0.027741
 
539
   scf:    7     -465.839166     -465.839141     -465.839141  0.000885 -2.151223  0.014628
 
540
   scf:    8     -465.839154     -465.839148     -465.839148  0.000436 -2.153368  0.010016
 
541
   scf:    9     -465.839151     -465.839150     -465.839150  0.000473 -2.157437  0.003322
 
542
   scf:   10     -465.839150     -465.839150     -465.839150  0.000044 -2.158862  0.001940
 
543
   scf:   11     -465.839150     -465.839150     -465.839150  0.000014 -2.159867  0.001317
 
544
   scf:   12     -465.839150     -465.839150     -465.839150  0.000015 -2.160052  0.000747
 
545
 
 
546
SCF Convergence by DM+H criterion
 
547
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000151487
 
548
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0007470743
 
549
SCF cycle converged after 12 iterations
 
550
 
 
551
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
552
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:       3      23
 
553
 
 
554
siesta: E_KS(eV) =             -465.8392
 
555
 
 
556
siesta: E_KS - E_eggbox =      -465.8392
 
557
 
 
558
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
 
559
----------------------------------------
 
560
   Tot   -0.000000    0.055860    0.000000
 
561
----------------------------------------
 
562
   Max    0.690656
 
563
   Res    0.379852    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
564
----------------------------------------
 
565
   Max    0.690656    constrained
 
566
 
 
567
Stress-tensor-Voigt (kbar):      -19.92       -3.51       22.43       -0.00        0.00        0.00
 
568
(Free)E + p*V (eV/cell)     -465.7901
 
569
Target enthalpy (eV/cell)     -465.8392
 
570
Writing WFSX for COOP/COHP in h2o_coop.fullBZ.WFSX
 
571
 
 
572
siesta: Program's energy decomposition (eV):
 
573
siesta: Ebs     =      -104.741022
 
574
siesta: Eions   =       815.854478
 
575
siesta: Ena     =       175.155695
 
576
siesta: Ekin    =       350.790354
 
577
siesta: Enl     =       -61.961792
 
578
siesta: Eso     =         0.000000
 
579
siesta: Eldau   =         0.000000
 
580
siesta: DEna    =        -1.781771
 
581
siesta: DUscf   =         0.727479
 
582
siesta: DUext   =         0.000000
 
583
siesta: Enegf   =         0.000000
 
584
siesta: Exc     =      -112.914636
 
585
siesta: eta*DQ  =         0.000000
 
586
siesta: Emadel  =         0.000000
 
587
siesta: Emeta   =         0.000000
 
588
siesta: Emolmec =         0.000000
 
589
siesta: Ekinion =         0.000000
 
590
siesta: Eharris =      -465.839150
 
591
siesta: Etot    =      -465.839150
 
592
siesta: FreeEng =      -465.839150
 
593
 
 
594
siesta: Final energy (eV):
 
595
siesta:  Band Struct. =    -104.741022
 
596
siesta:       Kinetic =     350.790354
 
597
siesta:       Hartree =     382.623141
 
598
siesta:       Eldau   =       0.000000
 
599
siesta:       Eso     =       0.000000
 
600
siesta:    Ext. field =       0.000000
 
601
siesta:       Enegf   =       0.000000
 
602
siesta:   Exch.-corr. =    -112.914636
 
603
siesta:  Ion-electron =   -1072.833507
 
604
siesta:       Ion-ion =     -13.504501
 
605
siesta:       Ekinion =       0.000000
 
606
siesta:         Total =    -465.839150
 
607
siesta:         Fermi =      -2.160052
 
608
 
 
609
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
 
610
siesta:      1    0.000000   -0.459943    0.000000
 
611
siesta:      2    0.690656    0.257901   -0.000000
 
612
siesta:      3   -0.690656    0.257901   -0.000000
 
613
siesta: ----------------------------------------
 
614
siesta:    Tot   -0.000000    0.055860    0.000000
 
615
 
 
616
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
 
617
siesta:    -0.012434    0.000000    0.000000
 
618
siesta:    -0.000000   -0.002190    0.000000
 
619
siesta:     0.000000    0.000000    0.013999
 
620
 
 
621
siesta: Cell volume =        235.378012 Ang**3
 
622
 
 
623
siesta: Pressure (static):
 
624
siesta:                Solid            Molecule  Units
 
625
siesta:           0.00000227         -0.00001818  Ry/Bohr**3
 
626
siesta:           0.00020852         -0.00166944  eV/Ang**3
 
627
siesta:           0.33409390         -2.67476160  kBar
 
628
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -465.253983
 
629
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -465.253983
 
630
 
 
631
siesta: Electric dipole (a.u.)  =   -0.000000    0.558297   -0.000000
 
632
siesta: Electric dipole (Debye) =   -0.000000    1.419050   -0.000000
 
633
>> End of run:   5-NOV-2018  10:49:25
 
634
Job completed