← Back to branch summary

~javier-junquera/siesta/lda+u+so

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Tests/Reference/md_nose.out

  • Committer: Nick Papior
  • Date: 2018-11-09 09:36:46 UTC
  • mfrom: (560.1.476 4.1)
  • Revision ID: nickpapior@gmail.com-20181109093646-b9rx59dx9vyjict2
Merged r1024-1036, GR-pulay, OMM-reuse and test updates

Fixed GR-pulay, OMM-psi reuse.

Updated all tests from 4.1 and fixed input options for nearly
all tests.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Tests/Reference/md_nose.out
1
 
 
2
 
                           ***********************       
3
 
                           *  WELCOME TO SIESTA  *       
4
 
                           ***********************       
5
 
 
6
 
reinit: Reading from ../md_nose.fdf
7
 
 
8
 
reinit: -----------------------------------------------------------------------
9
 
reinit: System Name: MgCo3 MD Nose test -- SZ, 100 Ry  Harris
10
 
reinit: -----------------------------------------------------------------------
11
 
reinit: System Label: md_nose
12
 
reinit: -----------------------------------------------------------------------
13
 
Siesta Version: siesta-4.1--731
14
 
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-14
15
 
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto -fuse-linker-plugin
16
 
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gmp/6.1.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpfr/3.1.4/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpc/1.0.3/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/isl/0.16.1/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gcc/6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/zlib/1.2.8/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/libxml2/2.9.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hwloc/1.11.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openmpi/2.0.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hdf5/1.8.17/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/netcdf/4.4.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openblas/0.2.19/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/mumps/5.0.2/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/fftw/3.3.5/gnu-6.2.0/include -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__FLOOK
17
 
Libraries     : -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmumps -lmumps_common -llpord -lparmetis -lmetis -lscalapack -lopenblas  -lmetis -flto -fuse-linker-plugin  -L/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -lflookall -ldl
 
1
Siesta Version  : siesta-4.1-1033
 
2
Architecture    : x86_64-linux-n-62-18-18
 
3
Compiler version: GNU Fortran (GCC) 7.3.0
 
4
Compiler flags  : mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto
 
5
PP flags        : -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/zlib/1.2.11/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/libxml2/2.9.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hwloc/1.11.9/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openmpi/3.0.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/szip/2.1.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hdf5/1.8.18/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/pnetcdf/1.8.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/netcdf/4.6.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openblas/0.2.20/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scotch/6.0.4/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/mumps/5.1.2/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/fftw/3.3.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/elpa/2017.05.003/gnu-7.3.0/include/elpa -DSIESTA__ELPA -DMPI -D1 -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__FLOOK  -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DSIESTA__MRRR
 
6
Libraries       : libncdf.a libfdict.a -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmuumps -lmumps_common -lesmumps -lscotch -lscotcherr -lpord -lparmetis -lmetis -lelpa -lscalapack -lopenblas  -L/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -lflookall -ldl  -flto -fuse-linker-plugin  -lmetis
18
7
PARALLEL version
19
8
NetCDF support
20
9
NetCDF-4 support
22
11
METIS ordering support
23
12
 
24
13
* Running on 8 nodes in parallel
25
 
>> Start of run:   2-JUL-2017  11:41:29
 
14
>> Start of run:   5-NOV-2018  10:52:34
 
15
 
 
16
                           ***********************       
 
17
                           *  WELCOME TO SIESTA  *       
 
18
                           ***********************       
 
19
 
 
20
reinit: Reading from ../md_nose.fdf
 
21
 
 
22
reinit: -----------------------------------------------------------------------
 
23
reinit: System Name: MgCo3 MD Nose test -- SZ, 100 Ry
 
24
reinit: -----------------------------------------------------------------------
 
25
reinit: System Label: md_nose
 
26
reinit: -----------------------------------------------------------------------
26
27
 
27
28
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
28
29
Species number:   1 Atomic number:   12 Label: Mg
416
417
redata: Number of Atomic Species                    =        3
417
418
redata: Charge density info will appear in .RHO file
418
419
redata: Write Mulliken Pop.                         = NO
 
420
redata: Matel table size (NRTAB)                    =     1024
419
421
redata: Mesh Cutoff                                 =   100.0000 Ry
420
422
redata: Net charge of the system                    =     0.0000 |e|
421
423
redata: Min. number of SCF Iter                     =        0
422
 
redata: Max. number of SCF Iter                     =       50
 
424
redata: Max. number of SCF Iter                     =     1000
 
425
redata: SCF convergence failure will abort job
423
426
redata: SCF mix quantity                            = Hamiltonian
424
427
redata: Mix DM or H after convergence               =   F
425
428
redata: Recompute H after scf cycle                 =   F
432
435
redata: Require Harris convergence for SCF          =   F
433
436
redata: Harris energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV
434
437
redata: Require DM convergence for SCF              =   T
435
 
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.0001
 
438
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.000100
436
439
redata: Require EDM convergence for SCF             =   F
437
440
redata: EDM tolerance for SCF                       =     0.001000 eV
438
441
redata: Require H convergence for SCF               =   T
443
446
redata: Use continuation files for DM               =   F
444
447
redata: Neglect nonoverlap interactions             =   F
445
448
redata: Method of Calculation                       = Diagonalization
446
 
redata: Divide and Conquer                          =   T
447
449
redata: Electronic Temperature                      =   299.9869 K
448
450
redata: Fix the spin of the system                  =   F
449
451
redata: Dynamics option                             = Nose thermostat MD run
478
480
  history 2
479
481
%endblock SCF.Mixer.Pulay
480
482
 
481
 
DM_history_depth set to zero for 'Harris' run
482
 
Size of DM history Fstack: 0
 
483
Size of DM history Fstack: 1
483
484
Total number of electrons:    48.000000
484
485
Total ionic charge:    48.000000
485
486
 
497
498
siesta: k-grid:    0   1   0      0.000
498
499
siesta: k-grid:    0   0   1      0.000
499
500
 
 
501
diag: Algorithm                                     = D&C
 
502
diag: Parallel over k                               =   F
 
503
diag: Use parallel 2D distribution                  =   T
 
504
diag: Parallel block-size                           = 4
 
505
diag: Parallel distribution                         =     2 x     4
 
506
diag: Used triangular part                          = Lower
 
507
diag: Absolute tolerance                            =  0.100E-15
 
508
diag: Orthogonalization factor                      =  0.100E-05
 
509
diag: Memory factor                                 =  1.0000
 
510
 
 
511
 
 
512
ts: **************************************************************
 
513
ts: Save H and S matrices                           =    F
 
514
ts: Save DM and EDM matrices                        =    F
 
515
ts: Fix Hartree potential                           =    F
 
516
ts: Only save the overlap matrix S                  =    F
 
517
ts: **************************************************************
 
518
 
 
519
************************ Begin: TS CHECKS AND WARNINGS ************************
 
520
************************ End: TS CHECKS AND WARNINGS **************************
 
521
 
500
522
 
501
523
                     ====================================
502
524
                        Begin MD step =      1
522
544
outcell: Cell vector modules (Ang)   :    5.677830    5.677830    5.677830
523
545
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):     48.1790     48.1790     48.1790
524
546
outcell: Cell volume (Ang**3)        :     93.1663
525
 
 Folding of H and S is implicitly performed
 
547
Gamma-point calculation with interaction between periodic images
 
548
Some features might not work optimally:
 
549
e.g. DM initialization from atomic data
526
550
<dSpData1D:S at geom step 1
527
551
  <sparsity:sparsity for geom step 1
528
552
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
536
560
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
537
561
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
538
562
refcount: 1>
539
 
 
540
 
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.58964258
541
563
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
542
564
New grid distribution:   1
543
565
           1       1:   16    1:    8    1:    4
579
601
stepf: Fermi-Dirac step function
580
602
 
581
603
siesta: Program's energy decomposition (eV):
582
 
siesta: Ebs     =      -719.731833
 
604
siesta: Ebs     =      -542.323387
583
605
siesta: Eions   =      5228.674091
584
 
siesta: Ena     =      1092.429444
585
 
siesta: Ekin    =      2069.792750
586
 
siesta: Enl     =      -254.036133
 
606
siesta: Ena     =      1092.439512
 
607
siesta: Ekin    =      2394.980038
 
608
siesta: Enl     =      -404.754677
587
609
siesta: Eso     =         0.000000
588
610
siesta: Eldau   =         0.000000
589
 
siesta: DEna    =        15.976649
590
 
siesta: DUscf   =         0.158309
 
611
siesta: DEna    =      -100.729490
 
612
siesta: DUscf   =        23.831104
591
613
siesta: DUext   =         0.000000
592
 
siesta: Exc     =      -679.226104
 
614
siesta: Enegf   =         0.000000
 
615
siesta: Exc     =      -722.928690
593
616
siesta: eta*DQ  =         0.000000
594
617
siesta: Emadel  =         0.000000
595
618
siesta: Emeta   =         0.000000
596
619
siesta: Emolmec =         0.000000
597
620
siesta: Ekinion =         0.000000
598
 
siesta: Eharris =     -2966.548611
599
 
siesta: Etot    =     -2983.579177
600
 
siesta: FreeEng =     -2983.579177
601
 
 
602
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.548611
603
 
 
604
 
 
605
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.548611
606
 
 
607
 
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.021   2.92
608
 
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
609
 
Geom step, scf iteration, dmax:   1  1    1.795946
 
621
siesta: Eharris =     -2887.353881
 
622
siesta: Etot    =     -2945.836294
 
623
siesta: FreeEng =     -2945.836294
 
624
 
 
625
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
 
626
   scf:    1    -2887.353881    -2945.836294    -2945.836294  1.599341 -2.635148  5.355129
 
627
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.027   3.80
 
628
   scf:    2    -2959.192645    -2953.287500    -2953.287500  0.204428 -2.990508  2.382441
 
629
   scf:    3    -2955.900777    -2955.249509    -2955.249509  0.212254 -3.212197  0.592819
 
630
   scf:    4    -2955.318734    -2955.286173    -2955.286173  0.011036 -3.138546  0.336410
 
631
   scf:    5    -2955.323596    -2955.308183    -2955.308183  0.017026 -3.026194  0.084474
 
632
   scf:    6    -2955.310582    -2955.309423    -2955.309423  0.004741 -3.016332  0.037141
 
633
   scf:    7    -2955.310089    -2955.309805    -2955.309805  0.003127 -3.016602  0.022202
 
634
   scf:    8    -2955.309851    -2955.309831    -2955.309831  0.000477 -3.020724  0.012639
 
635
   scf:    9    -2955.309841    -2955.309838    -2955.309838  0.000453 -3.026720  0.004171
 
636
   scf:   10    -2955.309840    -2955.309839    -2955.309839  0.000141 -3.028381  0.002025
 
637
   scf:   11    -2955.309840    -2955.309840    -2955.309840  0.000132 -3.029587  0.000631
 
638
   scf:   12    -2955.309840    -2955.309840    -2955.309840  0.000020 -3.029551  0.000377
 
639
 
 
640
SCF Convergence by DM+H criterion
 
641
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000195252
 
642
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0003768401
 
643
SCF cycle converged after 12 iterations
610
644
 
611
645
Using DM_out to compute the final energy and forces
612
646
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
613
647
 
614
 
siesta: E_KS - E_eggbox =     -2945.3446
 
648
siesta: E_KS(eV) =            -2955.3098
 
649
 
 
650
siesta: E_KS - E_eggbox =     -2955.3098
615
651
 
616
652
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
617
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
618
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
619
 
     3    0.000000   -0.000001    0.000001
620
 
     4   -0.000000    0.000001   -0.000001
621
 
     5    2.753934   -6.159523   -0.000000
622
 
     6    0.000000    3.695406   -5.645162
623
 
     7   -2.753934    2.464118    5.645161
624
 
     8   -2.753934    6.159523    0.000000
625
 
     9   -0.000000   -3.695406    5.645162
626
 
    10    2.753934   -2.464118   -5.645161
627
 
----------------------------------------
628
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
629
 
----------------------------------------
630
 
   Max    6.159523
631
 
   Res    3.017412    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
632
 
----------------------------------------
633
 
   Max    6.159523    constrained
 
653
     1   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
654
     2    0.000000    0.000000    0.000000
 
655
     3    0.000000   -0.000000    0.000000
 
656
     4   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
657
     5    3.186657   -7.127364   -0.000000
 
658
     6    0.000000    4.276062   -6.532182
 
659
     7   -3.186657    2.851303    6.532181
 
660
     8   -3.186657    7.127364    0.000000
 
661
     9   -0.000000   -4.276062    6.532182
 
662
    10    3.186657   -2.851303   -6.532181
 
663
----------------------------------------
 
664
   Tot    0.000000   -0.000000    0.000000
 
665
----------------------------------------
 
666
   Max    7.127364
 
667
   Res    3.491536    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
668
----------------------------------------
 
669
   Max    7.127364    constrained
634
670
 
635
 
Stress-tensor-Voigt (kbar):      654.06      456.91      425.46      110.52       28.07       71.70
636
 
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2975.1253
637
 
Target enthalpy (eV/cell)    -2945.3446
 
671
Stress-tensor-Voigt (kbar):      120.20     -280.35     -340.85      224.19       61.34      146.11
 
672
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2945.5989
 
673
Target enthalpy (eV/cell)    -2955.3098
638
674
 
639
675
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
640
 
         0.410796    0.067429    0.044140
641
 
         0.067429    0.290131    0.019735
642
 
         0.044140    0.019735    0.272902
 
676
         0.077591    0.138372    0.090580
 
677
         0.138372   -0.170029    0.040499
 
678
         0.090580    0.040499   -0.205384
643
679
 
644
 
siesta: Pressure (static):       -520.08746577  kBar
 
680
siesta: Pressure (static):        159.05587273  kBar
645
681
 
646
682
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
647
 
         0.408226    0.068982    0.044751
648
 
         0.068982    0.285181    0.017520
649
 
         0.044751    0.017520    0.265547
 
683
         0.075021    0.139925    0.091192
 
684
         0.139925   -0.174979    0.038284
 
685
         0.091192    0.038284   -0.212739
650
686
 
651
 
siesta: Pressure (total):       -512.14303830  kBar
 
687
siesta: Pressure (total):        167.00030020  kBar
652
688
 
653
689
siesta: Temp_ion =     600.000 K
654
690
 
661
697
    0.49954678    0.50043367    0.49984976   1       2  Mg
662
698
    0.25162026    0.24965596    0.24864096   2       3  C
663
699
   -0.25177843   -0.24968494   -0.24808230   2       4  C
664
 
    0.52709300   -0.02596380    0.24814867   3       5  O
665
 
    0.24682768    0.52749323   -0.02417503   3       6  O
666
 
   -0.02857131    0.25133146    0.52795710   3       7  O
667
 
   -0.52711895    0.02726046   -0.25178619   3       8  O
668
 
   -0.24816809   -0.52800275    0.02623419   3       9  O
669
 
    0.02767276   -0.24941995   -0.52714083   3      10  O
 
700
    0.52716147   -0.02603227    0.24814867   3       5  O
 
701
    0.24682768    0.52756170   -0.02424350   3       6  O
 
702
   -0.02863978    0.25133146    0.52802557   3       7  O
 
703
   -0.52718742    0.02732893   -0.25178619   3       8  O
 
704
   -0.24816809   -0.52807122    0.02630266   3       9  O
 
705
    0.02774123   -0.24941995   -0.52720930   3      10  O
670
706
 
671
707
outcell: Unit cell vectors (Ang):
672
708
        5.677830    0.000000    0.000000
676
712
outcell: Cell vector modules (Ang)   :    5.677830    5.677830    5.677830
677
713
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):     48.1790     48.1790     48.1790
678
714
outcell: Cell volume (Ang**3)        :     93.1663
679
 
 Folding of H and S is implicitly performed
 
715
Gamma-point calculation with interaction between periodic images
 
716
Some features might not work optimally:
 
717
e.g. DM initialization from atomic data
680
718
<dSpData1D:S at geom step 2
681
719
  <sparsity:sparsity for geom step 2
682
720
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
683
721
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
684
722
refcount: 1>
685
723
new_DM -- step:     2
686
 
Initializing Density Matrix...
687
 
DM filled with atomic data:
688
 
<dSpData2D:DM initialized from atoms
 
724
Re-using DM from previous geometries...
 
725
Number of DMs in history: 1
 
726
 DM extrapolation coefficients: 
 
727
1   1.00000
 
728
New DM after history re-use:
 
729
<dSpData2D:SpM extrapolated using coords
689
730
  <sparsity:sparsity for geom step 2
690
 
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
691
 
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
 
731
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 9>
 
732
  <dData2D:(temp array for extrapolation) n=204 m=1, refcount: 1>
692
733
refcount: 1>
693
 
 
694
 
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.58964258
695
734
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
696
735
New grid distribution:   1
697
736
           1       1:   16    1:    8    1:    4
730
769
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  576
731
770
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                12098
732
771
 
733
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.465552
734
 
 
735
 
 
736
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.465552
737
 
 
738
 
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
739
 
Geom step, scf iteration, dmax:   2  1    1.796533
 
772
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
 
773
   scf:    1    -2955.103779    -2955.225591    -2955.225591  0.019269 -2.791610  0.291527
 
774
   scf:    2    -2955.079726    -2955.185342    -2955.185342  0.034557 -2.838881  0.732406
 
775
   scf:    3    -2955.245524    -2955.232711    -2955.232711  0.025135 -2.806046  0.025398
 
776
   scf:    4    -2955.232800    -2955.232756    -2955.232756  0.000352 -2.807118  0.017924
 
777
   scf:    5    -2955.232829    -2955.232795    -2955.232795  0.000732 -2.808606  0.002277
 
778
   scf:    6    -2955.232796    -2955.232796    -2955.232796  0.000097 -2.808515  0.001020
 
779
   scf:    7    -2955.232796    -2955.232796    -2955.232796  0.000037 -2.808378  0.000459
 
780
 
 
781
SCF Convergence by DM+H criterion
 
782
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000371307
 
783
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0004590580
 
784
SCF cycle converged after 7 iterations
740
785
 
741
786
Using DM_out to compute the final energy and forces
742
787
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
743
788
 
 
789
siesta: E_KS(eV) =            -2955.2328
 
790
 
744
791
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
745
 
     1   -0.023459    0.047770   -0.009394
746
 
     2    0.006518   -0.011015    0.001835
747
 
     3   -0.457553    0.363008    1.047308
748
 
     4    0.333742   -0.367694   -0.655760
749
 
     5    2.960927   -6.657489    0.147437
750
 
     6    0.029398    4.066689   -6.345271
751
 
     7   -2.519777    2.112466    5.194147
752
 
     8   -2.831152    6.512599    0.083166
753
 
     9   -0.036925   -3.753795    5.937711
754
 
    10    2.550238   -2.344149   -5.327684
755
 
----------------------------------------
756
 
   Tot    0.011958   -0.031611    0.073495
757
 
----------------------------------------
758
 
   Max    6.657489
759
 
   Res    3.109067    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
760
 
----------------------------------------
761
 
   Max    6.657489    constrained
 
792
     1   -0.036132    0.065696   -0.013952
 
793
     2    0.016901   -0.007182    0.009303
 
794
     3   -0.498890    0.409335    1.128642
 
795
     4    0.374739   -0.420603   -0.715610
 
796
     5    3.371597   -7.623466    0.157206
 
797
     6    0.037723    4.600487   -7.273294
 
798
     7   -2.902289    2.469417    6.039569
 
799
     8   -3.302051    7.456820    0.088710
 
800
     9   -0.037524   -4.290220    6.832184
 
801
    10    2.984704   -2.697943   -6.169551
 
802
----------------------------------------
 
803
   Tot    0.008778   -0.037659    0.083207
 
804
----------------------------------------
 
805
   Max    7.623466
 
806
   Res    3.572825    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
807
----------------------------------------
 
808
   Max    7.623466    constrained
762
809
 
763
 
Stress-tensor-Voigt (kbar):      655.18      437.76      422.69      112.55       45.63       64.94
764
 
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2974.6585
765
 
Target enthalpy (eV/cell)    -2945.2809
 
810
Stress-tensor-Voigt (kbar):      121.82     -299.90     -338.33      226.59       80.67      137.45
 
811
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2945.2230
 
812
Target enthalpy (eV/cell)    -2955.2328
766
813
 
767
814
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
768
 
         0.411497    0.068693    0.039916
769
 
         0.068693    0.278175    0.030694
770
 
         0.039922    0.030693    0.271175
 
815
         0.078602    0.139873    0.085178
 
816
         0.139873   -0.182231    0.052565
 
817
         0.085179    0.052566   -0.203814
771
818
 
772
 
siesta: Pressure (static):       -513.15481158  kBar
 
819
siesta: Pressure (static):        164.19491933  kBar
773
820
 
774
821
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
775
 
         0.408927    0.070246    0.040527
776
 
         0.070246    0.273225    0.028479
777
 
         0.040534    0.028478    0.263821
778
 
 
779
 
siesta: Pressure (total):       -505.21038410  kBar
780
 
 
781
 
siesta: Temp_ion =     532.141 K
 
822
         0.076031    0.141426    0.085790
 
823
         0.141426   -0.187181    0.050350
 
824
         0.085790    0.050351   -0.211169
 
825
 
 
826
siesta: Pressure (total):        172.13934680  kBar
 
827
 
 
828
siesta: Temp_ion =     535.247 K
782
829
 
783
830
                     ====================================
784
831
                        Begin MD step =      3
785
832
                     ====================================
786
833
 
787
834
outcoor: Atomic coordinates (fractional):                   
788
 
    0.00404000   -0.00438632    0.00075071   1       1  Mg
789
 
    0.49909459    0.50086627    0.49969971   1       2  Mg
790
 
    0.25304454    0.24929415    0.24749725   2       3  C
791
 
   -0.25340990   -0.24938523   -0.24629937   2       4  C
792
 
    0.52771722   -0.02547862    0.24631999   3       5  O
793
 
    0.24366648    0.52855379   -0.02192951   3       6  O
794
 
   -0.03052850    0.25264109    0.52931615   3       7  O
795
 
   -0.52775602    0.02803728   -0.25355964   3       8  O
796
 
   -0.24635253   -0.52950340    0.02598502   3       9  O
797
 
    0.02876467   -0.24884250   -0.52770418   3      10  O
 
835
    0.00403818   -0.00438446    0.00075025   1       1  Mg
 
836
    0.49909477    0.50086632    0.49970047   1       2  Mg
 
837
    0.25302622    0.24929619    0.24751398   2       3  C
 
838
   -0.25339256   -0.24939027   -0.24631168   2       4  C
 
839
    0.52798801   -0.02575285    0.24632151   3       5  O
 
840
    0.24367432    0.52882358   -0.02220973   3       6  O
 
841
   -0.03079167    0.25263938    0.52958361   3       7  O
 
842
   -0.52803205    0.02830748   -0.25355878   3       8  O
 
843
   -0.24635723   -0.52977149    0.02626007   3       9  O
 
844
    0.02903281   -0.24884057   -0.52797109   3      10  O
798
845
 
799
846
outcell: Unit cell vectors (Ang):
800
847
        5.677830    0.000000    0.000000
804
851
outcell: Cell vector modules (Ang)   :    5.677830    5.677830    5.677830
805
852
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):     48.1790     48.1790     48.1790
806
853
outcell: Cell volume (Ang**3)        :     93.1663
807
 
 Folding of H and S is implicitly performed
 
854
Gamma-point calculation with interaction between periodic images
 
855
Some features might not work optimally:
 
856
e.g. DM initialization from atomic data
808
857
<dSpData1D:S at geom step 3
809
858
  <sparsity:sparsity for geom step 3
810
859
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
811
860
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
812
861
refcount: 1>
813
862
new_DM -- step:     3
814
 
Initializing Density Matrix...
815
 
DM filled with atomic data:
816
 
<dSpData2D:DM initialized from atoms
 
863
Re-using DM from previous geometries...
 
864
Number of DMs in history: 1
 
865
 DM extrapolation coefficients: 
 
866
1   1.00000
 
867
New DM after history re-use:
 
868
<dSpData2D:SpM extrapolated using coords
817
869
  <sparsity:sparsity for geom step 3
818
 
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
819
 
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
 
870
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 9>
 
871
  <dData2D:(temp array for extrapolation) n=204 m=1, refcount: 1>
820
872
refcount: 1>
821
 
 
822
 
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.58964258
823
873
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
824
874
New grid distribution:   1
825
875
           1       1:   16    1:    8    1:    4
856
906
Setting up quadratic distribution...
857
907
ExtMesh (bp) on 0 =    69 x    68 x    68 =      319056
858
908
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  576
859
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                12105
860
 
 
861
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.534021
862
 
 
863
 
 
864
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.534021
865
 
 
866
 
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
867
 
Geom step, scf iteration, dmax:   3  1    1.796739
 
909
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                12112
 
910
 
 
911
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
 
912
   scf:    1    -2955.600857    -2955.346114    -2955.346114  0.016225 -2.700800  0.237347
 
913
   scf:    2    -2955.226113    -2955.313435    -2955.313435  0.027822 -2.702799  0.621242
 
914
   scf:    3    -2955.363393    -2955.352584    -2955.352584  0.020500 -2.696947  0.031448
 
915
   scf:    4    -2955.352677    -2955.352633    -2955.352633  0.000450 -2.694832  0.021180
 
916
   scf:    5    -2955.352693    -2955.352666    -2955.352666  0.000829 -2.691318  0.002934
 
917
   scf:    6    -2955.352670    -2955.352668    -2955.352668  0.000115 -2.691180  0.001708
 
918
   scf:    7    -2955.352669    -2955.352669    -2955.352669  0.000091 -2.691203  0.000562
 
919
 
 
920
SCF Convergence by DM+H criterion
 
921
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000911174
 
922
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0005617032
 
923
SCF cycle converged after 7 iterations
868
924
 
869
925
Using DM_out to compute the final energy and forces
870
926
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
871
927
 
 
928
siesta: E_KS(eV) =            -2955.3527
 
929
 
872
930
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
873
 
     1   -0.046822    0.101704   -0.018951
874
 
     2    0.015547   -0.027356    0.004638
875
 
     3   -0.820943    0.662183    1.883919
876
 
     4    0.599499   -0.665079   -1.177344
877
 
     5    2.973287   -6.717076    0.273486
878
 
     6    0.074491    4.185628   -6.669851
879
 
     7   -2.230136    1.722537    4.553532
880
 
     8   -2.719445    6.418317    0.157221
881
 
     9   -0.051121   -3.659827    5.889587
882
 
    10    2.214972   -2.109062   -4.756186
883
 
----------------------------------------
884
 
   Tot    0.009329   -0.088028    0.140052
885
 
----------------------------------------
886
 
   Max    6.717076
887
 
   Res    3.056466    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
888
 
----------------------------------------
889
 
   Max    6.717076    constrained
 
931
     1   -0.073454    0.136271   -0.027457
 
932
     2    0.037369   -0.019797    0.020444
 
933
     3   -0.897663    0.750960    2.031192
 
934
     4    0.676550   -0.762586   -1.288932
 
935
     5    3.328222   -7.608481    0.302560
 
936
     6    0.087610    4.626382   -7.561901
 
937
     7   -2.533880    2.025702    5.308161
 
938
     8   -3.192901    7.272226    0.170957
 
939
     9   -0.055068   -4.113424    6.724135
 
940
    10    2.619048   -2.403725   -5.488777
 
941
----------------------------------------
 
942
   Tot   -0.004167   -0.096472    0.190380
 
943
----------------------------------------
 
944
   Max    7.608481
 
945
   Res    3.476516    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
946
----------------------------------------
 
947
   Max    7.608481    constrained
890
948
 
891
 
Stress-tensor-Voigt (kbar):      661.55      441.35      446.43      106.98       58.12       54.02
892
 
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2975.3196
893
 
Target enthalpy (eV/cell)    -2945.2889
 
949
Stress-tensor-Voigt (kbar):      126.56     -297.15     -308.91      220.31       94.40      123.75
 
950
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2946.0585
 
951
Target enthalpy (eV/cell)    -2955.3527
894
952
 
895
953
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
896
 
         0.415824    0.064702    0.033430
897
 
         0.064701    0.280523    0.038716
898
 
         0.033442    0.038717    0.283851
 
954
         0.082010    0.135300    0.076979
 
955
         0.135300   -0.180254    0.061378
 
956
         0.076979    0.061379   -0.187763
899
957
 
900
 
siesta: Pressure (static):       -523.48844607  kBar
 
958
siesta: Pressure (static):        152.74623887  kBar
901
959
 
902
960
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
903
 
         0.412901    0.066774    0.033707
904
 
         0.066773    0.275464    0.036274
905
 
         0.033719    0.036275    0.278639
906
 
 
907
 
siesta: Pressure (total):       -516.44252132  kBar
908
 
 
909
 
siesta: Temp_ion =     587.380 K
 
961
         0.078992    0.137503    0.077240
 
962
         0.137503   -0.185462    0.058920
 
963
         0.077240    0.058920   -0.192807
 
964
 
 
965
siesta: Pressure (total):        159.83328526  kBar
 
966
 
 
967
siesta: Temp_ion =     637.413 K
910
968
 
911
969
                     ====================================
912
970
                        Begin MD step =      4
913
971
                     ====================================
914
972
 
915
973
outcoor: Atomic coordinates (fractional):                   
916
 
    0.00604941   -0.00656717    0.00112372   1       1  Mg
917
 
    0.49864494    0.50129619    0.49955010   1       2  Mg
918
 
    0.25411542    0.24890211    0.24674089   2       3  C
919
 
   -0.25477688   -0.24911396   -0.24475837   2       4  C
920
 
    0.52927194   -0.02596074    0.24453331   3       5  O
921
 
    0.24052978    0.53061870   -0.02071347   3       6  O
922
 
   -0.03316488    0.25391338    0.53137839   3       7  O
923
 
   -0.52929524    0.02971268   -0.25530905   3       8  O
924
 
   -0.24456058   -0.53188587    0.02664513   3       9  O
925
 
    0.03058305   -0.24826965   -0.52900191   3      10  O
 
974
    0.00604204   -0.00655978    0.00112191   1       1  Mg
 
975
    0.49864572    0.50129633    0.49955323   1       2  Mg
 
976
    0.25404465    0.24891082    0.24680469   2       3  C
 
977
   -0.25470987   -0.24913328   -0.24480603   2       4  C
 
978
    0.52986474   -0.02656867    0.24454091   3       5  O
 
979
    0.24056050    0.53120721   -0.02134328   3       6  O
 
980
   -0.03372989    0.25390618    0.53196129   3       7  O
 
981
   -0.52991013    0.03030455   -0.25530512   3       8  O
 
982
   -0.24457923   -0.53246923    0.02725560   3       9  O
 
983
    0.03116645   -0.24826225   -0.52958035   3      10  O
926
984
 
927
985
outcell: Unit cell vectors (Ang):
928
986
        5.677830    0.000000    0.000000
932
990
outcell: Cell vector modules (Ang)   :    5.677830    5.677830    5.677830
933
991
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):     48.1790     48.1790     48.1790
934
992
outcell: Cell volume (Ang**3)        :     93.1663
935
 
 Folding of H and S is implicitly performed
 
993
Gamma-point calculation with interaction between periodic images
 
994
Some features might not work optimally:
 
995
e.g. DM initialization from atomic data
936
996
<dSpData1D:S at geom step 4
937
997
  <sparsity:sparsity for geom step 4
938
998
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
939
999
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
940
1000
refcount: 1>
941
1001
new_DM -- step:     4
942
 
Initializing Density Matrix...
943
 
DM filled with atomic data:
944
 
<dSpData2D:DM initialized from atoms
 
1002
Re-using DM from previous geometries...
 
1003
Number of DMs in history: 1
 
1004
 DM extrapolation coefficients: 
 
1005
1   1.00000
 
1006
New DM after history re-use:
 
1007
<dSpData2D:SpM extrapolated using coords
945
1008
  <sparsity:sparsity for geom step 4
946
 
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
947
 
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
 
1009
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 9>
 
1010
  <dData2D:(temp array for extrapolation) n=204 m=1, refcount: 1>
948
1011
refcount: 1>
949
 
 
950
 
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.58964258
951
1012
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
952
1013
New grid distribution:   1
953
1014
           1       1:   16    1:    8    1:    4
984
1045
Setting up quadratic distribution...
985
1046
ExtMesh (bp) on 0 =    69 x    68 x    68 =      319056
986
1047
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  576
987
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                12138
988
 
 
989
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.748455
990
 
 
991
 
 
992
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.748455
993
 
 
994
 
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
995
 
Geom step, scf iteration, dmax:   4  1    1.796641
 
1048
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                12134
 
1049
 
 
1050
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
 
1051
   scf:    1    -2956.248170    -2955.644909    -2955.644909  0.021865 -2.737494  0.204489
 
1052
   scf:    2    -2955.556689    -2955.622627    -2955.622627  0.024959 -2.688836  0.486035
 
1053
   scf:    3    -2955.660997    -2955.652239    -2955.652239  0.017280 -2.713179  0.032396
 
1054
   scf:    4    -2955.652365    -2955.652308    -2955.652308  0.000604 -2.708369  0.020915
 
1055
   scf:    5    -2955.652362    -2955.652341    -2955.652341  0.000677 -2.702273  0.005029
 
1056
   scf:    6    -2955.652349    -2955.652345    -2955.652345  0.000153 -2.701294  0.001669
 
1057
   scf:    7    -2955.652347    -2955.652346    -2955.652346  0.000121 -2.700910  0.000784
 
1058
   scf:    8    -2955.652346    -2955.652346    -2955.652346  0.000024 -2.700998  0.000413
 
1059
 
 
1060
SCF Convergence by DM+H criterion
 
1061
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000236153
 
1062
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0004132296
 
1063
SCF cycle converged after 8 iterations
996
1064
 
997
1065
Using DM_out to compute the final energy and forces
998
1066
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
999
1067
 
 
1068
siesta: E_KS(eV) =            -2955.6523
 
1069
 
1000
1070
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
1001
 
     1   -0.083044    0.167707   -0.038459
1002
 
     2    0.025445   -0.036981    0.010690
1003
 
     3   -1.041302    0.871353    2.379735
1004
 
     4    0.759513   -0.854631   -1.495910
1005
 
     5    2.849380   -6.431897    0.358699
1006
 
     6    0.083531    4.042104   -6.513621
1007
 
     7   -1.920458    1.323744    3.904251
1008
 
     8   -2.457320    5.989637    0.200979
1009
 
     9   -0.074585   -3.319472    5.485519
1010
 
    10    1.870210   -1.872074   -4.145848
1011
 
----------------------------------------
1012
 
   Tot    0.011369   -0.120511    0.146036
1013
 
----------------------------------------
1014
 
   Max    6.513621
1015
 
   Res    2.871841    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
1016
 
----------------------------------------
1017
 
   Max    6.513621    constrained
 
1071
     1   -0.128466    0.223758   -0.056492
 
1072
     2    0.057743   -0.025577    0.035368
 
1073
     3   -1.146581    0.999624    2.576827
 
1074
     4    0.869491   -0.986883   -1.655689
 
1075
     5    3.126318   -7.200608    0.397241
 
1076
     6    0.113805    4.370488   -7.348164
 
1077
     7   -2.106916    1.539017    4.491709
 
1078
     8   -2.896955    6.689411    0.221625
 
1079
     9   -0.071337   -3.680596    6.185203
 
1080
    10    2.225699   -2.097708   -4.740666
 
1081
----------------------------------------
 
1082
   Tot    0.042801   -0.169074    0.106964
 
1083
----------------------------------------
 
1084
   Max    7.348164
 
1085
   Res    3.225935    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
1086
----------------------------------------
 
1087
   Max    7.348164    constrained
1018
1088
 
1019
 
Stress-tensor-Voigt (kbar):      671.10      460.46      482.22       97.69       62.86       42.95
1020
 
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2976.6463
1021
 
Target enthalpy (eV/cell)    -2945.3664
 
1089
Stress-tensor-Voigt (kbar):      131.47     -281.29     -269.04      210.25      100.30      109.96
 
1090
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2947.5333
 
1091
Target enthalpy (eV/cell)    -2955.6523
1022
1092
 
1023
1093
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
1024
 
         0.422430    0.057833    0.026635
1025
 
         0.057832    0.294050    0.041444
1026
 
         0.026653    0.041446    0.305312
 
1094
         0.085932    0.127654    0.068412
 
1095
         0.127654   -0.168154    0.064739
 
1096
         0.068412    0.064739   -0.163411
1027
1097
 
1028
 
siesta: Pressure (static):       -545.70282773  kBar
 
1098
siesta: Pressure (static):        131.18383293  kBar
1029
1099
 
1030
1100
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
1031
 
         0.418862    0.060974    0.026789
1032
 
         0.060973    0.287391    0.039230
1033
 
         0.026807    0.039232    0.300977
1034
 
 
1035
 
siesta: Pressure (total):       -537.92550153  kBar
1036
 
 
1037
 
siesta: Temp_ion =     761.248 K
 
1101
         0.082054    0.131229    0.068628
 
1102
         0.131229   -0.175568    0.062604
 
1103
         0.068628    0.062603   -0.167922
 
1104
 
 
1105
siesta: Pressure (total):        139.62363786  kBar
 
1106
 
 
1107
siesta: Temp_ion =     891.758 K
1038
1108
 
1039
1109
                     ====================================
1040
1110
                        Begin MD step =      5
1041
1111
                     ====================================
1042
1112
 
1043
1113
outcoor: Atomic coordinates (fractional):                   
1044
 
    0.00804421   -0.00873084    0.00149282   1       1  Mg
1045
 
    0.49819891    0.50172223    0.49940158   1       2  Mg
1046
 
    0.25473470    0.24847851    0.24647397   2       3  C
1047
 
   -0.25580667   -0.24888072   -0.24352504   2       4  C
1048
 
    0.53171179   -0.02737507    0.24280201   3       5  O
1049
 
    0.23742281    0.53365782   -0.02050303   3       6  O
1050
 
   -0.03636978    0.25513183    0.53404339   3       7  O
1051
 
   -0.53167108    0.03222314   -0.25702743   3       8  O
1052
 
   -0.24280210   -0.53507681    0.02815211   3       9  O
1053
 
    0.03303131   -0.24770562   -0.53093969   3      10  O
 
1114
    0.00802497   -0.00871152    0.00148776   1       1  Mg
 
1115
    0.49820092    0.50172244    0.49940962   1       2  Mg
 
1116
    0.25456420    0.24850195    0.24662547   2       3  C
 
1117
   -0.25564453   -0.24892612   -0.24364118   2       4  C
 
1118
    0.53272547   -0.02842758    0.24282200   3       5  O
 
1119
    0.23750080    0.53466247   -0.02161131   3       6  O
 
1120
   -0.03731223    0.25511308    0.53503186   3       7  O
 
1121
   -0.53273800    0.03323391   -0.25701690   3       8  O
 
1122
   -0.24284386   -0.53606911    0.02920572   3       9  O
 
1123
    0.03402497   -0.24768807   -0.53192109   3      10  O
1054
1124
 
1055
1125
outcell: Unit cell vectors (Ang):
1056
1126
        5.677830    0.000000    0.000000
1060
1130
outcell: Cell vector modules (Ang)   :    5.677830    5.677830    5.677830
1061
1131
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):     48.1790     48.1790     48.1790
1062
1132
outcell: Cell volume (Ang**3)        :     93.1663
1063
 
 Folding of H and S is implicitly performed
 
1133
Gamma-point calculation with interaction between periodic images
 
1134
Some features might not work optimally:
 
1135
e.g. DM initialization from atomic data
1064
1136
<dSpData1D:S at geom step 5
1065
1137
  <sparsity:sparsity for geom step 5
1066
1138
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
1067
1139
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
1068
1140
refcount: 1>
1069
1141
new_DM -- step:     5
1070
 
Initializing Density Matrix...
1071
 
DM filled with atomic data:
1072
 
<dSpData2D:DM initialized from atoms
 
1142
Re-using DM from previous geometries...
 
1143
Number of DMs in history: 1
 
1144
 DM extrapolation coefficients: 
 
1145
1   1.00000
 
1146
New DM after history re-use:
 
1147
<dSpData2D:SpM extrapolated using coords
1073
1148
  <sparsity:sparsity for geom step 5
1074
 
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
1075
 
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
 
1149
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 9>
 
1150
  <dData2D:(temp array for extrapolation) n=204 m=1, refcount: 1>
1076
1151
refcount: 1>
1077
 
 
1078
 
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.58964258
1079
1152
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1080
1153
New grid distribution:   1
1081
1154
           1       1:   16    1:    8    1:    4
1112
1185
Setting up quadratic distribution...
1113
1186
ExtMesh (bp) on 0 =    69 x    68 x    68 =      319056
1114
1187
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  576
1115
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                12135
1116
 
 
1117
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.075003
1118
 
 
1119
 
 
1120
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.075003
1121
 
 
1122
 
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
1123
 
Geom step, scf iteration, dmax:   5  1    1.796352
 
1188
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                12138
 
1189
 
 
1190
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
 
1191
   scf:    1    -2956.960053    -2956.065645    -2956.065645  0.032293 -2.899066  0.251824
 
1192
   scf:    2    -2955.990366    -2956.049543    -2956.049543  0.032115 -2.797357  0.412066
 
1193
   scf:    3    -2956.085803    -2956.076259    -2956.076259  0.019003 -2.851215  0.026747
 
1194
   scf:    4    -2956.076346    -2956.076307    -2956.076307  0.000443 -2.845397  0.016887
 
1195
   scf:    5    -2956.076354    -2956.076332    -2956.076332  0.000605 -2.838345  0.004311
 
1196
   scf:    6    -2956.076340    -2956.076336    -2956.076336  0.000189 -2.836754  0.001349
 
1197
   scf:    7    -2956.076338    -2956.076337    -2956.076337  0.000097 -2.836423  0.000690
 
1198
 
 
1199
SCF Convergence by DM+H criterion
 
1200
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000969388
 
1201
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0006896492
 
1202
SCF cycle converged after 7 iterations
1124
1203
 
1125
1204
Using DM_out to compute the final energy and forces
1126
1205
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1127
1206
 
 
1207
siesta: E_KS(eV) =            -2956.0763
 
1208
 
1128
1209
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
1129
 
     1   -0.116318    0.236322   -0.047403
1130
 
     2    0.030908   -0.034025    0.009067
1131
 
     3   -1.108279    0.974056    2.504612
1132
 
     4    0.789756   -0.928748   -1.594892
1133
 
     5    2.551568   -5.737507    0.419950
1134
 
     6    0.095529    3.623932   -5.981234
1135
 
     7   -1.576260    0.881944    3.179193
1136
 
     8   -2.093804    5.261752    0.262251
1137
 
     9   -0.096769   -2.780050    4.759689
1138
 
    10    1.471717   -1.577702   -3.468829
1139
 
----------------------------------------
1140
 
   Tot   -0.051952   -0.080026    0.042404
1141
 
----------------------------------------
1142
 
   Max    5.981234
1143
 
   Res    2.540774    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
1144
 
----------------------------------------
1145
 
   Max    5.981234    constrained
 
1210
     1   -0.176808    0.315760   -0.069885
 
1211
     2    0.073323   -0.012782    0.039184
 
1212
     3   -1.231379    1.129528    2.727752
 
1213
     4    0.929957   -1.084730   -1.804837
 
1214
     5    2.720985   -6.301739    0.446203
 
1215
     6    0.147474    3.743545   -6.647478
 
1216
     7   -1.625293    0.950613    3.550383
 
1217
     8   -2.437412    5.680562    0.324160
 
1218
     9   -0.114536   -2.982935    5.349131
 
1219
    10    1.760537   -1.714262   -3.891949
 
1220
----------------------------------------
 
1221
   Tot    0.046848   -0.276440    0.022665
 
1222
----------------------------------------
 
1223
   Max    6.647478
 
1224
   Res    2.795169    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
1225
----------------------------------------
 
1226
   Max    6.647478    constrained
1146
1227
 
1147
 
Stress-tensor-Voigt (kbar):      684.73      499.07      530.74       82.09       61.41       31.30
1148
 
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2978.7154
1149
 
Target enthalpy (eV/cell)    -2945.4822
 
1228
Stress-tensor-Voigt (kbar):      138.94     -239.74     -218.92      190.81       97.49       96.15
 
1229
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2949.8792
 
1230
Target enthalpy (eV/cell)    -2956.0763
1150
1231
 
1151
1232
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
1152
 
         0.431812    0.046565    0.019293
1153
 
         0.046564    0.321141    0.039818
1154
 
         0.019317    0.039822    0.336043
 
1233
         0.091762    0.113567    0.059588
 
1234
         0.113567   -0.138283    0.062062
 
1235
         0.059589    0.062061   -0.130921
1155
1236
 
1156
 
siesta: Pressure (static):       -581.59442988  kBar
 
1237
siesta: Pressure (static):         94.76564547  kBar
1157
1238
 
1158
1239
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
1159
 
         0.427373    0.051237    0.019514
1160
 
         0.051236    0.311491    0.038326
1161
 
         0.019537    0.038329    0.331260
1162
 
 
1163
 
siesta: Pressure (total):       -571.51496931  kBar
1164
 
 
1165
 
siesta: Temp_ion =    1024.222 K
 
1240
         0.086717    0.119094    0.060013
 
1241
         0.119094   -0.149630    0.060850
 
1242
         0.060013    0.060849   -0.136638
 
1243
 
 
1244
siesta: Pressure (total):        106.57315681  kBar
 
1245
 
 
1246
siesta: Temp_ion =    1248.963 K
1166
1247
 
1167
1248
siesta: Program's energy decomposition (eV):
1168
 
siesta: Ebs     =      -714.755280
 
1249
siesta: Ebs     =      -604.881834
1169
1250
siesta: Eions   =      5228.674091
1170
 
siesta: Ena     =      1093.495874
1171
 
siesta: Ekin    =      2394.509675
1172
 
siesta: Enl     =      -403.173745
 
1251
siesta: Ena     =      1093.768139
 
1252
siesta: Ekin    =      2293.584861
 
1253
siesta: Enl     =      -369.923692
1173
1254
siesta: Eso     =         0.000000
1174
1255
siesta: Eldau   =         0.000000
1175
 
siesta: DEna    =      -103.588927
1176
 
siesta: DUscf   =        24.883789
 
1256
siesta: DEna    =       -47.914791
 
1257
siesta: DUscf   =         7.739401
1177
1258
siesta: DUext   =         0.000000
1178
 
siesta: Exc     =      -722.934795
 
1259
siesta: Enegf   =         0.000000
 
1260
siesta: Exc     =      -704.656164
1179
1261
siesta: eta*DQ  =         0.000000
1180
1262
siesta: Emadel  =         0.000000
1181
1263
siesta: Emeta   =         0.000000
1182
1264
siesta: Emolmec =         0.000000
1183
 
siesta: Ekinion =         1.191473
1184
 
siesta: Eharris =     -2965.883530
1185
 
siesta: Etot    =     -2944.290748
1186
 
siesta: FreeEng =     -2944.290748
 
1265
siesta: Ekinion =         1.452912
 
1266
siesta: Eharris =     -2954.623426
 
1267
siesta: Etot    =     -2954.623425
 
1268
siesta: FreeEng =     -2954.623425
1187
1269
 
1188
1270
siesta: Final energy (eV):
1189
 
siesta:  Band Struct. =    -714.755280
1190
 
siesta:       Kinetic =    2394.509675
1191
 
siesta:       Hartree =    1091.794738
 
1271
siesta:  Band Struct. =    -604.881834
 
1272
siesta:       Kinetic =    2293.584861
 
1273
siesta:       Hartree =    1016.775134
1192
1274
siesta:       Eldau   =       0.000000
1193
1275
siesta:       Eso     =       0.000000
1194
1276
siesta:    Ext. field =       0.000000
1195
 
siesta:   Exch.-corr. =    -722.934795
1196
 
siesta:  Ion-electron =   -4161.365965
1197
 
siesta:       Ion-ion =   -1547.485873
1198
 
siesta:       Ekinion =       1.191473
1199
 
siesta:         Total =   -2944.290748
1200
 
siesta:         Fermi =      -3.011612
 
1277
siesta:       Enegf   =       0.000000
 
1278
siesta:   Exch.-corr. =    -704.656164
 
1279
siesta:  Ion-electron =   -4008.590329
 
1280
siesta:       Ion-ion =   -1553.189839
 
1281
siesta:       Ekinion =       1.452912
 
1282
siesta:         Total =   -2954.623425
 
1283
siesta:         Fermi =      -2.836423
1201
1284
 
1202
1285
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
1203
 
siesta:      1   -0.116318    0.236322   -0.047403
1204
 
siesta:      2    0.030908   -0.034025    0.009067
1205
 
siesta:      3   -1.108279    0.974056    2.504612
1206
 
siesta:      4    0.789756   -0.928748   -1.594892
1207
 
siesta:      5    2.551568   -5.737507    0.419950
1208
 
siesta:      6    0.095529    3.623932   -5.981234
1209
 
siesta:      7   -1.576260    0.881944    3.179193
1210
 
siesta:      8   -2.093804    5.261752    0.262251
1211
 
siesta:      9   -0.096769   -2.780050    4.759689
1212
 
siesta:     10    1.471717   -1.577702   -3.468829
 
1286
siesta:      1   -0.176808    0.315760   -0.069885
 
1287
siesta:      2    0.073323   -0.012782    0.039184
 
1288
siesta:      3   -1.231379    1.129528    2.727752
 
1289
siesta:      4    0.929957   -1.084730   -1.804837
 
1290
siesta:      5    2.720985   -6.301739    0.446203
 
1291
siesta:      6    0.147474    3.743545   -6.647478
 
1292
siesta:      7   -1.625293    0.950613    3.550383
 
1293
siesta:      8   -2.437412    5.680562    0.324160
 
1294
siesta:      9   -0.114536   -2.982935    5.349131
 
1295
siesta:     10    1.760537   -1.714262   -3.891949
1213
1296
siesta: ----------------------------------------
1214
 
siesta:    Tot   -0.051952   -0.080026    0.042404
 
1297
siesta:    Tot    0.046848   -0.276440    0.022665
1215
1298
 
1216
1299
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
1217
 
siesta:     0.431812    0.046565    0.019293
1218
 
siesta:     0.046564    0.321141    0.039818
1219
 
siesta:     0.019317    0.039822    0.336043
 
1300
siesta:     0.091762    0.113567    0.059588
 
1301
siesta:     0.113567   -0.138283    0.062062
 
1302
siesta:     0.059589    0.062061   -0.130921
1220
1303
 
1221
1304
siesta: Cell volume =         93.166340 Ang**3
1222
1305
 
1223
1306
siesta: Pressure (static):
1224
1307
siesta:                Solid            Molecule  Units
1225
 
siesta:          -0.00395352         -0.00556118  Ry/Bohr**3
1226
 
siesta:          -0.36299877         -0.51060880  eV/Ang**3
1227
 
siesta:        -581.59442988       -818.09433871  kBar
1228
 
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =       -2944.287923
1229
 
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =       -2965.880706
1230
 
>> End of run:   2-JUL-2017  11:41:30
 
1308
siesta:           0.00064419         -0.00113428  Ry/Bohr**3
 
1309
siesta:           0.05914742         -0.10414548  eV/Ang**3
 
1310
siesta:          94.76564547       -166.86125043  kBar
 
1311
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =       -2954.882040
 
1312
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =       -2954.882041
 
1313
>> End of run:   5-NOV-2018  10:52:36
1231
1314
Job completed