~javier-junquera/siesta/lda+u+so

Siesta Version  : siesta-4.1-1033

Architecture    : x86_64-linux-n-62-18-18

Compiler version: GNU Fortran (GCC) 7.3.0

Compiler flags  : mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto

PP flags        : -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/zlib/1.2.11/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/libxml2/2.9.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hwloc/1.11.9/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openmpi/3.0.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/szip/2.1.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hdf5/1.8.18/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/pnetcdf/1.8.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/netcdf/4.6.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openblas/0.2.20/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scotch/6.0.4/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/mumps/5.1.2/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/fftw/3.3.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/elpa/2017.05.003/gnu-7.3.0/include/elpa -DSIESTA__ELPA -DMPI -D1 -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__FLOOK  -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DSIESTA__MRRR

Libraries       : libncdf.a libfdict.a -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmuumps -lmumps_common -lesmumps -lscotch -lscotcherr -lpord -lparmetis -lmetis -lelpa -lscalapack -lopenblas  -L/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -lflookall -ldl  -flto -fuse-linker-plugin  -lmetis

PARALLEL version

NetCDF support

NetCDF-4 support

NetCDF-4 MPI-IO support

METIS ordering support

 

* Running on 8 nodes in parallel

>> Start of run:   5-NOV-2018  11:06:15

 

                           ***********************       

                           *  WELCOME TO SIESTA  *       

                           ***********************       

 

reinit: Reading from ../si001-ldos.fdf

 

reinit: -----------------------------------------------------------------------

reinit: System Name: Si(100)-2x1 3 layers (H-saturated

reinit: -----------------------------------------------------------------------

reinit: System Label: si001-ldos

reinit: -----------------------------------------------------------------------

 

initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------

Species number:   1 Atomic number:   14 Label: Si

Species number:   2 Atomic number:    1 Label: H

 

Ground state valence configuration:   3s02  3p02

Reading pseudopotential information in formatted form from Si.psf

 

Valence configuration for pseudopotential generation:

3s( 2.00) rc: 1.89

3p( 2.00) rc: 1.89

3d( 0.00) rc: 1.89

4f( 0.00) rc: 1.89

Ground state valence configuration:   1s01

Reading pseudopotential information in formatted form from H.psf

 

Valence configuration for pseudopotential generation:

1s( 1.00) rc: 1.25

2p( 0.00) rc: 1.25

3d( 0.00) rc: 1.25

4f( 0.00) rc: 1.25

For Si, standard SIESTA heuristics set lmxkb to 3

 (one more than the basis l, including polarization orbitals).

Use PS.lmax or PS.KBprojectors blocks to override.

For H, standard SIESTA heuristics set lmxkb to 2

 (one more than the basis l, including polarization orbitals).

Use PS.lmax or PS.KBprojectors blocks to override.

 

<basis_specs>

===============================================================================

Si                   Z=  14    Mass=  28.090        Charge= 0.17977+309

Lmxo=1 Lmxkb= 3    BasisType=split      Semic=F

L=0  Nsemic=0  Cnfigmx=3

          n=1  nzeta=2  polorb=0

            splnorm:   0.30000    

               vcte:    0.0000    

               rinn:    0.0000    

               qcoe:    0.0000    

               qyuk:    0.0000    

               qwid:   0.10000E-01

                rcs:    0.0000      0.0000    

            lambdas:    1.0000      1.0000    

L=1  Nsemic=0  Cnfigmx=3

          n=1  nzeta=2  polorb=1

            splnorm:   0.30000    

               vcte:    0.0000    

               rinn:    0.0000    

               qcoe:    0.0000    

               qyuk:    0.0000    

               qwid:   0.10000E-01

                rcs:    0.0000      0.0000    

            lambdas:    1.0000      1.0000    

-------------------------------------------------------------------------------

L=0  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309

L=1  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309

L=2  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309

L=3  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309

===============================================================================

</basis_specs>

 

atom: Called for Si                    (Z =  14)

 

read_vps: Pseudopotential generation method:

read_vps: ATM3      Troullier-Martins                       

Total valence charge:    4.00000

 

xc_check: Exchange-correlation functional:

xc_check: Ceperley-Alder

V l=0 = -2*Zval/r beyond r=  2.5494

V l=1 = -2*Zval/r beyond r=  2.5494

V l=2 = -2*Zval/r beyond r=  2.5494

V l=3 = -2*Zval/r beyond r=  2.5494

All V_l potentials equal beyond r=  1.8652

This should be close to max(r_c) in ps generation

All pots = -2*Zval/r beyond r=  2.5494

Using large-core scheme for Vlocal

 

atom: Estimated core radius    2.54944

 

atom: Including non-local core corrections could be a good idea

atom: Maximum radius for 4*pi*r*r*local-pseudopot. charge    2.85303

atom: Maximum radius for r*vlocal+2*Zval:    2.58151

GHOST: No ghost state for L =  0

GHOST: No ghost state for L =  1

GHOST: No ghost state for L =  2

GHOST: No ghost state for L =  3

 

KBgen: Kleinman-Bylander projectors: 

   l= 0   rc=  1.936440   el= -0.796617   Ekb=  4.661340   kbcos=  0.299756

   l= 1   rc=  1.936440   el= -0.307040   Ekb=  1.494238   kbcos=  0.301471

   l= 2   rc=  1.936440   el=  0.002313   Ekb= -2.808672   kbcos= -0.054903

   l= 3   rc=  1.936440   el=  0.003402   Ekb= -0.959059   kbcos= -0.005513

 

KBgen: Total number of  Kleinman-Bylander projectors:   16

atom: -------------------------------------------------------------------------

 

atom: SANKEY-TYPE ORBITALS:

atom: Selected multiple-zeta basis: split     

 

SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 0

 

SPLIT: Basis orbitals for state 3s

 

SPLIT: PAO cut-off radius determined from an

SPLIT: energy shift=  0.014700 Ry

 

   izeta = 1

                 lambda =    1.000000

                     rc =    5.264094

                 energy =   -0.784048

                kinetic =    0.554443

    potential(screened) =   -1.338491

       potential(ionic) =   -3.803943

 

   izeta = 2

                 rmatch =    3.899691

              splitnorm =    0.300000

                 energy =   -0.557333

                kinetic =    1.099884

    potential(screened) =   -1.657217

       potential(ionic) =   -4.272900

 

SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 1

 

SPLIT: Basis orbitals for state 3p

 

SPLIT: PAO cut-off radius determined from an

SPLIT: energy shift=  0.014700 Ry

 

   izeta = 1

                 lambda =    1.000000

                     rc =    6.429618

                 energy =   -0.291747

                kinetic =    0.864936

    potential(screened) =   -1.156682

       potential(ionic) =   -3.408656

 

   izeta = 2

                 rmatch =    4.309843

              splitnorm =    0.300000

                 energy =   -0.094863

                kinetic =    1.512251

    potential(screened) =   -1.607114

       potential(ionic) =   -4.136814

 

POLgen: Perturbative polarization orbital with L=  2

 

POLgen: Polarization orbital for state 3p

 

   izeta = 1

                     rc =    6.429618

                 energy =    0.416453

                kinetic =    1.265989

    potential(screened) =   -0.849535

       potential(ionic) =   -2.900468

atom: Total number of Sankey-type orbitals: 13

 

atm_pop: Valence configuration (for local Pseudopot. screening):

 3s( 2.00)                                                            

 3p( 2.00)                                                            

Vna: chval, zval:    4.00000   4.00000

 

Vna:  Cut-off radius for the neutral-atom potential:   6.429618

 

atom: _________________________________________________________________________

 

<basis_specs>

===============================================================================

H                    Z=   1    Mass=  1.0100        Charge= 0.17977+309

Lmxo=0 Lmxkb= 2    BasisType=split      Semic=F

L=0  Nsemic=0  Cnfigmx=1

          n=1  nzeta=2  polorb=1

            splnorm:   0.30000    

               vcte:    0.0000    

               rinn:    0.0000    

               qcoe:    0.0000    

               qyuk:    0.0000    

               qwid:   0.10000E-01

                rcs:    0.0000      0.0000    

            lambdas:    1.0000      1.0000    

-------------------------------------------------------------------------------

L=0  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309

L=1  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309

L=2  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309

===============================================================================

</basis_specs>

 

atom: Called for H                     (Z =   1)

 

read_vps: Pseudopotential generation method:

read_vps: ATM3      Troullier-Martins                       

Total valence charge:    1.00000

 

xc_check: Exchange-correlation functional:

xc_check: Ceperley-Alder

V l=0 = -2*Zval/r beyond r=  1.2343

V l=1 = -2*Zval/r beyond r=  1.2189

V l=2 = -2*Zval/r beyond r=  1.2189

All V_l potentials equal beyond r=  1.2343

This should be close to max(r_c) in ps generation

All pots = -2*Zval/r beyond r=  1.2343

 

VLOCAL1: 99.0% of the norm of Vloc inside     28.493 Ry

VLOCAL1: 99.9% of the norm of Vloc inside     64.935 Ry

atom: Maximum radius for 4*pi*r*r*local-pseudopot. charge    1.45251

atom: Maximum radius for r*vlocal+2*Zval:    1.21892

GHOST: No ghost state for L =  0

GHOST: No ghost state for L =  1

GHOST: No ghost state for L =  2

 

KBgen: Kleinman-Bylander projectors: 

   l= 0   rc=  1.364359   el= -0.467325   Ekb= -2.005361   kbcos= -0.336422

   l= 1   rc=  1.434438   el=  0.001430   Ekb= -0.501708   kbcos= -0.021697

   l= 2   rc=  1.470814   el=  0.002365   Ekb= -0.190555   kbcos= -0.002281

 

KBgen: Total number of  Kleinman-Bylander projectors:    9

atom: -------------------------------------------------------------------------

 

atom: SANKEY-TYPE ORBITALS:

atom: Selected multiple-zeta basis: split     

 

SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 0

 

SPLIT: Basis orbitals for state 1s

 

SPLIT: PAO cut-off radius determined from an

SPLIT: energy shift=  0.014700 Ry

 

   izeta = 1

                 lambda =    1.000000

                     rc =    5.075940

                 energy =   -0.454238

                kinetic =    0.905976

    potential(screened) =   -1.360214

       potential(ionic) =   -1.894198

 

   izeta = 2

                 rmatch =    3.195439

              splitnorm =    0.300000

                 energy =   -0.202816

                kinetic =    1.888421

    potential(screened) =   -2.091238

       potential(ionic) =   -2.676134

 

POLgen: Perturbative polarization orbital with L=  1

 

POLgen: Polarization orbital for state 1s

 

   izeta = 1

                     rc =    5.075940

                 energy =    0.658058

                kinetic =    1.324347

    potential(screened) =   -0.666290

       potential(ionic) =   -1.141575

atom: Total number of Sankey-type orbitals:  5

 

atm_pop: Valence configuration (for local Pseudopot. screening):

 1s( 1.00)                                                            

Vna: chval, zval:    1.00000   1.00000

 

Vna:  Cut-off radius for the neutral-atom potential:   5.075940

 

atom: _________________________________________________________________________

 

prinput: Basis input ----------------------------------------------------------

 

PAO.BasisType split     

 

%block ChemicalSpeciesLabel

    1   14 Si                      # Species index, atomic number, species label

    2    1 H                       # Species index, atomic number, species label

%endblock ChemicalSpeciesLabel

 

%block PAO.Basis                 # Define Basis set

Si                    2                    # Species label, number of l-shells

 n=3   0   2                         # n, l, Nzeta 

   5.264      3.900   

   1.000      1.000   

 n=3   1   2 P   1                   # n, l, Nzeta, Polarization, NzetaPol

   6.430      4.310   

   1.000      1.000   

H                     1                    # Species label, number of l-shells

 n=1   0   2 P   1                   # n, l, Nzeta, Polarization, NzetaPol

   5.076      3.195   

   1.000      1.000   

%endblock PAO.Basis

 

prinput: ----------------------------------------------------------------------

 

Dumping basis to NetCDF file Si.ion.nc

Dumping basis to NetCDF file H.ion.nc

coor:   Atomic-coordinates input format  =     Cartesian coordinates

coor:                                          (in units of alat)

 

siesta: WARNING: XV file not found

 

siesta: Atomic coordinates (Bohr) and species

siesta:     -0.00017   2.11611   1.37174  1        1

siesta:      0.00010   6.16119   0.15912  1        2

siesta:      3.60770  -0.03789   2.38183  1        3

siesta:      3.60795   7.06713   2.48242  1        4

siesta:      3.60787   3.60787   5.10224  1        5

siesta:      3.60787  10.82360   5.10224  1        6

siesta:      1.45758   3.60787   6.88886  2        7

siesta:      5.75816   3.60787   6.88886  2        8

siesta:      1.45758  10.82360   6.88886  2        9

siesta:      5.75816  10.82360   6.88886  2       10

 

siesta: System type = slab      

 

initatomlists: Number of atoms, orbitals, and projectors:     10    98   132

 

coxmol: Writing XMOL coordinates into file si001-ldos.xyz                                                      

 

siesta: ******************** Simulation parameters ****************************

siesta:

siesta: The following are some of the parameters of the simulation.

siesta: A complete list of the parameters used, including default values,

siesta: can be found in file out.fdf

siesta:

redata: Spin configuration                          = none

redata: Number of spin components                   = 1

redata: Time-Reversal Symmetry                      = T

redata: Spin-spiral                                 = F

redata: Long output                                 =   F

redata: Number of Atomic Species                    =        2

redata: Charge density info will appear in .RHO file

redata: Write Mulliken Pop.                         = Atomic and Orbital charges

redata: Matel table size (NRTAB)                    =     1024

redata: Mesh Cutoff                                 =   100.0000 Ry

redata: Net charge of the system                    =     0.0000 |e|

redata: Min. number of SCF Iter                     =        0

redata: Max. number of SCF Iter                     =     1000

redata: SCF convergence failure will abort job

redata: SCF mix quantity                            = Hamiltonian

redata: Mix DM or H after convergence               =   F

redata: Recompute H after scf cycle                 =   F

redata: Mix DM in first SCF step                    =   T

redata: Write Pulay info on disk                    =   F

redata: New DM Mixing Weight                        =     0.1000

redata: New DM Occupancy tolerance                  = 0.000000000001

redata: No kicks to SCF

redata: DM Mixing Weight for Kicks                  =     0.5000

redata: Require Harris convergence for SCF          =   F

redata: Harris energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV

redata: Require DM convergence for SCF              =   T

redata: DM tolerance for SCF                        =     0.000100

redata: Require EDM convergence for SCF             =   F

redata: EDM tolerance for SCF                       =     0.001000 eV

redata: Require H convergence for SCF               =   T

redata: Hamiltonian tolerance for SCF               =     0.001000 eV

redata: Require (free) Energy convergence for SCF   =   F

redata: (free) Energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV

redata: Using Saved Data (generic)                  =   F

redata: Use continuation files for DM               =   T

redata: Neglect nonoverlap interactions             =   F

redata: Method of Calculation                       = Diagonalization

redata: Electronic Temperature                      =   299.9869 K

redata: Fix the spin of the system                  =   F

redata: Dynamics option                             = Single-point calculation

mix.SCF: Pulay mixing                            = Pulay

mix.SCF:    Variant                              = stable

mix.SCF:    History steps                        = 3

mix.SCF:    Linear mixing weight                 =     0.100000

mix.SCF:    Mixing weight                        =     0.100000

mix.SCF:    SVD condition                        = 0.1000E-07

redata: Save all siesta data in one NC              =   F

redata: ***********************************************************************

 

%block SCF.Mixers

  Pulay

%endblock SCF.Mixers

 

%block SCF.Mixer.Pulay

  # Mixing method

  method pulay

  variant stable

 

  # Mixing options

  weight 0.1000

  weight.linear 0.1000

  history 3

%endblock SCF.Mixer.Pulay

 

DM_history_depth set to one: no extrapolation allowed by default for geometry relaxation

Size of DM history Fstack: 1

Total number of electrons:    28.000000

Total ionic charge:    28.000000

 

* ProcessorY, Blocksize:    2  13

 

 

* Orbital distribution balance (max,min):    13     7

 

 Kpoints in:           15 . Kpoints trimmed:           15

 

siesta: k-grid: Number of k-points =    15

siesta: k-grid: Cutoff (effective) =     9.546 Ang

siesta: k-grid: Supercell and displacements

siesta: k-grid:    5   0   0      0.000

siesta: k-grid:    0   3   0      0.000

siesta: k-grid:    0   0   2      0.500

 

diag: Algorithm                                     = D&C

diag: Parallel over k                               =   F

diag: Use parallel 2D distribution                  =   T

diag: Parallel block-size                           = 13

diag: Parallel distribution                         =     2 x     4

diag: Used triangular part                          = Lower

diag: Absolute tolerance                            =  0.100E-15

diag: Orthogonalization factor                      =  0.100E-05

diag: Memory factor                                 =  1.0000

 

superc: Internal auxiliary supercell:     5 x     3 x     1  =      15

superc: Number of atoms, orbitals, and projectors:    150   1470   1980

 

 

ts: **************************************************************

ts: Save H and S matrices                           =    F

ts: Save DM and EDM matrices                        =    F

ts: Fix Hartree potential                           =    F

ts: Only save the overlap matrix S                  =    F

ts: **************************************************************

 

************************ Begin: TS CHECKS AND WARNINGS ************************

************************ End: TS CHECKS AND WARNINGS **************************

 

 

                     ====================================

                        Single-point calculation

                     ====================================

 

outcoor: Atomic coordinates (scaled):                       

   -0.00002372    0.29326368    0.19010387   1       1  Si

    0.00001337    0.85385554    0.02205212   1       2  Si

    0.49997747   -0.00525118    0.33008893   1       3  Si

    0.50001096    0.97940531    0.34402895   1       4  Si

    0.50000000    0.50000000    0.70710000   1       5  Si

    0.50000000    1.50000000    0.70710000   1       6  Si

    0.20200000    0.50000000    0.95470000   2       7  H

    0.79800000    0.50000000    0.95470000   2       8  H

    0.20200000    1.50000000    0.95470000   2       9  H

    0.79800000    1.50000000    0.95470000   2      10  H

 

superc: Internal auxiliary supercell:     5 x     3 x     1  =      15

superc: Number of atoms, orbitals, and projectors:    150   1470   1980

 

outcell: Unit cell vectors (Ang):

        3.818400    0.000000    0.000000

        0.000000    7.636800    0.000000

        0.000000    0.000000   11.455200

 

outcell: Cell vector modules (Ang)   :    3.818400    7.636800   11.455200

outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):     90.0000     90.0000     90.0000

outcell: Cell volume (Ang**3)        :    334.0377

<dSpData1D:S at geom step 0

  <sparsity:sparsity for geom step 0

    nrows_g=98 nrows=13 sparsity=.6013 nnzs=5775, refcount: 7>

  <dData1D:(new from dSpData1D) n=5775, refcount: 1>

refcount: 1>

new_DM -- step:     1

Initializing Density Matrix...

 

Attempting to read DM from file... Failed...

DM filled with atomic data:

<dSpData2D:DM initialized from atoms

  <sparsity:sparsity for geom step 0

    nrows_g=98 nrows=13 sparsity=.6013 nnzs=5775, refcount: 8>

  <dData2D:DM n=5775 m=1, refcount: 1>

refcount: 1>

No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      16     158

New grid distribution:   1

           1       1:   12    1:   12    1:    9

           2       1:   12    1:   12   10:   18

           3       1:   12    1:   12   19:   27

           4       1:   12    1:   12   28:   36

           5       1:   12   13:   24    1:    9

           6       1:   12   13:   24   10:   18

           7       1:   12   13:   24   19:   27

           8       1:   12   13:   24   28:   36

 

InitMesh: MESH =    24 x    48 x    72 =       82944

InitMesh: (bp) =    12 x    24 x    36 =       10368

InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   100.000   109.185 Ry

ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    56 x    53 =      166208

New grid distribution:   2

           1       1:   12   11:   24    8:   11

           2       1:   12   11:   24    5:    7

           3       1:   12    1:   10   12:   36

           4       1:   12    1:   10    8:   11

           5       1:   12   11:   24    1:    4

           6       1:   12    1:   10    1:    4

           7       1:   12   11:   24   12:   36

           8       1:   12    1:   10    5:    7

New grid distribution:   3

           1       1:   12   13:   24    1:    7

           2       1:   12    1:   12    8:   14

           3       1:   12    1:   12   15:   29

           4       1:   12    1:   12   30:   36

           5       1:   12    1:   12    1:    7

           6       1:   12   13:   24    8:   14

           7       1:   12   13:   24   15:   29

           8       1:   12   13:   24   30:   36

Setting up quadratic distribution...

ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    58 x    48 =      155904

PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  672

PhiOnMesh: nlist on node 0 =                47284

 

stepf: Fermi-Dirac step function

 

siesta: Program's energy decomposition (eV):

siesta: Ebs     =      -267.701880

siesta: Eions   =      1221.235657

siesta: Ena     =       369.291243

siesta: Ekin    =       312.749665

siesta: Enl     =        66.805196

siesta: Eso     =         0.000000

siesta: Eldau   =         0.000000

siesta: DEna    =        -1.926525

siesta: DUscf   =         4.747274

siesta: DUext   =         0.000000

siesta: Enegf   =         0.000000

siesta: Exc     =      -232.890317

siesta: eta*DQ  =         0.000000

siesta: Emadel  =         0.000000

siesta: Emeta   =         0.000000

siesta: Emolmec =         0.000000

siesta: Ekinion =         0.000000

siesta: Eharris =      -700.027627

siesta: Etot    =      -702.459121

siesta: FreeEng =      -702.459121

 

        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)

   scf:    1     -700.027627     -702.459121     -702.459121  1.754952 -4.498639  5.292090

timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.473  15.42

   scf:    2     -703.740550     -703.149844     -703.149845  0.018011 -4.504155  3.916653

   scf:    3     -703.972485     -703.748273     -703.748347  0.039074 -4.468924  1.153704

   scf:    4     -703.877459     -703.824130     -703.824223  0.017379 -4.360200  0.614447

   scf:    5     -703.853884     -703.841592     -703.841770  0.008602 -4.286732  0.321013

   scf:    6     -703.848292     -703.845349     -703.845583  0.003666 -4.245388  0.225973

   scf:    7     -703.851214     -703.849335     -703.849569  0.003554 -4.208340  0.085489

   scf:    8     -703.849994     -703.849712     -703.849933  0.000756 -4.204480  0.048349

   scf:    9     -703.849957     -703.849871     -703.850084  0.000828 -4.202239  0.024425

   scf:   10     -703.849937     -703.849906     -703.850120  0.000245 -4.200992  0.023078

   scf:   11     -703.849984     -703.849951     -703.850171  0.000567 -4.198002  0.014561

   scf:   12     -703.849975     -703.849964     -703.850189  0.000303 -4.196043  0.007415

   scf:   13     -703.849971     -703.849968     -703.850193  0.000131 -4.195061  0.005374

   scf:   14     -703.849969     -703.849969     -703.850194  0.000081 -4.194533  0.002393

   scf:   15     -703.849970     -703.849969     -703.850195  0.000035 -4.194330  0.001560

   scf:   16     -703.849970     -703.849970     -703.850196  0.000085 -4.194013  0.000840

 

SCF Convergence by DM+H criterion

max |DM_out - DM_in|         :     0.0000849579

max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0008396231

SCF cycle converged after 16 iterations

 

Using DM_out to compute the final energy and forces

No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      16     158

 

siesta: E_KS(eV) =             -703.8500

 

siesta: E_KS - E_eggbox =      -703.8500

 

siesta: Atomic forces (eV/Ang):

     1   -0.000199   -0.418765   -0.153280

     2   -0.000163    0.403489   -0.809552

     3    0.000074   -0.071197    0.343135

     4   -0.000113    0.427213    0.620443

     5   -0.000043    0.255194    0.546009

     6   -0.000029   -0.498323   -1.020642

     7   -0.378438   -0.155987    0.271328

     8    0.378451   -0.156030    0.271311

     9   -0.285505    0.093815   -0.019947

    10    0.285514    0.093909   -0.019961

----------------------------------------

   Tot   -0.000450   -0.026682    0.028846

----------------------------------------

   Max    1.020642

   Res    0.366260    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )

----------------------------------------

   Max    1.020642    constrained

 

Stress-tensor-Voigt (kbar):      -48.24       11.32       -7.30       -0.00        4.13        0.00

(Free)E + p*V (eV/cell)     -700.7772

Target enthalpy (eV/cell)     -703.8502

 

mulliken: Atomic and Orbital Populations:

 

Species: Si                  

Atom  Qatom  Qorb

               3s      3s      3py     3pz     3px     3py     3pz     3px     

               3Pdxy   3Pdyz   3Pdz2   3Pdxz   3Pdx2-y2

   1  3.892   0.796   0.387   0.497   0.555   0.517   0.289   0.103   0.230

              0.168   0.077   0.051   0.112   0.109

   2  4.261   0.891   0.323   0.780   0.984   0.743   0.063   0.036   0.123

              0.058   0.044   0.042   0.076   0.098

   3  3.982   0.762   0.352   0.574   0.690   0.575   0.210   0.173   0.228

              0.109   0.095   0.047   0.053   0.114

   4  3.845   0.724   0.366   0.552   0.531   0.491   0.217   0.241   0.267

              0.069   0.098   0.067   0.112   0.110

   5  3.815   0.616   0.403   0.638   0.568   0.388   0.140   0.215   0.324

              0.043   0.082   0.046   0.240   0.111

   6  3.826   0.640   0.379   0.719   0.636   0.555   0.124   0.181   0.248

              0.033   0.085   0.035   0.109   0.081

 

Species: H                   

Atom  Qatom  Qorb

               1s      1s      1Ppy    1Ppz    1Ppx    

   7  1.106   0.671   0.350   0.014   0.017   0.053

   8  1.106   0.671   0.350   0.014   0.017   0.053

   9  1.083   0.612   0.386   0.015   0.018   0.053

  10  1.083   0.612   0.386   0.015   0.018   0.053

 

mulliken: Qtot =       28.000

 

coxmol: Writing XMOL coordinates into file si001-ldos.xyz                                                      

 

siesta: Program's energy decomposition (eV):

siesta: Ebs     =      -269.125934

siesta: Eions   =      1221.235657

siesta: Ena     =       369.291243

siesta: Ekin    =       305.017814

siesta: Enl     =        70.358655

siesta: Eso     =         0.000000

siesta: Eldau   =         0.000000

siesta: DEna    =         1.134496

siesta: DUscf   =         2.171307

siesta: DUext   =         0.000000

siesta: Enegf   =         0.000000

siesta: Exc     =      -230.587828

siesta: eta*DQ  =         0.000000

siesta: Emadel  =         0.000000

siesta: Emeta   =         0.000000

siesta: Emolmec =         0.000000

siesta: Ekinion =         0.000000

siesta: Eharris =      -703.849970

siesta: Etot    =      -703.849970

siesta: FreeEng =      -703.850196

 

siesta: Final energy (eV):

siesta:  Band Struct. =    -269.125934

siesta:       Kinetic =     305.017814

siesta:       Hartree =     896.217339

siesta:       Eldau   =       0.000000

siesta:       Eso     =       0.000000

siesta:    Ext. field =       0.000000

siesta:       Enegf   =       0.000000

siesta:   Exch.-corr. =    -230.587828

siesta:  Ion-electron =   -2065.857339

siesta:       Ion-ion =     391.360043

siesta:       Ekinion =       0.000000

siesta:         Total =    -703.849970

siesta:         Fermi =      -4.194013

 

siesta: Atomic forces (eV/Ang):

siesta:      1   -0.000199   -0.418765   -0.153280

siesta:      2   -0.000163    0.403489   -0.809552

siesta:      3    0.000074   -0.071197    0.343135

siesta:      4   -0.000113    0.427213    0.620443

siesta:      5   -0.000043    0.255194    0.546009

siesta:      6   -0.000029   -0.498323   -1.020642

siesta:      7   -0.378438   -0.155987    0.271328

siesta:      8    0.378451   -0.156030    0.271311

siesta:      9   -0.285505    0.093815   -0.019947

siesta:     10    0.285514    0.093909   -0.019961

siesta: ----------------------------------------

siesta:    Tot   -0.000450   -0.026682    0.028846

 

siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):

siesta:    -0.030108   -0.000002    0.000000

siesta:    -0.000002    0.007062    0.002577

siesta:     0.000000    0.002576   -0.004554

 

siesta: Cell volume =        334.037723 Ang**3

 

siesta: Pressure (static):

siesta:                Solid            Molecule  Units

siesta:           0.00010020          0.00005994  Ry/Bohr**3

siesta:           0.00919957          0.00550303  eV/Ang**3

siesta:          14.73949711          8.81692898  kBar

(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -699.140965

(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -699.140965

 

siesta: Electric dipole (a.u.)  =    0.000000   -0.000000    0.068266

siesta: Electric dipole (Debye) =    0.000000   -0.000000    0.173514

 

dhscf: Vacuum level (max, mean) =    0.049758   -0.148334 eV

>> End of run:   5-NOV-2018  11:06:25

Job completed