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Viewing changes to README.shtml

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Teemu Ikonen
  • Date: 2009-11-24 16:48:04 UTC
  • mfrom: (3.1.4 squeeze)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20091124164804-liuvywcs6l45ibl3
Tags: 2.7.5-1
* New upstream release
* Imakefile: Use Debian versions of library dependencies
* control:
  - Add build-deps to libcvector2-dev, libcqrlib2-dev, libneartree3-dev
  - Update to standards-version 3.8.3

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
README.shtml
2
2
<HTML>
3
3
<HEAD>
4
4
<TITLE>
5
 
RasMol  V2.7.4.2 README
 
5
RasMol  V2.7.5 README
6
6
</TITLE>
7
7
</HEAD>
8
8
<BODY BACKGROUND="html_graphics/rasmolwallpaper.jpg">
38
38
<!--#exec cgi="/cgi-bin/ZCountNI.cgi" -->
39
39
">
40
40
<br>
41
 
visits since 15 April 2001
 
41
visits since 17 July 2009
42
42
</table>
43
43
<hr>
44
44
<CENTER>
61
61
 
62
62
<font color="#0808A0">
63
63
<H1 ALIGN=CENTER>README<BR>
64
 
RasMol 2.7.4.2</H1>
 
64
RasMol 2.7.5</H1>
65
65
<center>
66
66
<table celpadding=0>
67
67
<tr>
82
82
<td>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
83
83
<td valign=top bgcolor="#FFFFA0"><font face="Helvetica,Arial,Times" size=2>
84
84
<ul>
85
 
<li><a href=http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.4.2_Windows_Installer.exe>RasMol 2.7.4.2 Windows Installer</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br />
86
 
&nbsp;<br />
87
 
<li><a href=http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.4.2.tar.gz>RasMol 2.7.4.2 Source Tarball</a><br />
88
 
&nbsp;<br />
89
 
<li><a href=http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.4.2_Manual.html>RasMol 2.7.4.2 Manual</a><br />
 
85
<li><a href=http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5_Windows_Installer.exe>RasMol 2.7.5 Windows 
 
86
Installer</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br />
 
87
&nbsp;<br />
 
88
<li><a href=http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5.tar.gz>RasMol 2.7.5 Source Tarball</a><br />
 
89
&nbsp;<br />
 
90
<li><a href=http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5_Manual.html>RasMol 2.7.5 Manual</a><br />
90
91
&nbsp;<br />
91
92
<li><a href=http://www.rasmol.org/donate.shtml>Donate to Support RasMol </a><br />
92
93
<li><a href=http://www.rasmol.org/register.shtml>Register your RasMol</a><br />
96
97
</center>
97
98
<H3 ALIGN=CENTER>
98
99
Molecular Graphics Visualisation Tool<br />
99
 
19 November 2007 (rev. 19 January 2008)<br />
 
100
3 June 2009 (rev. 17 July 2009)<br />
100
101
</h3>
101
102
</font><font color="#000000">
102
103
<CENTER>
128
129
RasMol 2.7.4 Nov 07<br />
129
130
RasMol 2.7.4.1 Jan 08<br />
130
131
RasMol 2.7.4.2 Mar 08<br />
131
 
<td valign="top">&#169 Herbert J. Bernstein 1998-2008
 
132
RasMol 2.7.5 June 2009<br />
 
133
RasMol 2.7.5.1 July 2009<br />
 
134
 
 
135
<td valign="top">&#169 Herbert J. Bernstein 1998-2009
132
136
</table>
133
137
</CENTER>
134
138
<P>
135
 
 RasMol 2.7.3 incorporates changes by Clarice Chigbo, Ricky Chachra,
136
 
 and Mamoru Yamanishi.  Work on RasMol 2.7.3 supported in part by
137
 
 grants DBI-0203064, DBI-0315281 and EF-0312612 from the U.S. National
138
 
 Science Foundation and grant DE-FG02-03ER63601 from the U.S. Department
139
 
 of Energy.  RasMol 2.7.4 incorporates changes by G. Todorov, Nan Jia,
140
 
 N. Darakev, P. Kamburov, G. McQuillan, J. Jemilawon.  Work on RasMol
141
 
 2.7.4 supported in part by grant 1R15GM078077-01 from the National
142
 
 Institute of General Medical Sciences (NIGMS). The content is solely
143
 
 the responsibility of the authors and does not necessarily represent
144
 
 the official views of the funding organizations.
 
139
RasMol 2.7.5 incorporates changes by T. Ikonen, G. McQuillan, N. Darakev
 
140
and L. Andrews (via the neartree package).  Work on RasMol 2.7.5
 
141
supported in part by grant 1R15GM078077-01 from the National Institute
 
142
of General Medical Sciences (NIGMS), U.S. National Institutes of Health
 
143
and by grant ER63601-1021466-0009501 from the Office of Biological &amp;
 
144
Environmental Research (BER), Office of Science, U. S. Department of
 
145
Energy.  RasMol 2.7.4 incorporated  changes by G. Todorov, Nan Jia,
 
146
N. Darakev, P. Kamburov, G. McQuillan, and J. Jemilawon. Work on RasMol
 
147
2.7.4 supported in part by grant 1R15GM078077-01 from the NIGMS/NIH and
 
148
grant ER63601-1021466-0009501 from BER/DOE.  RasMol 2.7.3 incorporates
 
149
changes by Clarice Chigbo, Ricky Chachra, and Mamoru Yamanishi.  Work
 
150
on RasMol 2.7.3 supported in part by grants DBI-0203064, DBI-0315281
 
151
and EF-0312612 from the U.S. National Science Foundation and grant
 
152
DE-FG02-03ER63601 from BER/DOE. The content is solely the responsibility
 
153
of the authors and does not necessarily represent the official views of
 
154
the funding organizations.
145
155
<P>
 
156
The code for use of RasMol under GTK in RasMol 2.7.4.2 was written by
 
157
Teemu Ikonen.
146
158
<CENTER>
147
159
and Incorporating Translations by
148
160
<table border=3>
181
193
yaya&#64;bernstein-plus-sons&#46;com
182
194
</noscript>
183
195
<BR>
184
 
Copyright &#169; Herbert J. Bernstein 1998-2008<BR>
 
196
Copyright &#169; Herbert J. Bernstein 1998-2009<BR>
185
197
</CENTER>
186
198
<P>
187
199
The original RasMol manual was created by Roger Sayle.  In July 1996,
200
212
February 2005 for RasMol version 2.7.3.
201
213
 
202
214
<p>
203
 
<CENTER>Documentation Last Updated 12 November 2007<br>
 
215
<CENTER>Documentation Last Updated 19 July 2009<br>
204
216
Edited by Herbert J. Bernstein and Frances C. Bernstein
205
217
</CENTER>
206
218
<p>
236
248
<HR>
237
249
<H2 ALIGN=CENTER><a name=Copying></a>IMPORTANT - Copying and Distribution</H2>
238
250
<P>
239
 
This version is based directly on RasMol version 2.7.4,
 
251
This version is based directly on RasMol version 2.7.4.2,
 
252
on RasMol version 2.7.4.1,
 
253
on RasMol version 2.7.4,
240
254
on RasMol version 2.7.3.1,
241
255
on RasMol vesion 2.7.3, on RasMol version 2.7.2.1.1,
242
256
on RasMol version 2.7.2, on RasMol version 2.7.1, on RasMol
271
285
</UL>
272
286
<HR>
273
287
<H3 ALIGN=CENTER><A NAME="Introduction">Introduction</A></H3>
274
 
<P>This posting is made to announce the releases of RasMol version
275
 
2.7.4.2.  This release is based on RasMol 2.7.4 and RasMol 2.7.4.1 and
 
288
<p>This posting is made to announce the release of RasMol version
 
289
2.7.5.  This release is based on 
 
290
<a href="http://www.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.4.2">RasMol 2.7.4.2</a>,
 
291
the final reference release for the 2.7.4 series.
 
292
The major changes from the 2.7.4.2 release to the 2.7.5 release include:
 
293
<ul>
 
294
  <li> Support for SBEVSL movie commands.
 
295
  <li> Support for Lee-Richards surface approximation by contouring pseudo-Gaussian
 
296
electron densities.
 
297
  <li> Selection of atoms by proximity to map contours
 
298
  <li> Coloring of maps by the colors of neighboring atoms
 
299
  <li> Significant improvements to the GTK version by Teemu Ikonen
 
300
</ul>
 
301
The 2.7.4.2 release was based on RasMol 2.7.4 and RasMol 2.7.4.1 and
276
302
<a href="http://www.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.3.1">RasMol 2.7.3.1</a>,
277
303
the final reference release for the 2.7.3 series.  The changes from the 2.7.3.1 release to the
278
 
2.7.4.1 release include:
 
304
2.7.4.1 release included:
279
305
<ul>
280
306
  <li> Support for maps.
281
307
  <li> Message and menu translations for Russian, Bulgarian, Japanese and Chinese.
286
312
  <li> Updated icons.
287
313
  <li> Extended export menus.
288
314
</ul>
289
 
The changes from the 2.7.4.1 release to the 2.7.4.2 release include
290
 
<ul>
291
 
  <li>Alignment of command line sizing and positioning options for 
292
 
Windows and X-Windows version.  The command line options -height nnnn,
293
 
-width nnnn, -xpos nnnn and -ypos nnnn may be used to set the size
294
 
and position of the initial window.
295
 
  <li>Change of the encoding for Japanese messages and menus from SJIS to
296
 
EUC-JP, and corrections to the fontset handling for Chinese and Japanese.
297
 
Thanks to Mamoru Yamanishi for contributing the improved fontset logic.
298
 
  <li>Updates to the rasmol_install.sh and rasmol_run.sh scripts to
299
 
support Chinese and Japanese using cxterm.
300
 
  <li>Optional use of GTK.  Thanks to Teemu Ikonen for the new GTK code.
301
 
</ul>
302
315
 
303
 
For more detail on these and earlier changes, see the <a href=ChangeLog.html>Change Log</a>.
 
316
For more detail on these and earlier changes, consult the openrasmol svn repository
 
317
on sourceforge.
304
318
  
305
319
<P>    
306
320
    This version is available for MS Windows and various unix-systems.
368
382
<H3 ALIGN=CENTER><A NAME="CodeAndBinaries">Source Code and Binaries</A></H3>
369
383
<P>
370
384
 The complete source code
371
 
and user documentation of RasMol 2.7.4 may be obtained 
372
 
from <a href=http://blondie.dowling.edu/projects/rasmol>http://blondie.dowling.edu/projects/rasmol</a>
373
 
and
374
 
<a href=http://www.sourceforge.net/projects/openrasmol>http://blondie.dowling.edu/projects/rasmol</a>.
 
385
and user documentation of RasMol 2.7.5 may be obtained 
 
386
<a href=http://www.sourceforge.net/projects/openrasmol>http://www.sourceforge.net/projects/rasmol</a>.
375
387
and
376
388
by
377
389
anonymous FTP at:
378
390
<P>
379
391
    <A 
380
 
href="ftp://ftp.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.4.2.tar.gz">ftp://ftp.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.4.2.tar.gz</A>
 
392
href="ftp://ftp.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.5.tar.gz">ftp://ftp.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.5.tar.gz</A>
381
393
<P>
382
394
or on the web at:
383
395
<P>
384
396
    <A 
385
 
href="http://www.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.4.2.tar.gz">http://www.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.4.2.tar.gz</A>
 
397
href="http://www.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.5.tar.gz">http://www.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.5.tar.gz</A>
386
398
<P>     
387
 
As compiled version become available, they will be posted at <a href=http://blondie.dowling.edu/projects/rasmol>http://blondie.dowling.edu/projects/rasmol</a>
388
 
and
389
 
<a href=http://www.sourceforge.net/projects/openrasmol>http://blondie.dowling.edu/projects/rasmol</a>.
 
399
<a href=http://www.sourceforge.net/projects/openrasmol>http://www.sourceforge.net/projects/rasmol</a>.
390
400
 
391
401
 
392
402
<P>
414
424
</CENTER>
415
425
 
416
426
<HR>
417
 
Updated 4 February 2008.<BR>
 
427
Updated 19 July 2009.<BR>
418
428
Herbert J. Bernstein<BR>
419
429
Bernstein + Sons, 5 Brewster Lane, Bellport, NY 11713-2803, USA<BR>
420
430
<script language="javascript" type="text/javascript">