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Viewing changes to doc/INSTALL.html

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Teemu Ikonen
  • Date: 2009-11-24 16:48:04 UTC
  • mfrom: (3.1.4 squeeze)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20091124164804-liuvywcs6l45ibl3
Tags: 2.7.5-1
* New upstream release
* Imakefile: Use Debian versions of library dependencies
* control:
  - Add build-deps to libcvector2-dev, libcqrlib2-dev, libneartree3-dev
  - Update to standards-version 3.8.3

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/INSTALL.html
2
2
<HTML>
3
3
<HEAD>
4
4
<TITLE>
5
 
RasMol V2.7.4.1 INSTALL
 
5
RasMol V2.7.5 INSTALL
6
6
</TITLE>
7
7
</HEAD>
8
8
<BODY BACKGROUND="../html_graphics/rasmolwallpaper.jpg">
23
23
<A href="../TODO.html">Things To Do</A> |
24
24
<A href="../README.html#Introduction">Introduction</A> | 
25
25
<A href="../README.html#CodeAndBinaries">Source Code and Binaries</A> |<BR>
26
 
| <A href="rasmol.html">RasMol Manual</A> |
27
 
<a href="esrasmol27.html">Spanish Translation of RasMol Manual</a> | 
28
 
<a href="itrasmol.hlp">Italian Translation of RasMol Help File</a> |<BR>
 
26
| <A href="../doc/rasmol.html">RasMol Manual</A> |
 
27
<a href="../doc/esrasmol27.html">Spanish Translation of RasMol Manual</a> | 
 
28
<a href="../doc/itrasmol.hlp">Italian Translation of RasMol Help File</a> |<BR>
29
29
| <a href=http://www.rasmol.org/donate.shtml>Donate to Support RasMol</a> |
30
30
<a href="../README.html">Release README</A> |
31
31
<a href=http://www.rasmol.org/register.shtml>Register your RasMol</a> |
33
33
 
34
34
<font color="#0808A0">
35
35
<H1 ALIGN=CENTER>Installation Instructions<BR>
36
 
RasMol 2.7.4.1</H1>
 
36
RasMol 2.7.5</H1>
37
37
<center>
38
38
<table celpadding=0>
39
39
<tr>
50
50
</ul>
51
51
</font>
52
52
<td>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
53
 
<td><IMG  SRC="html_graphics/rasmollogo.jpg" ALT="RasMol">
 
53
<td><IMG  SRC="../html_graphics/rasmollogo.jpg" ALT="RasMol">
54
54
<td>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
55
55
<td valign=top bgcolor="#FFFFA0"><font face="Helvetica,Arial,Times" size=2>
56
56
<ul>
57
 
<li><a href=http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.4.1_Windows_Installer.exe>RasMol 2.7.4.1 Windows Installer</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br />
58
 
&nbsp;<br />
59
 
<li><a href=http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.4.1.tar.gz>RasMol 2.7.4.1 Source Tarball</a><br />
60
 
&nbsp;<br />
61
 
<li><a href=http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.4.1_Manual.html>RasMol 2.7.4.1 Manual</a><br />
 
57
<li><a href=http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5_Windows_Installer.exe>RasMol 
 
58
2.7.5 Windows Installer</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br />
 
59
&nbsp;<br />
 
60
<li><a href=http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5.tar.gz>RasMol 2.7.5 Source 
 
61
Tarball</a><br />
 
62
&nbsp;<br />
 
63
<li><a href=http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5_Manual.html>RasMol 2.7.5 
 
64
Manual</a><br />
62
65
&nbsp;<br />
63
66
<li><a href=http://www.rasmol.org/donate.shtml>Donate to Support RasMol </a><br />
64
67
<li><a href=http://www.rasmol.org/register.shtml>Register your RasMol</a><br />
68
71
</center>
69
72
<H3 ALIGN=CENTER>
70
73
Molecular Graphics Visualisation Tool<BR>
71
 
26 January 2008<BR>
 
74
3 June 2009 (rev. 17 July 2009)<br />
72
75
</H3>
73
76
</font><font color="#000000">
74
77
<CENTER>
91
94
<tr><td valign="top">Herbert J. Bernstein<td>RasMol 2.7.0 March 1999<br>
92
95
RasMol 2.7.1 June 1999<br>RasMol 2.7.1.1 January 2001<BR>
93
96
RasMol 2.7.2 August 2000<br>RasMol 2.7.2.1 April 2001<BR>
94
 
RasMol 2.7.2 August 2000<br>RasMol 2.7.2.1 April 2001<br>RasMol 2.7.2.1.1 January 2004<br />RasMol 2.7.3 February 2005<br />RasMol 2.7.3.1 Apr 06<br />RasMol 2.7.4 Nov 07<br />RasMol 2.7.4.1 Jan 08<br />
 
97
RasMol 2.7.2 August 2000<br>RasMol 2.7.2.1 April 2001<br>
 
98
RasMol 2.7.2.1.1 January 2004<br />
 
99
RasMol 2.7.3 February 2005<br />
 
100
RasMol 2.7.3.1 Apr 06<br />
 
101
RasMol 2.7.4 Nov 07<br />
 
102
RasMol 2.7.4.1 Jan 08<br />
 
103
RasMol 2.7.4.2 Mar 08<br />
 
104
RasMol 2.7.5 June 2009<br />
 
105
RasMol 2.7.5.1 July 2009<br />
95
106
<td valign="top">&#169 Herbert J. Bernstein 1998-2008
96
107
</table>
97
108
</CENTER>
98
109
<P>
99
 
 RasMol 2.7.3 incorporates changes by Clarice Chigbo, Ricky Chachra,
100
 
 and Mamoru Yamanishi.  Work on RasMol 2.7.3 supported in part by
101
 
 grants DBI-0203064, DBI-0315281 and EF-0312612 from the U.S. National
102
 
 Science Foundation and grant DE-FG02-03ER63601 from the U.S. Department
103
 
 of Energy.  RasMol 2.7.4 incorporates changes by G. Todorov, Nan Jia,
104
 
 N. Darakev, P. Kamburov, G. McQuillan, J. Jemilawon.  Work on RasMol
105
 
 2.7.4 supported in part by grant 1R15GM078077-01 from the National
106
 
 Institute of General Medical Sciences (NIGMS). The content is solely
107
 
 the responsibility of the authors and does not necessarily represent
108
 
 the official views of the funding organizations.
 
110
RasMol 2.7.5 incorporates changes by T. Ikonen, G. McQuillan, N. Darakev
 
111
and L. Andrews (via the neartree package).  Work on RasMol 2.7.5
 
112
supported in part by grant 1R15GM078077-01 from the National Institute
 
113
of General Medical Sciences (NIGMS), U.S. National Institutes of Health
 
114
and by grant ER63601-1021466-0009501 from the Office of Biological &amp;
 
115
Environmental Research (BER), Office of Science, U. S. Department of
 
116
Energy.  RasMol 2.7.4 incorporated  changes by G. Todorov, Nan Jia,
 
117
N. Darakev, P. Kamburov, G. McQuillan, and J. Jemilawon. Work on RasMol
 
118
2.7.4 supported in part by grant 1R15GM078077-01 from the NIGMS/NIH and
 
119
grant ER63601-1021466-0009501 from BER/DOE.  RasMol 2.7.3 incorporates
 
120
changes by Clarice Chigbo, Ricky Chachra, and Mamoru Yamanishi.  Work
 
121
on RasMol 2.7.3 supported in part by grants DBI-0203064, DBI-0315281
 
122
and EF-0312612 from the U.S. National Science Foundation and grant
 
123
DE-FG02-03ER63601 from BER/DOE. The content is solely the responsibility
 
124
of the authors and does not necessarily represent the official views of
 
125
the funding organizations.
 
126
<P>
 
127
The code for use of RasMol under GTK in RasMol 2.7.4.2 was written by
 
128
Teemu Ikonen.
109
129
<P>
110
130
<CENTER>
111
131
and Incorporating Translations by
144
164
yaya&#64;bernstein-plus-sons&#46;com
145
165
</noscript>
146
166
<BR>
147
 
Copyright &#169; Herbert J. Bernstein 1998-2008<BR>
 
167
Copyright &#169; Herbert J. Bernstein 1998-2009<BR>
148
168
</CENTER>
149
169
<P>
150
170
 The original RasMol manual was created by Roger Sayle.  In July 1996,
162
182
version 2.7.1.1 and April 2001 for RasMol version 2.7.2.1 and
163
183
February 2005 for RasMol version 2.7.3.
164
184
<p>
165
 
<CENTER>Documentation Last Updated 26 January 2008<BR>
 
185
<CENTER>Documentation Last Updated 19 July 2009<BR>
166
186
Edited by Herbert J. Bernstein and Frances C. Bernstein
167
187
</CENTER>
168
188
<p>
171
191
Fern&aacute;ndez (Departamento 
172
192
de Bioqu&iacute;mica y Biolog&iacute;a Molecular. Universidad de Granada.
173
193
Espa&ntilde;a (<A HREF="mailto:jmfernan@ugr.es">jmfernan@ugr.es</A>)) a 
174
 
<a href="esrasmol27.html">translation of the
 
194
<a href="../doc/esrasmol27.html">translation of the
175
195
Manual for Rasmol version 2.7.1 into Spanish</a> is now available.
176
196
La traducci&oacute;n espa&ntilde;ola del manual de la
177
197
versi&oacute;n de la Dra. Wong revisada por Eric Martz fue realizada por
197
217
<HR>
198
218
<H2 ALIGN=CENTER><a name=Copying></a>IMPORTANT - Copying and Distribution</H2>
199
219
<P>
200
 
This version is based directly on RasMol version 2.7.4,
 
220
This version is based directly on RasMol version 2.7.4.2,
 
221
on RasMol version 2.7.4.1,
 
222
on RasMol version 2.7.4,
201
223
on RasMol version 2.7.3.1,
202
224
on RasMol vesion 2.7.3, on RasMol version 2.7.2.1.1,
203
225
on RasMol version 2.7.2, on RasMol version 2.7.1, on RasMol
204
226
version 2.6_CIF.2, on RasMol version 2.6x1, on RasMol version
205
227
2.6.4, and RasMol 2.5-ucb and 2.6-ucb.
206
228
<P>
207
 
Please read the file <A HREF = "NOTICE.html">NOTICE</A> for
 
229
Please read the file <A HREF = "../doc/NOTICE.html">NOTICE</A> for
208
230
important notices which apply to this package and for
209
 
license terms (<a href=../GPL>GPL</a> or <a href=../RASLIC>RASLIC</a>).
 
231
license terms (<a href=../GPL>GPL</a> or <A href=../RASLIC>RASLIC</a>).
210
232
<HR>
211
233
<a name="CodeAndBinaries"></a>
212
 
<H3>Obtaining RasMol v2.7.4.1</H3>
 
234
<H3>Obtaining RasMol v2.7.5</H3>
213
235
<P>
214
236
  In order to install RasMol, you may start with a compiled binary or work from
215
237
 the source code.
216
238
<P>
217
239
 The complete source code
218
 
and user documentation of RasMol 2.7.4 may be obtained 
 
240
and user documentation of RasMol 2.7.5 may be obtained 
219
241
from <a href=http://blondie.dowling.edu/projects/rasmol>http://blondie.dowling.edu/projects/rasmol</a>
220
242
and
221
243
<a href=http://www.sourceforge.net/projects/openrasmol>http://blondie.dowling.edu/projects/rasmol</a>.
224
246
anonymous FTP at:
225
247
<P>
226
248
    <A 
227
 
href="ftp://ftp.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.4.1.tar.gz">ftp://ftp.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.4.1.tar.gz</A>
 
249
href="ftp://ftp.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.5.tar.gz">ftp://ftp.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.5.tar.gz</A>
228
250
<P>
229
251
or on the web at:
230
252
<P>
231
253
    <A 
232
 
href="http://www.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.4.1.tar.gz">http://www.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.4.1.tar.gz</A>
 
254
href="http://www.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.5.tar.gz">http://www.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.5.tar.gz</A>
233
255
<P>     
234
256
As compiled version become available, they will be posted at <a href=http://blondie.dowling.edu/projects/rasmol>http://blondie.dowling.edu/projects/rasmol</a>
235
257
and
262
284
you may need one or more external packages that are not part of RasMol, but which
263
285
are used by RasMol.
264
286
<p>
265
 
To build/rebuild RasMol 2.7.4.1 on any platform, you'll need to transfer 
 
287
To build/rebuild RasMol 2.7.5 on any platform, you'll need to transfer 
266
288
the following file:
267
289
<P>
268
290
<TABLE>
269
 
<TR><TD VALIGN=TOP><A HREF="../RasMol.tar.gz">RasMol.tar.gz</A><TD>UNIX 'tar'ed 'gzip'ped archive containing the
 
291
<TR><TD VALIGN=TOP><A HREF="../RasMol.tar.gz">RasMol.tar.gz</A><TD>UNIX 'tar'ed 
 
292
'gzip'ped archive containing the
270
293
                        complete source code and documentation of the
271
294
                        RasMol molecular graphics package.
272
295
</TABLE>
276
299
RasMol.tar&quot; to extract the files in a subdirectory under the
277
300
current directory.
278
301
<P>
 
302
<center>
 
303
<b>*** IMPORTANT CHANGE IN INSTALLATION INSTRUCTIONS FOR RELEASE 2.7.5 ***</b>
 
304
</center>
 
305
<p>
 
306
You will either need to have the following packages installed in your system, or
 
307
to ensure that the indicated defines are at the start Imakefile:
 
308
<P>
 
309
</P>
 
310
<ul>
 
311
<li><a href=http://downloads.sf.net/neartree/NearTree-2.1.3.tar.gz>
 
312
http://downloads.sf.net/neartree/NearTree-2.1.3.tar.gz</a> or <br />
 
313
#define NEARTREE_LOCAL
 
314
<P>
 
315
<li><a href=http://downloads.sf.net/cqrlib/CQRlib-1.0.3.tar.gz>
 
316
http://downloads.sf.net/cqrlib/CQRlib-1.0.3.tar.gz</a> or <br />
 
317
#define CQRLIB_LOCAL
 
318
<p>
 
319
 
 
320
<a href=http://http://downloads.sf.net/cvector/CVector-1.0.3.tar.gz>
 
321
http://http://downloads.sf.net/cvector/CVector-1.0.3.tar.gz</a> or <br />
 
322
#define CVECTOR_LOCAL
 
323
<p>
 
324
 
 
325
<li><a 
 
326
href=http://download.savannah.gnu.org/releases-noredirect/xforms/xforms-1.0.91.tar.gz>
 
327
http://download.savannah.gnu.org/releases-noredirect/xforms/xforms-1.0.91.tar.gz</a> 
 
328
or <br />
 
329
#define XFORMSLIB_LOCAL
 
330
<p>
 
331
 
 
332
<li><a href=http://downloads.sf.net/cbflib/CBFlib-0.8.1.tar.gz>
 
333
http://downloads.sf.net/cbflib/CBFlib-0.8.1.tar.gz</a> or <br />
 
334
#define CBFLIB_LOCAL
 
335
<p>
 
336
</ul>
 
337
<p>
 
338
 
279
339
In addition, depending on what has already been installed on your system,
280
 
you may need one or more external packages.  These packages are not part
 
340
you may need one or more of certain font kits.  These packages are 
 
341
not part
281
342
of RasMol and normally whould be obtained from their primary web sites, but,
282
343
for convenience in installing RasMol, they have been gathered in the
283
344
external_packages module in the CVS and as the External_Packages release on 
284
345
<a href=http://blondie.dowling.edu/projects/rasmol>http://blondie.dowling.edu/projects/rasmol</a>
285
346
and
286
 
<a href=http://www.sourceforge.net/projects/openrasmol>http://blondie.dowling.edu/projects/rasmol</a>.
 
347
<a 
 
348
href=http://www.sourceforge.net/projects/openrasmol>http://www.sourceforge.net/projects/openrasmol</a>.
 
349
<p>
287
350
 
288
 
These kits are snapshots of the versions in use at the time
289
 
of the build of RasMol 2.7.4.  The primary developer web
 
351
These font kits  are snapshots of the versions in use at the time
 
352
of the build of RasMol 2.7.5.  The primary developer web
290
353
site for each package should be consulted for the latest
291
354
versions.  Because these kits may not be the same as later,
292
355
standard versions that are used by the system, as a whole,
293
356
scripts in RasMol that use thses kits (especially font kits)
294
357
assume that each kit has been unpacked to a directory _within_
295
358
the RasMol build directory, at the same level as the src
296
 
directory.
 
359
directory.  <p>
 
360
For RasMol release 2.7.5 the package snapshots other than the font kits have been 
 
361
replaced by the table
 
362
of downloads listed above.
 
363
 
 
364
<p>
 
365
For building for MS Windows, do not try to use Visual Studio.  Use MINGW instead.
297
366
 
298
367
 
299
368
<P>
308
377
 <P>
309
378
 <HR>
310
379
 
311
 
<H3>Installing RasMol v2.7.4</H3>
 
380
<H3>Installing RasMol v2.7.5</H3>
312
381
<P>
313
382
 
314
383
<H4>UNIX X11:</H4>
315
384
<P>
316
385
If you are using a precompiled binary, see the instructions that are provided
317
 
with the binary kit.
 
386
with the binary kit.  In general, the binary kits for unix provided directly
 
387
by this project are tarballs of the $HOME/lib/RasMol_2_7_5 created by
 
388
running the script in src/rasmol_install.sh.  The MS windows kit is
 
389
a NSIS installer to be double-clicked after downloading.
318
390
<OL>
319
391
<LI> Fonts:  Followling the instructions for your system, install whatever
320
392
X11 font packages you need to the language variants of RasMol you intend to
321
393
use.  Almost all Unix variants come with the appropriate fonts for English,
322
394
French, Spanish and Italian.  There is an appropriate cyrillic font package,
323
 
cyr-rfx-windows-1251-1.1, in external_packages.  Recommendations on
324
 
Japanese shift-jis and Chinese GB2312 fonts are still being discussed.
325
 
Suggestions would be appreciated.
326
 
 
327
 
<LI> CBFlib:  if you plan to read or write maps, you will need CBFlib.  A
328
 
copy of CBFlib 0.7.9 is included in external packages.  You will need
329
 
to make CBFlib.a.
 
395
cyr-rfx-windows-1251-1.1, in external_packages.  The Chinese and Japanese
 
396
fonts in intlfonts-1.2.1.tar.gz in external_pakages seem to be satisfactory.
330
397
 
331
398
<LI> In the RasMol src directory, either 
332
399
  <ul>
333
 
  <li> edit <a href=../src/Imakefile>Imakefile</a> to select the desired pixel bit depth; and
 
400
<LI>Modify the #defines in the file rasmol.h (see below)
 
401
        Note: IBMPC should not be defined.
 
402
  <li> either
 
403
      <ul>
 
404
      <li> Use the script rasmol_build_options.sh to build a new Imakefile
 
405
from Imakefile_base.  The valid options are:<br />
 
406
    {--help|-h}<br />
 
407
    {--cbflib_local}<br />
 
408
    {--cqrlib_local}<br />
 
409
    {--cvector_local}<br />
 
410
    {--neartree_local}<br />
 
411
    {--xformslib_local}<br />
 
412
    {--use_xformslib}<br />
 
413
    {--use_gtk}<br />
 
414
    {--pixeldepth=32}<br />
 
415
    {--pixeldepth=16}<br />
 
416
    {--pixeldepth=8}<br />
 
417
    {--macosx_fink}<br />
 
418
<P>
 
419
    or
 
420
    <li> Edit Imakefile to change the desired options by hand.  Use of 
 
421
rasmol_build_options.sh is in general perferred
 
422
      </ul>
 
423
  <li>either
 
424
  <ul>
334
425
  <li> execute <br />
335
426
    &nbsp;&npsp;xmkmf<br>
336
427
    and
337
 
  <li> execite <br />
 
428
  <li> execute <br />
338
429
    &nbsp;&npsp;make rasmol
339
430
  </ul>
 
431
  
340
432
 or
341
433
   <ul>
342
434
   <li>edit the script build_all.sh
350
442
    memory extensions to X windows are in the library -lXextSam, hence
351
443
    this must be added to the LIBS lines in either the Makefile or Imakefile.
352
444
 
353
 
<LI>Modify the #defines in the file rasmol.h (see below)
354
 
        Note: IBMPC should not be defined.
355
 
<LI>Edit the script <a href=../src/rasmol_install.sh>rasmol_install.sh<a/> 
356
 
<li>Execute rasmol_install.sh
357
445
</OL>
358
446
<P>
359
447
<H4>MS Windows:</H4>
361
449
If you are using a precompiled binary, follow the instructions that come
362
450
with the binary, but in general, you either need to place raswin.exe,
363
451
rasmol.hlp and raswin.hlp into the directory from which you will run,
364
 
or you need to execute the installer program.
 
452
or you need to execute the installer program by double clicking it.
365
453
<P>
366
 
If you are building from source, you will need CodeWarrior version 9 to
367
 
build both CBFlib and RasMol.  Appropriate CodeWarrior project exports are
368
 
provided as xml files.
 
454
If you are building from source, you will need MINGW, not visual studio.
 
455
CodeWarrior version 9 can also be used.
369
456
</OL>
370
457
<P>
371
458
<H4>Macintosh under OSX:</H4>
372
459
<P>
373
 
Follow the instructions for unix and run under the X11 system.
 
460
Follow the instructions for unix and run under the X11 system.  A pre-edited
 
461
version of the build_all.sh script called build_MACOSX.sh is provided.
374
462
<P>
375
463
 
376
464
<H3>COMPILATION DIRECTIVES</H3>
503
591
<A href="../TODO.html">Things To Do</A> |
504
592
<A href="../README.html#Introduction">Introduction</A> | 
505
593
<A href="../README.html#CodeAndBinaries">Source Code and Binaries</A> |<BR>
506
 
| <A href="rasmol.html">RasMol Manual</A> |
507
 
<a href="esrasmol27.html">Spanish Translation of RasMol Manual</a> | 
508
 
<a href="itrasmol.hlp">Italian Translation of RasMol Help File</a> |<BR>
 
594
| <A href="../doc/rasmol.html">RasMol Manual</A> |
 
595
<a href="../doc/esrasmol27.html">Spanish Translation of RasMol Manual</a> | 
 
596
<a href="../doc/itrasmol.hlp">Italian Translation of RasMol Help File</a> |<BR>
509
597
| <a href=http://www.rasmol.org/donate.shtml>Donate to Support RasMol</a> |
510
598
<a href="../README.html">Release README</A> |
511
599
<a href=http://www.rasmol.org/register.shtml>Register your RasMol</a> |
512
600
</CENTER>
513
601
 
514
602
<HR>
515
 
Updated 26 January 2008.<BR>
 
603
Updated 19 July 2009.<BR>
516
604
Herbert J. Bernstein<BR>
517
605
Bernstein + Sons, 5 Brewster Lane, Bellport, NY 11713-2803, USA<BR>
518
606
<script language="javascript" type="text/javascript">