~ubuntu-branches/debian/sid/simpleitk/sid

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// This example is based on ITK's DeformableRegistration2.cxx example

 

 

#include <SimpleITK.h>

#include <iostream>

#include <stdlib.h>

#include <iomanip>

 

namespace sitk = itk::simple;

 

 

class IterationUpdate

  : public sitk::Command

{

public:

  IterationUpdate( const sitk::DemonsRegistrationFilter &m)

    : m_Filter(m)

    {}

 

  virtual void Execute( )

    {

      // use sitk's output operator for std::vector etc..

      using sitk::operator<<;

 

      // stash the stream state

      std::ios  state(NULL);

      state.copyfmt(std::cout);

      std::cout << std::fixed << std::setfill(' ') << std::setprecision( 5 );

      std::cout << std::setw(3) << m_Filter.GetElapsedIterations();

      std::cout << " = " << std::setw(10) << m_Filter.GetMetric();

      std::cout << std::endl;

 

      std::cout.copyfmt(state);

    }

 

private:

  const sitk::DemonsRegistrationFilter &m_Filter;

 

};

 

 

 

int main(int argc, char *argv[])

{

 

  if ( argc < 4 )

    {

    std::cerr << "Usage: " << argv[0] << " <fixedImageFilter> <movingImageFile> <outputTransformFile>" << std::endl;

    return 1;

    }

 

  sitk::Image fixed = sitk::ReadImage( argv[1], sitk::sitkFloat32 );

 

  sitk::Image moving = sitk::ReadImage( argv[2], sitk::sitkFloat32 );

 

  sitk::HistogramMatchingImageFilter matcher;

  matcher.SetNumberOfHistogramLevels( 1024 );

  matcher.SetNumberOfMatchPoints( 7 );

  matcher.ThresholdAtMeanIntensityOn();

  moving = matcher.Execute(moving, fixed);

 

  sitk::DemonsRegistrationFilter filter;

 

  IterationUpdate cmd(filter);

  filter.AddCommand( sitk::sitkIterationEvent, cmd );

 

  filter.SetNumberOfIterations( 50 );

  filter.SetStandardDeviations( 1.0 );

 

  sitk::Image displacementField = filter.Execute( fixed, moving );

 

  std::cout << "-------" << std::endl;

  std::cout << "Number Of Iterations: " << filter.GetElapsedIterations() << std::endl;

  std::cout << " RMS: " << filter.GetRMSChange() << std::endl;

 

  sitk::DisplacementFieldTransform outTx( displacementField );

 

  sitk::WriteTransform(outTx, argv[3]);

 

  return 0;

}