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Examples/ImageRegistrationMethod1/ImageRegistrationMethod1.py

 

1

#!/usr/bin/env python

 

2

#=========================================================================

 

3

#

 

4

#  Copyright Insight Software Consortium

 

5

#

 

6

#  Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");

 

7

#  you may not use this file except in compliance with the License.

 

8

#  You may obtain a copy of the License at

 

9

#

 

10

#         http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt

 

11

#

 

12

#  Unless required by applicable law or agreed to in writing, software

 

13

#  distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,

 

14

#  WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.

 

15

#  See the License for the specific language governing permissions and

 

16

#  limitations under the License.

 

17

#

 

18

#=========================================================================

 

19

 

 

20

from __future__ import print_function

 

21

 

 

22

import SimpleITK as sitk

 

23

import sys

 

24

import os

 

25

 

 

26

 

 

27

def command_iteration(method) :

 

28

    print("{0:3} = {1:10.5f} : {2}".format(method.GetOptimizerIteration(),

 

29

                                   method.GetMetricValue(),

 

30

                                   method.GetOptimizerPosition()))

 

31

 

 

32

if len ( sys.argv ) < 4:

 

33

    print( "Usage: {0} <fixedImageFilter> <movingImageFile> <outputTransformFile>".format(sys.argv[0]))

 

34

    sys.exit ( 1 )

 

35

 

 

36

 

 

37

fixed = sitk.ReadImage(sys.argv[1], sitk.sitkFloat32)

 

38

 

 

39

moving = sitk.ReadImage(sys.argv[2], sitk.sitkFloat32)

 

40

 

 

41

R = sitk.ImageRegistrationMethod()

 

42

R.SetMetricAsMeanSquares()

 

43

R.SetOptimizerAsRegularStepGradientDescent(4.0, .01, 200 )

 

44

R.SetInitialTransform(sitk.TranslationTransform(fixed.GetDimension()))

 

45

R.SetInterpolator(sitk.sitkLinear)

 

46

 

 

47

R.AddCommand( sitk.sitkIterationEvent, lambda: command_iteration(R) )

 

48

 

 

49

outTx = R.Execute(fixed, moving)

 

50

 

 

51

print("-------")

 

52

print(outTx)

 

53

print("Optimizer stop condition: {0}".format(R.GetOptimizerStopConditionDescription()))

 

54

print(" Iteration: {0}".format(R.GetOptimizerIteration()))

 

55

print(" Metric value: {0}".format(R.GetMetricValue()))

 

56

 

 

57

sitk.WriteTransform(outTx,  sys.argv[3])

 

58

 

 

59

if ( not "SITK_NOSHOW" in os.environ ):

 

60

 

 

61

    resampler = sitk.ResampleImageFilter()

 

62

    resampler.SetReferenceImage(fixed);

 

63

    resampler.SetInterpolator(sitk.sitkLinear)

 

64

    resampler.SetDefaultPixelValue(100)

 

65

    resampler.SetTransform(outTx)

 

66

 

 

67

    out = resampler.Execute(moving)

 

68

    simg1 = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(fixed), sitk.sitkUInt8)

 

69

    simg2 = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(out), sitk.sitkUInt8)

 

70

    cimg = sitk.Compose(simg1, simg2, simg1/2.+simg2/2.)

 

71

    sitk.Show( cimg, "ImageRegistration1 Composition" )

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